Tesis para optar al Grado de Magíster en Ciencias Animales y Veterinarias. / La necrosis pancreática infecciosa (IPN) es una enfermedad viral con un impacto negativo considerable en la acuicultura de la trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss).. El objetivo del presente trabajo ha sido detectar las regiones genómicas que explican la resistencia al virus de la necrosis pancreática infecciosa (IPNV) en truchas arcoíris. Un total de 2.278 peces provenientes de 58 familias de medios hermanos y hermanos completos fueron desafiados con virus lPN para inducir la enfermedad. De estos fueron genotipados 768 peces: 488 resistentes y 280 susceptibles. Para el genotipado se utilizó un microarreglo Axiom®, Affymetrix® de 57 mil marcadores de tipo polimorfismo de nucleótido único (SNP). Se realizó un análisis de asociación de genoma completo utilizando los datos fenotípicos y genotípicos de los peces desafiados. Se utilizaron modelos de regresión lineal y regresión logística. La heredabilidad para la resistencia al virus IPN calculada con información de pedigrí para el rasgo tiempo de muerte fue 0,39 y para el rasgo de supervivencia binaria fue 0,32, y usando información genómica fue de 0,46 y 0,45, respectivamente. El análisis de asociación indicó que la resistencia al virus IPN es un rasgo Oligogénico. Se detectó un SNP asociado de forma significativa al rasgo tiempo de muerte en el cromosoma 5. La proporción de la varianza fenotípica y heredabilidad explicada por este marcador fue de 0,035 y 0,076, respectivamente. El Sentrin-specific protease 5 (SENP5) podría ser un gen candidato implicado en la resistencia frente a este patógeno por encontrarse en las cercanías del SNP significativo. Debido a la reducida proporción de la varianza fenotípica explicada por el marcador detectado, concluimos que la incorporación de toda la información genómica, a través de la selección genómica, podría ser el enfoque más adecuado para acelerar el progreso genético en el mejoramiento de la resistencia frente al virus IPN en trucha arcoíris. / Infectious pancreatic necrosis (IPN) is a viral disease with a considerable negative impact on rainbow trout aquaculture. The objective of the present work was to detect the genomic regions that explain the resistance to infectious pancreatic necrosis virus (IPNV) in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). A total of 2,278 fishes from 58 families of complete siblings were challenged with lPN virus to induce the disease. A total of 768 fishes, 488 resistant and 280 susceptible, were genotyped with an Axiom® microarray, Affymetrix® of 57,000 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. A complete genome association analysis was performed using the phenotypic and genotypic data of the challenged fishes. Linear regression and logistic regression models were used. The heritability for IPN virus resistance calculated with pedigree information for time of death trait was 0.39 and for the binary survival trait was 0.32, and using genomic information was 0.46 and 0.45, respectively. Association analysis indicated that resistance to IPN virus is an oligogenic trait. A SNP was significantly associated with the day-of-death trait on chromosome 5. The proportion of the phenotypic variance and heritability explained by this marker was 0.035 and 0.076, respectively. Sentrin-specific protease 5 (SENP5) could be a candidate gene involved in resistance to this pathogen because it is found near to the significant SNP. Due to the reduced proportion of the phenotypic variance explained by the detected marker, we conclude that the incorporation of all genomic information, through genomic selection, could be the most appropriate approach to accelerate genetic progress in the improvement of resistance to IPN virus in rainbow trout. / Financiamiento: Proyecto CORFO-INNOVA (12PIE - 17669).

Uno de los aspectos fundamentales para mejorar un carácter es el conocimiento de los genes que lo controlan. Para llegar a averiguar cuáles son esos genes una de las alternativas es buscar mutantes en esos caracteres y, a partir de ellos, identificar cuáles son los que han variado respecto del material de partida. En comparación con otras alternativas metodológicas el empleo de la mutagénesis insercional presenta una evidente ventaja ya que si el gen alterado en un mutante queda etiquetado molecularmente se facilita enormemente su posterior identificación. Para identificar genes relacionados con la tolerancia al estrés hídrico y salino en tomate, se ha llevado a cabo el escrutinio de una parte de la colección de líneas T-DNA de tomate y Solanum galapagense. Además de caracterizar fenotípica y genéticamente las líneas identificadas, se ha profundizado en el conocimiento de mutantes que previamente habían sido detectados en nuestro grupo por su relación con estos caracteres. Se han identificado y caracterizado dos nuevos mutantes con alteraciones en su tolerancia al estrés hídrico. Se ha mejorado la caracterización de tres mutantes relacionados con la tolerancia a la salinidad que habían sido identificados previamente. Se han identificado y caracterizado 19 mutantes afectados en caracteres del desarrollo que podrían estar relacionados con la tolerancia a estos tipos de estrés abiótico. Por último, tras la identificación del gen responsable del mutante dor, que tenía alterada su capacidad de enraizamiento y organogénesis adventicia, se ha iniciado su análisis funcional mediante la obtención y análisis de las correspondientes líneas RNAi. / One of the fundamental aspects to improve a character is the knowledge of the genes that control it. One of the alternatives to find out which are those genes is to look for mutants in those characters and to identify which ones have changed with respect to the wild type. In comparison with other methodological alternatives, the use of insertional mutagenesis presents an obvious advantage since if the mutated gene is molecularly labeled, its subsequent identification is greatly facilitated. In order to identify genes related to tolerance to drought and salt stress in tomato, after developing the necessary methodologies, a part of the tomato TDNA and Solanum galapagense lines of our collection has been scrutinized. In addition to phenotypically and genetically characterizing the identified lines, we have improved the knowledge of mutants previously detected in our group by their relationship with these characters. Two new mutants have been identified and characterized with alterations in their tolerance to drought. The characterization of three mutants previously identified in our group and related to salinity tolerance has been improved. We have identified and characterized 19 affected mutants in developmental characters that could be related to tolerance to abiotic stresses. Finally, after the identification of the gene responsible for dor, a mutant with changes in its capacity for rooting and adventitious organogenesis, its functional analysis was started by obtaining and analyzing the corresponding RNAi lines. / Un dels aspectes fonamentals per millorar un caràcter és el coneixement dels gens que el controlen. Per arribar a esbrinar quins són aquests gens una de les alternatives és buscar mutants en aquests caràcters i, a partir d'ells, identificar quins són els que han variat respecte del material de partida. En comparació amb altres alternatives metodològiques l'ús de la mutagènesi insercional presenta un evident avantatge ja que si el gen alterat en un mutant queda etiquetat molecularment es facilita enormement la seva posterior identificació. Per poder identificar gens relacionats amb la tolerància a l'estrès hídric i salí en tomaca, després de la posada a punt de les metodologies necessàries, s'ha dut a terme l'escrutini d'una part de la col·lecció de línies T-DNA de tomaca i Solanum galapagense. A més de caracteritzar fenotípicament i genèticament les línies identificades, s'ha aprofundit en el coneixement de mutants prèviament detectats en el nostre grup per la seva relació amb aquests caràcters. S'han identificat i caracteritzat dos nous mutants amb alteracions en la seva tolerància a l'estrès hídric. S'ha millorat la caracterització de tres mutants identificats prèviament en el nostre grup i relacionats amb la tolerància a la salinitat. S'han identificat i caracteritzat 19 mutants afectats en caràcters del desenvolupament que podrien estar relacionats amb la tolerància als estressos abiòtics. Finalment, després de la identificació del gen responsable del mutant dor que tenia alterada la seva capacitat d'arrelament i organogènesi adventícia, s'ha iniciat la seva anàlisi funcional mitjançant l'obtenció i anàlisi de les corresponents línies RNAi. / Jáquez Gutiérrez, M. (2018). Caracterización de mutantes insercionales y somaclonales de tomate y Solanum galapagense alterados en la tolerancia a estrés abiótico y caracteres del desarrollo relacionados [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/106364 / TESIS