Le metabarcoding, un domaine alliant les technologies de séquençage à haut débit et l’identification d’organismes biologiques via l’ADN, a permis d’ouvrir les portes à un grand nombre de nouveaux projets scientifiques. Il existe une multitude de programmes capables d’effectuer les analyses, mais ces programmes ne sont souvent pas adaptés pour des projets particuliers comme la détection de pathogènes. ADAPTI a été développé afin de répondre à ce manque. ADAPTI est une méthodologie complète d’analyse adaptée pour la détection de pathogènes, mais capable de s’adapter à différents contextes de recherche grâce à son développement flexible et extensible. Toute la méthodologie a été mise à l’épreuve afin d’évaluer sa capacité, tant au niveau de l’efficacité en temps, mémoire vive et en espace disque, qu’au niveau de la validité et l’exactitude des résultats. Il a été démontré qu’ADAPTI est non seulement capable de fournir des résultats sur des jeux de données de grande taille, mais il le fait avec une grande sensibilité tout en conservant une efficacité multifilaire acceptable. ADAPTI a ensuite été comparé à des programmes open source en utilisant un jeu de données standardisé et il a été déterminé qu’il permet d’effectuer de meilleures analyses que les autres programmes testés. Il a été déterminé que la haute sensibilité fait la force d’ADAPTI, mais aussi l’une de ses faiblesses en permettant une plus grande quantité de séquences « bruits », lesquelles nécessitent des traitements supplémentaires. Certains programmes composant la suite d’ADAPTI nécessitent de l’optimisation au niveau de l’utilisation de la mémoire vive, ce qui est souvent un enjeu en bio-informatique. Il sera aussi nécessaire d’implémenter des capacités de calcul parallèle massif, car l’évolution rapide des technologies de séquençage rendra ADAPTI inefficace dans sa forme actuelle d’ici quelques années. Somme toute, ADAPTI est une méthodologie fonctionnelle capable de répondre à la demande en pathologie.

Ce travail aborde l’étude d’une sélection de structures de combustion provenant de Régismont-le-Haut (Hérault, France) et des Bossats (Seine-et-Marne, France) en suivant une méthode multiscalaire. Ces deux sites de plein air livrent une documentation archéologique riche permettant de renseigner pour le premier une phase récente de l’Aurignacien et une phase ancienne du Gravettien, entre autres, pour le second. Du point de vue méthodologique, la démarche retenue implique de débuter par l’analyse des données de terrain (échelle macroscopique), de poursuivre les investigations grâce à la micromorphologie (échelles méso- et microscopique) et finalement d’avoir recours à la géochimie organique (échelle moléculaire). Afin d’affiner les clefs de lecture des résultats archéologiques et de proposer de nouvelles pistes de réflexion, un programme d’expérimentation a également été conduit. La mise en œuvre conjointe de ces différentes approches complémentaires dans l’optique de croiser leurs résultats et leurs hypothèses interprétatives fait notamment la part belle à la prise en compte de la matière organique présente dans les sédiments des structures de combustion. Les résultats obtenus permettent à la fois de mieux cerner les modes de fonctionnement et d’utilisation des différentes structures tout en prenant en compte leur évolution taphonomique. Les questions des aménagements, de l’intensité du fonctionnement, des types de combustible et de la fonction sont abordées dans le cas des structures primaires, les foyers, mais les structures secondaires apportent également des informations en ce qui concerne les activités d’entretien. La mise en perspective de ces résultats acquis sur deux sites particulièrement bien préservés permet une discussion plus large de la place des structures de combustion au début du Paléolithique supérieur, période pour laquelle les pyrotechnologies demeurent un domaine encore trop méconnu des comportements humains. / This study treats a selection of combustion structures from Régismont-le-Haut (Hérault, France) and les Bossats (Seine-et-Marne, France) using a multiscalar approach. These two open-air sites provide an extremely rich archaeological documentation of, respectively, a recent phase of the Aurignacian and an early phase of the Gravettian (among others). Methodologically the study entails treating three scales of analysis, beginning with field data (macroscopic scale), followed by micromorphological investigation (meso- and microscopic scales), and finishing with geochemical analyses (molecular scale). An experimental program was also developed in order to refine our tools for interpreting our archaeological datasets, as well as to propose novel avenues of reflexion. The concomitant application of these complementary approaches and subsequent cross-examination of their respective results underlines the important role of organic matter in the combustion structure sediments. The results obtained allow for a better understanding of fire structure operation and use, as well as the taphonomic evolution. For primary structures questions regarded additional construction of the structures, intensity of use, types of fuel, and their function, while secondary structures brought to the table information regarding maintenance activities. The contextualization of results obtained from these two particularly well-preserved sites allows us to reflect more widely upon the role of combustion structures in the Early Upper Palaeolithic, a period during which pyrotechnology remains a little explored sphere of human behaviour.

Aujourd'hui la recherche en biologie dispose d'une masse d'informations génomiques considérable qu'il faut comprendre fonctionnellement pour faire émerger de nouveaux concepts, qui formeront le berceau de nouvelles thérapies. Ces études mettent en jeu des mécanismes contrôlés à l'échelle moléculaire et nécessitent le traitement d'informations à haut-débit et de manière parallèle. Les travaux pluridisciplinaires présentés ont permis de mettre au point une technologie miniaturisée de culture de cellules en gouttes matricées sur supports solides, pour tester l'action des molécules sur le comportement de cellules.<br />Après avoir mis au point un démonstrateur macroscopique validé par des transfections de molécules nucléiques, nous avons développé un protocole de fabrication de substrats miniaturisés capable de maintenir 100 nano-gouttes par cm² à l'aide d'un différentiel de tension de surface. Un robot de dispense de pico-gouttes a été intégré pour réaliser les gouttes de culture cellulaire de manière automatique. Le comportement des cellules au sein des gouttes est évalué par microscopie en fluorescence à haut-contenu après fixation. Chaque cellule de chaque goutte est caractérisée par des dizaines de paramètres de manière individuelle.<br />Cette nouvelle approche analytique a été appliquée dans le cadre d'un projet multipartenaire de criblage de siRNA visant à étudier l'impact de gènes sur la chimiorésistance de glioblastomes. Par ailleurs nous avons montré l'utilisation de la spectrométrie de masse comme méthode de phénotypage multiparamétrique. Cette technologie de puce à cellules est particulièrement adaptée à l'étude à haut-débit des comportements fins de cultures cellulaires.

Mémoire (M.E.S.R.)-- Université du Québec à Chicoutimi, 1984. / bibliographie pp. 278-284. Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

Mémoire (M.E.S.R.)--Université du Québec à Chicoutimi, 1997. / Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

Mémoire (M.E.S.R.)--Université du Québec à Chicoutimi, 2000. / Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

Ce travail prend pour point de départ l’étude de trois sites funéraires ruraux situés en territoires médiomatrique, leuque et atrébate : respectivement Mécleuves (Moselle), Contrexéville (Vosges) et Loison-sous-Lens (Pas-de-Calais). Les études archéologiques et anthropologiques menées sur les structures et les vestiges osseux de ces sites permettent une approche centrée sur le défunt qui, mise en perspective avec les données des nombreux autres sites régionaux, offre l’occasion d’aborder la question de manière plus large. Ainsi, une base de données a été réalisée afin d’inventorier et de caractériser les sites funéraires des régions Nord-Pas-de-Calais et Lorraine. A partir de cette documentation, la question des modalités d’implantation des lieux funéraires dans le paysage a été tout d’abord traitée, notamment dans leurs relations avec les lieux d’habitat et les autres éléments du paysage (voie, parcellaire…). Le second axe traite de l’organisation interne de l’espace funéraire : sa matérialisation, sa surface, l’agencement des tombes et des autres structures… La structure funéraire en tant que telle est abordée de manière plus détaillée ensuite, en différenciant les lieux de crémation, les sépultures secondaires et les structures annexes à la tombe qui participent aux rites funéraires accompagnant les défunts. Enfin, les résultats des études ostéologiques sont confrontés aux données archéologiques (notamment le mobilier funéraire), pour traiter plus généralement de la gestion des vestiges issus de la crémation. / This work starts with the study of three rural sites situated in mediomatric territory, leuque and atrebate : Mecleuves (Moselle), Contrexeville (Vosges) and Loison-sous-Lens (Pas-de-Calais). Archeological and anthropological studies practiced on the structures and osseous remains of these sites, allows a concentrated approach of the defunct who, put in perspective with data of many other regional sites, offers the occasion to examine the question in a larger way. In this way, a data base has been realized with the purpose to inventory and to characterize the funeral sites of the regions of Nord-Pas-de-Calais and Lorraine. Starting from this documentation, first the implantation of funeral area`s in the landscape has been treated, especially in their relation with living structures and other elements of the landscape (paths, parcels of land…). A second approach treats the inner organization of the funeral space : its materialization, its surface, arrangement of tombs and other structures…The funeral structure on its own is approached in a more detailed way, to differentiate the cremation areas, secondary graves and annexed structures to the tomb that belongs to the funeral rites and accompanies the defunct. Finally, the osteological studies are compared with the archeological data (especially the funeral fittings), to develop more in general the management of the cremated remains.

Les Fe'eFe'e forment un peuple du département du Haut-Nkam, dans la Province de l'Ouest du Cameroun. Si leur langue est écrite depuis 1925, les autres aspects de leur civilisation ont toujours été compris dans des études globales sur les Bamileke dont on croit, à tort ou S raison, qu'ils font partie. Quant à leur littérature, elle n'a fait l'objet d'aucun examen ni pour elle-même ni comme moyen d'atteindre leur intime. L'étude de sémiologie ethnoculturelle présente est à la fois une analyse de quelques textes de littérature orale Fe'eFe'e pour en déceler le caractère propre, et une révélation de l'âme du peuple qui les a produits.Elle est donc aiguillée par l'hypothèse que la littérature orale Fe'eFe'e recèle les conditions internes de sa signification dans des constantes spécifiques qui en composent la texture, et comporte deux parties, l'une d'analyse, l'autre de signification.L'analyse, d'ordre sémiologique, traite de trois types de textes: des Proverbes, des Noms personnels et des Contes, considéréscomme les genres majeurs de cette littérature. Elle les explore, en surface et en profondeur, jusqu'à l'isolement de leurs minimales signifiantes et découvre que le sens origine dans une pulsation élémentaire binaire ou ternaire.Dans le Proverbe se réalise, en surface, l'accord parfait de la phonétique et de la tonétique qui, procédant par couples de semblables et de contraires dans les mots et les accents, dans les groupes rythmiques, génère, en profondeur, une connotation dans laquelle la bipolarité originelle se fond en une signification unaire ayant une tendance à la froide généralisation.La rigueur dans le nombre et le rythme du Proverbe se maintient dans les Noms personnels à complexion de proverbe mais s'atténue dans les autres pour aller jusqu'à céder le pas à la ternarité due au caractère profond égocentrique et subjectif de l'anthroponymie.Le Conte combine la binarité de ses personnages divisés en protagonistes et en antagonistes, celle du système dialogal entre les deux camps d'acteurs, avec la ternarité de la fable résultant du duel du héros et de l'antagoniste et cheminant par les trois étapes du début, du milieu et de la fin du récit.L'analyse conduit ainsi à la mise en évidence du système culturel Fe'eFe'e.La seconde partie, qui fait une synthèse des significations, trouve, en étendant le champ de la Parole Fe'eFe'e, que le système élucidé par l'analyse se manifeste dans tous les domaines: le littéraire, tel qu'il vient d'apparaître dans l'analyse et avec la notion de Parole et de ses âges; le culturel, avec l'occupation de l'espace et le symbolisme à elle associé; le métaphysique même, avec le culte des Ancêtres, le caractère divin du Chef et la conception de Dieu. Une telle constance ne peut être due au hasard mais à une conscience,pendant de la Conscience cosmique qui a donné à toutes choses une essence composée de deux éléments mais ne rend possible leur évolution que si elles en produisent un troisième qui harmonise l'antagonisme des deux premiers.Ainsi se confirme l'hypothèse de départ qui affirmait que la Parole littéraire Fe'eFe'e est spécifique et qu'elle fait connaître du dedans le peuple qui la profère.En fin de compte, le Fe'eFe'e apparaît comme un peuple qui vit conformément au système qui fonde sa littérature: en se tenant surla ligne du juste milieu qui résulte d'une utilisation sage et équilibrée des forces contraires que lui opposent les vicissitudes de sa destinée.Cette étude n'éclaire qu'un canton de l'univers littéraire et culturel Fe'eFe'e, mais la lumière qu'elle y projette révèle suffisamment de riches attraits pour attiser les curiosités et inciter à pénétrer plus avant dans l'exploration de l'âme de ce peuple original.

Les facteurs climatiques ainsi bien que les facteurs non-climatiques doivent être pris en considération dans le processus d'adaptation de l'agriculture aux changements et à la variabilité climatiques (CVC). Ce changement de paradigme met l'agent humain au centre du processus d'adaptation, ce qui peut conduire à une maladaptation. Suite aux débats sur les changements climatiques qui ont attiré l'attention scientifique et publique dans les années 1980 et 1990, l'agriculture canadienne est devenue un des points focaux de plusieurs études pionnières sur les CVC, un phénomène principalement dû à l’effet anthropique. Pour faire face aux CVC, ce n’est pas seulement la mitigation qui est importante mais aussi l’adaptation. Quand il s'agit de l'adaptation, c'est plutôt la variabilité climatique qui nous intéresse que simplement les augmentations moyennes des températures. L'objectif général de ce mémoire de maîtrise est d'améliorer la compréhension des processus d'adaptation et de construction de la capacité d'adaptation ai niveau de la ferme et de la communauté agricole à travers un processus ascendant, c’est-à-dire en utilisant l'approche de co-construction (qui peut également être considéré comme une stratégie d'adaptation en soi), pour développer une gestion et des outils de planification appropriés aux parties prenantes pour accroître ainsi la capacité d'adaptation de la communauté agricole. Pour y arriver, l'approche grounded theory est utilisée. Les résultats consistent de cinq catégories interdépendantes de codes élargis, conceptuellement distinctes et avec un plus grand niveau d'abstraction. La MRC du Haut-Richelieu a été choisie comme étude de cas en raison de plusieurs de ses dimensions agricoles, à part de ses conditions biophysiques favorables. 15 entrevues ont été menées avec les agriculteurs. Les résultats montrent que si certains agriculteurs ont reconnu les côtés positifs et négatifs des CVC, d’autres sont très optimistes à ce sujet comme se ils ne voient que le côté positif; d'où la nécessité de voir les deux côtés des CVC. Aussi, il y a encore une certaine incertitude liée aux CVC, qui vient de la désinformation et la désensibilisation des agriculteurs principalement en ce qui concerne les causes des CVC ainsi que la nature des événements climatiques. En outre, et compte tenu du fait que l'adaptation a plusieurs caractéristiques et types, il existe de nombreux types d'adaptation qui impliquent à la fois l'acteur privé et le gouvernement. De plus, les stratégies d'adaptation doivent être élaborées conjointement par les agriculteurs en concert avec d'autres acteurs, à commencer par les agronomes, car ils servent en tant que relais important entre les agriculteurs et d'autres parties prenantes telles que les institutions publiques et les entreprises privées. / Climatic as well as non-climatic factors should be taken into consideration in the process of agricultural adaptation to climate change and variability. Agricultural adaptation places the human agent at the centre of the adaptation process, which can lead to maladaptation. Following the discussions on climate change that have attracted scientific and public attention during the 1980s and 1990s, Canadian agriculture has become a focal point of several pioneering studies on climate change and variability (CCV), a phenomenon mainly due to the anthropogenic effect. To deal with CCV, it is not only mitigation that is important but also adaptation. When it comes to adaptation, it is rather climate variability that interests us than just the average increases in temperatures. The overall objective of this MSc thesis is to improve the understanding of the processes of adaptation and adaptive capacity at the farm and the farming community through a bottom-up process, i.e. using the approach of co-construction (which can also be considered as an adaptation strategy in itself), to develop appropriate management and planning tools and to build a better ability to adapt in the farming community. To achieve this, the grounded theory approach is used. The end results are five interrelated categories of expanded codes, conceptually distinct and with a greater level of abstraction. The RCM of Haut-Richelieu was chosen as the study site because of its several agricultural aspects, aside from its favourable biophysical conditions. 15 interviews were conducted with farmers. The results show that while some farmers recognized the positive and the negative side of CCV, the others are very optimistic about it as if they only see the positive side; hence the need to see both sides of CCV. Also, there is still some uncertainty related to CCV, which comes from disinformation and desensitization of the farmers mainly in relation to the causes of CCV along with the nature of climatic events. Moreover and given the fact that adaptation has many characteristics and types, there are many types of adaptation that involve both the private actor and the government. Furthermore, adaptation strategies should be developed jointly by farmers in concert with other actors, starting with the agronomists because they serve as important relays between farmers and other stakeholders such as public institutions and private companies.

Les ARN (Acide RiboNucléique) remplissent de nombreuses fonctions clés dans le vivant. Ils peuvent être support de l'information génétique, régulateurs de celle-ci. Visualiser ces molécules au sein d'une cellule représenterait une étape importante vers une meilleure compréhension de la régulation de l'expression des gènes. Les ARN fluorogènes tels que Spinach et Mango sont des outils extrêmement prometteurs pour atteindre cet objectif. Cependant ces deux ARN fluorogènes présentent une brillance limitée. La Compartimentation in vitro assistée par microfluidique (µCIV) est un outil très prometteur dont notre groupe a démontré l’efficacité pour l’évolution d’ARN. Dans le cadre de cette thèse, la µCIV a été adaptée à la sélection d'aptamères d'ARN fluorogènes pour en améliorer les propriétés (surtout la brillance). De plus, l’utilisation conjointe du séquençage haut débit a permis l’optimisation très rapide et semi-automatisée à la fois d’aptamères mais aussi de biosenseurs fluorogènes. Ainsi, cette thèse a permis de mettre en place et d’exploiter des technologies de criblage robustes pour la découverte de nouveaux aptamères d'ARN et de biosenseurs. / RNA is a key molecule in gene expression and its regulation. Therefore, being able to monitor RNA through live-cell imaging would represent an important step toward a better understanding of gene expression regulation. RNA-based fluorogenic modules are extremely promising tools to reach this goal. To this end, two light-up RNA aptamers (Spinach and Mango) display attractive properties but they suffer from a limited brightness. Since previous work in the group demonstrated the possibility to evolve RNA using microfluidic-assisted in vitro compartmentalization (µIVC), this technology appeared to be well suited to improve light-up aptamers properties by an evolution strategy. Therefore, the µIVC procedure was adapted to fluorogenic RNA aptamers to improve their properties (especially the brightness). Finally, using µIVC in tandem with high-throughput sequencing (NGS) allowed further developing the technology into a more integrated and semi-automatized approach in which RNAs and biosensors are selected by µIVC screening and the best variants identified by a bioinformatics process upon NGS analysis. To summarize, this thesis allowed establishing robust µIVC screening workflows for the discovery of novel efficient light-up RNA aptamers as well as metabolites biosensors.