A quitosana é um polisacarídeo obtido pela desacetilação das moléculas de quitina, principal constituinte de alguns fungos e do exoesqueleto de crustáceos e insetos. Os grupos amino presentes na quitosana conferem-lhe importantes propriedades biológicas, como a biodegradação, biocompatibilidade, atividade/efeitos imunológicos e atividade antibacteriana. A desacetilação da quitina é um processo cuja conversão é agressiva, já que exige o ataque da quitina em solução de álcalis em alta concentração e à quente, com duração de 6 a 8 horas. Neste trabalho, carapaças de siri da espécie Charybdis hellerii foi fragmentada e pré-tratada para a obtenção da quitosana e cada etapa, desde o pré-tratamento do material in natura à sua conversão em quitosana, foi investigada detalhadamente. Observou-se que dose e taxa de dose não influenciaram no pré-tratamento ou na etapa de desacetilação da quitina; na dose de 20 kGy (gama ou feixe de elétrons), o processo de conversão teve duração de 60 minutos. A quitosana obtida teve baixa massa molar e grau de desacetilação comparável á quitosana padrão (SA), dependendo das condições de irradiação. Além disso, apresentou inibição da atividade bacteriana tanto livre como imobilizada em substratos poliméricos de polipropileno e de polietileno processados também por radiação ionizante. / Chitosan is a polysaccharide obtained from chitins molecule deacetylation, which is the main composition of certain fungi species and crustaceans and insects exoskeleton. The amino groups present in chitosan give it important biological properties such as biodegradability and biocompatibility, activity/immunological effects and antibacterial healing. The deacetylation of chitin is an aggressive process, which reaction processes in 6 to 8 hours under hot concentrated alkali solution. In this work, Charybdis hellerii crab shells was fragmented and pre-treated for chitosan obtention and each conversion step, from in natura material pre-treatment to final chitosan, were investigated in deteails. It was observed dose and dose rate have not influence neither pre-treatment nor chitin deacetylation steps; at 20 kGy (from gamma or electron beam sources), the conversion process was performed in 60 minutes. The obtained chitosan presented low weight and deacetylation degree compared to standard chitosan, considering specific irradiation conditions. Also, obtained chitosan presented bacterial inactivity as a free compoud as immobilized onto polymeric substrates such polypropylene and polyethylene, also processed by ionizing radiation.

A quitosana é um polisacarídeo obtido pela desacetilação das moléculas de quitina, principal constituinte de alguns fungos e do exoesqueleto de crustáceos e insetos. Os grupos amino presentes na quitosana conferem-lhe importantes propriedades biológicas, como a biodegradação, biocompatibilidade, atividade/efeitos imunológicos e atividade antibacteriana. A desacetilação da quitina é um processo cuja conversão é agressiva, já que exige o ataque da quitina em solução de álcalis em alta concentração e à quente, com duração de 6 a 8 horas. Neste trabalho, carapaças de siri da espécie Charybdis hellerii foi fragmentada e pré-tratada para a obtenção da quitosana e cada etapa, desde o pré-tratamento do material in natura à sua conversão em quitosana, foi investigada detalhadamente. Observou-se que dose e taxa de dose não influenciaram no pré-tratamento ou na etapa de desacetilação da quitina; na dose de 20 kGy (gama ou feixe de elétrons), o processo de conversão teve duração de 60 minutos. A quitosana obtida teve baixa massa molar e grau de desacetilação comparável á quitosana padrão (SA), dependendo das condições de irradiação. Além disso, apresentou inibição da atividade bacteriana tanto livre como imobilizada em substratos poliméricos de polipropileno e de polietileno processados também por radiação ionizante. / Chitosan is a polysaccharide obtained from chitins molecule deacetylation, which is the main composition of certain fungi species and crustaceans and insects exoskeleton. The amino groups present in chitosan give it important biological properties such as biodegradability and biocompatibility, activity/immunological effects and antibacterial healing. The deacetylation of chitin is an aggressive process, which reaction processes in 6 to 8 hours under hot concentrated alkali solution. In this work, Charybdis hellerii crab shells was fragmented and pre-treated for chitosan obtention and each conversion step, from in natura material pre-treatment to final chitosan, were investigated in deteails. It was observed dose and dose rate have not influence neither pre-treatment nor chitin deacetylation steps; at 20 kGy (from gamma or electron beam sources), the conversion process was performed in 60 minutes. The obtained chitosan presented low weight and deacetylation degree compared to standard chitosan, considering specific irradiation conditions. Also, obtained chitosan presented bacterial inactivity as a free compoud as immobilized onto polymeric substrates such polypropylene and polyethylene, also processed by ionizing radiation.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-06-02Bitstream added on 2014-06-13T19:29:44Z : No. of bitstreams: 1 kamimura_gkf_me_arafcf.pdf: 713918 bytes, checksum: 90d6ccb478cdaac799bbb870832f99ec (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os frutos e vegetais apresentam-se fisiologicamente ativos após a colheita, dessa forma as perdas pós-colheita ocorrem pela influência de diferentes fatores onde se destacam a respiração, a temperatura, a umidade, a concentração de oxigênio e gás carbônico, a produção de etileno e a ação de enzimas endógenas associadas com processos de deterioração. As raízes de yacon têm sido cada vez mais consumidas devido à revelação de qualidades medicinais. A manutenção de sua qualidade in natura é um sério problema nos processos pós-colheita devido a inúmeras reações metabólicas. A peroxidase (POD, E.C.1.11.1.7) é largamente encontrada nos vegetais apresentando importante papel fisiológico/bioquímico embora uma precisa função não tenha ainda sido estabelecida. Sua importância para ciência dos alimentos evidencia-se pelas relações com alterações indesejáveis na qualidade e resistência dos vegetais, tornando interessante sua supressão parcial ou total no pós-colheita. Os objetivos desse trabalho foram isolar, purificar e caracterizar a peroxidase de raízes de yacon. Condições de extração para a POD de yacon foram estabelecidas e a enzima foi isolada por precipitação com sulfato de amônio, eluição em Sephadex G-25 e DEAE-celulose. Somente um pico de atividade foi eluído no processo de purificação com um fator de purificação de 222,33. O peso molecular determinado foi 34.8 kDa com valores de pH e temperatura ótima de 5,5 e 35°C, respectivamente. As constantes Km e Vmax foram de 14,227 mM e 17409 UA/mL, para s-dianisidina, e de 14,434 mM e 14830 UA/mL, para H2O2. Foram testados os efeitos inibidores de sais, quelantes, compostos sulfidrila, ácidos fenólicos e outros. Estudos de inativação térmica da POD foram realizados, nos quais se verificou o efeito protetor da sacarose na inativação enzimática e o efeito promotor de inativação pela... / The fruits and vegetables still continue physiologically active after the crop, in that way the postharvest losses occurs by the influence of different factors, like the respiration, temperature, humidity, concentration of oxygen and carbonic gas, ethylene production and the action of endogenous enzymes associated with deterioration processes. Yacon (Smallanthus sonchifolius) roots has been more and more consumed by the revelation of prebiotic and medicinal properties. The maintenance of its quality in the postharvest is a serious problem due to several metabolic reactions. Peroxidase (POD, E.C.1.11.1.7) is widely found in plants, having physiological/biochemical importance, although a precise function has not still been established. The POD importance for food science is due to its relationships with alteration of the quality and resistance of the vegetables to the postharvest factors. Its total or partial suppression by thermal inactivation or inhibitor compounds may be interesting for postharvest interests. The objectives of this work were to isolate, purify and characterize the POD from yacon roots. Extraction conditions for yacon POD were determined and the enzyme was isolated by precipitation with ammonium sulfate, elution on Sephadex G-25 and DEAE-cellulose. Only one peak of enzyme activity was eluted on the purification process with a 222.33 fold purification factor. The determined molecular weight was 34.8 kDa. The optimum pH and temperature values were pH 5.5 and 35°C, respectively. Km and Vmax for ï-dianisidine was 14.227 mM and 17409 UA/mL, and 14.434 mM and 14830 UA/mL for H2O2, respectively. The effects of metals, chelating agents, sulphidryl, phenolic acids and other compounds as POD inhibitors were evaluated... (Complete abstract, click electronic address below).

Determinou-se a Intensidade de Atividade de Inibição (IINIB) e a Intensidade de Atividade de Inativação (IINAB) de extratos hidroalcoólicos submetidos a destilação fracionada em rota-vapor com reidratação posterior, de 32 plantas com indicativo etnográfico condimentar na região metropolitana de Porto Alegre/RS, sobre inóculos padronizados de Escherichia coli (ATCC 11229), Staphylococcus aureus (ATCC 25923), Salmonella enteritidis (ATCC 11076) e Enterococcus faecalis (ATCC 19433). Coletou-se talos, folhas, frutos ou bulbos preferencialmente em período de floração. Extratos de 12 plantas apresentaram capacidade de inibição e ou inativação seletiva sobre os inóculos padronizados, sendo que as plantas que melhor se destacaram foram sálvia (Salvia officinalis L.), alho poró (Allium porrum L.), alho nirá (Allium tuberosum L.) e pimentas do tipo Jardim (Capsicum annuum L.), malagueta (Capsicum frutencens L.), calabreza (pool de Capsicum sp.) e dedo de moça (Capsicum baccatum L.). S. aureus demonstrou a maior resistência, enquanto que S. enteritidis foi a mais sensível. Simulou-se ainda, alimento envolvendo leite desnatado estéril, condimentado com estragão (Artemisia dracunculus Linn. ASTERACEAE var inodora) no substrato BHI , contaminado com Log 104 UFC/ml de Salmonella enteriditis (ATCC 11076), verificando-se posteriormente, em duas repetições independentes, a ausência de isolamento desta bactéria em alíquotas de 25 ml, após períodos de 24, 48 e 72 horas de incubação à 36ºC, comprometendo a Validade Preditiva dos Resultados Negativos (VPR -) da pesquisa de salmonela, neste alimento, segundo as normas regulamentares vigentes. Através do método de diluição, com sistema de tubos múltiplos e o emprego de desinibidores bacterianos, determinou-se a Intensidade de Inibição/Inativação (IINIB/IINAB) sobre esta bactéria, a partir de extrato aquoso do estragão, observando-se inibição expressiva, bem como ausência de inativação sobre salmonela. Na presença do fator matéria orgância/sujeira, representado por leite desnatado estéril, estes atributos se repetiram, embora com menor intensidade de inativação. Nas investigações epidemiológicas de surtos toxinfectivos alimentares poderiam ser acrescidas informações sobre condimentação vegetal, entre outras, pertinentes à complexidade crescente dos sistemas de alimentação e nutrição. / It was determined Intensity of Activity of Inhibition and the Intensity of Activity of Inativation of hidro-alcoholic extracts submitted the fracionated destillation in route-vapor with posterior rehidratation of 32 plants with etnograph indicative to spices in the region metropolitan of Porto Alegre/RS P, on standardized steins of Escherichia coli (ATCC 11229), Staphylococcus aureus (ATCC 25923), Salmonella enteritidis (ATCC 11076) and Enterococcus faecalis (ATCC 19433). One collected stems, leves, fruits or bulbs preferential in period of budding. Extracts of 12 plants had presented inhibition capacity and or selective inativation on the standardized species of bacteria, being that the plants that had better been distinguished had been sage (Salvia officinalis L.), poró garlic (Allium porrum L.), nirá garlic (Allium tuberosum L.) e types of peppers like, "garden" (Capisucum annuum L.), "malagueta" (Capsicum frutencens L.), "calabreza" (pool of Capsicum sp.) and young-woman-finger (Capsicum baccatum L.). S. aureus demonstrated the biggest resistence, while that S. enteritidis was most sensible. In the simulated food involving skimmed barren milk, condimented with tarragon (Artemisia dracunculus Linn. ASTERACEAE var. inodora) in substratum BHI, contaminated with Log 104 CFU/ml de Salmonella enteritidis (ATCC 11076), later, it was verified, in two independent repetitions, the absence of isolation of this bacterium in aliquot of 25 ml, after periods of 24, 48 and 72 hours of incubation at 36ºC, compromising the Preditive Validity of the Negative Results (PVR -) of the research of salmonela, in this food, according to prescribed norms. Through the Method of Dilution, with system of multiple pipes and the job of bacterial inhinibitors, it was determined Intensity of inhibition/inativation on the bacterium in study, from aquous extract of the tarragon, observing itself significant inhibition, as well as absence of inactivation on this bacteria. In presence of the organic substance, represented by skimmed barren milk, these attributes if had repeated, even so with lesser intensity of inhnibition. In the epidemiologic inquiries of alimentary toxinfective studies, information could be increased about vegetal condimentary, among others, pertinent to the increasing complexity of the systems of feeding and nutrition.

Determinou-se a Intensidade de Atividade de Inibição (IINIB) e a Intensidade de Atividade de Inativação (IINAB) de extratos hidroalcoólicos submetidos a destilação fracionada em rota-vapor com reidratação posterior, de 32 plantas com indicativo etnográfico condimentar na região metropolitana de Porto Alegre/RS, sobre inóculos padronizados de Escherichia coli (ATCC 11229), Staphylococcus aureus (ATCC 25923), Salmonella enteritidis (ATCC 11076) e Enterococcus faecalis (ATCC 19433). Coletou-se talos, folhas, frutos ou bulbos preferencialmente em período de floração. Extratos de 12 plantas apresentaram capacidade de inibição e ou inativação seletiva sobre os inóculos padronizados, sendo que as plantas que melhor se destacaram foram sálvia (Salvia officinalis L.), alho poró (Allium porrum L.), alho nirá (Allium tuberosum L.) e pimentas do tipo Jardim (Capsicum annuum L.), malagueta (Capsicum frutencens L.), calabreza (pool de Capsicum sp.) e dedo de moça (Capsicum baccatum L.). S. aureus demonstrou a maior resistência, enquanto que S. enteritidis foi a mais sensível. Simulou-se ainda, alimento envolvendo leite desnatado estéril, condimentado com estragão (Artemisia dracunculus Linn. ASTERACEAE var inodora) no substrato BHI , contaminado com Log 104 UFC/ml de Salmonella enteriditis (ATCC 11076), verificando-se posteriormente, em duas repetições independentes, a ausência de isolamento desta bactéria em alíquotas de 25 ml, após períodos de 24, 48 e 72 horas de incubação à 36ºC, comprometendo a Validade Preditiva dos Resultados Negativos (VPR -) da pesquisa de salmonela, neste alimento, segundo as normas regulamentares vigentes. Através do método de diluição, com sistema de tubos múltiplos e o emprego de desinibidores bacterianos, determinou-se a Intensidade de Inibição/Inativação (IINIB/IINAB) sobre esta bactéria, a partir de extrato aquoso do estragão, observando-se inibição expressiva, bem como ausência de inativação sobre salmonela. Na presença do fator matéria orgância/sujeira, representado por leite desnatado estéril, estes atributos se repetiram, embora com menor intensidade de inativação. Nas investigações epidemiológicas de surtos toxinfectivos alimentares poderiam ser acrescidas informações sobre condimentação vegetal, entre outras, pertinentes à complexidade crescente dos sistemas de alimentação e nutrição. / It was determined Intensity of Activity of Inhibition and the Intensity of Activity of Inativation of hidro-alcoholic extracts submitted the fracionated destillation in route-vapor with posterior rehidratation of 32 plants with etnograph indicative to spices in the region metropolitan of Porto Alegre/RS P, on standardized steins of Escherichia coli (ATCC 11229), Staphylococcus aureus (ATCC 25923), Salmonella enteritidis (ATCC 11076) and Enterococcus faecalis (ATCC 19433). One collected stems, leves, fruits or bulbs preferential in period of budding. Extracts of 12 plants had presented inhibition capacity and or selective inativation on the standardized species of bacteria, being that the plants that had better been distinguished had been sage (Salvia officinalis L.), poró garlic (Allium porrum L.), nirá garlic (Allium tuberosum L.) e types of peppers like, "garden" (Capisucum annuum L.), "malagueta" (Capsicum frutencens L.), "calabreza" (pool of Capsicum sp.) and young-woman-finger (Capsicum baccatum L.). S. aureus demonstrated the biggest resistence, while that S. enteritidis was most sensible. In the simulated food involving skimmed barren milk, condimented with tarragon (Artemisia dracunculus Linn. ASTERACEAE var. inodora) in substratum BHI, contaminated with Log 104 CFU/ml de Salmonella enteritidis (ATCC 11076), later, it was verified, in two independent repetitions, the absence of isolation of this bacterium in aliquot of 25 ml, after periods of 24, 48 and 72 hours of incubation at 36ºC, compromising the Preditive Validity of the Negative Results (PVR -) of the research of salmonela, in this food, according to prescribed norms. Through the Method of Dilution, with system of multiple pipes and the job of bacterial inhinibitors, it was determined Intensity of inhibition/inativation on the bacterium in study, from aquous extract of the tarragon, observing itself significant inhibition, as well as absence of inactivation on this bacteria. In presence of the organic substance, represented by skimmed barren milk, these attributes if had repeated, even so with lesser intensity of inhnibition. In the epidemiologic inquiries of alimentary toxinfective studies, information could be increased about vegetal condimentary, among others, pertinent to the increasing complexity of the systems of feeding and nutrition.

Determinou-se a Intensidade de Atividade de Inibição (IINIB) e a Intensidade de Atividade de Inativação (IINAB) de extratos hidroalcoólicos submetidos a destilação fracionada em rota-vapor com reidratação posterior, de 32 plantas com indicativo etnográfico condimentar na região metropolitana de Porto Alegre/RS, sobre inóculos padronizados de Escherichia coli (ATCC 11229), Staphylococcus aureus (ATCC 25923), Salmonella enteritidis (ATCC 11076) e Enterococcus faecalis (ATCC 19433). Coletou-se talos, folhas, frutos ou bulbos preferencialmente em período de floração. Extratos de 12 plantas apresentaram capacidade de inibição e ou inativação seletiva sobre os inóculos padronizados, sendo que as plantas que melhor se destacaram foram sálvia (Salvia officinalis L.), alho poró (Allium porrum L.), alho nirá (Allium tuberosum L.) e pimentas do tipo Jardim (Capsicum annuum L.), malagueta (Capsicum frutencens L.), calabreza (pool de Capsicum sp.) e dedo de moça (Capsicum baccatum L.). S. aureus demonstrou a maior resistência, enquanto que S. enteritidis foi a mais sensível. Simulou-se ainda, alimento envolvendo leite desnatado estéril, condimentado com estragão (Artemisia dracunculus Linn. ASTERACEAE var inodora) no substrato BHI , contaminado com Log 104 UFC/ml de Salmonella enteriditis (ATCC 11076), verificando-se posteriormente, em duas repetições independentes, a ausência de isolamento desta bactéria em alíquotas de 25 ml, após períodos de 24, 48 e 72 horas de incubação à 36ºC, comprometendo a Validade Preditiva dos Resultados Negativos (VPR -) da pesquisa de salmonela, neste alimento, segundo as normas regulamentares vigentes. Através do método de diluição, com sistema de tubos múltiplos e o emprego de desinibidores bacterianos, determinou-se a Intensidade de Inibição/Inativação (IINIB/IINAB) sobre esta bactéria, a partir de extrato aquoso do estragão, observando-se inibição expressiva, bem como ausência de inativação sobre salmonela. Na presença do fator matéria orgância/sujeira, representado por leite desnatado estéril, estes atributos se repetiram, embora com menor intensidade de inativação. Nas investigações epidemiológicas de surtos toxinfectivos alimentares poderiam ser acrescidas informações sobre condimentação vegetal, entre outras, pertinentes à complexidade crescente dos sistemas de alimentação e nutrição. / It was determined Intensity of Activity of Inhibition and the Intensity of Activity of Inativation of hidro-alcoholic extracts submitted the fracionated destillation in route-vapor with posterior rehidratation of 32 plants with etnograph indicative to spices in the region metropolitan of Porto Alegre/RS P, on standardized steins of Escherichia coli (ATCC 11229), Staphylococcus aureus (ATCC 25923), Salmonella enteritidis (ATCC 11076) and Enterococcus faecalis (ATCC 19433). One collected stems, leves, fruits or bulbs preferential in period of budding. Extracts of 12 plants had presented inhibition capacity and or selective inativation on the standardized species of bacteria, being that the plants that had better been distinguished had been sage (Salvia officinalis L.), poró garlic (Allium porrum L.), nirá garlic (Allium tuberosum L.) e types of peppers like, "garden" (Capisucum annuum L.), "malagueta" (Capsicum frutencens L.), "calabreza" (pool of Capsicum sp.) and young-woman-finger (Capsicum baccatum L.). S. aureus demonstrated the biggest resistence, while that S. enteritidis was most sensible. In the simulated food involving skimmed barren milk, condimented with tarragon (Artemisia dracunculus Linn. ASTERACEAE var. inodora) in substratum BHI, contaminated with Log 104 CFU/ml de Salmonella enteritidis (ATCC 11076), later, it was verified, in two independent repetitions, the absence of isolation of this bacterium in aliquot of 25 ml, after periods of 24, 48 and 72 hours of incubation at 36ºC, compromising the Preditive Validity of the Negative Results (PVR -) of the research of salmonela, in this food, according to prescribed norms. Through the Method of Dilution, with system of multiple pipes and the job of bacterial inhinibitors, it was determined Intensity of inhibition/inativation on the bacterium in study, from aquous extract of the tarragon, observing itself significant inhibition, as well as absence of inactivation on this bacteria. In presence of the organic substance, represented by skimmed barren milk, these attributes if had repeated, even so with lesser intensity of inhnibition. In the epidemiologic inquiries of alimentary toxinfective studies, information could be increased about vegetal condimentary, among others, pertinent to the increasing complexity of the systems of feeding and nutrition.

Orientadores: Michel Georges Albert Vincentz, Fabio Tebaldi Silveira Nogueira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T11:23:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Zanca_AlmirSamuel_M.pdf: 11034884 bytes, checksum: 0545b58df6802e07009aef761dda3003 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: RNAs não-codificantes de 20-27 nucleotídeos (nt) regulam transcricionalmente ou pós-transcricionalmente a expressão de genes endógenos, modelando o transcriptoma e a produção de proteínas. Dentre estes, microRNAs (miRNAs) desempenliam papel chave no desenvolvimento vegetal, observação comprovada pela avaliação fenotípica e molecular de plantas transgênicas e de mutantes defectivos na produção de tais RNAs. MiRNAs são produzidos a partir de precursores longos (pri-miRNAs), os quais são posteriormente processados por enzimas específicas, gerando o miRNA maduro (20-22 nt). O miRNA maduro, por sua vez, guia a clivagem do mRNA de genes-alvo e bloqueia a tradução de proteínas, afetando diversos aspectos do desenvolvimento. O sequênciamento de populações de RNAs regulatórios possibilitou a identificação de miRNAs conservados e específicos em diferentes espécies vegetais, embora estudos em plantas de importância econômica sejam ainda incipientes. Atualmente, existem diversos bancos públicos de sequências ESTs disponíveis. Esses bancos possuem um grande número de sequências não-codíficantes, dentre as quais podem estar presentes pri-miRNAs, os quais são também são moléculas poliadeniladas similares a mRNAs codifícantes. O banco público de ESTs de cana-de-açúcar TIGR Gene Index foi usado como base para uma busca de miRNAs. O processo criado possibilitou a identificação de 20 precursores de miRNAs, agrupados em 15 famílias distintas. No presente trabalho desenvolveu-se também ferramenta para predição de potenciais alvos para os miRNAs encontrados. As famílias de miRNAs de cana-de-áçucar e a ferramenta de predição de genes-alvo estão integrados em banco de dados que estará disponível brevemente. Análise de expressão gênica demonstrou que precursors de miRNAs de cana-de-açúcar acumulam em níveis variáveis em distintos tecidos/órgãos. Além disso, tanto o acúmulo do miRNA maduro quanto a degradação do mRNA-alvo foram avaliados para alguns casos estudados. A caracterização de um miRNA específico de monocotiledôneas (miR528) e a confirmação de seu alvo, um gene comum em angiospermas, predito pela primeira vez neste trabalho, gera um interessante questionamento sobre a regulação desse gene via miRNA apenas em monocotiledôneas / Abstract: No-coding RNAs of 20-27 nucleotides (nt) transcriptional or posttranscriptionally regulate endogenous gene expression, affecting the cellular output of transcripts and proteins. Among these RNAs, microRNAs (miRNAs) play an important role in plant development as confirmed by phenotypic and molecular evaluation of transgenic plants and knockout mutants defective in miRNA biogenesis and function. miRNAs are produced from long precursors (pri-miRNAs), which are processed by specific enzymes into the mature miRNA (20-22 nt). The mature miRNA guides the cleavage of target genes as well as impairs protein translation, affecting several development processes. Deep sequencing of small RNAs identified conserved and species-specific miRNAs. Nevertheless, studies on crops are still in their infancy. Public ESTs databases are an important source of no-coding sequences, in which we can find miRNAs precursors, which are polyadenilated RNAs as messenger RNAs. In this work, the public sugarcane EST database TIGR Gene Index was used to search conserved miRNAs. The pipeline developed in this work made possible the identification of 20 miRNAs precursors, grouped into 15 families. It was also developed a search tool for potential miRNAs targets. Sugarcane miRNAs precursors displayed tissue/organ differential expression profiles. Moreover, a new identified miRNA target was confirmed experimentally. This new target is regulated by a monocot specific miRNA, miR528. Interestingly, this miRNA target is conserved in eudicots and monocots, even though its regulation by miRNA is not. This finding raises the question of why this gene has evolved in having a miRNA-mediated posttranscriptional regulation only in monocots / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Biologia Funcional e Molecular

Orientadores: Carlos Francisco Sampaio Bonafé, Marcelo Lancellotti / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-21T08:59:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Souza_AncelmoRabelo_M.pdf: 2604011 bytes, checksum: 68977693022bd1bef29d71963a2562d5 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Mycobacterium abscessus é um importante patógeno de origem hospitalar que contamina materiais cirúrgicos e biofarmacêuticos. Estes quando mal esterilizados tornam-se agentes infectantes gerando graves patologias nas pessoas que os utilizam. A crescente incidência desse patógeno, as dificuldades de tratamento, a gravidade clínica e, a dificuldade de esterilizar fômites contaminados com este patógeno motivou a investigação de processos alternativos de esterilização. Atualmente, utiliza-se a alta pressão hidrostática como método bastante adequado para reduzir a carga microbiana e esterilizar materiais hospitalares e biofarmacêuticos que são sensíveis à autoclave. Desta forma, investigou-se a inativação de M. abscessus induzida por pressão em diferentes condições de temperatura e de pH visando progredir em direção a um método de esterilização. De acordo com os resultados obtidos, tratamentos a 250 MPa não inativaram significativamente (5 a 8 ordens de magnitude) a bactéria em até 90 min a 20°C. Entretanto em -15°C a inativação foi completa. O tratamento a 250 MPa a 60ºC por 45 min promoveu significativa inativação bacteriana de até 9 unidades logarítmicas, incluindo o teste com PVC. Além disso, extremos de pH (4 ou 9) também diminuíram acentuadamente o número de bactérias tratados por alta pressão (250 MPa), com inativação completa após 45 min. Assim, este trabalho torna-se de suma importância, uma vez que aponta para o melhoramento de protocolos de descontaminação de fômites hospitalares / Abstract: Mycobacterium abscessus is an important hospital-acquired pathogen which induces infections from medical surgical and biopharmaceutical materials. The increasing incidence of this pathogen, the difficulties of treatment and clinical seriousness motivates the investigation of alternatives in sterilization processes. High hydrostatic pressure is a very adequate method for reducing microbial load and for sterilization of hospital materials and biopharmaceutical that are sensitive to autoclaving. We investigated the pressure-induced inactivation of M. abscessus combined with different temperatures and pH conditions aiming improvements toward a sterilization methodology. According to our findings, treatment at 250 MPa did not inactivate the bacteria significantly (5 to 8 orders of magnitude) up to 90 min at 20 oC, nevertheless at -15°C the inactivation was complete. The treatment at 250 MPa and 60ºC or above by 45 min promoted significant bacteria inactivation, at least 9 logarithmic units, including the test PVC. Extremes of pH values (4 or 9) also decrease very much the bacteria number induced by pressure (250 MPa), with complete inactivation at 45 min. The better knowledge of the effect of high hydrostatic pressure in micobacteria may contribute to improvements in the decontamination of medical materials and pharmaceuticals / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Biologia Funcional e Molecular

Considerando a necessidade da pasteurização da água de coco verde, após a abertura do fruto, devido à ação de microrganismos e das enzimas presentes, peroxidase (POD) e polifenoloxidase (PFD), o presente trabalho tem como objetivo estudar o comportamento da atividade dessas enzimas, através de processo térmico contínuo. Na primeira parte foi estudada a cinética de inativação térmica das enzimas em processo de pasteurização da água de coco, realizado em trocador de calor a placas (TCP) de laboratório, ARMFIELD FT 43–A, a temperatura de 90°C em diferentes tempos de retenção. Amostras da água de coco não processada e processada foram congeladas a – 30ºC para as análises enzimáticas. Na segunda parte, com base nos resultados obtidos de cinética, foram realizados processos a 90 ºC com tempos de retenção de 120, 180 e 200 s para o estudo do comportamento dessas enzimas durante o armazenamento. Análises de pH, acidez, turbidez e atividade enzimática também foram realizadas durante o tempo de armazenamento de amostras da água de coco processada e não processada em temperatura ambiente, refrigerada (10ºC) e congelada (- 20ºC). Cada lote de água de coco foi caracterizado pela densidade, teores de sólidos totais e solúveis, cinzas, pH, acidez e turbidez. Nos processos térmicos contínuos realizados a 90ºC a POD e PFD presentes na água de coco apresentaram pelo menos duas isoenzimas com estabilidades diferentes e a PFD mostrou-se mais termorresistente que a POD. A POD presente na água de coco processada, durante o armazenamento a – 30ºC, apresentou-se mais estável que a PFD. A água de coco processada que apresentou maior estabilidade físico-química e enzimática foi a armazenada congelada. / Considering the need for green coconut water pasteurization after opening the fruit due to microbial and enzymatic (peroxidase (POD) and polyphenol oxidase (PFD)) action, the objective of this work is to study the behavior of the activity of these enzymes during continuous thermal processing. The first stage of the work was the study of the enzymes thermal inactivation kinetics during continuous pasteurization of coconut water, performed in a laboratory plate heat exchanger, Armfield 43 – A, at a temperature of 90°C with different holding times. Samples of unprocessed and processed coconut water were frozen at - 30°C for enzymatic analyses. In the second stage, based on the results obtained, processing was performed at 90°C with holding times of 80, 120, 180 and 200 s for studying the behavior of these enzymes during storage. Analyses of the pH, titratable acidity, turbidity and enzymatic activity were conducted during storage in processed and unprocessed samples kept at ambient temperature, refrigerated (10°C) and frozen (- 20°C). Each coconut water batch was characterized by density, total and soluble solids, ashes, pH, titratable acidity and turbidity. For the continuous thermal processes carried out at 90°C both POD and PFD presented at least two isozymes with different thermal stability, and PFD was more thermally resistant than POD. During storage at - 30°C POD in processed coconut water was more stable than PFD. The highest physicochemical and enzymatic stability was achieved for processed coconut water under frozen storage.

Eventos epigenéticos como o imprinting genômico e a inativação do cromossomo X (ICX), já foram amplamente estudados em camundongos. Nesses animais muitos dos processos epigenéticos que levam à ICX já estão profundamente esclarecidos. Em humanos entretanto, o conhecimento sobre a ICX é mais limitado, em particular os eventos iniciais do processo durante o desenvolvimento embrionário. O desenvolvimento e aprimoramento de ensaios que envolvem o sequenciamento em larga escala do transcriptoma (RNA-Seq) de células únicas iniciam uma nova era nos estudos sobre a ICX. São crescentes os dados de RNA-Seq depositados em bancos de dados públicos e em 2013 os trabalhos de Xue e colaboradores e de Yan e colaboradores tornaram disponíveis os resultados de RNA-Seq de células individuais isoladas de embriões humanos a partir do estágio de duas células até a fase de blastocisto. Através de técnicas de bioinformática avaliamos o nível de expressão do gene XIST, intimamente envolvido no processo de ICX, nos diferentes estágios do desenvolvimento. Alinhamos também as leituras geradas por RNA-Seq contra o genoma humano de referência no intuito de se identificar variantes em regiões transcritas e assim verificar a origem do alelo expresso. Com isso, pudemos observar que o gene XIST tem sua expressão iniciada em embriões humanos no estágio de oito células, e que o silenciamento transcricional dos genes do cromossomo X já se iniciou no estágio de blastocisto de forma aleatória mas ainda não se disseminou, i.e. a ICX não está completa. Devido ao fenômeno de ICX, a caracterização de genes \"imprintados\" neste cromossomo é desafiadora. Ainda assim em camundongos foram relatados alguns genes do X que são assim regulados. Mulheres portadoras da síndrome de Turner (45,X) apresentam diferenças fenotípicas dependentes da origem parental do cromossomo X herdado, sugerindo a existência de genes \"imprintados\" no X humano. Em particular os genes MAOA, MAOB e USP9X foram indicados como candidatos a serem regulados por imprinting. Através do sequenciamento de regiões transcritas contendo SNPs em heterozigose foram avaliados o padrão de expressão alelo-específico dos três genes indicados. Nenhum sinal de regulação por imprinting pôde ser detectado nem em placenta nem em cérebro humano, pois a procedência dos alelos expressos era independente da origem parental. Isso não significa que a variabilidade fenotípica em mulheres com Turner não possa ser explicada por imprinting em genes do X. Experimentos de RNA-Seq em diversos tecidos humanos ou a partir de células únicas são uma abordagem conveniente para se elucidar este fenômeno / Epigenetic phenomena as genomic imprinting and X chromosome inactivation (XCI) have been widely studied in mice. While most of the processes and steps involved in XCI in mice are well studied, in humans our knowledge is still very limited, specially during early embryo development. Advances in single-cell whole transcriptome high troughput sequencing techniques (RNA-Seq) bring a new era to the XCI field. Single-cell RNA-Seq results of from 2-cell to the blastocyst stage of human embryos were published by Xue et cols and Yan et cols in 2013. Using bioinformatics techniques we searched for the XIST gene expression level (a gene closely involved in XCI) throughout the human pre-implantation embryo development. We aligned reads generated by RNA-Seq assays to the human reference genome looking for variants in gene transcriptional regions and to identify the origin of the expressed allele. Our results show that XIST expression starts from the 8-cell stage and is stabilized and upregulated at the female blastocyst stage. We also show that the transcriptional silence of X-linked genes started at the blastocyst stage and is independent of parental origin but this does not apply for all genes. We concluded that the completion of the transcriptional silence step is probably established during post-implantation stage. The search for X-linked imprinted genes is challenging due to the XCI phenomenon. Nevertheless, X-imprinted genes were reported in mice. In humans, no X-imprinted genes were found so far, but phenotypic differences reported in Turner\'s syndrome (45,X) women was related to the parental origin of the X chromosome inherited. This suggests the existence of X-linked imprinted genes, in particular MAOA, MAOB and USP9X seemed good candidates. By sequencing transcript regions containing heterozygous SNPs in these genes we could access their expression pattern. Our results show no sign of imprinting regulation of MAOA, MAOB and USP9X, neither in human brain nor in human term placenta. This does not rule out the possibility that the phenotypic differences observed in Turner\'s syndrome women could be the consequence of other unknown X-linked imprinted genes. RNA-Seq of different human female tissues is a powerful approach to finally find the genes involved in such phenotypes