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Estimativa de mistura étnica avaliada por Mercadores Informativos de Ancestralidade (AIMs) e Microssatélites (STRs) / Estimativa de mistura étnica avaliada por Mercadores Informativos de Ancestralidade (AIMs) e Microssatélites (STRs)Teló, Enio Paulo January 2010 (has links)
Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-16T21:36:49Z
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Enio Paulo Estimativa de mistura étnica avaliada por Marcadores Informativos de.pdf: 352598 bytes, checksum: 7d448dc54afe1ec271f59fc912275f41 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-16T21:36:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1
Enio Paulo Estimativa de mistura étnica avaliada por Marcadores Informativos de.pdf: 352598 bytes, checksum: 7d448dc54afe1ec271f59fc912275f41 (MD5)
Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / A miscigenação entre os três principais grupos étnicos (ameríndios, europeus e africanos)
originou a alta diversidade genética da população brasileira. Na Bahia a proporção de
afrodescendentes é de 77,5%, sendo que em Salvador 79,8% se auto-denominam negros ou
pardos. Poucos estudos descrevem a diversidade genética da população baiana e a
contribuição de cada grupo étnico na sua formação. Diversos marcadores de DNA são
atualmente utilizados para estimar mistura étnica em populações miscigenadas. Estes
marcadores são denominados alelos específicos de população (PSAs) ou marcadores
informativos de ancestralidade (AIMs) e apresentam alelos com grandes diferenciais de
freqüência, superiores a 30%, entre populações geográfica ou etnicamente definidas. Os
microssatélites (STRs) são variantes genéticos úteis no mapeamento genético de espécies, na
identificação de pessoas, mapeamento genético e análise de populações. Alguns STRs
apresentam alelos com freqüências marcantes em determinados grupos populacionais. Com
objetivo de comparar a ancestralidade genomica avaliada com dois tipos de marcadores,
foram estudados 8 microssatélites STRs autossômicos (TH01, vWA31, D18S51, FGA, TPOX,
D7S820, D3S1358, D8S1179) e 9 AIMs (FY-Null, LPL, AT3-I/D, Sb19.3, APO, PV92,
CYP3A4, CKMM, GC-1F e GC-1S), em 203 indivíduos miscigenados da Bahia. A
genotipagem foi realizada por PCR (Polimerase Chain Reaction), para deleções, inserções e
para os microssatélites e PCR quantitativo em tempo real para mutações pontuais. As
contribuições africana, européia e ameríndia observadas foram respectivamente 33,5%, 58,6%
e 7,9% para os STRs e 45,08%, 45,16% e 9,75% para os AIMs, comprovando a miscigenação
da população. O Índice Kappa, mostrou que a concordância entre as estimativas de
ancestralidade utilizando os dois tipos de marcadores (AIMs e STRs), foi muito baixa (kappa
= 0,12). Foi observada associação entre sobrenome de conotação religiosa e ancestralidade
africana / The mixing between the three main ethnic groups (Amerindians, Europeans and Africans)
produced a high genetic diversity of the braziliam population. In Bahia, the proportion of
African descent that call themselves black or brown is 77.5% and 79.8% in Salvador. Few
studies describe the genetic diversity of the population of Bahia and the contribution of each
ethnic group in its formation. Several DNA markers are currently used to estimate ethnic mix
in admixed populations. These markers are called alleles specific population (PSAs) or
ancestry informative markers (AIMs) and carry alleles with large differences in frequency
above 30% between populations geographically or ethnically defined. Microsatellites (STRs)
are useful genetic variants in the genetic mapping of species, identification of persons, genetic
mapping and analysis of populations. Some STRs have alleles with frequencies marked in
certain population groups. To compare the ancestry genomica evaluated with two types of
markers were studied 8 microsatellite autosomal STRs (TH01, vWA31, D18S51, FGA,
TPOX, D7S820, D3S1358, D8S1179) and 9 AIMs (FY-Null, LPL, AT3-I /D, Sb19.3, APO,
PV92, CYP3A4, CK-MM, GC and GC-1F-1S) in 203 subjects with mixed Bahia. Genotyping
was performed by PCR (Polymerase Chain Reaction), for deletions, insertions and for
microsatellite and quantitative PCR in real time for mutations. The contributions of African,
European and Amerindian observed were respectively 33.5%, 58.6% and 7.9% for the STRs
and 45.08%, 45.16% and 9.75% for the AIMs, proving the mixing of population. The Kappa
index showed that the correlation between the estimates of ancestry using both types of
markers (AIMs and STRs), was very low (kappa = 0.12). Association was found between
devotional surnames and African ancestry.
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Identificação de genes de suscetibilidade às fissuras labiopalatinas não sindrômicas: influência da epidemiologia e da estratificação populacional / Identification of susceptibility genes to nonsyndromic cleft lip/palate: epidemiology and population stratification influencesBrito, Luciano Abreu 06 July 2011 (has links)
Fissura labial com ou sem fissura de palato não sindrômica (FL±P NS) é uma doença complexa que afeta 1:700 indivíduos no mundo. A busca das causas genéticas dessa malformação é dificultada pelo padrão multifatorial de herança e pela heterogeneidade genética, sendo que o gene IRF6 e a região 8q24 são os loci de associação mais corroborada. A estratificação populacional é um problema adicional a ser considerado em estudos de caso-controle na população brasileira. No intuito de caracterizar variáveis que possam interferir na busca dos fatores de risco, realizamos em um primeiro estudo uma avaliação epidemiológica de pacientes de cinco localidades do país (Santarém-PA, Barbalha-CE, Fortaleza-CE, Maceió-AL e Rio de Janeiro-RJ) . Este estudo revelou Barbalha como a região onde a genética desempenha papel mais determinante (herdabilidade = 85%; risco de recorrência = 2,2-2,8%); Maceió, por outro lado, foi a região de menor influência genética (herdabilidade = 45%; risco de recorrência = 0,6-0,7%). Ainda, a consangüinidade não mostrou um mecanismo importante para explicar estes resultados. Em um segundo estudo, realizamos a caracterização da ancestralidade da amostra, com o intuito de estabelecermos parâmetros para serem utilizados em futuros estudos de associação na nossa população. Para testarmos as nossas hipóteses realizamos um estudo de caso-controle com os SNPs mais corroborados nos dois loci em outras populações: rs642961 em um enhancer do gene IRF6 e rs987525 na região 8q24. Verificamos que quando realizamos um teste de associação para os SNPs com correção para estrutura populacional obtivemos resultados consistentes com as estimativas de herdabilidade, uma vez que Barbalha foi a única região de associação positiva para os SNPs. Apesar de estes SNPs terem sido estudados em outras populações, este é o primeiro relato de associação destes SNPs na população brasileira. Ainda, o estudo molecular revelou a importância da caracterização da estrutura populacional por meio de marcadores informativos de ancestralidade em estudos de caso-controle na nossa população, uma vez que resultados diferentes puderam ser observados em análise assumindo ausência de estratificação. Este trabalho fornece importantes bases para a identificação de novos genes de predisposição às FL±P NS na população brasileira, pois permite um direcionamento para as populações de maior contribuição genética nas abordagens que virão a ser realizadas. / Nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate (NS CL±P) is a complex disease with worldwide incidence estimated as 1:700. The multifactorial model of inheritance and the genetic heterogeneity difficult the search for the genetic causes of NS CL±P, and, of all loci, IRF6 gene and 8q24 gene desert are the two most associated. The population stratification constitutes an additional problem to be considered in case-control studies in Brazil. In order to identify the factors that may interfere in the hunting of risk factors, we carried out, in a first moment, an epidemiologic evaluation of patients from five locations in Brazil (Santarém-PA, Barbalha-CE, Fortaleza-CE, Maceió-AL and Rio de Janeiro-RJ). This study put Barbalha as the region where genetic factors play the more determinant role (heritability = 85%; recurrence risk = 2.2-2.8%); Maceió, on the other hand, was the region of less genetic contribution to the disease (heritability = 45%; recurrence risk = 0.6-0.7%). In addition, consanguinity did not appear to influence these results. In a second study, we characterized the sample ancestry, in order to establish parameters for future association studies in our population. To test our hypothesis, we carried out a case-control study with the SNPs which are the most corroborated in other populations: rs642961 (in an IRF6 enhancer), and rs987525 (in 8q24). We verified that, when a structured association test was performed, we obtained results that are consistent with heritability estimates, since Barbalha was the only region with positive association for both SNPs. This was the first time that a positive association for these markers was reported in a Brazilian population. In addition, the molecular analysis evidenced the importance of an individual characterization with ancestry informative markers when performing a case-control study in this population, since different results were obtained from the analyses assuming no stratification and correcting its effect. This study provides important bases for the identification of new susceptibility variants to NS CL±P in Brazilian population, since targeting in the populations of highest genetic contribution to the disease will be possible in the forthcoming studies, increasing the power of the study.
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Análise de ancestralidade genômica e de polimorfismos associados à pigmentação da pele em amerídios e em descendentes de africanos, de europeus e de japoneses / Análise de ancestralidade genômica e de polimorfismos associados à pigmentação da pele em amerídios e em descendentes de africanos, de europeus e de japonesesBomfim, Thais Ferreira January 2012 (has links)
Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-08-30T21:44:55Z
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Thais Ferreira Bonfim. Ancestralidade genômica em uma amostra de portadores do HIV-1 do Estado da Bahia - CPqGM - Dissertação de Mestrado - 2008.pdf: 2375743 bytes, checksum: 3d0b1edd686e7965b81d1f26113f0f78 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-30T21:44:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1
Thais Ferreira Bonfim. Ancestralidade genômica em uma amostra de portadores do HIV-1 do Estado da Bahia - CPqGM - Dissertação de Mestrado - 2008.pdf: 2375743 bytes, checksum: 3d0b1edd686e7965b81d1f26113f0f78 (MD5)
Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / A população brasileira apresenta extensa variabilidade genética, resultado da
miscigenação entre ameríndios, europeus e africanos. Contudo, a proporção de
africanos, ameríndios e europeus difere significativamente a depender da região
geográfica. Atualmente são utilizados marcadores moleculares conhecidos como
Marcadores Informativos de Ancestralidade (AIM) para avaliar mistura genética nas
populações. A cor da pele é um dos fenótipos que mais variam entre e em
populações humanas de diferentes etnias e regiões geográficas, devido à grande
heterogeneidade gênica e ação da seleção natural. Muitos genes já foram descritos
como associados à pigmentação, e alguns deles apresentam frequências alélicas
distintas entre diferentes grupos étnicos, porém os mecanismos que respondem pela
variação da pigmentação normal da pele ainda não estão completamente
estabelecidos. O objetivo deste estudo foi estimar a ancestralidade genética,
analisar polimorfismos em genes que modulam a variação normal da pigmentação
da pele e verificar associação entre ancestralidade e pigmentação, utilizando nove
AIM (AT3-I/D, APO, SB19.3, PV92, FYnull, LPL, CKMM, GC-F, GC-S e CYP3A4),
seis polimorfismos em genes envolvidos na pigmentação da pele (SCL45A2,
SCL24A5, MC1R, OCA2, TYR, ASIP) em duas tribos indígenas do Norte do Brasil –
Tiriyó e Waiampi; em indivíduos caracterizados fenotipicamente como negros de
Salvador, numa amostra de miscigenados da Bahia e em descendentes de
japoneses e de europeus de Ribeirão Preto-SP. As frequências alélicas de todos os
marcadores encontradas nos afro e eurodescendentes foram similares às
encontradas nos ancestrais africanos e europeus e a estimativa de mistura mostrou
respectivamente maior contribuição africana - 71% e 66%; e europeia - 86% e 99%
com AIM e com os marcadores de pigmentação respectivamente. Os japoneses
mostraram frequências alélicas diferentes quando comparadas com os Nativos
Americanos, e a contribuição Ameríndia/Asiática observada foi 81% com AIM e 86%
com marcadores de pigmentação. Entre os índios Tiriyó e Waiampi foi observada
baixa contribuição de povos não indígenas nas estimativas de mistura com AIM (<
10%) e nenhuma mistura quando avaliados apenas os marcadores de pigmentação,
sugerindo que essas tribos conservam muitas características ancestrais. As
estimativas de mistura nos indivíduos miscigenados da Bahia mostrou predomínio
de contribuição europeia utilizando os marcadores de pigmentação da pele e maior
contribuição africana utilizando os AIM. A distribuição genotípica dos marcadores de
pigmentação da pele foi concordante com a classificação fenotípica realizada nos
miscigenados (Bahia) em brancos, mulatos e negros, corroborando dados da
literatura que mostram o envolvimento desses marcadores na variação normal da
pigmentação da pele em diferentes grupos étnicos. / The Brazilian population presents extensive genetic variability, resulting from
admixture among Amerindian, Europeans and Africans. However, the proportion of
Africans Amerindians and Europeans differ depending on the geographic region. To
evaluate the admixture and understand how it occurred, nowadays has been used
molecular markers known as Ancestry Informative Markers (AIMs). Skin color is one
of the phenotypes that vary most among human populations and different ethnic
groups and geographic regions, due to genetic heterogeneity and natural selection.
Many genes that are involved in the synthesis of melanin, and proteins involved in
cellular metabolism have been described as associated with pigmentation (eye color,
hair and skin), and some of them have different allele frequencies between different
ethnic groups, but the mechanisms that involved with the variation of the normal skin
pigmentation are not yet fully established. The aims of this study was to estimate the
genomic ancestry and analyze polymorphisms in genes that modulate normal
variation in pigmentation and verify the association between ancestry and skin
pigmentation, using nine AIMs (AT3-I/D, APO, SB19.3, PV92, FYnull, LPL, CKMM,
GC-F and GC-S) and six genes relate to pigmentation (SCL45A2, SCL24A5, MC1R,
OCA2, TYR, ASIP) in two Amerindian tribes from North of Brazil,Tiriyó and Waiampi;
urban samples of African descents from Salvador and European and Japanese
descents from Ribeirão Preto,SP. The results show that allele frequencies of all
markers found in blacks and whites were similar to those in European and African
populations and the estimation of admixture with AIMs presents greater African
contribution (71%) and European (86%), respectively; which was also observed with
the pigmentation markers (99% of European contribution in whites and 66% of
African contribution in blacks). The analysis in the Japanese showed allelic
frequencies different from the Amerindians and the Amerindian/ Asian contribution
observed were 81% with the AIMs and 86% with the pigmentation markers. Among
the Amerindians from Tiriyó and Waiampi was observed low contribution of non-
Amerindian populations in the admixture estimation with AIMs and even no admixture
when used markers of pigmentation, suggesting that, despite the intense process of
admixture occurred in Brazil, some tribes still present a homogeneous genetic profile
and, preserve the ancestors’ characteristics. The ancestry estimation with markers
of skin pigmentation in admixed individuals from Bahia showed high levels of
European and Amerindian ancestry contribution compared with the African
contribution, which had been the most significant in studies with AIMs, but when
analyzed the genotypic distribution of pigmentation markers’ between admixed
individuals phenotypically classified as white, mulatto and black, it can be observed
that the most frequent allele in Europeans and Africans were in homozygosity among
blacks and whites, confirming published data that show the involvement of these
markers in mechanisms that determinate the skin pigmentation in different ethnic
groups, but also suggest that these markers are not useful tools to define ancestry in
admixed populations.
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Identificação de genes de suscetibilidade às fissuras labiopalatinas não sindrômicas: influência da epidemiologia e da estratificação populacional / Identification of susceptibility genes to nonsyndromic cleft lip/palate: epidemiology and population stratification influencesLuciano Abreu Brito 06 July 2011 (has links)
Fissura labial com ou sem fissura de palato não sindrômica (FL±P NS) é uma doença complexa que afeta 1:700 indivíduos no mundo. A busca das causas genéticas dessa malformação é dificultada pelo padrão multifatorial de herança e pela heterogeneidade genética, sendo que o gene IRF6 e a região 8q24 são os loci de associação mais corroborada. A estratificação populacional é um problema adicional a ser considerado em estudos de caso-controle na população brasileira. No intuito de caracterizar variáveis que possam interferir na busca dos fatores de risco, realizamos em um primeiro estudo uma avaliação epidemiológica de pacientes de cinco localidades do país (Santarém-PA, Barbalha-CE, Fortaleza-CE, Maceió-AL e Rio de Janeiro-RJ) . Este estudo revelou Barbalha como a região onde a genética desempenha papel mais determinante (herdabilidade = 85%; risco de recorrência = 2,2-2,8%); Maceió, por outro lado, foi a região de menor influência genética (herdabilidade = 45%; risco de recorrência = 0,6-0,7%). Ainda, a consangüinidade não mostrou um mecanismo importante para explicar estes resultados. Em um segundo estudo, realizamos a caracterização da ancestralidade da amostra, com o intuito de estabelecermos parâmetros para serem utilizados em futuros estudos de associação na nossa população. Para testarmos as nossas hipóteses realizamos um estudo de caso-controle com os SNPs mais corroborados nos dois loci em outras populações: rs642961 em um enhancer do gene IRF6 e rs987525 na região 8q24. Verificamos que quando realizamos um teste de associação para os SNPs com correção para estrutura populacional obtivemos resultados consistentes com as estimativas de herdabilidade, uma vez que Barbalha foi a única região de associação positiva para os SNPs. Apesar de estes SNPs terem sido estudados em outras populações, este é o primeiro relato de associação destes SNPs na população brasileira. Ainda, o estudo molecular revelou a importância da caracterização da estrutura populacional por meio de marcadores informativos de ancestralidade em estudos de caso-controle na nossa população, uma vez que resultados diferentes puderam ser observados em análise assumindo ausência de estratificação. Este trabalho fornece importantes bases para a identificação de novos genes de predisposição às FL±P NS na população brasileira, pois permite um direcionamento para as populações de maior contribuição genética nas abordagens que virão a ser realizadas. / Nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate (NS CL±P) is a complex disease with worldwide incidence estimated as 1:700. The multifactorial model of inheritance and the genetic heterogeneity difficult the search for the genetic causes of NS CL±P, and, of all loci, IRF6 gene and 8q24 gene desert are the two most associated. The population stratification constitutes an additional problem to be considered in case-control studies in Brazil. In order to identify the factors that may interfere in the hunting of risk factors, we carried out, in a first moment, an epidemiologic evaluation of patients from five locations in Brazil (Santarém-PA, Barbalha-CE, Fortaleza-CE, Maceió-AL and Rio de Janeiro-RJ). This study put Barbalha as the region where genetic factors play the more determinant role (heritability = 85%; recurrence risk = 2.2-2.8%); Maceió, on the other hand, was the region of less genetic contribution to the disease (heritability = 45%; recurrence risk = 0.6-0.7%). In addition, consanguinity did not appear to influence these results. In a second study, we characterized the sample ancestry, in order to establish parameters for future association studies in our population. To test our hypothesis, we carried out a case-control study with the SNPs which are the most corroborated in other populations: rs642961 (in an IRF6 enhancer), and rs987525 (in 8q24). We verified that, when a structured association test was performed, we obtained results that are consistent with heritability estimates, since Barbalha was the only region with positive association for both SNPs. This was the first time that a positive association for these markers was reported in a Brazilian population. In addition, the molecular analysis evidenced the importance of an individual characterization with ancestry informative markers when performing a case-control study in this population, since different results were obtained from the analyses assuming no stratification and correcting its effect. This study provides important bases for the identification of new susceptibility variants to NS CL±P in Brazilian population, since targeting in the populations of highest genetic contribution to the disease will be possible in the forthcoming studies, increasing the power of the study.
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