Cette thèse a comme objectif d'apporter une contribution à l'économie de l'innovation au niveau microéconomique. Elle est composée de trois chapitres portant sur le marché du travail des scientifiques et ingénieurs, les incitations à l'innovation dans le secteur privé et l'existence d'effets de proximité spatiale dans le recrutement des jeunes diplômés en sciences et ingénierie (S&I). Dans le premier chapitre de cette thèse, nous nous intéressons au marché du travail des scientifiques et ingénieurs. Tout d'abord, nous dégageons les différentes caractéristiques de ce marché du travail. Nous analysons ensuite les différents déterminants d'accès aux activités de R&D pour les jeunes diplômés en S&I. Enfin, nous nous interrogeons plus globalement sur la valorisation des activités de R&D au sein des entreprises privées. Nous déterminons s'il est rentable pour un ingénieur d'effectuer sa carrière au sein des activités de R&D. Cette analyse du marché du travail des scientifiques en entreprise montre qu'il n'existe pas de primes aux fonctions de R&D. Ce résultat nous amène à nous interroger dans le second chapitre de cette thèse sur les incitations à l'innovation dans le secteur privé. La mesure de l'innovation choisie est le fait pour un ingénieur de déposer un brevet, indicateur habituellement choisi pour mesurer l'innovation au niveau des entreprises. Nous nous intéressons aux types d'incitations monétaires reçues par les inventeurs au sein des entreprises. De la littérature, deux types d'incitations ressortent : les incitations liées à la performance de l'agent (le salaire) et celles liées à la performance des entreprises (les stock-options). Nous portons une attention particulière à la mobilité inter-entreprise des inventeurs. Dans le dernier chapitre de cette thèse, dans la lignée des travaux de l'économie de la connaissance portant sur le lien innovation-territoire, nous analysons l'existence d'effets de proximité dans le recrutement des jeunes diplômés en S&I par les entreprises pour leurs activités de R&D. Nous cherchons également à déterminer si le capital humain des scientifiques est plus fortement valorisé sur le marché du travail local, remettant dans une certaine mesure en cause la théorie de la prospection d'emploi spatiale. Enfin, nous portons une attention toute particulière à la valorisation du capital humain scientifique au sein des pôles de compétitivité mis en place par le gouvernement français en 2005 à l'image des clusters américains.