The allergy to the cow s milk protein affects 2 to 5% from the infantsand its symptoms can vary from minor to life threatening. β-lactoglobulin is the protein fraction more allergenic from the whey. Many processes were developed for the separation and purification of proteins and among them is the ion exchange chromatography. The objective of this work was to obtain the separation of β-lactoglobulin from the whey protein concentrate by ion exchange chromatography, aiming the application in milk formulas. Physical-chemical analysis of the protein concentrate, separation of β- lactoglobulin by ion exchange chromatography, analysis of amino acids profile and of the final amount of β-lactoglobulin in the resulting product and in two hypoallergenic infant formulas were performed. From the results in this study, it is possible to ascertain that it was feasible to separate the protein fractions of β-lactoglobulin by the ion chromatography process.The protein obtained by this process was proven to be a great amino acid source compared to the hypoallergenic infant formulas. / A alergia à proteína do leite de vaca atinge 2 a 5% dos lactentes e desencadeia sintomas que podem variar de leve a risco de vida. A β-lactoglobulina é a fração protéica mais alergênica do soro do leite. Vários processos foram desenvolvidos para a separação e purificação protéica, dentre eles a cromatografia de troca iônica. O objetivo deste trabalho foi realizar a separação da β-lactoglobulina do concentrado protéico do soro do leite através de cromatografia de troca iônica, visando aplicação em fórmulas lácteas. Foram realizadas análises físico-químicas do concentrado protéico, separação da β-lactoglobulina por cromatografia de troca iônica, análise do perfil de aminoácidos e da quantidade final de β-lactoglobulina no produto obtido e em duas fórmulas lácteas hipoalergênicas. A partir dos resultados encontrados no presente estudo, pode-se verificar que foi possível separar a fração protéica de β- lactoglobulina do concentrado protéico do soro do leite através do processo de cromatografia iônica. A proteína obtida através deste processo demonstrou possuir uma ótima fonte de aminoácidos ao ser comparada com as fórmulas lácteas hipoalergênicas.