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Desenvolvimento, padronização e validação de reação em cadeia pela polimerase (PCR) em tempo real para diagnóstico da brucelose canina / Development, standardization and validation of a real time polymerase chain reaction for the diagnosis of canine

Diniz, Jaqueline Assumpção 09 May 2018 (has links)
A Brucella canis é a espécie de Brucella que acomete os cães, acarretando problemas reprodutivos e prejuízos econômicos aos proprietários de canis comericias, além do risco que representa para os manipuladores e os proprietários dos cães, os quais podem adquirir a infecção pelo contato com os animais infectados e/ou materiais contaminados por B. canis. Vários métodos de diagnósticos foram desenvolvidos com o intuito de diagnosticar a brucelose nos cães, no entanto cada teste apresenta um desempenho diferente em relação à sensibilidade, especificidade, rapidez e praticidade na identificação dos cães acometidos. Estudos indicam que a PCR em tempo real tende a apresentar maior sensibilidade e especificidade, além da rapidez na execução. Diante disso o objetivo deste trabalho foi desenvolver, padronizar e validar a reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real para diagnóstico da brucelose canina causada por B. canis utilizando amostras de sangue total de cães. Um total de 56 cães de canis comercias e animais domiciliados, foram submetidos à hemocultura, sorodiagnóstico, PCR convencional (PCRc) e PCR em tempo real (PCRtr) e posteriormente os resultados obtidos em cada teste foram comparados por meio do coeficiente Kappa. Na padronização das reações de PCRtr foram testados três conjuntos de primers e sondas (PCRtr-A, B e C), utilizando-se diferentes temperaturas de annealing e concentrações de primers. A PCRtr-B teve melhor desempenho sob temperatura de annealing de 59° C, utilizando 900 nM de primers tendo detectado um maior número de cães positivos em relação à hemocultura e PCRc. Porém o teste não se apresentou confiável, uma vez que ocorreram reações inespecíficas em amostras provenientes de cães não infectados, sugerindo uma baixa especificidade do teste. Portanto, as técnicas de hemocultura e PCRc apresentaram melhor desempenho do que a PCRtr avaliada para o diagnóstico de B. canis. / Brucella canis is the species that affects dogs, causing reproductive problems and economic losses mainly for the owners of commercial kennels, besides the risk that it represents for the manipulators and the owners of dogs that can acquire the infection by the contact with infected animals or contaminated materials. Several diagnostic methods have been developed for the diagnosis of the infection in dogs. However, the performance of the tests vary regarding sensitivity, specificity, speed and practicality for the identification of infected dogs. Studies indicated that the real-time PCR (rtPCR) might show higher sensitivity and specificity, as well as speed of execution. Therefore, the objective of this study was to develop, standardize and validate a rtPCR assay for the diagnosis of canine brucellosis caused by B. canis using whole blood samples from dogs. A total of 56 dogs from commercial kennels and domiciled animals were tested through blood culturing, serological test, conventional PCR (cPCR) and rtPCR, and subsequently the results obtained in each test were compared using the Kappa coefficient. During the standardization of the rtPCR, three sets of primers and probes (rtPCR-A, B and C) were tested using different annealing temperatures and primer concentrations. rtPCR-B showed better performance under the annealing temperature of 59° C and using 900 nM of primers having detected a higher number of positive dogs when compared to blood culturing and PCRc. However, the test was considered not reliable to be used in canine brucellosis diagnosis, since non-specific reactions occurred in samples from uninfected dogs, suggesting a low specificity of the test. Therefore, the blood culturing and cPCR techniques showed a better performance than the developed rtPCR assay to be used in the diagnosis of B. canis infection in dogs.
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Estudo comparativo da sonicação com as culturas intraoperatórias para a identificação do agente microbiano nas artroplastias infectadas dos membros inferiores / Comparative study of sonication and intraoperative cultures for identification of the microbial agent on infected lower limb arthroplasties

Zabeu, José Luís Amim 17 August 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: O diagnóstico microbiológico das infecções em artroplastias é de fundamental importância para a definição da estratégia de uso dos antimicrobianos. As culturas microbiológicas convencionais apresentam elevados índices de falso-negativos, em especial, nas infecções crônicas, em que é frequente a presença do biofilme aderido ao implante. A utilização de amostras deste biofilme, viáveis à cultura, a partir de seu descolamento do implante pela técnica de sonicação, tem mostrado aumento da sensibilidade em publicações recentes. O objetivo deste estudo foi comparar os resultados das culturas microbiológicas de fragmentos de tecido periprotético, realizadas em meio sólido, àquelas obtidas pelo cultivo do líquido oriundo da sonicação do implante removido, semeado, inicialmente, em frascos de hemocultura e, posteriormente, em meio sólido. MÉTODOS: Neste estudo de análise descritiva, prospectivo e comparativo, 30 pacientes com diagnóstico de infecção em artroplastias de joelho ou quadril, com mais de 90 dias de história, tiveram seus implantes cirurgicamente removidos e foram coletadas seis amostras do tecido periprotético, de locais previamente determinados, para a realização de cultura microbiológica em meios sólidos. Simultaneamente, os implantes foram submetidos ao processo de sonicação e o material resultante foi injetado em frascos de hemocultura BD Bactec e submetidos ao processo de cultura automatizada. Todas as amostras foram pesquisadas quanto à presença de bactérias aeróbias, anaeróbias, micobactérias e fungos, e os resultados comparados por meio de análise estatística, em busca da superioridade de um método sobre o outro. Como objetivo secundário, buscou-se analisar quais os pontos de coleta do tecido periprotético teriam maior sensibilidade em suas culturas. RESULTADOS: Não houve diferenças estatisticamente significantes da amostra em relação ao gênero, patologia articular primária, tipo de artroplastia, localização do implante ou lateralidade. Em 17 casos (56,7%), houve uso de antimicrobianos no período de 15 dias que antecederam a retirada do implante. O método de cultura do fluido de sonicação mostrou sensibilidade de 86,7% e foi superior, de modo estatisticamente significante (P < 0,001), em relação à cultura dos fragmentos periprotéticos, cujos resultados tiveram sensibilidades entre 26,7 e 53,3%. O uso de antibioticoterapia recente não interferiu de modo estatisticamente significante na sensibilidade da cultura do líquido oriundo da sonicação. (P = 0,113). Quanto ao objetivo secundário, a coleta de fragmentos da membrana periprotética mostrou maior sensibilidade, estatisticamente significante, na comparação com três dos demais cinco pontos de coleta (P < 0,05). CONCLUSÕES: A cultura microbiológica do líquido obtido por sonicação dos implantes removidos de pacientes com diagnóstico de infecção periprotética e semeado inicialmente em frascos de hemocultura mostrou ter sensibilidade superior, estatisticamente significante, à cultura convencional de fragmentos do tecido periprotético semeados em meios sólidos. A cultura microbiológica da membrana periprotética mostrou ter maior sensibilidade em relação à maioria dos outros sítios que tiveram fragmentos de tecido periprotético pesquisados. / INTRODUCTION: Microbiological diagnosis in periprosthetic infection is of fundamental importance to define the most appropriate antimicrobial strategies. Conventional microbiological cultures have high rates of false negatives, especially in chronic infections, in which there is often the presence of biofilm attached to the implant. The use of samples of viable culturable biofilm taken from the detachment of the implant by sonication technique has been shown to increase the sensitivity in recent studies. The objective of this study was to compare the results of microbiological cultures of periprosthetic tissue fragments, made in a solid medium, to those obtained through the cultivation of the liquid coming from the sonication of the removed implant initially seeded in blood culture bottles and later in solid medium. METHODS: Using descriptive, prospective and comparative analysis, thirty patients with a diagnosis of infected knee or hip arthroplasty, with more than ninety days of history, had their implants surgically removed. Six periprosthetic tissue samples, collected at predetermined places, were used for microbiological culture on solid media. Simultaneously, the implants were subjected to the sonication process, and the resulting material was injected into vials of BD Bactec blood cultures and subjected to an automated culture process. All samples were screened for the presence of aerobic bacteria, anaerobes, mycobacteria and fungi and the results compared by statistical analysis to find the superiority of one method over the other. As a secondary objective, this study sought to analyze which of the periprosthetic tissue collecting points would have greater sensitivity in their cultures. RESULTS: There were no statistically significant differences in the sample as related to gender, primary joint pathology, type of arthroplasty, implant location or laterality. In seventeen cases (56.7%), antimicrobials were used within the 15-day period leading up to the removal of the implant. The sonication culture fluid showed a sensitivity of 86.7% and was higher, statistically significant (P < 0.001) in relation to the culture of periprosthetic fragments, where results displayed sensitivities between 26.7 and 53.3%. The use of recent antibiotic therapy did not affect the sensitivity of the liquid coming from the sonication culture, which was not statistically significant (P = 0.113). As for the secondary objective, the collection of periprosthetic membrane fragments showed higher sensitivity, statistically significant (P < 0.05), as compared to three of the remaining five collecting points. CONCLUSIONS: The microbiological culture liquid obtained by sonication of the implants removed from patients with diagnosis of periprosthetic infection and initially seeded in blood culture bottles was shown to have superior sensitivity, statistically significancy, as compared to conventional culture of the periprosthetic tissue fragments seeded on solid media. The microbiological culture of the periprosthetic membrane seems to be more sensitive compared to most other sites that had periprosthetic tissue fragments surveyed
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Estudo comparativo da sonicação com as culturas intraoperatórias para a identificação do agente microbiano nas artroplastias infectadas dos membros inferiores / Comparative study of sonication and intraoperative cultures for identification of the microbial agent on infected lower limb arthroplasties

José Luís Amim Zabeu 17 August 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: O diagnóstico microbiológico das infecções em artroplastias é de fundamental importância para a definição da estratégia de uso dos antimicrobianos. As culturas microbiológicas convencionais apresentam elevados índices de falso-negativos, em especial, nas infecções crônicas, em que é frequente a presença do biofilme aderido ao implante. A utilização de amostras deste biofilme, viáveis à cultura, a partir de seu descolamento do implante pela técnica de sonicação, tem mostrado aumento da sensibilidade em publicações recentes. O objetivo deste estudo foi comparar os resultados das culturas microbiológicas de fragmentos de tecido periprotético, realizadas em meio sólido, àquelas obtidas pelo cultivo do líquido oriundo da sonicação do implante removido, semeado, inicialmente, em frascos de hemocultura e, posteriormente, em meio sólido. MÉTODOS: Neste estudo de análise descritiva, prospectivo e comparativo, 30 pacientes com diagnóstico de infecção em artroplastias de joelho ou quadril, com mais de 90 dias de história, tiveram seus implantes cirurgicamente removidos e foram coletadas seis amostras do tecido periprotético, de locais previamente determinados, para a realização de cultura microbiológica em meios sólidos. Simultaneamente, os implantes foram submetidos ao processo de sonicação e o material resultante foi injetado em frascos de hemocultura BD Bactec e submetidos ao processo de cultura automatizada. Todas as amostras foram pesquisadas quanto à presença de bactérias aeróbias, anaeróbias, micobactérias e fungos, e os resultados comparados por meio de análise estatística, em busca da superioridade de um método sobre o outro. Como objetivo secundário, buscou-se analisar quais os pontos de coleta do tecido periprotético teriam maior sensibilidade em suas culturas. RESULTADOS: Não houve diferenças estatisticamente significantes da amostra em relação ao gênero, patologia articular primária, tipo de artroplastia, localização do implante ou lateralidade. Em 17 casos (56,7%), houve uso de antimicrobianos no período de 15 dias que antecederam a retirada do implante. O método de cultura do fluido de sonicação mostrou sensibilidade de 86,7% e foi superior, de modo estatisticamente significante (P < 0,001), em relação à cultura dos fragmentos periprotéticos, cujos resultados tiveram sensibilidades entre 26,7 e 53,3%. O uso de antibioticoterapia recente não interferiu de modo estatisticamente significante na sensibilidade da cultura do líquido oriundo da sonicação. (P = 0,113). Quanto ao objetivo secundário, a coleta de fragmentos da membrana periprotética mostrou maior sensibilidade, estatisticamente significante, na comparação com três dos demais cinco pontos de coleta (P < 0,05). CONCLUSÕES: A cultura microbiológica do líquido obtido por sonicação dos implantes removidos de pacientes com diagnóstico de infecção periprotética e semeado inicialmente em frascos de hemocultura mostrou ter sensibilidade superior, estatisticamente significante, à cultura convencional de fragmentos do tecido periprotético semeados em meios sólidos. A cultura microbiológica da membrana periprotética mostrou ter maior sensibilidade em relação à maioria dos outros sítios que tiveram fragmentos de tecido periprotético pesquisados. / INTRODUCTION: Microbiological diagnosis in periprosthetic infection is of fundamental importance to define the most appropriate antimicrobial strategies. Conventional microbiological cultures have high rates of false negatives, especially in chronic infections, in which there is often the presence of biofilm attached to the implant. The use of samples of viable culturable biofilm taken from the detachment of the implant by sonication technique has been shown to increase the sensitivity in recent studies. The objective of this study was to compare the results of microbiological cultures of periprosthetic tissue fragments, made in a solid medium, to those obtained through the cultivation of the liquid coming from the sonication of the removed implant initially seeded in blood culture bottles and later in solid medium. METHODS: Using descriptive, prospective and comparative analysis, thirty patients with a diagnosis of infected knee or hip arthroplasty, with more than ninety days of history, had their implants surgically removed. Six periprosthetic tissue samples, collected at predetermined places, were used for microbiological culture on solid media. Simultaneously, the implants were subjected to the sonication process, and the resulting material was injected into vials of BD Bactec blood cultures and subjected to an automated culture process. All samples were screened for the presence of aerobic bacteria, anaerobes, mycobacteria and fungi and the results compared by statistical analysis to find the superiority of one method over the other. As a secondary objective, this study sought to analyze which of the periprosthetic tissue collecting points would have greater sensitivity in their cultures. RESULTS: There were no statistically significant differences in the sample as related to gender, primary joint pathology, type of arthroplasty, implant location or laterality. In seventeen cases (56.7%), antimicrobials were used within the 15-day period leading up to the removal of the implant. The sonication culture fluid showed a sensitivity of 86.7% and was higher, statistically significant (P < 0.001) in relation to the culture of periprosthetic fragments, where results displayed sensitivities between 26.7 and 53.3%. The use of recent antibiotic therapy did not affect the sensitivity of the liquid coming from the sonication culture, which was not statistically significant (P = 0.113). As for the secondary objective, the collection of periprosthetic membrane fragments showed higher sensitivity, statistically significant (P < 0.05), as compared to three of the remaining five collecting points. CONCLUSIONS: The microbiological culture liquid obtained by sonication of the implants removed from patients with diagnosis of periprosthetic infection and initially seeded in blood culture bottles was shown to have superior sensitivity, statistically significancy, as compared to conventional culture of the periprosthetic tissue fragments seeded on solid media. The microbiological culture of the periprosthetic membrane seems to be more sensitive compared to most other sites that had periprosthetic tissue fragments surveyed
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Desenvolvimento, padronização e validação de reação em cadeia pela polimerase (PCR) em tempo real para diagnóstico da brucelose canina / Development, standardization and validation of a real time polymerase chain reaction for the diagnosis of canine

Jaqueline Assumpção Diniz 09 May 2018 (has links)
A Brucella canis é a espécie de Brucella que acomete os cães, acarretando problemas reprodutivos e prejuízos econômicos aos proprietários de canis comericias, além do risco que representa para os manipuladores e os proprietários dos cães, os quais podem adquirir a infecção pelo contato com os animais infectados e/ou materiais contaminados por B. canis. Vários métodos de diagnósticos foram desenvolvidos com o intuito de diagnosticar a brucelose nos cães, no entanto cada teste apresenta um desempenho diferente em relação à sensibilidade, especificidade, rapidez e praticidade na identificação dos cães acometidos. Estudos indicam que a PCR em tempo real tende a apresentar maior sensibilidade e especificidade, além da rapidez na execução. Diante disso o objetivo deste trabalho foi desenvolver, padronizar e validar a reação em cadeia da polimerase (PCR) em tempo real para diagnóstico da brucelose canina causada por B. canis utilizando amostras de sangue total de cães. Um total de 56 cães de canis comercias e animais domiciliados, foram submetidos à hemocultura, sorodiagnóstico, PCR convencional (PCRc) e PCR em tempo real (PCRtr) e posteriormente os resultados obtidos em cada teste foram comparados por meio do coeficiente Kappa. Na padronização das reações de PCRtr foram testados três conjuntos de primers e sondas (PCRtr-A, B e C), utilizando-se diferentes temperaturas de annealing e concentrações de primers. A PCRtr-B teve melhor desempenho sob temperatura de annealing de 59&deg; C, utilizando 900 nM de primers tendo detectado um maior número de cães positivos em relação à hemocultura e PCRc. Porém o teste não se apresentou confiável, uma vez que ocorreram reações inespecíficas em amostras provenientes de cães não infectados, sugerindo uma baixa especificidade do teste. Portanto, as técnicas de hemocultura e PCRc apresentaram melhor desempenho do que a PCRtr avaliada para o diagnóstico de B. canis. / Brucella canis is the species that affects dogs, causing reproductive problems and economic losses mainly for the owners of commercial kennels, besides the risk that it represents for the manipulators and the owners of dogs that can acquire the infection by the contact with infected animals or contaminated materials. Several diagnostic methods have been developed for the diagnosis of the infection in dogs. However, the performance of the tests vary regarding sensitivity, specificity, speed and practicality for the identification of infected dogs. Studies indicated that the real-time PCR (rtPCR) might show higher sensitivity and specificity, as well as speed of execution. Therefore, the objective of this study was to develop, standardize and validate a rtPCR assay for the diagnosis of canine brucellosis caused by B. canis using whole blood samples from dogs. A total of 56 dogs from commercial kennels and domiciled animals were tested through blood culturing, serological test, conventional PCR (cPCR) and rtPCR, and subsequently the results obtained in each test were compared using the Kappa coefficient. During the standardization of the rtPCR, three sets of primers and probes (rtPCR-A, B and C) were tested using different annealing temperatures and primer concentrations. rtPCR-B showed better performance under the annealing temperature of 59&deg; C and using 900 nM of primers having detected a higher number of positive dogs when compared to blood culturing and PCRc. However, the test was considered not reliable to be used in canine brucellosis diagnosis, since non-specific reactions occurred in samples from uninfected dogs, suggesting a low specificity of the test. Therefore, the blood culturing and cPCR techniques showed a better performance than the developed rtPCR assay to be used in the diagnosis of B. canis infection in dogs.

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