La contamination des eaux marines par les apports terrigènes induit de nombreuses perturbations biogéochimiques. La conséquence la plus marquante de ces apports est très certainement le phénomène d'eutrophisation des masses d'eau côtières résultant de l'apport excessif de nutriments et accentuant les efflorescences algales. Néanmoins, la contribution des bassins versants ainsi que l'origine des polluants incriminés restent généralement difficiles à évaluer finement à partir des mesures intermittentes ponctuelles issues des réseaux de surveillance, particulièrement dans le cas d'émissions diffuses. Dans ce cadre, le recours à la modélisation des bassins versants apparaît comme une solution complémentaire pertinente en termes de gestion, notamment de par les possibilités de scénarisation qu'elle offre. En s'appuyant sur un site d'étude localisé en Bretagne Sud, constituant le principal hydrosystème à alimenter le Golfe du Morbihan, le modèle Soil and Water Assessment Tool a été mis en oeuvre sur une période de six ans. Dans une optique opérationnelle, des protocoles de paramétrage ont été établis à partir de référentiels de données courants et différents utilitaires ont été développés afin de favoriser l'exploitation autonome de cet outil par les gestionnaires en charge du suivi et de la gestion des eaux littorales. Cette implémentation a notamment permis de quantifier de manière continue les apports nutritifs terrigènes et d'en déterminer les principales origines. Ainsi, l'identification des bassins versants élémentaires les plus contributeurs, peut constituer un appui pour la désignation de secteurs d'intervention prioritaires pour les actions de reconquête de la qualité des masses d'eau de l'hydrosystème alréen.

Le dérangement de l'avifaune fait parti des impacts de la fréquentation humaine. Il est la résultante, d'une part, de la disparition et de la fragmentation des milieux naturels, et, d'autre part de l'augmentation de la fréquentation humaine sur ces derniers. Si la cohabitation entre les hommes et les populations d'oiseaux a été longtemps possible car les milieux naturels étaient suffisamment étendus et la pression anthropique plus faible, elle devient aujourd'hui de plus en plus complexe, parfois problématique, lorsque le dérangement est régulier et qu'il concerne des espèces rares et/ou menacées. La thèse présentée s'attache, dans un premier temps, à réaliser un état des lieux de la problématique du dérangement de l'avifaune en prenant comme cadre d'étude géographique la Bretagne. Ainsi, c'est à partir d'une importante synthèse bibliographique et d'une enquête réalisée à l'échelle régionale qu'il nous a été possible de mettre en lumière toute la complexité de la notion de dérangement, ses caractéristiques biogéographiques mais aussi toutes les difficultés auxquelles sont actuellement confrontés les gestionnaires de sites naturels pour y remédier. A partir de deux sites-ateliers, la thèse vise, dans un deuxième temps, à mener une réflexion méthodologique et pluridisciplinaire sur les interactions hommes/oiseaux en unissant les compétences respectives de géographes et de biologistes. Basé sur une interprétation des textes Natura 2000, nous proposons de déterminer les pertes d'habitat naturel que les hommes génèrent chez les oiseaux d'eau hivernants et ainsi identifier les activités humaines que la loi européenne considère comme des « perturbations significatives ».