L’infection broncho-pulmonaire représente le problème majeur des malades atteints de la mucoviscidose. Plusieurs bactéries sont connues depuis des dizaines années comme les principaux agents responsables de ces infections (par exemple Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Burkholderia cepacia, Achromobacter xylosoxidans…). Récemment, certains genres fongiques notamment les champignons filamenteux (comme Aspergillus, Scedosporium…) ont été identifiés comme des pathogènes émergeants ou ré-émergeants pouvant être responsables d’infection invasive. Ainsi, la détection des microorganismes impliqués dans ces colonisations et/ou infections respiratoires demeure importante sur le plan physiopathologique et clinique.Si la culture microbiologique reste la méthode la plus utilisée à ce jour pour le diagnostic des infections microbiennes, elle ne permet pas d’identifier les microbes non-cultivables ou difficiles à cultiver. Depuis quelques années, grâce au développement de la technique moléculaire de séquençage à haut-débit (next generation sequencing ou NGS), plusieurs études ont montré que l’écologie microbienne du poumon des patients atteints de la mucoviscidose est très complexe et correspond à une flore poly-microbienne, appelée le microbiote pulmonaire, comprenant non seulement des bactéries mais également des micromycètes (levures et/ou champignons filamenteux) et des virus et phages. Une dysbiose (modification en abondance et diversité) de cette flore pourrait influencer la fonction respiratoire et l’état clinique du patient.Alors que le microbiome bactérien et son rôle en pathogenèse sont largement étudiés, peu d’études ont porté sur la composante fongique (mycobiote/mycobiome) du microbiote pulmonaire. Notre travail de thèse s’inscrit dans les différents projets développés au sein de l’axe de recherche « Microbiote pro- et eucaryote pulmonaire » coordonné par le Pr Laurence Delhaes dans l’équipe Biologie et Diversité des Pathogènes Eucaryotes Emergeants (BDPEE) dirigée par le Dr Eric Viscogliosi. Il se focalise sur l’analyse NGS du microbiote pro- et eucaryotique respiratoire chez les patients atteints de la mucoviscidose et notamment la comparaison de différentes approches méthodologiques en vue d’une optimisation et standardisation de la méthode.Dans un premier temps, nous présenterons une synthèse des connaissances actuelles d’une part des phénomènes de colonisations/infections fongiques chez les patients atteints de mucoviscidose et d’autre part dans le domaine du microbiote pulmonaire et surtout du mycobiote pulmonaire autour duquel notre équipe se focalise.2Dans un deuxième temps, nous avons travaillé à mieux adapter l’approche NGS aux études du microbiote pulmonaire dans la mucoviscidose. En effet, le séquençage à haut-débit est une technique puissante mais pour laquelle des biais peuvent être introduits à de nombreuses étapes méthodologiques. Un des biais les plus importants est que l’approche NGS ne permet pas de différencier les microorganismes vivants, des cellules mortes ou endommagées, ni de l’ADN extracellulaire. Dans le contexte de notre travail –celui du microbiote pulmonaire chez des patients atteints de mucoviscidose et souvent exposés aux antibiotiques par voie intraveineuse à forte dose, l’analyse NGS pourrait évaluer incorrectement l’abondance et la diversité de ce microbiote pulmonaire. Un prétraitement des échantillons par propidium monoazide (PMA), qui permet de cibler sélectivement l’ADN des cellules vivantes, pourrait être une solution pour palier à cette limite. Notre étude avait donc comme objectif de déterminer si un prétraitement par PMA des expectorations modifiait le microbiote pro- et eucaryote pulmonaire analysé par NGS. Nous discutons l’intérêt et la relevance clinique de cette approche « PMA - NGS » permettant une quantification isolée des microorganismes vivants dans le contexte de la mucoviscidose. / Chronic pulmonary infection results in an irreversible decline in lung function in patients with cystic fibrosis (CF). While several bacteria are known as main causes for these infections (for example: Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Burkholderia cepacia, Achromobacter xylosoxidans...), more recently some fungal genera including filamentous fungi (such as Aspergillus, Scedosporium...) have also been identified as emerging or re-emerging pathogens able to cause invasive mycosis. Thus, the identification of the microorganisms involved in the respiratory colonizations and/or infections has become essential.Still now culture methods remain the gold standard for diagnostic of microbial infections. However, it could not identify non-culturable or difficult-to-cultivate microorganisms. Thanks to the development of high-throughput sequencing (next generation sequencing or NGS), recent studies have shown that the lung of patients with CF is a complex poly-microbial flora, also called the CF lung microbiota, which includes not only bacteria but also fungi (yeast and/or filamentous fungi), and viruses and phages. Dysbiosis (loss of abundance and/or diversity) of the lung microbiota has been associated with the patient's decreased lung function and poor clinical status.While lung bacteriota and its role in pathogenesis have widely been studied, few research studies focus on the fungal component (mycobiota/ mycobiome) of the lungs. Our thesis (PhD work) focuses on NGS analysis of pro- and eukaryotic lung microbiota in CF patients, in particular on the comparison of different methodological approaches to optimize and standardize the NGS protocol. This project has been developed under the supervision of Pr. Laurence Delhaes in the “Biology and Diversity of Eukaryotic Emerging Pathogens” team directed by Dr. Eric Viscogliosi.Firstly, we present a state of art on the current knowledge on the fungal colonization/infections risk in CF as well as the development of new concepts of lung microbiota and lung mycobiota on which our team focuses.Secondly, we applied the NGS approach to study the pro- and eukaryotic microbiota in the sputum samples of CF patient lung. Indeed, NGS is a powerful technique that may introduce biases on numerous methodological steps. One of the most important biases is that this technique could not differentiate among the living microorganisms, the dead or damaged cells, and the extracellular DNA. In the context of the CF lung microbiota which is often exposed to high-dose intravenous antibiotics, the analysis by NGS might evaluate4inaccurately the abundance and the diversity of the lung microbiota. Pretreatment of samples by propidium monoazide (PMA), which can target selectively the DNA of viable cells, could be a solution to overcome this limitation. Our study aimed to determine whether a sample pretreatment with PMA modified the lung pro- and eukaryotic microbiota analyzed by NGS. We discuss the clinical relevance of this approach "PMA - NGS" in the context of CF patients to a better quantification of living microorganisms.

Le trafic routier englobe plusieurs facteurs, entre autres la géométrie des infrastructures routières, le comportement des conducteurs, la diversité des flux de véhicules,etc...Les situations auxquelles sont confrontés les exploitants des réseaux routiers dépendent du type de réseau dont ils ont la charge. Cette complexité du trafic en a fait un domaine de recherche d'un intérêt croissant et ce depuis les premières études qui ont donné naissance au modèle LWR au milieu des années cinquante. Afin de modéliser le trafic sur un réseau routier, deux approches, complémentaires l'une de l'autre sont nécessaires. La première est la modélisation de l'écoulement qui permet de décrire l'évolution des flux de trafic sur un tronçon de route et l'affectation qui décrit la façon dont les usagers choisissent leurs itinéraire sur un réseau. L'objet de ces travaux de thèse est d'apporter une contribution à cette amélioration de la modélisation des flux de trafic, en se concentrant dans un premier lieu sur la modélisation d'un trafic autoroutier constitué de deux classes de véhicules: des véhicules particuliers et des bus. L'étude numérique du modèle se fait en adaptant le modèle de transmission cellulaire de Daganzo. Un estimateur des densités et autre des vitesses de ce trafic mixte sur un tronçon de route ont été présentés. Des résultats de stabilité dans les différents régimes de ce trafic ont été établis. Dans un second lieu sur la modélisation d'un trafic urbain multimodal constitué de trois classes de véhicules: aux deux classes précedement citées, est intégrée une nouvelle classe de bus à haut niveau de service BHNS ou BRT, classe qui tend à se propager au milieu urbain et suburbain et qui est perçue comme solution à de nombreux problèmes liés au trafic par les exploitants de la route.Nous proposons deux modèles pour modéliser la progression du BRT sur le réseau, puis nous développons une stratégie de régulation de ce système de tranport urbain trimodal.L'objectif de la régulation est double, veiller à la fluidité du trafic en général et le respect de positions réferences pour le mode bhns.L'architecture s'appuie sur la commande des systèmes en boucle fermée et utilise la commande prédictive généralisée. Nous avons proposé un modèle hybride de trafic routier basé sur le couplage d'un modèle macroscopique générique de second ordre et d'un modèle microscopique en coordonnées Lagrangiennes. Pour la validation de la bonne transmission de l'information à travers le schéma de couplage, nous avons étudié la propagation et la remontée d'une congestion. / The traffic includes several factors, including the geometry of the road infrastructure, driver behavior, the diversity of vehicle flow, etc ... The situations faced by network operators depend on the type of road network under their charge. This complexity has made traffic a research area of growing interest ever since the first studies that gave rise to the LWR model in the mid-fifties.To model the traffic on a road network, two approaches are complementary to each other are needed. The first is the flow modeling for describing the evolution of traffic flows on a stretch of road and the assignment that describes how users choose their route on a network. The purpose of this thesis work is to contribute to the improvement of the modeling of traffic flows, focusing in primarily on the modeling of a motorway traffic consists of two classes of vehicles: passenger cars and buses. The numerical study of the model is done by adapting the cell transmission model of Daganzo. An estimator for densities and speeds of the mixed traffic on a stretch of road have been submitted. Stability results in the different regimes of trafficking have been established. In the second place on the modeling of a multimodal urban traffic consists of three classes of vehicles: for the two classes mentioned above, is part a new class of high-level bus service class BRT, that tends to spread to urban and suburban which is seen as a solution to many problems related to traffic by the operators of route. We propose two models for the BRT and we develop a control strategie of this system of urban tranport trimodal (cars, buses and BRT). The purpose of the regulation of this strategy is twofold, to ensure the flow of traffic in general and respect for the positions references for the BRT mode. The architecture is based on the control of closed loop systems and uses the generalized predictive control. We have proposed a hybrid model of traffic based on the coupling of a generic second order macroscopic model and a microscopic model in Lagrangian coordinates. To validate the correct transmission of information through the coupling scheme, we have studied the spread and the rise of a congestion.

Le travail présenté dans ce manuscrit porte sur la recherche de nouveaux membres de la famille des dioxygénases α-cétoglutarate et fer dépendantes (α-KAO) et leur application en synthèse organique. Dans un premier, ce travail a consisté à chercher de nouvelles enzymes selon une approche génomique basée sur l’homologie de séquence et le partage d’un motif InterPro. Deux criblages haut débit avec 79 et 127 enzymes candidates ont ensuite été effectués sur des panels constitués respectivement de 23 et 36 substrats, structurellement plus ou moins proches des substrats métaboliques. Huit nouvelles α-KAO ont ainsi pu être découvertes. Parmi ces huit nouvelles α-KAO, quatre ont été étudiées plus en détail. Après optimisation des conditions de réaction pour chaque enzyme, des montées en échelle ont été réalisées pour caractériser les produits formés. A partir de ces quatre enzymes, la (3S)-3-hydroxy-L-lysine, un dérivé cyclisé de la (4R)-4-hydroxy-L-lysine, (3S)-3-hydroxy-L-ornithine et un dérivé de la (3S)-3-hydroxy-L-arginine ont pu être produits. Nous avons proposé une synthèse biocatalytique de mono et dihydroxydiamines en couplant une ou deux α-KAO avec une décarboxylase. Les (2S)-1,5-diamino-2-pentanol, 1,5-diamino-3-pentanol, (2S)-1,4-diamino-2-butanol et (2S,3S)-1,5-diamino-2,3-pentanediol ont ainsi été obtenus avec de bonnes conversions. / The work described in this manuscript deals with the search of new members of the α-ketoglutarate and Iron-dependent dioxygenases family (α-KAO) and their applications in organic synthesis. The first part of this work presents the search of new enzymes through a genomic approach based on sequence homology and InterPro motif sharing. Two high-throughput screenings with 79 and 127 candidate enzymes have been performed on 23 and 36 substrates more or less structurally close to known metabolic substrates. 8 new α-KAOs have been discovered. Among these new enzymes, four were studied in more details. After optimization of the enzymatic reaction conditions for each enzyme, scale-up allowed to obtain compounds for isolation and characterization. With these four enzymes, (3S)-3-hydroxy-L-lysine, (4R)-4-hydroxy-L-lysine as its cyclic derivative, (3S)-3-hydroxy-L-ornithine and a derivative of (3S)-3-hydroxy-L-arginine were produced. Two of the new α-KAO were combined in a cascade process to afford the (3R,4R)-3,4-dihydroxy-L-lysine as its cyclic derivative. We proposed a biocatalytic synthesis of mono and hydroxydiamines by coupling one or two α-KAO with a decarboxylase enzyme. (2S)-1,5-diamino-2-pentanol, 1,5-diamino-3-pentanol, (2S)-1,4-diamino-2-butanol and (2S,3S)-1,5-diamino-2,3-pentanediol were obtained with good overall conversions.

L'objet de ces travaux de thèse est d'étudier la spécification et la synthèse de systèmes de contrôle, qui peuvent être composés à la fois de logiciel et de matériel, sur des architectures multiprocesseurs (ASIC, FPGA, et logiciel). Ce sujet de recherche fait partie à la fois de la synthèse de systèmes VLSI et de la conception mixte logicielle/matérielle. Afin d'atteindre ces objectifs, une méthodologie qui permet de concevoir conjointement le logiciel et le matériel a été développée. L'originalité de ce travail vient du fait que les spécifications à traiter sont décrites à un très haut niveau d'abstraction, appelé “niveau système”, avec le langage SDL. Ceci permet de concevoir des applications de plus en plus complexes. Ces travaux traitent principalement le problème du découpage de systèmes de contrôle en sous-systèmes de granularité plus fine et donc plus facilement synthétisables. L'approche de découpage qui a été développée se base sur une boîte à outils qui offre au concepteur le moyen de transformer, raffiner, découper un système puis d'affecter chaque sous-système à une technologie particulière en logiciel (C) ou en matériel (VHDL). La méthode de découpage suivie est interactive et utilise une forme intermédiaire basée sur un modèle de machines à états finis étendues communicantes via des canaux abstraits. Une autre tâche tout aussi importante dans cette méthodologie de raffinement est de synthétiser la communication entre les différentes partitions résultat d'un découpage. Cela se traduit par une étape d'allocation de protocoles de communication et une étape de synthèse d'interfaces entre les sous-systèmes communicants. La première étape consiste à sélectionner dans une bibliothèque les modèles de communication nécessaires entre les sous-systèmes. La deuxième étape consiste à adapter ou générer les interfaces des différents sous-systèmes.

Today's systems-on-chip are multiprocessor. They are characterized by an increasing complexity and a reduced time to market. To tackle this complexity, the use of high level programming models seems to be a promising approach. In this work, we propose an MPSoC design flow, based on the use of high level parallel programming models API to design embedded software. An automated refinement of these API on target architecture is used. For that purpose, (1) MPSoC hardware/software interfaces were studied; then (2) parallel programming models and their classification in terms of provided abstraction were presented. The proposed flow has been used in two design experiments: (1) an MPEG video encoder, namely OpenDivX, using the MPI parallel programming model and targeting the ARM Integrator prototyping platform, (2) a software defined radio using the CORBA parallel programming model and targeting specific hardware architecture.

L'intégration dans une seule puce de un ou plusieurs processeurs et de composants matériels spécifiques permet le développement de systèmes complexes appelés systèmes monopuce. L'accroissement de la complexité de ces systèmes fait de la maîtrise de leurs conceptions un défi à relever par les concepteurs.<br />La réutilisation des composants dans ces systèmes est rendue difficile par leur hétérogénéité, notamment en terme de protocole et d'interface physique. Une solution est offerte par l'abstraction des communications entre les composants dans un modèle du système. Un flot de conception doit alors permettre de passer de cette représentation abstraite au circuit final dans lequel les composants du système sont connectés par des interfaces de communication à un réseau de communication.<br />Les contributions apportées par cette thèse à cette méthodologie sont la définition d'un modèle de spécification des interfaces de communication basé sur un graphe de dépendances de services, ainsi qu'une méthodologie pour la génération automatique d'interfaces de communication pour les systèmes monopuces. Cette méthodologie a amené au développement d'un outil de génération automatique de ces interfaces. L'approche proposée a été validée à travers deux expérimentations : une interface en charge de la détection d'erreurs de transmissions et une interface avec un bus AMBA pour la réalisation de primitives MPI.

La complexité des systèmes électroniques, due au progrès de la technologie microélectronique, nécessite une augmentation correspondante de la productivité des méthodes de conception et de vérification. Une faible performance de la simulation est un des obstacles majeurs à une conception rapide et peu coûteuse de produits de haute qualité. Dans cette thèse nous<br />proposons des méthodes pour améliorer la performance d'une simulation dirigée par événements ou par horloge de modèles décrits en langages de description de matériel. Nous présentons d'abord les méthodes automatisées d'optimisation et de transformation de modèles VHDL, pour l'accélérer la simulation<br />dirigée par événements. Elles sont fondées sur une analyse précise de la performance en simulation de diverses constructions du langage VHDL, et permettent de convertir le modèle initial en un autre modèle<br />plus efficace, tout en garantissant l'invariance de son comportement. D'autres techniques d'accélération utilisent l'abstraction du modèle : abstraction comportementale, de types de données ou d'objets et permettent de supprimer du modèle des détails inutiles dans le cas d'une simulation particulière. Des outils prototype compatibles avec les simulateurs<br />existants sont développés. Pour améliorer l'efficacité de la simulation dirigée par horloge, nous introduisons une représentation de la fonctionnalité du système par graphes de décision de haut niveau (DDs). Diverses formes de DDs<br />– graphes vectoriels, compressés ou non et graphes orientés registres<br />– sont définis pour optimiser une représentation du système sur plusieurs niveaux d'abstraction. De plus, de nouveaux algorithmes plus rapides d'évaluation des réseaux de DDs sont développés. Ils emploient, seuls ou en combinaison, les deux techniques de simulation : la technique dirigée par événements et l'évaluation rétrogradée. L'ensemble des prototypes fondé sur ces méthodes permet d'obtenir un gain de performances prometteur par rapport aux outils commerciaux

Les diverses branches de la conception de circuits intégrés, ont tendance aujourd'hui à se fondre en la notion de synthèse de système sur une puce ou de système de monopuce. Cela est dû à l'accroissement de la densité d'intégration, couplée à l'évolution des techniques de conception assistée. Au sein du flot de synthèse de systèmes monopuces, deux tendances en particulier se détachent, qui sont l'intégration croissante de logiciel embarqué dans de tels système, et la prise en compte très tôt dans le flot du problème de la consommation. Cette thèse s'intéresse à ces deux aspects de la conception de ystèmes actuels.<br />La première partie se focalise sur l'optimisation de programmes embarqués C. Ces travaux s'attachent principalement à optimiser à haut niveau les performances de programmes faisant un usage intensif de boucles et de tableaux, comme c'est le cas popur les applications de traitement du signal. Les optimisations étudiées et développées au cours de ces travaux, ont pour objectif de se substituer à des transformations manuelles de programmes embarqués, pratique qui reste courante de par l'incapacité de la plupart des compilateurs pour processeurs embarqués à gérer efficacement un code écrit à un niveau élevé.<br />La seconde partie de cette thèse se donne pour objectif de fournir une méthodologie d'estimation de la consommation dans un environnement de synthèse comportementale. C'est en effet à haut niveau d'abstraction que les stratégies de conception basse consommation ont l'impact le plus important sur la consommation du circuit final. Mais il est nécessaire pour cela de pouvoir juger de l'efficacité des stratégies base consommation appliquées, à l'ide d'un modèle d'estimation fiable.

Cette thèse présente plusieurs travaux visant à l'amélioration de la synthèse architecturale réalisée à l'aide de l'outil de synthèse de haut niveau AMICAL. Un point clé de ce travail est la notion d'interactivité. Le processus de synthèse se décompose en un ensemble de raffinements successifs. L'utilisateur a la possibilité d'intervenir au cours de ces différentes étapes et d'agir manuellement, ou au contraire de laisser se dérouler seules l'ensemble des étapes tout en gardant une vision claire des actions effectuées. Ce dernier a de plus le choix entre plusieurs styles architecturaux qu'il pourra implémenter à son gré, ce qui autorise une grande flexibilité. Les points principaux abordés au cours de cette thèse sont les suivants: Les étapes et modèles successifs de raffinement au cours du processus de synthèse: chaque sous-tâche engendre un modèle architectural intermédiaire à partir duquel la sous-tâche suivante pourra agir. La notion d'interactivité: celle-ci inclue la mise au point d'un modèle de performance permettant d'estimer la qualité du circuit synthètisé, et permet au concepteur d'être le véritable acteur de la synthèse tout en l'assistant lors de la prise de décisions. La génération de plusieurs types d'architectures et les problèmes algorithmiques qui y sont liés.

Le chenal algal à haut rendement (CAHR) est un procédé dépuration qui offre, en plus de lépuration des ces eaux usées, la production dune biomasse valorisable. Dans ce contexte, notre travail de thèse a porté essentiellement sur la gestion, la récupération et la valorisation de cette biomasse. Ainsi, dans un premier temps, nos travaux de recherche ont porté : dune part, sur le suivi par la technique de fluorescence variable de lactivité photosynthétique des microalgues au cours du processus épuratoire ; dautre part, sur lestimation de la biomasse par la technique de microscopie à épifluorescence et danalyse dimages. Les résultats obtenus ont prouvé lefficacité de ces deux techniques. Pour ce qui est de la récupération de la biomasse du chenal algal, on a dabord procédé, dans un premier temps, à déterminer les conditions dautofloculation des microalgues du CAHR ; par la suite on a effectué des essais de préconcentration de leffluent du chenal algal par filtration membranaire. Les résultats obtenus ont montré que cette technique est efficace quant à la récupération de la biomasse du CAHR. Les essais de décantation, centrifugation et flottation, réalisés sur le concentrat obtenu par filtration membranaire, ont montré, quant à eux, quil est préférable dutiliser la décantation comme technique pour récupérer la biomasse préconcentrée par filtration membranaire. Après la récupération de la biomasse du chenal algal, on a procédé à sa caractérisation en vue dévaluer son contenu en protéines, lipides, polysaccharides et pigments. Les résultats obtenus ont montré que la biomasse est très riche en pigments chlorophylliens et caroténoïdes ; par conséquent sa valorisation a été orientée vers la voie dextraction du Biogreen. Létude de faisabilité de la technique dextraction envisagée a été effectuée dans le cas du chenal algal en vraie grandeur de la station Essada de Marrakech. Le calcul économique a dégagé une marge bénéficiaire importante, ce qui pourrait, par la suite, contribuer à assurer léquilibre financier du chenal algal à haut rendement.