Techn. Universiẗat, Diss., 2006--München.

University, Diss., 2004--Heidelberg.

Syftet med arbetet var att undersöka kunskapen om gener hos elever på gymnasiet och se om den förändras och utvecklas efter den första biologikursen. Detta skedde genom en enkätundersökning med frågor om gener och genetisk information där elever till viss del fick motivera sina svar. Samma frågor ställdes till två grupper av elever, de som inte hade läst biologi på gymnasiet men som skulle göra det kommande termin och de som hade läst kursen terminen innan. Svaren kategoriserades med hjälp av tidigare forskning och de två gruppernas resultat kunde utläsas och jämföras med varandra. Undersökningen visar att de elever som kommer från grundskolan inte har de baskunskaper som förväntas. De har oerhört svårt att förklara och se relationen mellan framförallt de minsta strukturerna i cellen och majoriteten anser att den genetiska informationen i två celler från samma individ är lika om cellerna har samma uppgift och olika om de inte har det, oavsett om det gäller könsceller eller kroppsceller. För elever som har läst biologi på gymnasiet blev resultatet bättre. Man kan se att denna grupp kan förklara mer i detalj vad gener är och deras relation till de andra små strukturerna i cellen. De har framförallt bättre kunskap när det gäller genetisk information i olika celler från samma individ. Trots detta visar resultatet att gymnasielevers kunskap när det gäller gener inte når upp till den nivå som förväntas av elever på grundskolan.     Nyckelord: Genetik, gener, biologi, gymnasiet, kunskapsutveckling

During the last two decades, advances in molecular technology have facilitated the sequencing and analysis of ancient DNA recovered from archaeological finds, contributing to novel insights into human evolutionary history. As more ancient genetic information has become available, the need for specialized methods of analysis has also increased. In this thesis, we investigate statistical and computational models for analysis of genetic data, with a particular focus on the context of ancient DNA. The main focus is on imputation, or the inference of missing genotypes based on observed sequence data. We present results from a systematic evaluation of a common imputation pipeline on empirical ancient samples, and show that imputed data can constitute a realistic option for population-genetic analyses. We also discuss preliminary results from a simulation study comparing two methods of phasing and imputation, which suggest that the parametric Li and Stephens framework may be more robust to extremely low levels of sparsity than the parsimonious Browning and Browning model. An evaluation of methods to handle missing data in the application of PCA for dimensionality reduction of genotype data is also presented. We illustrate that non-overlapping sequence data can lead to artifacts in projected scores, and evaluate different methods for handling unobserved genotypes. In genomics, as in other fields of research, increasing sizes of data sets are placing larger demands on efficient data management and compute infrastructures. The last part of this thesis addresses the use of cloud resources for facilitating such analysis. We present two different cloud-based solutions, and exemplify them on applications from genomics. / eSSENCE

Arbuscular mycorrhizal (AM) fungi are hypothesized to have been key players in facilitating thetransition from aquatic to terrestrial plants and continue to benefit plants through their symbioticassociation after 450 million years. These fungi form mycelia that can contain hundreds of nucleiwithin one aseptate cytoplasm, which leads to the ongoing debate on whether thesemultinucleated fungi are homokaryotic or heterokaryotic. Not only is there evidence to supportthe hypothesis of the nuclei as genetically identical, but also the other hypothesis of divergentnuclei within a single strain. There has been no evidence of sexual reproduction, howeverspecialized genomic regions specific to meiosis and a putative mating-type (MAT) locus haverecently been identified and may help answer the ongoing debate between homokaryosis andheterokaryosis. In this study I applied de novo genome assembly and annotation of 24 individual nuclei from asingle spore of Claroideoglomus candidum. The full length of the de novo genome assembly was87.6 Mb with 17,542 genes. Estimated polymorphism between the nuclei was very low. Iidentified the MAT locus in C. candidum, using a previously sequenced MAT locus fromanother congeneric species. Only one of the MAT locus alleles was found in the examined spore.The evidence points towards homokaryosis as the genetic organization of Claroideoglomuscandidum.

<p>Arbetets uppgift var att identifiera en DNA-sekvens som skulle kunna finnas hos storspiggens könsbestämningsregion. Avsikten med detta arbete är att utveckla en enkel PCR-baserad metod för att kunna könsbestämma storspiggar genetiskt. Tidigare genetiska studier har visat en skillnad mellan honor och hanar vid jämförelse av deras RAPD-3 PCR produkter. Skillnaden består i att endast hanarna har ett fragment som är runt 250 bp stort. Detta fragment ska isoleras, renas, klonas och sekvenseras med hjälp av olika metoder. Sekvensen ska användas för att beställa designerade primer som testades för att vara specifika för hanar.</p><p>I detta arbete kunde endast en sekvens användas för detta syfte och två egendesignerade primers beställdes, dessa visade sig dock icke vara specifika för hanar.</p>

Arbetets uppgift var att identifiera en DNA-sekvens som skulle kunna finnas hos storspiggens könsbestämningsregion. Avsikten med detta arbete är att utveckla en enkel PCR-baserad metod för att kunna könsbestämma storspiggar genetiskt. Tidigare genetiska studier har visat en skillnad mellan honor och hanar vid jämförelse av deras RAPD-3 PCR produkter. Skillnaden består i att endast hanarna har ett fragment som är runt 250 bp stort. Detta fragment ska isoleras, renas, klonas och sekvenseras med hjälp av olika metoder. Sekvensen ska användas för att beställa designerade primer som testades för att vara specifika för hanar. I detta arbete kunde endast en sekvens användas för detta syfte och två egendesignerade primers beställdes, dessa visade sig dock icke vara specifika för hanar.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Uppsala universitetet, 2007. / Härtill 6 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Uppsala : Uppsala universitet, 2005. / Härtill 5 uppsatser.

Tübingen, Univ., Habil.-Schr., 2002.