Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-07-07T16:46:36Z No. of bitstreams: 1 2017_SabrinaGuimarãesPaiva.pdf: 8527808 bytes, checksum: 18cfcb0a3a3279285489e4630fcfc72d (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-10T21:18:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_SabrinaGuimarãesPaiva.pdf: 8527808 bytes, checksum: 18cfcb0a3a3279285489e4630fcfc72d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-10T21:18:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_SabrinaGuimarãesPaiva.pdf: 8527808 bytes, checksum: 18cfcb0a3a3279285489e4630fcfc72d (MD5) Previous issue date: 2017-08-10 / O componente étnico-racial e a ancestralidade genética nas pesquisas em saúde estão entre os temas mais debatidos na ciência, principalmente quando associados a populações miscigenadas. Grande parte dos estudos que buscam investigar a influência da ancestralidade genética na saúde são conduzidos em populações norte-americanas e tem mostrado uma maior prevalência de doenças cardiovasculares em indivíduos afrodescendentes. Durante o período de escravidão no Brasil, diversos tipos de resistência foram observados entre os escravizados, sendo o mais comum a fuga e o refugio em regiões de difícil acesso. Desse processo, foram formadas comunidades chamadas quilombos, parte delas semi-isoladas, outras localizadas em área rural de difícil acesso ou já inseridas em áreas urbanas. Como consequência do processo histórico, essas comunidades frequentemente tem acesso limitado a serviços de saúde e, potencialmente, maior prevalência de doenças com relação a populações com maior acesso a saúde. Sendo as comunidades quilombolas reconhecidamente afrodescendentes, buscamos investigar a relação entre a ancestralidade genética e a ocorrência de fatores de risco para doenças cardiovasculares em três quilombos do Brasil Central com diferentes níveis de urbanização. Para isso, estruturamos o estudo em cinco capítulos. No primeiro foi apresentada a composição do banco de dados e amostras biológicas referentes a três quilombos com diferentes níveis de urbanização: um urbano, um rural semi-isolado e um rural não-isolado. No segundo discutimos o conceito ampliado de quilombo por meio da investigação da proporção de migrantes, estrutura de casamentos e literatura, verificando que o conceito quilombo contemporâneo acomoda a diversidade de histórias de formação dessas comunidades no país. No terceiro estimamos a ancestralidade genética individual e populacional nessas comunidades por meio de marcadores genéticos do tipo Inserção-Deleção (INDEL). Os resultados apontaram contribuições heterogêneas dos componentes africano, europeu e ameríndio, em consonância com a diversidade genética da população brasileira. Foi verificada também a associação entre a autoclassificação fenotípica negra e estimativas de ancestralidade genética africana nas comunidades rurais, mas não na comunidade urbana, o que revela a possível influência do contexto sociocultural e político no processo de identidade étnico-racial. No quarto, a partir de um estudo epidemiológico descritivo, utilizando parâmetros socioeconômicos, antropométricos e bioquímicos, observou-se que um processo de transição epidemiológica está ocorrendo nessas comunidades, sendo a prevalência de doenças cardiovasculares mais elevada nas comunidades urbana e rural não-isolada do que na rural semi-isolada. Além disso, as mulheres na comunidade rural semi-isolada apresentaram maior prevalência de hipertensão, obesidade e diabetes do que os homens. Finalmente, no capítulo 5, os resultados obtidos não demonstraram associação entre a ancestralidade genética e a distribuição de fatores de risco para doenças cardiovasculares, sugerindo que a ancestralidade genética tem um papel pequeno em comparação aos fatores ambientais e socioeconômicos nessas comunidades. Os achados do presente estudo chamam a atenção para a diversidade na composição genética e no perfil epidemiológico da saúde cardiovascular em quilombos do Brasil Central, o que possivelmente auxiliará no aperfeiçoamento de políticas públicas de saúde e integração de diferentes áreas científicas, como a antropologia, a genética e a saúde pública. / The ethno-racial component and genetic ancestry in health research are among the most debated subjects in science, especially when they are associated with mixed populations. Most of the studies that investigate the influence of genetic ancestry on health are conducted in North American populations and have shown a higher prevalence of cardiovascular diseases in African-descendant individuals. During the slavery period in Brazil, several types of resistance were noted among the slaves, the most common were escape and refuge in difficult-to reach regions. As a result of the historical process, these communities often have limited access to health services and and potentially higher prevalence of diseases in relation to populations with greater access to health. Since quilombola communities are recognized as African-derived communities, we seek to investigate the relationship between genetic ancestry and the occurrence of risk factors for cardiovascular diseases in three quilombos of Central Brazil with different levels of urbanization. Thus, we structured the study into five chapters. The first one was presented the composition of the database for three quilombos with different levels of urbanization was presented: one urban, one semi-isolated rural and one non-isolated rural. In the second, we discussed about the expansive concept of quilombo by investigating the proportion of migrants, structure of marriages, and scientific literature. It was observed that the contemporary concept of quilombo accommodates the historical diversity of these communities’ formation. In the third, we estimate the individual and population genetic ancestry using genetic markers Insertion-Deletion (INDEL) in these communities. The results showed that contributions of African, European and Amerindian are heterogeneous, according to genetic diversity of Brazilian population. We observed an association between Black phenotypic-selfclassification and estimates of African genetic ancestry in rural communities, but not in the urban community. This result indicated a possible influence of the socio-cultural and political context in the process of ethnic-racial identity. In the fourth, we used socioeconomic, anthropometric and biochemical parameters in a descriptive epidemiological study. It was observed a process of epidemiological transition in these communities, with higher prevalence of cardiovascular diseases in the urban and rural communities than isolated semi-rural one. Moreover, women from semi-isolated rural community showed higher prevalence of hypertension, obesity and diabetes than men. Finally, in Chapter 5, the results did not show an association between genetic ancestry and the distribution of risk factors for cardiovascular diseases, suggesting that genetic ancestry presents a small role in comparison to environmental and socioeconomic factors in these communities.The findings of this study call attention to the diversity in the genetic composition and epidemiological profile for cardiovascular health in quilombos of Central Brazil. Our results will possibly help in the improvement of public health policies and integration of different scientific areas, such as anthropology, genetics and public health.

Doenças cardiovasculares (DCVs) são a principal causa de morbidade e mortalidade no mundo e a etnia do indivíduo tem uma importante influência no diagnóstico e tratamento dessas doenças. No entanto, as bases das disparidades étnicas ainda não estão completamente esclarecidas. O estudo de uma população com alta miscigenação genética, fornece potenciais maneiras de compreender a influência genética na determinação de fenótipos de doenças complexas, como as cardiovasculares, em raízes ancestrais comuns. O presente estudo teve como objetivo principal associar etnia auto referida e ancestralidade genética em indivíduos de uma coorte brasileira com fatores de risco para doenças cardiovasculares. Identificamos associação entre etnia auto referida e hipertensão arterial, acidente vascular cerebral (AVC) e hipercolesterolemia. Analisando a hipercolesterolemia com mais detalhes, encontramos associação de etnia com níveis séricos de triglicerídeos (TG), lipoproteína de alta densidade (HDL-c) e índice TG/HDL-c. Essas associações foram fortemente dependentes de confundidores socioeconômicos, mas variações existem na força e direção de cada padrão. No entanto, observamos que o efeito de etnia persistiu mesmo após todas as correções. Em seguida derivamos um painel de marcadores para inferir ancestralidade genética continental, para os componentes ancestrais africano, europeu e ameríndio, e determinamos as proporções de ancestralidade na nossa população de estudo. Na sequência, conduzimos análises de associação entre ancestralidade genética e níveis séricos de lipídios, a fim de estudarmos uma variável menos influenciada por fatores socioeconômicos. Nessas análises encontramos associação entre a ancestralidade ameríndia e níveis séricos de HDL-c. Entender porque essa heterogeneidade existe pode prover importantes pistas sobre as razões para uma importante parte das disparidades étnicas em doenças cardiovasculares / Cardiovascular diseases (CVDs) are the main cause of morbidity and mortality in the world and ethnicity plays an important influence on diagnosis and treatment of these diseases. However, the basis of these ethnic disparities are not fully understood. Studying a population with a high genetic admixture allows potential ways to understand the genetic influence on determination of complex disease phenotypes, such as cardiovascular, in common ancestral roots. The present study had as main aim associating self-reported ethnicity and genetic ancestry in individuals from a Brazilian cohort which have risk factors for cardiovascular diseases. We identified association between self-reported ethnicity and arterial hypertension, stroke, and hypercholesterolemia. Analyzing hypercholesterolemia more deeply, we found association of ethnicity with serum levels of triglycerides (TG), high density lipoprotein cholesterol (HDL-c), and TG/HDL-c index. These associations were strongly dependent on socioeconomic confounders, but there are variations in the strength and direction of each pattern. However, we observed that the ethnicity effect persisted even after all adjustments. Following, we derived a panel of markers to infer continental genetic ancestry for African, European and Amerindian ancestral components, and we have determined the ancestral proportions of ancestry in our study population. After that, we conducted association analysis between genetic ancestry and lipids serum levels, in order to study a variable which is less influenced by socioeconomic factors. In these analyzes we found association between Amerindian ancestry and serum levels of HDL-c. Understanding why there is this heterogeneity can provide important clues about the reason for an important part of ethnic disparities in cardiovascular diseases

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-10-18T17:47:47Z No. of bitstreams: 1 Danniel Sann Dias da Silva Analise da ancestralidade...2013.pdf: 1290114 bytes, checksum: 95da03014304e202e3b248867ec987a7 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-18T17:47:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Danniel Sann Dias da Silva Analise da ancestralidade...2013.pdf: 1290114 bytes, checksum: 95da03014304e202e3b248867ec987a7 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / O carcinoma escamocelular oral (CEO), entre homens, é o quarto câncer mais frequente no Nordeste do Brasil e o terceiro na Bahia. Apesar de possuir etiologia multifatorial, pelo menos 80% dos casos são atribuíveis à exposição ao fumo e ao álcool. Suscetibilidade individual ao CEO tem sido amplamente estudada, e é atribuída a fatores genéticos e também sócio-econômicos. Polimorfismos genéticos de risco, comuns em determinadas populações; hábitos de vida; dificuldade de acesso à informação e aos serviços de saúde são exemplos destes fatores. Sabendo da alta incidência do CEO na Bahia objetivou-se analisar a distribuição dos fatores de risco para CEO numa amostra da população da Bahia. Participaram 332 doadores voluntários de um banco de sangue público baiano, com idade entre 19 e 66 anos. Coletaram-se amostras biológicas de 320 indivíduos e aplicou-se questionário epidemiológico em 309. Investigaram-se cinco polimorfismos de risco (GSTT1*nulo, GSTM1*nulo, CYP1A1*2C (rs1048943), XRCC1 399*Gln (rs25487) eXRCC1 194*Trp (rs1799782) e nove marcadores informativos de ancestralidade (AIMs), por meio de PCR para as inserções e/ou deleções, e PCR-RFLP ou Real Time-PCR para as mutações pontuais. Observou-se presença dos alelos de risco variando entre 12,3% e 56,5% dos indivíduos (XRCC1 194*Trp e XRCC1 399*Gln, respectivamente). A frequência do tabagismo foi 14,6%, etilismo 64,3% (12,7% azem uso abusivo de álcool). Os outros fatores de risco variaram entre 2,3% e 1,3% (relato de HPV e dificuldades de acesso aos serviços de saúde). A estimativa de ancestralidade mostrou maior contribuição ancestral nativo americana em portadores do genótipo GSTM1-nulo que nos não-nulo, o qual foi mais frequente em brancos. Não foi observada associação entre ancestralidade/raça e os fatores de risco ambientais. No entanto, alguns fatores de risco foram associados à baixa renda, e, principalmente, à baixa escolaridade. Contudo, embora a ancestralidade possa influenciar a suscetibilidade genética, não houve influência sobre a suscetibilidade ambiental já que os fatores de risco ambientais se relacionaram principalmente com aspectos socioeconômicos. / The oral squamous cell carcinomas (CEO) is the fourth most common cancer in northeastern Brazil and also in Bahia. Despite having a multifactorial etiology, at least 80% of cases are attributable to exposure to tobacco and alcohol. Individual susceptibility to CEO has been widely studied, and is attributed to genetic and socioeconomic factors. Genetic polymorphisms of risk, common in certain ancestral populations; lifestyle; information access and health services difficulty are examples of such factors. Given the high incidence of CEO in Bahia we investigated the distribution of risk factors for CEO in a sample from Bahia population. Participated in 332 voluntary blood donors of a public blood bank in Bahia, ages ranged from 20 to 66 years. Biological samples was collect from 320 individuals and epidemiological questionnaire was applied to 309. We investigated five polymorphisms of susceptibility (GSTT1*null, GSTM1*null, CYP1A1*2C (rs1048943), XRCC1 399*Gln (rs25487) and XRCC1 194*Trp (rs1799782)) and nine ancestry informative markers (AIMs) by PCR for insertions and/or deletions, and PCR-RFLP and Real Time-PCR for SNP. We observed the presence of risk alleles ranging from 12.3% to 56.5% of subjects (XRCC1 194*Trp and XRCC1-399*Gln, respectively). Smoking was prevalent in 14.6% of subjects, alcoholism in 64.3% (12.7% alcohol abuse). The other risk factors varied between 2.3% and 41.3% (reported HPV and poor access to health services). The ancestry estimative showed high contribution of Native American in individuals with genotype GSTM1*null, which was more common in whites. In this sample, there was no relationship between ancestry/race and environmental risk factors. However, some risk factors were associated with low income, and, especially, low schooling. However, while the ancestry can influence genetic susceptibility, no influence on the environmental susceptibility, which relates mainly to socioeconomic factors.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-08-30T21:44:55Z No. of bitstreams: 1 Thais Ferreira Bonfim. Ancestralidade genômica em uma amostra de portadores do HIV-1 do Estado da Bahia - CPqGM - Dissertação de Mestrado - 2008.pdf: 2375743 bytes, checksum: 3d0b1edd686e7965b81d1f26113f0f78 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-30T21:44:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Thais Ferreira Bonfim. Ancestralidade genômica em uma amostra de portadores do HIV-1 do Estado da Bahia - CPqGM - Dissertação de Mestrado - 2008.pdf: 2375743 bytes, checksum: 3d0b1edd686e7965b81d1f26113f0f78 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / A população brasileira apresenta extensa variabilidade genética, resultado da miscigenação entre ameríndios, europeus e africanos. Contudo, a proporção de africanos, ameríndios e europeus difere significativamente a depender da região geográfica. Atualmente são utilizados marcadores moleculares conhecidos como Marcadores Informativos de Ancestralidade (AIM) para avaliar mistura genética nas populações. A cor da pele é um dos fenótipos que mais variam entre e em populações humanas de diferentes etnias e regiões geográficas, devido à grande heterogeneidade gênica e ação da seleção natural. Muitos genes já foram descritos como associados à pigmentação, e alguns deles apresentam frequências alélicas distintas entre diferentes grupos étnicos, porém os mecanismos que respondem pela variação da pigmentação normal da pele ainda não estão completamente estabelecidos. O objetivo deste estudo foi estimar a ancestralidade genética, analisar polimorfismos em genes que modulam a variação normal da pigmentação da pele e verificar associação entre ancestralidade e pigmentação, utilizando nove AIM (AT3-I/D, APO, SB19.3, PV92, FYnull, LPL, CKMM, GC-F, GC-S e CYP3A4), seis polimorfismos em genes envolvidos na pigmentação da pele (SCL45A2, SCL24A5, MC1R, OCA2, TYR, ASIP) em duas tribos indígenas do Norte do Brasil – Tiriyó e Waiampi; em indivíduos caracterizados fenotipicamente como negros de Salvador, numa amostra de miscigenados da Bahia e em descendentes de japoneses e de europeus de Ribeirão Preto-SP. As frequências alélicas de todos os marcadores encontradas nos afro e eurodescendentes foram similares às encontradas nos ancestrais africanos e europeus e a estimativa de mistura mostrou respectivamente maior contribuição africana - 71% e 66%; e europeia - 86% e 99% com AIM e com os marcadores de pigmentação respectivamente. Os japoneses mostraram frequências alélicas diferentes quando comparadas com os Nativos Americanos, e a contribuição Ameríndia/Asiática observada foi 81% com AIM e 86% com marcadores de pigmentação. Entre os índios Tiriyó e Waiampi foi observada baixa contribuição de povos não indígenas nas estimativas de mistura com AIM (< 10%) e nenhuma mistura quando avaliados apenas os marcadores de pigmentação, sugerindo que essas tribos conservam muitas características ancestrais. As estimativas de mistura nos indivíduos miscigenados da Bahia mostrou predomínio de contribuição europeia utilizando os marcadores de pigmentação da pele e maior contribuição africana utilizando os AIM. A distribuição genotípica dos marcadores de pigmentação da pele foi concordante com a classificação fenotípica realizada nos miscigenados (Bahia) em brancos, mulatos e negros, corroborando dados da literatura que mostram o envolvimento desses marcadores na variação normal da pigmentação da pele em diferentes grupos étnicos. / The Brazilian population presents extensive genetic variability, resulting from admixture among Amerindian, Europeans and Africans. However, the proportion of Africans Amerindians and Europeans differ depending on the geographic region. To evaluate the admixture and understand how it occurred, nowadays has been used molecular markers known as Ancestry Informative Markers (AIMs). Skin color is one of the phenotypes that vary most among human populations and different ethnic groups and geographic regions, due to genetic heterogeneity and natural selection. Many genes that are involved in the synthesis of melanin, and proteins involved in cellular metabolism have been described as associated with pigmentation (eye color, hair and skin), and some of them have different allele frequencies between different ethnic groups, but the mechanisms that involved with the variation of the normal skin pigmentation are not yet fully established. The aims of this study was to estimate the genomic ancestry and analyze polymorphisms in genes that modulate normal variation in pigmentation and verify the association between ancestry and skin pigmentation, using nine AIMs (AT3-I/D, APO, SB19.3, PV92, FYnull, LPL, CKMM, GC-F and GC-S) and six genes relate to pigmentation (SCL45A2, SCL24A5, MC1R, OCA2, TYR, ASIP) in two Amerindian tribes from North of Brazil,Tiriyó and Waiampi; urban samples of African descents from Salvador and European and Japanese descents from Ribeirão Preto,SP. The results show that allele frequencies of all markers found in blacks and whites were similar to those in European and African populations and the estimation of admixture with AIMs presents greater African contribution (71%) and European (86%), respectively; which was also observed with the pigmentation markers (99% of European contribution in whites and 66% of African contribution in blacks). The analysis in the Japanese showed allelic frequencies different from the Amerindians and the Amerindian/ Asian contribution observed were 81% with the AIMs and 86% with the pigmentation markers. Among the Amerindians from Tiriyó and Waiampi was observed low contribution of non- Amerindian populations in the admixture estimation with AIMs and even no admixture when used markers of pigmentation, suggesting that, despite the intense process of admixture occurred in Brazil, some tribes still present a homogeneous genetic profile and, preserve the ancestors’ characteristics. The ancestry estimation with markers of skin pigmentation in admixed individuals from Bahia showed high levels of European and Amerindian ancestry contribution compared with the African contribution, which had been the most significant in studies with AIMs, but when analyzed the genotypic distribution of pigmentation markers’ between admixed individuals phenotypically classified as white, mulatto and black, it can be observed that the most frequent allele in Europeans and Africans were in homozygosity among blacks and whites, confirming published data that show the involvement of these markers in mechanisms that determinate the skin pigmentation in different ethnic groups, but also suggest that these markers are not useful tools to define ancestry in admixed populations.

Doenças cardiovasculares (DCVs) são a principal causa de morbidade e mortalidade no mundo e a etnia do indivíduo tem uma importante influência no diagnóstico e tratamento dessas doenças. No entanto, as bases das disparidades étnicas ainda não estão completamente esclarecidas. O estudo de uma população com alta miscigenação genética, fornece potenciais maneiras de compreender a influência genética na determinação de fenótipos de doenças complexas, como as cardiovasculares, em raízes ancestrais comuns. O presente estudo teve como objetivo principal associar etnia auto referida e ancestralidade genética em indivíduos de uma coorte brasileira com fatores de risco para doenças cardiovasculares. Identificamos associação entre etnia auto referida e hipertensão arterial, acidente vascular cerebral (AVC) e hipercolesterolemia. Analisando a hipercolesterolemia com mais detalhes, encontramos associação de etnia com níveis séricos de triglicerídeos (TG), lipoproteína de alta densidade (HDL-c) e índice TG/HDL-c. Essas associações foram fortemente dependentes de confundidores socioeconômicos, mas variações existem na força e direção de cada padrão. No entanto, observamos que o efeito de etnia persistiu mesmo após todas as correções. Em seguida derivamos um painel de marcadores para inferir ancestralidade genética continental, para os componentes ancestrais africano, europeu e ameríndio, e determinamos as proporções de ancestralidade na nossa população de estudo. Na sequência, conduzimos análises de associação entre ancestralidade genética e níveis séricos de lipídios, a fim de estudarmos uma variável menos influenciada por fatores socioeconômicos. Nessas análises encontramos associação entre a ancestralidade ameríndia e níveis séricos de HDL-c. Entender porque essa heterogeneidade existe pode prover importantes pistas sobre as razões para uma importante parte das disparidades étnicas em doenças cardiovasculares / Cardiovascular diseases (CVDs) are the main cause of morbidity and mortality in the world and ethnicity plays an important influence on diagnosis and treatment of these diseases. However, the basis of these ethnic disparities are not fully understood. Studying a population with a high genetic admixture allows potential ways to understand the genetic influence on determination of complex disease phenotypes, such as cardiovascular, in common ancestral roots. The present study had as main aim associating self-reported ethnicity and genetic ancestry in individuals from a Brazilian cohort which have risk factors for cardiovascular diseases. We identified association between self-reported ethnicity and arterial hypertension, stroke, and hypercholesterolemia. Analyzing hypercholesterolemia more deeply, we found association of ethnicity with serum levels of triglycerides (TG), high density lipoprotein cholesterol (HDL-c), and TG/HDL-c index. These associations were strongly dependent on socioeconomic confounders, but there are variations in the strength and direction of each pattern. However, we observed that the ethnicity effect persisted even after all adjustments. Following, we derived a panel of markers to infer continental genetic ancestry for African, European and Amerindian ancestral components, and we have determined the ancestral proportions of ancestry in our study population. After that, we conducted association analysis between genetic ancestry and lipids serum levels, in order to study a variable which is less influenced by socioeconomic factors. In these analyzes we found association between Amerindian ancestry and serum levels of HDL-c. Understanding why there is this heterogeneity can provide important clues about the reason for an important part of ethnic disparities in cardiovascular diseases