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Integração de dados e desenvolvimento de métricas escalável para análise de fatores de transcrição

Silva, Lucas Felipe da 28 March 2018 (has links)
Submitted by Automação e Estatística (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-06-05T23:36:23Z No. of bitstreams: 1 LucasFelipeDaSilva_DISSERT.pdf: 4203807 bytes, checksum: 59254c7da7bb001ede119f8bf4166d48 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-06-13T22:36:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LucasFelipeDaSilva_DISSERT.pdf: 4203807 bytes, checksum: 59254c7da7bb001ede119f8bf4166d48 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-13T22:36:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LucasFelipeDaSilva_DISSERT.pdf: 4203807 bytes, checksum: 59254c7da7bb001ede119f8bf4166d48 (MD5) Previous issue date: 2018-03-28 / Atualmente há diversas ferramentas propostas para análise de Fatores de Transcrição (TF), tais como TFCheckpoint, JASPAR, SSTAR, GTRD, Enrichr. No entanto, nenhuma dessas ferramentas oferece uma experiência completa, em que se possa avaliar a confiabilidade do TF, ou seja, se de fato uma proteína analisada é um TF e a sua associação com o gene alvo. Ao longo do tempo, foram construídas inúmeras bases de dados, todas elas com riquíssimas informações, porém a complexidade intrínseca do dado, o volume de informações, problemas de nomenclatura dos genes e diversos outros fatores fizeram com que tais ferramentas não oferecessem um espectro completo da análise. Por outro lado, para se trabalhar com um grande volume de dados, se requer conhecimentos avançados de computação. Entretanto, o grande público interessado em analisar esses dados são os profissionais procedentes das áreas biológicas, configurando-se como uma barreira, uma vez que a formação acadêmica desta área não oferece em seus componentes curriculares disciplinas de programação. Diante desta situação, este trabalho tem como objetivo criar uma ferramenta web destinada exclusivamente para análise dos TFs. Desse modo, foi idealizado e desenvolvido o Transcription Factor Analysis Tools (TFAT), contendo a integração de diferentes bases de dados e um conjunto de scripts para manipular estas informações, juntamente com os parâmetros cruciais definidos pelo usuário em sua análise. O cerne desta ferramenta é a análise para identificar os TFs chaves na modularização da transcrição gênica, ou seja, o enriquecimento dos TFs reguladores de uma lista de genes submetida pelo usuário, que através dos componentes da ferramenta, consulta sua base de dados, identificam os TFs que estão associados aos genes da lista e calcula o p-valor de enriquecimento. Além disso, a ferramenta verifica a confiabilidade do TF, disponibiliza as predições realizadas e converte os itens de uma lista para o GeneID ou Symbol do Entrez Gene. Outro recurso presente neste trabalho é a utilização da confiabilidade do TF aplicado em toda a ferramenta. Esse grau de confiabilidade leva em consideração evidências de diferentes bases de dados, experimentos, predições e outras características dos TFs. Este recurso de confiabilidade possui um modo padrão e um modo com parâmetros definidos pelo próprio usuário, que permite toda uma personalização por meio de filtros nas consultas e controle de análise para o usuário final. / Currently there are several tools proposed for analysis of Transcription Factors (TF), such as TFCheckpoint, JASPAR, SSTAR, GTRD, Enrichr. However, none of these tools offer a complete experience in assessing the reliability of TF, checking if an analyzed protein is a TF and its association with the target gene. Over time, numerous databases were built, all of them with rich information, but the intrinsic complexity of the data, the volume of information, problems of nomenclature of the genes and several other factors led these tools to do not offer a complete spectrum of analyses. On the other hand, working with a large volume of data requires advanced computer skills. However, the general public interested in analyzing these data are professionals from the biological areas, forming a barrier since the academic formation of this area does not offer in its curricular components programming disciplines. From this situation, this work aims to create a web tool exclusively for the analysis of TFs. In this way, the Transcription Factor Analysis Tools (TFAT) was conceived and developed, containing the integration of different databases and a set of scripts to manipulate this information, along with the crucial parameters defined by the user in the analysis. The core of this tool is the analysis to identify the key TFs in the modulation of gene transcription, namely the enrichment of the regulatory TFs of a user-submitted gene list, which through the components of the tool, consults its database, identifies the TFs that are associated with those genes and computes the p-value of enrichment. In addition, the tool verifies TF reliability, makes available predictions, and converts items from a list to the Entrez Gene's GeneID or Symbol. Another feature of this work is the use of TF reliability applied throughout the tool. This degree of reliability takes into account evidences from different databases, experiments, predictions and other characteristics of TFs. This reliability feature has a standard mode and a userdefined parameter mode, which allows full customization through filters in the queries and analysis control for the end user.
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Grau de confiabilidade operacional de transformadores de instrumentos para sistemas de energia elétrica / Degree of operational reliability of instrument transformers for electric power systems

SOUSA, Eleanor Dias de 21 June 2018 (has links)
Submitted by Luciclea Silva (luci@ufpa.br) on 2018-09-26T17:29:27Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Grauconfiabilidadeoperacional.pdf: 2263817 bytes, checksum: e276abdb0984e171ec258d4eb478349d (MD5) / Approved for entry into archive by Luciclea Silva (luci@ufpa.br) on 2018-09-26T17:29:58Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Grauconfiabilidadeoperacional.pdf: 2263817 bytes, checksum: e276abdb0984e171ec258d4eb478349d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-26T17:29:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação_Grauconfiabilidadeoperacional.pdf: 2263817 bytes, checksum: e276abdb0984e171ec258d4eb478349d (MD5) Previous issue date: 2018-06-21 / Os transformadores de instrumentos (TIs) tais como: transformadores de corrente (TCs), transformadores de potencial (TPs) e os transformadores de potencial capacitivo (TPCs) constituem equipamentos fundamentais nos sistemas que envolvem proteção, comando, controle, supervisão e medição relacionados ao Sistema Elétrico de Potência - SEP. A finalidade de avaliar a confiabilidade de equipamentos de subestações, em especial TCs e TPs, e do impacto causado às Funções de Transmissão (FT) a que estes equipamentos pertencem, é para melhor gerenciamento das programações de manutenções, visando a minimização dos desligamentos programados, a eliminação ou redução dos desligamentos intempestivos e restrições operativas para o Sistema de Transmissão do Pará - PA. A escolha dos TIs para esta dissertação, deveu-se às ocorrências de explosões em TCs entre os anos de 2015 a 2016, e alguns casos de divergências em medições relacionadas a TPs, sendo que estes equipamentos se encontram instalados nas subestações pertencentes a Eletrobrás Eletronorte-PA. O objetivo é propor uma metodologia para controle de TIs baseado em métodos estatísticos que considerem para ambos equipamentos (TCs e TPs): o histórico de manutenção, locais de instalação, as diversas famílias, tempo de operação, ocorrências sistêmicas e tempo de vida útil, para estimar grau de confiabilidade operacional destes equipamentos com base em desvio padrão, a ser aplicado nas subestações da Regional de Operação do Pará. Visando a confiabilidade de diagnósticos complementares e apoio ao planejamento da manutenção, com o intuito de reduzir o impacto financeiro negativo causado por aplicação de Parcelas Variáveis (PVs) intempestivas e/ou restrições operativas. Auxiliando em decisões gerenciais quanto a previsão de possíveis substituições de TCs e TPs que possam vir a falhar, permitindo a garantia de continuidade dos serviços de transmissão de energia elétrica do Pará aplicando os conceitos de Qualidade de Energia Elétrica, com foco na qualidade de serviços. / Instrument transformers (ITs) such as current transformers (CTs), potential transformers (PTs) and capacitive potential transformers (CPTs) are fundamental equipment in systems involving protection, command, control, supervision and measurement related to the Electric Power System – EPS. The purpose of evaluating the reliability of substation equipment, in particular CTs and PTs, and the impact caused to the Transmission Functions (TFs) to which these equipments belong, is for better management of maintenance schedules, aiming at minimizing scheduled shutdowns, elimination or reduction of untimely disconnections and operational restrictions for the Transmission System of Pará. The choice of the ITs for this dissertation was due to the occurrence of explosions in CTs between the years 2015 to 2016, and some cases of divergences in measurements related to PTs, being that these equipments are installed in the substations belonging to Eletrobrás Eletronorte. The objective is to propose a methodology for IT control based on statistical methods that consider for both equipment (CTs and PTs): maintenance history, installation sites, different families, operating time, systemic occurrences and useful life, to estimate the degree of operational reliability of these equipments based on standard deviation, to be applied in the substations of the Regional Operation of Pará. Aiming at the reliability of complementary diagnoses and support to maintenance planning, in order to reduce the negative financial impact caused by the application of unplanned Variable Parcels (VPs) and/or operational restrictions. Assisting in managerial decisions regarding the prediction of possible substitutions of CTs and PTs that may fail, allowing the guarantee of continuity of the electric power transmission services of Pará applying the concepts of Electric Power Quality, focusing on the quality of services.

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