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Hibridação Genômica Comparativa em Endometriose / Comparative Genomic Hybridization in Endometriosis

Castelli, Luciana Caricati Veiga 31 March 2008 (has links)
A endometriose é uma doença ginecológica benigna comum, mas agressiva, caracterizada pela presença de tecido endometrial ectópico. A teoria mais aceita para explicá-la é a teoria de Sampson, na qual o tecido endometrial descamado durante a menstruação sofre refluxo através das tubas uterinas, adere e se prolifera em sítios ectópicos da cavidade peritoneal. Por outro lado, apenas o refluxo tubário não é capaz de estabelecer a doença e vários estudos sugerem uma etiologia multidimensional incluindo fatores hereditários, hormonais e imunológicos. Várias metodologias têm sido propostas com o objetivo de identificar genes candidatos para a endometriose. A hibridação genômica comparativa (CGH) é uma técnica que permite que o genoma inteiro seja analisado em um só experimento, sem a necessidade de cromossomos metafásicos obtidos por cultura celular. Nossa proposta foi avaliar, por CGH, amostras de endometriomas ovarianos e de tecido endometrial eutópico de dez pacientes com diagnóstico firmado de endometriose, para screening do genoma. No grupo eutópico, 6/10 amostras apresentaram alterações caracterizadas por perdas ou ganhos de regiões cromossômicas e no grupo ectópico foram encontradas alterações em 7/10 casos. A presença de perdas e ganhos de regiões cromossômicas no endométrio eutópico, histologicamente normal, de mulheres com endometriose ovariana, pode ser considerada como alteração primária ao desenvolvimento da doença. A metodologia de CGH permitiu a detecção das regiões cromossômicas 11q12.3-q13.1, 17p11.1-p12 e 17q25.3-qter como regiões críticas, direcionando investigações futuras para identificação de genes associados à endometriose. / Endometriosis is a common benign gynecological disease, very aggressive, characterized by the presence of ectopic endometrial tissue. The most accepted theory to explain it is Sampson\'s implantation theory, which says that the endometrial tissue exfoliated during menstruation undergoes reflux through the uterine tubes, adheres and proliferates in ectopic sites of the peritoneal cavity. On the other hand, only reflux is not enough to the establishment of the disease and a number of studies suggest a multidimensional etiology including hereditary, hormonal and immunological factors. Several methodologies have been proposed for the identification of candidate genes for endometriosis. The comparative genomic hybridization (CGH) is a versatile technique that allows the entire genome to be analyzed in only one experiment without the necessity of metaphasic chromosomes from the sample, excluding the cell culture. We aimed to evaluate, by CGH, ovarian endometriomas and eutopic endometrial tissue samples from 10 patients with confirmed diagnosis of endometriosis, for a genomic screening. In the eutopic group, 6/10 samples presented genomic imbalances and 7/10 cases showed alterations in the ectopic group. The presence of losses and gains of chromosomic regions in the histologically normal eutopic endometrium from women with ovarian endometriosis can be considered as a primary alteration in the development of the disease. The CGH methodology allowed the detection of chromosomic regions 11q12.3-q13.1, 17p11.1-p12 and 17q25.3-qter as critical regions, leading to future investigations for the identification of genes associated to endometriosis.
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Hibridação Genômica Comparativa em Endometriose / Comparative Genomic Hybridization in Endometriosis

Luciana Caricati Veiga Castelli 31 March 2008 (has links)
A endometriose é uma doença ginecológica benigna comum, mas agressiva, caracterizada pela presença de tecido endometrial ectópico. A teoria mais aceita para explicá-la é a teoria de Sampson, na qual o tecido endometrial descamado durante a menstruação sofre refluxo através das tubas uterinas, adere e se prolifera em sítios ectópicos da cavidade peritoneal. Por outro lado, apenas o refluxo tubário não é capaz de estabelecer a doença e vários estudos sugerem uma etiologia multidimensional incluindo fatores hereditários, hormonais e imunológicos. Várias metodologias têm sido propostas com o objetivo de identificar genes candidatos para a endometriose. A hibridação genômica comparativa (CGH) é uma técnica que permite que o genoma inteiro seja analisado em um só experimento, sem a necessidade de cromossomos metafásicos obtidos por cultura celular. Nossa proposta foi avaliar, por CGH, amostras de endometriomas ovarianos e de tecido endometrial eutópico de dez pacientes com diagnóstico firmado de endometriose, para screening do genoma. No grupo eutópico, 6/10 amostras apresentaram alterações caracterizadas por perdas ou ganhos de regiões cromossômicas e no grupo ectópico foram encontradas alterações em 7/10 casos. A presença de perdas e ganhos de regiões cromossômicas no endométrio eutópico, histologicamente normal, de mulheres com endometriose ovariana, pode ser considerada como alteração primária ao desenvolvimento da doença. A metodologia de CGH permitiu a detecção das regiões cromossômicas 11q12.3-q13.1, 17p11.1-p12 e 17q25.3-qter como regiões críticas, direcionando investigações futuras para identificação de genes associados à endometriose. / Endometriosis is a common benign gynecological disease, very aggressive, characterized by the presence of ectopic endometrial tissue. The most accepted theory to explain it is Sampson\'s implantation theory, which says that the endometrial tissue exfoliated during menstruation undergoes reflux through the uterine tubes, adheres and proliferates in ectopic sites of the peritoneal cavity. On the other hand, only reflux is not enough to the establishment of the disease and a number of studies suggest a multidimensional etiology including hereditary, hormonal and immunological factors. Several methodologies have been proposed for the identification of candidate genes for endometriosis. The comparative genomic hybridization (CGH) is a versatile technique that allows the entire genome to be analyzed in only one experiment without the necessity of metaphasic chromosomes from the sample, excluding the cell culture. We aimed to evaluate, by CGH, ovarian endometriomas and eutopic endometrial tissue samples from 10 patients with confirmed diagnosis of endometriosis, for a genomic screening. In the eutopic group, 6/10 samples presented genomic imbalances and 7/10 cases showed alterations in the ectopic group. The presence of losses and gains of chromosomic regions in the histologically normal eutopic endometrium from women with ovarian endometriosis can be considered as a primary alteration in the development of the disease. The CGH methodology allowed the detection of chromosomic regions 11q12.3-q13.1, 17p11.1-p12 and 17q25.3-qter as critical regions, leading to future investigations for the identification of genes associated to endometriosis.
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Avaliação genômica da infertilidade masculina idiopática por azoospermia não obstrutiva / Genomic assessment of idiopathic male infertility by nonobstructive azoospermia

Grangeiro, Carlos Henrique Paiva 10 April 2018 (has links)
Infertilidade conjugal é uma doença do sistema reprodutivo que acomete cerca de 20% dos casais e na qual o fator masculino responde por metade desses casos. A infertilidade masculina é um fenótipo complexo que abrange diferentes fatores. Os fatores genéticos envolvidos variam desde mutações pontuais, microdeleções no cromossomo Y, até alterações cromossômicas, como a Síndrome de Klinefelter. Mesmo após avaliação clínicolaboratorial detalhada, metade dos pacientes permanece sem a identificação de um fator causal, caracterizando a infertilidade idiopática. Nesse grupo, observamos com maior frequência os pacientes com falha espermatogênica primária, que clinicamente apresentam oligozoospermia grave ou azoospermia não obstrutiva (ANO) e, no qual, preponderam fatores genéticos ainda desconhecidos. Para auxiliar na compreensão de possíveis alterações genômicas, sejam as variantes de número de cópias (CNVs) ou as regiões de perda de heterozigosidade (LOHs), envolvidas com infertilidade masculina idiopática, 16 pacientes com ANO e 6 controles foram investigados pela técnica de hibridação genômica comparativa (aCGH) utilizando a plataforma 4x180 CGH+SNP Agilent® com análise dos dados pelo software Nexus 8.0. Não foram observadas diferenças significativas tanto no número, como no tamanho das alterações genômicas em ambos os grupos. Foram descritas 18 novas alterações genômicas com efeito sobre a produção espermática, distribuídas na forma de 12 ganhos, 3 perdas e 3 LOHs. Os ganhos mais significativos para o fenótipo azoospermia não obstrutiva foram descritos em 7q36.3, 17q21.33, Xq21.1 e Yp11.2. Nessas regiões, os genes com maior impacto sobre o fenótipo foram, respectivamente, SHH, COL1A1, COX7B e LINC00279. Ganhos envolvendo a sub-banda Yq11.223 e contendo cópias dos genes DAZ1 e DAZ4 foram considerados benignos. As três perdas detectadas em 2q31.1, 3p21.1-21.31 e 15q11.2, contendo, respectivamente, os genes DLX1, CACNA2D2 e representantes da família de receptores olfatórios foram consideradas relevantes. A análise das LOHs em fenótipos complexos é escassa e desafiadora. No presente trabalho, foram descritas 3 dessas alterações, localizadas em 1p31.1, 7q21.1 e 12q21.1-21.2 e compartilhadas por mais de um indivíduo infértil. A descrição dessas alterações genômicas contribui para a compreensão de mecanismos complexos e ainda pouco estudados, que resultam em azoospermia não obstrutiva decorrente da falha espermatogênica primária. / Infertility is a disease of the reproductive system that affects about 20% of all couples, with half of the cases being related to the male factor. Male infertility is a complex phenotype associated with an interaction of different factors. The genetic factors involved may range from point mutations, microdeletions on the Y chromosome to chromosomal changes such as Klinefelter syndrome. Even after detailed clinical-laboratory evaluation, the etiology may remain unknown in approximately half of the patients, and, in such cases, the infertility can be classified as idiopathic. This group of patients more frequently present with primary spermatogenic failure, with severe oligozoospermia or non-obstructive azoospermia (NOA). Nevertheless, the underlying genetic factors are still largely unknown. In order to better understand the potential genomic changes involved with idiopathic male infertility, sixteen patients with NOA and 6 controls were investigated in this study. Copy number variants (CNVs) and regions of loss of heterozygosity (LOHs) were assessed by array comparative genomic hybridization technique (aCGH), using the Agilent® 4x180 CGH + SNP platform. Data analyses was performed using Nexus 8.0 software. No significant differences between the groups were observed in relation to either the number or the size of the genomic changes. Eighteen new genomic alterations were described that were associated with sperm production (12 gains, 3 losses and 3 LOHs). The most important gains for the nonobstructive azoospermia phenotype were observed in 7q36.3, 17q21.33, Xq21.1 and Yp11.2. In these regions, the genes related to greatest impact on the phenotype were SHH, COL1A1, COX7B and LINC00279, respectively. Gains involving the Yq11.223 sub-band and containing copies of the DAZ1 and DAZ4 genes were considered benign. All 3 losses detected in 2q31.1, 3p21.1-21.31 and 15q11.2, containing, respectively, the DLX1, CACNA2D2 genes and representatives of the olfactory receptor family were considered relevant. Analysis of LOHs in complex phenotypes such as male infertility has been infrequently reported and is challenging. In the present study, three significants LOHs were found (1p31.1, 7q21.1 and 12q21.1-21.2) and were identified in more than one infertile individual. The description of these genomic alterations contributes to a better understanding of this complex and poorly explored mechanisms that results in non-obstructive azoospermia due to primary spermatogenic failure.

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