L’impact actuel de l’Homme sur la biosphère affecte l’ensemble des organismes vivants et des milieux. Il est souvent considéré comme étant à l’origine de la 6ème crise d’extinction de masse. La quantification des effets de ce phénomène est cependant complexe car certains ont débuté bien avant que les scientifiques ne s’intéressent à ces questions et ne produisent des données de référence. Ce problème est tout particulièrement manifeste dans les milieux les plus fragiles, telles que les îles, dont les écosystèmes ont pu être bouleversés par l’Homme de manière très rapide et cela avant que leur biodiversité n’ait été documentée. Dans ce cas, les ossements fossiles s’avèrent être les uniques vestiges témoignant de l’existence passée de faunes parfois éteintes. Ils deviennent donc l’unique fenêtre permettant d’entrevoir la biodiversité ancienne de ces milieux. Mon travail de thèse se questionne sur la biodiversité passée au sein de l’archipel de la Guadeloupe (Antilles françaises) à travers l’exemple des reptiles squamates (lézards et serpents). L’étude de près de 40 000 ossements issus de 31 sites archéologiques et paléontologiques datant de la fin du Pléistocène (30 000 B.P.) à nos jours, a permis de mettre en évidence l’évolution de la diversité de ces vertébrés dans le temps ainsi que de leurs relations avec les différentes populations humaines. Ces résultats ont été obtenus grâce à l’utilisation de diverses méthodes (anatomie comparée, morphométries traditionnelle et géométrique, paléohistologie et archéozoologie, récits des premiers voyageurs) et grâce au développement d’approches méthodologiques spécifiques aux squamates. Les données obtenues font état de l’impact limité sur les faunes par les populations humaines amérindiennes ayant occupé la Guadeloupe pendant plus de 4000 ans jusqu’au 17éme siècle. En effet, bien qu’ayant chassé certains squamates (iguanes et améives) et probablement participé à un enrichissement de la faune, les Amérindiens ne semblent pas avoir contribué à appauvrir la biodiversité des squamates guadeloupéens. En revanche, les données fossiles plus récentes démontrent un fort impact sur les faunes de squamates exercé par les populations européennes qui colonisent ces îles à partir du XVIIème siècle. L’effet de cette seconde vague de colonisation se manifeste par la transformation morphologique de certains taxons (réduction de taille, réduction de variabilité morphologique) et par une série d’extinctions totales ou partielles d’espèces (restriction d’aire géographique). Ainsi, le taux d’extinction des squamates de Guadeloupe est estimé entre 47 et 56% depuis 300 ans. Cette vague d’extinctions s’oppose à l’apparente stabilité de la faune des squamates que révèle le registre fossile du Pléistocène et de la première moitié de l’Holocène. Ces résultats démontrent l’intérêt de l’étude minutieuse des faunes fossiles récentes pour une meilleure compréhension de l’impact de l’Homme sur son milieu au cours du temps, un domaine encore relativement peu développé, tout particulièrement pour ce qui concerne les squamates. / Current human impact on the biosphere affects all living organisms and environments. This global phenomenon is often considered as the origin of the 6th mass earth extinction crisis. Yet, the quantification of the effects of this crisis can be problematic because it started long before scientists started to investigate it and to produce reference data. This issue is especially obvious in fragile ecosystems, like islands, which environments could have been quickly modified in relation with anthropogenic phenomena before their biodiversity can have been described. In this case, fossil bones are often the sole remaining remains of past ecosystems and the only possibility to study them. My PhD work is interested in squamate (snakes and lizards) past biodiversity of the Guadeloupe Islands (French West Indies). I studied more than 40 000 fossil bones of squamates from 31 archaeological and paleontological deposits dated from Late Pleistocene (40 000 B. P.) to nowadays. My study reveals the evolution of the diversity of these reptiles along with their relations with past human populations. The results are obtained using several methods (comparative anatomy, traditional and geometric morphometrics, paleohistology and zooarchaeology) and thanks to new methodological tools I developed dedicated to the study of squamate bone remains. My results show the limited impact on squamate faunas of Amerindian human populations who inhabited Guadeloupe islands during more than 4 000 years. Indeed, although these populations seem to have hunted some squamates (iguanas and ameivas) and slightly contributed to enrich squamate diversity, they do not seem to be the cause of any extinction event. At the opposite, European populations who colonized Guadeloupe Islands since the XVIIth century strongly impacted the native squamate biodiversity. These effects take the forms of morphological modification of some taxa (size reduction, reduction of morphological variability) and partial (decrease of geographic distribution) or total extinction of many taxa. Indeed, the extinction rate of squamates species in Guadeloupe during the last 300 years is estimated between 47 and 56%. This recent mass extinction phenomenon strongly contrasts with the apparent stability of the squamate diversity between Pleistocene and the first half of Holocene revealed by fossil data. These results show the interest of studying late quaternary fossil faunas to better understand the impact of Human on its environment, a field of research still largely underdeveloped especially concerning squamates.