Cette recherche s'intéresse au rapport à la formation des jeunes accueillis en Institut Médico-Educatif (IME), c'est à dire des jeunes de 14 à 20 ans avec déficience intellectuelle légère ou moyenne, associée ou non à des troubles (psychiques, comportement). Depuis une quinzaine d'années, le champ de la formation à l'endroit de ce public avec handicap intellectuel n'a cessé d'évoluer vers un processus de reconnaissance des compétences du sujet en formation. En appui sur les travaux de Fabre, nous situons ce champ de la formation dans le paradigme d'une "éducation problématique" où les solutions traditionnelles collectives ne suffisent plus à répondre aux enjeux actuels sur le plan formatif concernant ce public. Dans ce contexte problématique, il convient donc de s'intéresser particulièrement à l'expérience des personnes. Nous avons analysé cette dimension d'expérience à travers une entrée par les valeurs que les jeunes accueillis en IME construisent dans leur parcours de formation au sein de cet établissement spécialisé. Deux instruments ont été précisément examinés : le stage (réalisé par les jeunes à l'extérieur de l'IME dans le cadre de leur projet d'insertion socioprofessionnelle) et son corollaire, le tutorat de stage. Une étude exploratoire par entretiens semi-directifs avec vingt jeunes de l'IME a permis de dégager deux types de valeurs pouvant apparaître contradictoires et émanant de leurs représentations : un premier type, qui se rapproche fortement d'une vision comportementaliste du stage et un second type, dans lequel se dégage une réelle envie d'apprendre en stage dans le discours. Pour approfondir ces premiers indicateurs émergents de notre enquête exploratoire, une enquête longitudinale a été conduite à partir d'observations filmées concernant deux jeunes de l'IME suivis pendant plus d'un an dans les différents stages qu'ils ont l'occasion de faire en fonction des objectifs de leur projet individualisé d'accompagnement. Dewey et Bachelard, deux philosophes de la formation attachés au traitement des problèmes, ont été nos deux piliers théoriques en ce qu'ils apportent des grilles d'analyse des valeurs qui se construisent dans les situations vécues. Une entrée historique nous a également permis de montrer que les conduites adoptées par les jeunes en stage sont à mettre en perspective avec la façon dont se sont construits, en tant que disciplines, la formation, l’alternance, la pédagogie, le handicap intellectuel, au gré d'avancées et de lenteurs. Les résultats de l'enquête longitudinale ont confirmé ceux de l'enquête exploratoire. Ils montrent que les jeunes de l'IME sont confrontés dans leur stage à des enjeux qui s'inscrivent dans des conduites comportementalistes dominantes, avec parfois des possibilités de rupture qui s'orientent vers un accès à une dimension plus rationnelle de la formation. Les conditions de cette rupture associée à un apprendre en stage sont liées au niveau de capacité intellectuelle de la personne. Plus ce niveau est efficient, plus l'accès à des instants d'apprendre en stage est ouvert. Nos résultats invitent à se pencher particulièrement sur la question de l'émancipation du sujet en formation dans un IME, et ouvre sur la dimension d'accompagnement pédagogique nécessaire au développement de l'émancipation. / This search is interested in the report to the training of the young people from 14 to 20 years old welcomed in Medical educational institute (IME), that is the young people with light intellectual deficiency, or averages partner or not in disorders (psychic, behavior). Since about fifteen years, the field of the training towards this public with intellectual handicap did not stop evolving towards a process of gratitude of the skills of the subject in training. In support on the works of Fabre, we place this field of the training in paradigm of a "problematic education" where the collective traditional solutions are not any more enough to answer the current stakes on the formative plan concerning this public. In this problematic context, thus it is advisable to be particularly interested in the experience of the people. We analyzed this dimension of experience through an entrance by the values which the young people welcomed in IME build in their route of training within this specialized establishment. Two instruments were exactly examined : the internship (realized by the young people outside of the IME within the framework of their project of social and occupational insertion) and its corollary, the tutelage of internship. An exploratory study by semi-directive conversations with twenty young people of the IME allowed to clear two valuable types who can seem contradictory and emanating from their representations : a first type who gets closer strongly to a behaviouristic vision of the internship and the second typifies in whom gets free a real desire to learn in internship in the speech. To deepen these first emergent indicators of our exploratory survey , a longitudinal survey was led from filmed observations concerning two young people of the IME followed during more than year in the various internships than they have the opportunity to make according to the objectives of their individualized project of support. Dewey and Bachelard, two philosophers of the training attached to the treatment of the problems, were our two theoretical pillars in what they bring railings of analysis of the values which build themselves in the real-life situations. A historic entrance also allowed us to show that the conducts adopted by the young people in internship are to be put in perspective with the way built themselves, as disciplines, the training, the alternation, the pedagogy, the intellectual handicap, according to advances and to slowness. Outcomes of the investigation Longitudinal confirmed those of the exploratory survey. They show that the young people of the IME are confronted in their internship with stakes which join dominant behaviouristic conducts, with sometimes possibilities of break which turn to an access to a more rational dimension of the training. The conditions of this break associated with one learn in internship are bound at the level of intellectual capacity of the person. The more this level is efficient, the more the access at the moments to learn in internship is opened. Our results invite to deal with particularly the question of the emancipation of the subject in training in an IME and opens on the dimension of educational support necessary for the development of the emancipation.

An impedance bioanalyzer system comprising an in-vitro biotransducer, instrumentation and control software for the measurement of urea, potentially in blood dialysate, has been developed. The biotransducer comprises of a microlithographically fabricated interdigitated microsensor electrode (IME) onto which was cast a biorecognition layer conferred with the specificity of the enzyme urease. Urease hydrolysis of urea produces NH4+, HC03- and OH- ions that decrease the device's impedance. The temporal rate of change (kinetic) and the extent of change (equilibrium) of ion concentration were measured as the sensor's response. Five formats: [i) unPEGylated urease-containing poly(hydroxyethylmethacrylate) [p(HEMA)] hydrogel, ii) PEGylated urease-containing p(HEMA) hydrogel, iii) via glutaraldehyde crosslinking in the presence of albumin, iv) the direct covalent immobilization of urease to the IME, and v) solution borne urease]. Michaelis-Menten parameters KM, ZMAX and kcat revealed the following rank: PEGylated urease-Gel >> Free Urease > unPEGylated urease-Gel = BSA in Glutaraldehyde > covalently immobilized urease. The unPEGylated-urease sensor provided a higher enzyrne- substrate binding rate and catalysis rate than PEGylated and thus provided a faster impedimetric response to various molar concentrations of urea. Long-term stability (one month) of the PEGylated-urease hydrogel was favorable. A dedicated three-element array impedimetric instrument, the 3EIC BioAnalyzer was designed and produced. A pair of demodulating logarithmic amplifiers (AD8302) was used to calculate the change in phase and amplitude corresponding to the impedimetric response to a 4.0 kHz, 50 mVPP sine wave from a function generator (MAX038). A graphic user interface (GUI), programmed in LabVIEW 7.0 established instrument control, data acquisition via a USB-48A-30A16 μDAQ and graphical data presentation of temporal impedimetric responses.

Streptococcus salivarius est une bactérie commensale présente dans la cavité buccale et tout au long du tractus digestif (Eckburg et al., 2005; Hao & Lee, 2004). Elle est fréquemment retrouvée attachée à la langue ou aux parois stomacales et intestinales au sein de biofilms (Cvitkovitch et al., 2003). Dans un biofilm, la densité cellulaire implique une proximité physique entre les bactéries de différentes espèces propice aux échanges de gènes entre elles. Ces transferts horizontaux permettent l’acquisition par les bactéries de gènes d’adaptation tels que des gènes de résistance aux antibiotiques et de virulence (Kolenbrander et al., 2010; Molin & Tolker-Nielsen, 2003). Largement répandus dans les génomes bactériens, bien que peu étudiés, les éléments intégratifs conjugatifs (ICE) et les éléments intégratifs mobilisables (IME) jouent probablement un rôle majeur dans ces transferts et dans l’adaptation des souches à leur environnement. L’objectif de ce travail de thèse est d’étudier chez S. salivarius les éléments intégratifs (prévalence, diversité et transfert d’un ICE) ainsi que les capacités d’adhésion aux cellules des écosystèmes digestif et buccal. Une étude par MLST (MultiLocus Sequence Type) a permis de classer 212 souches de la collection de S. salivarius du laboratoire DynAMic en 96 Sequence Types et de révéler la diversité de ces souches. Parmi celles-ci, 138 ont été sélectionnées comme représentatives de la diversité de la collection pour les études ultérieures. La recherche par PCR d’éléments intégratifs parmi ces souches a permis de montrer que plus de 70% d'entre elles présentent au moins un élément intégratif porteur d’au moins un gène de résistance aux antibiotiques. Ainsi la diversité des phénotypes de résistance aux antibiotiques observée a pu être corrélée à la diversité des éléments intégratifs retrouvés (Tn916, Tn3872, Tn6002, Tn2009, MEGA) ou décrits pour la première fois (IQ element) chez S. salivarius. La diversité et la prévalence des ICE et des IME chez S. salivarius a été caractérisée au sein des génomes entièrement séquencés de 19 souches. Cette analyse a permis de détecter 27 ICE appartenant à 2 superfamilles (Tn916 et Tn5252) et 4 familles distinctes (ICESt3, Tn916, Tn1549 et TnGBS2) qui sont intégrés dans 12 sites d’intégration différents. Elle a également permis de détecter 37 IME qui sont intégrés dans 7 sites différents ainsi que 10 éléments MEGA intégrés dans deux gènes différents. L’étude des ICE de la famille ICESt3 qui sont décrits pour la première fois chez S. salivarius dans ce travail montre qu’ils sont intégrés dans le site déjà décrit (à l’extrémité 3’ du gène fda), mais aussi dans deux nouveaux sites (à l’extrémité 3’ des gènes rpsI et rpmG). En parallèle de ces travaux, la capacité d’adhésion de souches de S. salivarius à la salive et aux cellules épithéliales gastro-intestinales a été étudiée. Les résultats ont montré que la capacité d’adhésion à la salive de 24 souches est très variée et souche dépendante. De même, la capacité d’adhésion aux cellules épithéliales gastro-intestinales Caco2 et HT29-MTX de 14 de ces souches est souche dépendante mais aussi lignée cellulaire dépendante. Ces résultats ont permis de sélectionner la souche F6-1 dont le phénotype d’adhésion aux cellules HT29-MTX et HT29-CL16E est particulièrement élevé et dépendant de la sécrétion de mucus. L’étude de mutants de cette souche a montré que sa capacité d’adhésion dépend à la fois de certaines de ses protéines de surface et de la lignée cellulaire épithéliale gastro-intestinale. Enfin, des expériences de transfert conjugatif d’ICESt3 F6-1 rpsI ont été réalisées dans différentes conditions. Cependant, bien que sa capacité d’excision ait été démontrée et qu’une analyse in silico indique que cet ICE serait fonctionnel, aucun transconjugant n’a pu être obtenu dans les différentes conditions testées / Streptococcus salivarius is a commensal bacterium present in the oral cavity and all along the digestive tract (Eckburg et al., 2005; Hao & Lee, 2004). It is frequently found attached to tongue or to stomach and intestinal walls within biofilms (Cvitkovitch et al., 2003). In a biofilm, the cellular density implies a physical proximity between bacteria of different species which is favorable for genetic exchange between them. These horizontal transfers permit the bacteria to acquire genes of adaptation such as virulence and antibiotic resistance genes (Kolenbrander et al., 2010; Molin & Tolker-Nielsen, 2003). Largely present in the bacterial genomes, although not widely studied, the integrative conjugative elements (ICEs) and the integrative mobilizable elements (IMEs) probably play a major role in these transfers and in the adaptation of strains to their environment. The objective of this thesis is to study within S. salivarius the integrative elements (prevalence, diversity and transfer of one ICE) as well as the adhesion capacity to the cells of the oral and digestive ecosystems. A MLST study (MultiLocus Sequence Type) has allowed the classification of 212 strains of the S. salivarius collection from the DynAMic laboratory in 96 Sequence Types and to reveal the diversity of these strains. Among these, 138 were selected as representative of the diversity of the collection for ulterior studies. PCR research of integrative elements of these strains has shown that more than 70% of these strains present at least one integrative element carrying at least one antibiotic resistance gene. Therefore the diversity of the antibiotic resistance phenotypes observed were able to be correlated to the diversity of the integrative elements found (Tn916, Tn3872, Tn6002, Tn2009, MEGA) or described for the first time (IQ element) in S. salivarius. The diversity and prevalence of the ICE and IME in S. salivarius were characterized within the completely sequenced genomes of 19 strains. This analysis has allowed the detection of 27 ICE belonging to 2 superfamilies (Tn916 and Tn5252) and 4 distinctive families (ICESt3, Tn916, Tn1549 and TnGBS2) which are integrated into 12 different integration sites. The analysis also allowed the detection of 37 IME which are integrated in 7 different sites as well as 10 MEGA elements integrated in two different genes. The study of the ICE of the ICESt3 family which are described for the first time in S. salivarius in this work showed that they are integrated in the site already described (at the 3’ end of the fda gene), but also in 2 new sites (at the 3’ end of the rpsl and rpmG genes). In parallel to these studies, the adhesion capacity of S. salivarius strains to saliva and gastro-intestinal epithelial cells has been studied. The results have shown that adhesion capacity to the saliva of 24 strains are much diversified and strain dependent. Likewise, the capacity of adhesion to gastro-intestinal epithelial cell lines Caco2 and HT29-MTX of 14 of these strains is strain dependent but also cellular line dependent. These results have allowed the selection of the F6-1 strain of which the adhesion phenotype to HT29-MX and HT29-CL16E cells is particularly high and dependent on the secretion of mucus. The study of mutants of this strain has shown that its adhesion capacity is dependent both on some of their surface proteins and on the gastro-intestinal epithelial cell lines. Finally, conjugative transfer experiments of the ICESt3 F6-1 rpsl were performed under different conditions. Its excision capacity has been shown and an in silico analysis indicates that this ICE could be functional. However, no transconjugant has been obtained whatever the tested conditions

Made available in DSpace on 2016-07-27T14:20:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LARISSA DE OLIVEIRA E FERREIRA.pdf: 1804099 bytes, checksum: d2b4dba42341c787eb8c9b6b9ba6a815 (MD5) Previous issue date: 2013-11-08 / Neuropsychology in recent years has increased the number of research on executive function function. The increase in research was necessary because it is a subject that covers . functions directly linked to cognitive processes necessary for good per performance in daily ormance activities activities, and tasks that require a more elaborat , elaborate reasoning e reasoning. But most research, found . found, has as its object of study groups of children and adolescents with neuropsychi neuropsychiatric atric disorders or dysfunctions dysfunctions. In Brazil there are few standardized ba batte ttery to assess ry executive function. One of the instruments used is the Tower of Hanoi, but there is no consensus on how to apply and which components of this instrumen instrument assesses t executive function function. From this perspective we chose to study the Tower of Hanoi in the assessment of executive function with group of children with normal development . This study tested 55 children and adolescents between 10 and 16 years, with the aim to evaluate the relationship between time and performance in the Tower of Hanoi to assess executive function function. As convergent validity was used to scale . the implementation of WISC III III, which is a w , widely studied intelligence test idely test, which evaluates all components , of executive function and that has to count time as a key factor in the fi final s nal score of all core subtests subtests. The results provide data that seem to show that the number of movements . and me measure the execution time in ToH asure ToH, with children 10 , - 16 years o old, has no ld, discriminative power power, the comparison between the groups 10 , 10-13 years and 14 -16 year years and between genders s genders. We conclude that the ToH unlike many studies showed . that it is not an effective tool in the assessment of executive function in children 10 10-16 years. The measurement of time in carrying out the ToH is not necessary since no significa significant correlation in any of the comparisons made in this study. nt / Em neuropsicologia neuropsicologia, nos últimos anos tem aumentado o número de pesq pesquisas sobre a uisas função executiva. O aumento das pesquisas fez fez-se necessário por tratar tratar-se de um assunto que abrange funções diretamente ligadas a processos cognitivos necessário necessários para o bom desempenho em atividades cotidianas, e em tarefas que exij exijam um am raciocínio mais elaborado. No entanto, a maioria das pesquisas encontrada encontradas tem como s objeto de estudo grupos de crianças e adolescentes com disfunções ou transtornos neuropsiquiátr neuropsiquiátricos, icos, o que não permite esclarecer o que seria o desenvolvimento e o funcionamento da função executiva em grupos sem comprometimentos. No Brasil Brasil, existe existem poucas bateria baterias padronizadas para avaliar a função executiva. Um dos instrumentos muito usado é a Torr Torre de Hanói e (TOH) TOH), porém porém, não existe consenso quanto a forma de aplicação e quais componentes da função ex executiva esse ecutiva instrumento avalia. Com essa perspectiva perspectiva, optou optou-se por estudar a Torre de Hanói na avaliação da função executiva com grupo de crianças com desenvolvimento normal. Foram testadas 55 crianças e adolescentes, entre 10 e 16 anos, com o objetivo de avaliar a relação entre tempo e o d desempenho na Torre de Hanói para a esempenho avaliação da função executiva. Como medida de correlação usou usou-se a escala de ex execução do Wisc ecução III III. Os resultados fornecem dados que parecem demonstrar que o número de movimentos e a medida do tempo na execução na ToH, com crianças de 10 a 16 anos, não tem poder discriminativo, na comparação do desempenho do número e do tempo de execu execução ção ent entre os grupos de 10 a 13 anos, re de 14 a 16 anos e entre os gêneros. Conclu Conclui-se que a medida do tempo na realização da ToH ToH, de acordo com os , dados levantados e em grupos de crianças e adolescentes da 10 a 16 anos não se faz necessária necessária, uma vez que não apre apresentou correlação significativa. sentou

The current study consists of three major parts. Statistical modeling, the connection between statistical modeling and cluster analysis, and proposing new methods to cluster time dependent information. First, we perform a statistical modeling of the Carbon Dioxide (CO2) emission in South Korea in order to identify the attributable variables including interaction effects. One of the hot issues in the earth in 21st century is Global warming which is caused by the marriage between atmospheric temperature and CO2 in the atmosphere. When we confront this global problem, we first need to verify what causes the problem then we can find out how to solve the problem. Thereby, we find and rank the attributable variables and their interactions based on their semipartial correlation and compare our findings with the results from the United States and European Union. This comparison shows that the number one contributing variable in South Korea and the United States is Liquid Fuels while it is the number 8 ranked in EU. This comparison provides the evidence to support regional policies and not global, to control CO2 in an optimal level in our atmosphere. Second, we study regional behavior of the atmospheric CO2 in the United States. Utilizing the longitudinal transitional modeling scheme, we calculate transitional probabilities based on effects from five end-use sectors that produce most of the CO2 in our atmosphere, that is, the commercial sector, electric power sector, industrial sector, residential sector, and the transportation sector. Then, using those transitional probabilities we perform a hierarchical clustering procedure to classify the regions with similar characteristics based on nine US climate regions. This study suggests that our elected officials can proceed to legislate regional policies by end-use sectors in order to maintain the optimal level of the atmospheric CO2 which is required by global consensus. Third, we propose new methods to cluster time dependent information. It is almost impossible to find data that are not time dependent among floods of information that we have nowadays, and it needs not to emphasize the importance of data mining of the time dependent information. The first method we propose is called “Lag Target Time Series Clustering (LTTC)” which identifies actual level of time dependencies among clustering objects. The second method we propose is the “Multi-Factor Time Series Clustering (MFTC)” which allows us to consider the distance in multi-dimensional space by including multiple information at a time. The last method we propose is the “Multi-Level Time Series Clustering (MLTC)” which is especially important when you have short term varying time series responses to cluster. That is, we extract only pure lag effect from LTTC. The new methods that we propose give excellent results when applied to time dependent clustering. Finally, we develop appropriate algorithm driven by the analytical structure of the proposed methods to cluster financial information of the ten business sectors of the N.Y. Stock Exchange. We used in our clustering scheme 497 stocks that constitute the S&P 500 stocks. We illustrated the usefulness of the subject study by structuring diversified financial portfolio.

Automobile système embarqué est une architecture distribuée de l'ordinateur des applications basées sur. La prolifération des systèmes embarqués dans une automobile a apporté de nombreux avantages,tels que le remplacement du système mécanique ancienne avec capteur électronique en réseau et desactionneurs, par exemple, dans des applications telles suspensions adaptatives. Le remplacement des systèmes mécaniques avec ceux électroniques et l'intégration de nouvelles fonctionnalités dans l'électronique soulève une grave préoccupation, c'est de fournir des garanties que ces systèmes embarqués seront en mesure d'effectuer, même dans des environnements difficiles, en particulier dans un système critique pour la sécurité comme un automobile. De plus, ceux-ci l'actualité informatique applications à la demande, imposée par un processus physique.Par exemple, pour éviter un événement catastrophique comme un accident de la demande de freinage doit répondre aux contraintes de minutage. Ce qui implique que la durée de temps entre l'instance de l'application du frein (à la pédale de frein) et l'instance de l'actionnement au niveau des roues d'un véhicule automobile doit être inférieure à la limite. En outre, l'application de freinage est généralement répartie sur le nombre de nœuds, qui sont embarqués communicants les uns avec les autres en utilisant une ressource de communication partagée. Par conséquent, il est important que nous fournissons des garanties que la demande, individuellement et collectivement, est atteinte de ses contrainte temporelle; qui est dans la composition de plusieurs nœuds embarqués. En outre, la prolifération des applications informatiques est également livré avec une hétérogénéité croissante et la complexité de l'architecture intégrée, ce qui conduira à l'augmentation de la complexité de l'analyse pour les systèmes automobiles.Par conséquent, il ya un besoin croissant d'assurer que ces systèmes automobiles embarqués répondre à des contraintes temporelles et de fournir des garanties de sécurité au cours de leur fonctionnement normal ou lors de situations critiques. Cette thèse vise à développer les analyses d'ordonnançabilité pour systèmes automobiles et les réseaux intégrés, avec le but de faciliter,d'une manière rentable et fiable, la conception et l'analyse des systèmes embarqués automobiles. Les analyses sont élaborées et appliquées dans le contexte de l'automobile; de ​​façon à réduire le risque d'échec en raison de délai: les limites du matériel; frais généraux de mise en œuvre, et les interférences dues à la circulation probaliste / Automotive embedded system is a distributed architecture of computer-based applications. The proliferation of embedded systems in an automobile has brought numerous benefits; such as replacement of old mechanical system with networked electronic sensor and actuators, for example, in applications like adaptive suspensions. The replacement of mechanical systems with electronic onesand the integration of new functionality in electronics raises a serious concern; that is to provide guarantees that these embedded systems will be able to perform, even in harsh environments, particularly in a safety-critical system like an automobile.Moreover, these computer-based applications demand timeliness, imposed by a physical process. For example, to avoid a catastrophic event like a crash the braking application has to meet thetiming-constraints. This implies that the time duration between the instance of application of the brake (at brake pedal) and the instance of actuation at the wheels of an automobile should be less than the deadline. Moreover, the braking application is usually spread over number of embedded nodes, which are communicating with each other using a shared communication resource. Therefore, it is important that we provide some guarantees that an application, individually and collectively, is meeting its timing constraint; that is in the composition of multiple embedded nodes. Moreover, theproliferation of computer-based applications also comes with an increasing heterogeneity and complexity of the embedded architecture; which lead to the increase in the complexity of the analysis for the automotive systems Therefore, there is an increasing need to ensure that these automotive embedded systems meet temporal constraints and provide safety guarantees during their normal operation or during critical situations. This thesis aims at developing the schedulability analyses for automotive systems and embedded networks; with the aim to facilitate, in a cost-effective and reliable manner, the design and analysis of automotive embedded systems. The analyses are developed and applied in the automotive context; so as to reduce the risk of deadline failure due to: hardware limitations ; implementation overheads; and nterference due to probabilistic traffic

Les éléments génétiques mobiles contribuent grandement à la diversité et à l’évolution des génomes bactériens par le biais du transfert horizontal. Parmi eux, les éléments intégratifs conjugatifs (ICE) codent leur propre excision, leur transfert par conjugaison et leur intégration. En revanche, les éléments intégratifs et mobilisables (IME) ne sont autonomes que pour leur excision et intégration et ne codent seulement que certaines des protéines/fonctions (oriT) dont ils ont besoin pour leur transfert conjugatif. Par conséquent, les IME ont besoin d’un élément conjugatif « helper » pour se transférer. Malgré leur impact sur le flux des gènes et l’évolution des génomes, la prévalence des ICE reste peu étudiée et seulement très peu d’IME avaient été identifiés au début de cette étude. De plus, bien que plusieurs méthodes de détection des ilots génomiques existent, aucune d’elles n’est dédiée aux ICE ou aux IME. Ce qui ne facilite pas l’analyse exhaustive de ces éléments. Le genre Streptococcus appartient au phylum des firmicutes. La quasi-totalité des streptocoques sont des bactéries commensales ou pathogènes de l’homme et d’autres animaux. Aussi, 2 espèces de streptocoques sont utilisées en tant que ferments lactiques lors la production de laits fermentés et divers fromages. Globalement, le genre streptocoques représente un groupe d’intérêt pour l’homme, l’étude du flux de gènes au sein de ces organismes et l’impact qu’il peut avoir sur leur mode vie est primordiale. Au cours de cette thèse, nous avons recherché les ICE et les IME dans 124 souches de streptocoques appartenant à 27 espèces en utilisant une base de données de référence comportant des protéines dites « signatures » d’IME et d’ICE (de leurs modules de conjugaison/mobilisation et d’integration/excision). Cette analyse exhaustive a permis l’identification et la délimitation de 131 ICE ou ICE légèrement dégénérés et 144 IME. Tous ces éléments ont été délimités, ce qui nous a permis de déterminer leur spécificité d’intégration dans les génomes. Au total, 17 spécificités d’intégration ont été identifiées pour les ICE dont 8 encore jamais décrites (ftsK, guaA, lysS, mutT, rpmG, rpsI, traG and ybaB/EbfC) et 18 spécificités pour les IME dont seulement 5 étaient connues chez les firmicutes. Les modules d’intégration des ICE codent soit une intégrase à tyrosine pouvant avoir une faible spécificité (1 famille d’intégrase) ou une forte spécificité (13 spécificités différentes), soit des intégrases à sérine seule ou en triplet (4 spécificités différentes), soit une transposase à DDE. Les IME codent soit des intégrases à tyrosine (10 spécificités différentes) soit des intégrases à serine seule (8 spécificités différentes). Les ICE ont été groupés en 7 familles distinctes selon les protéines codées par leur module de conjugaison. Les IME présentaient une très forte diversité au sein de leur module de mobilisation, empêchant ainsi leur regroupement en famille selon les gènes portés par ce module. Les analyses phylogénétiques des protéines signature codées par tous les ICE et les IME ont montré des échanges de modules d’intégration entre les ICE et les IME et de nombreux échanges entre les modules de mobilisation des IME. L’ensemble de ces résultats révèle la forte prévalence et l’extrême diversité des ICE et des IME au sein des génomes de streptocoques. Une meilleure connaissance et compréhension de ces éléments nous a incité à construire un outil informatique semi-automatisé de détection des ICE et des IME de Streptocoques ainsi que leurs sites d’insertion / Mobile genetic elements largely contribute to the evolution and diversity of bacterial genomes through horizontal gene transfer. Among them, the integrative and conjugative elements (ICEs) encode their own excision, conjugative transfer and integration. On the other hand, integrative mobilizable elements (IMEs) are autonomous for excision and integration but encode only some of the proteins needed for their conjugative transfer. IMEs therefore need a “helper” conjugative element to transfer. Despite their impact on gene flow and genome dynamics, the prevalence of ICEs remains largely underscored and very few IMEs were identified at the beginning of this study. Furthermore, although several in silico methods exist to detect genomic islands, none are dedicated to ICEs or IMEs, thus complicating exhaustive examination of these mobile elements. The Streptococcus genus belongs to the firmicutes’ phylum. Almost all streptococci are commensal bacteria or pathogenes to men and animals. Two species of Streptococcus are also used in the dairy industry as lactic ferments in order to produce fermented milk and different types of cheese. Studying the gene flux of the Steptococci genus and the impact it can have on the lifestyle of these organisms is essential, as it has a lot of interest for human health and activities. In this work, we searched for ICEs and IMEs in 124 strains of streptococci belonging to 27 species using a reference database of ICE and IME signature proteins (from their conjugation, mobilization and integration/excision modules). This exhaustive analysis led to the identification and delimitation of 131 ICEs or slightly decayed ICEs and 144 IMEs. All these elements were delimited, which allowed us to identify their integration specificities in the genomes. In total, 17 ICE integration specificities were identified. Among them, 8 had never been described before (ftsK, guaA, lysS, mutT, rpmG, rpsI, traG and ybaB/EbfC). 18 specificities were also identified for IMEs, among which only 5 were known for the firmicutes. ICEs encode high or low-specificity tyrosine integrases (13 different specificities), single serine intégrases (1 specificity), triplet of serine integrases (3 different specificities), or DDE transposases while IMEs encode either tyrosine integrases (10 different specificities) or single serine integrases (8 different specificities). ICE were grouped in 7 distinct families according to the proteins encoded by their conjugation module whereas the mobilization modules of IMEs were highly diverse, preventing them from grouping into families according to their mobilization modules. The phylogenetic analysis of the signature proteins encoded by all ICEs and IMEs showed integration module exchanges between ICEs and IMEs and several mobilization module exchanges between IMEs. The overall results reveal a strong prevalence and extreme diversity of these elements among Streptococci genomes. Better understanding and knowledge of ICEs and IMEs prompted us to build a semi-automated command-line tool to identify streptococcal ICEs and IMEs as well as to determine their insertion site

This thesis focuses on issues of multi-layered identities within a social space. It analyzes ritual (or ceremony) as one of the codified displays of culture within which collective ideas and attitudes regarding identity are manifested, shared, and strengthened. Bosnian Serbs - due to political and social change - were forced to redefine their position in society, as well as their (collective) identities and social ties. Slava is a fundamental ritual seen as an attribute of "Serbianness", and in the context of this study, manifests itself as an indicator of establishment and validity of collective identities. Slava is a traditional celebration practiced by Orthodox believers in Serbia, Bosnia and Herzegovina, Montenegro, Bulgary, Albania, and Macedonia. It is a festivity of either a family, village, or local church patron. At the center of this research will be an individual slava of a family patron saint, krsna slava, or krsno ime. For Bosnian Serbs, krsna slava is currently a revitalized ritual concurring with local tradition and convening with social ambitions of current inhabitants in the region (otherwise it would not be revitalized). The pertinence of this research subject is given by the nature of ritual itself as it is founded on collective sharing and the manifestation of common ideas1 ....