Os povos indígenas vivem há mais de 500 anos na luta pela superação do colonialismo interno. Com a homogeneização das formas de vida, estes povos são sistematicamente produzidos como não existentes nas políticas integracionistas. A Constituição Federal de 1988 rompe com esta prática garantindo o direito do reconhecimento de suas identidades e modos de vida, expressos pela sua cultura, e o direito à saúde. O direito dos povos originários à saúde pautou três Conferências de Saúde Indígena que estabeleceram as diretrizes para a criação do Subsistema de Atenção à Saúde Indígena em 1999. Desde o início de sua estruturação nos 34 Distritos Sanitários Especiais Indígenas (DSEI), foram organizados os Conselhos Distritais de Saúde Indígena (CONDISI) e o Fórum de Presidentes de CONDISI no nível central. Este estudo tem como objetivo analisar a participação e o protagonismo dos povos indígenas no processo de construção e implementação da Política Nacional de Saúde Indígena, após a Constituição Federal de 1988, a partir das Epistemologias do Sul. Foi utilizada a metodologia qualitativa com diversas fontes e materiais: análise documental das atas de reuniões, legislações, relatórios das cinco Conferências Nacionais de Saúde Indígena e 24 entrevistas em profundidade com indígenas, gestores, indigenistas e representante do MPF. A análise das legislações reconhecidas como pertinentes ao tema indicam uma grande quantidade e diversidade de normas que tratam de forma segregada as temáticas indígenas e as normas do Sistema Único de Saúde. Demonstram, para além da fragmentação legal e normativa, algumas iniciativas que avançam na integralidade da assistência, bastante pontuais, como a criação de incentivos financeiros específicos. Destaca-se a complexidade e a fragilidade da articulação interfederativa, que se torna mais complexa com a gestão federal e a territorialização dos DSEI, que não coincidem com os territórios de estados e municípios. No que tange à participação, pode-se afirmar que a maioria dos entrevistados reconhecem o CONDISI como espaço legítimo de diálogo entre indígenas e governo para debater a política de saúde e sua execução nas aldeias indígenas. Contudo, é evidente o predomínio das pautas de interesse da gestão e a repercussão nas reuniões de CONDISI de temas já discutidos no Fórum de Presidentes. Nas pautas do CONDISI Litoral Sul, que foram objeto deste estudo, por exemplo, a discussão da divisão territorial do DSEI, de interesse dos indígenas, não ganhou espaço e reconhecimento pela gestão. Chama a atenção à ausência de discussão nos espaços formais de temas que predominam nas entrevistas com os indígenas, como a valorização da medicina tradicional e a atenção diferenciada. Esta última é a justificativa central para existência do Subsistema e pauta-se nas desigualdades em saúde, na necessidade de modos de produção de cuidado que articulem as medicinas indígenas e a biomedicina e na diversidade cultural dos mais de 300 povos. O predomínio da biomedicina como forma científica e legítima do saber sobre a saúde acaba por interditar as pautas referentes às medicinas indígenas. Esta lógica perpetua a relação colonial do governo com os povos originários, principalmente sobre o saber, comprometendo a efetivação da atenção diferenciada, e, por consequência, do direito à saúde. Esta política, para ser efetiva, deveria se organizar na perspectiva da Ecologia de Saberes, considerando os modos de existência destes povos, principalmente sua relação com a terra, e sua construção como sujeitos coletivos. / Indigenous Peoples have been living for more than 500 years in the struggle to overcome internal colonialism. With the homogenization of the way of life, these peoples are systematically considered as non-existent in integrationist policies. The Federal Constitution of 1988 breaks with this logic assuring them the right to their identities and their ways of life, expressed by their culture, and also their right to health. The Indigenous Peoples\' right to health established three Indigenous Health Conferences that set the guidelines for the creation of the Indigenous Health Care Subsystem, in 1999. Since its beginning, along with the establishiment of the 34 Special Indigenous Sanitary Districts (DSEI), participatory Councils were organized (CONDISI), and also the CONDISI Presidents\' Forum at the central level. Based on Epistemologies of the South, this study aims to analyze the participation and the protagonism of Indigenous Peoples in the construction and implementation processes of the National Indigenous Health Policy, after the Federal Constitution of 1988. The qualitative methodology used with several sources and materials: documenta analysis of minutes of meetings, legislations, reports of the five National Indigenous Health Conferences and 24 in-depth interviews with Indigenous Peoples, managers, indigenists and Federal Prosecution Service. Relevant legislation analyzed showed great quantity and diversity of norms that separate the indigenous themes and the norms of the Unified Health System. They demonstrate, in addition to legal and normative fragmentation, some initiatives towards care integrality quite specific ones, such as the creation of financial incentives. We highlight the complexity and fragility of the interfederative articulation, which becomes more complex with federal management and territorialisation of the DSEI, which do not match with the limits of states and municipalities territories. Regarding participation, it can be said that most interviewees recognize the CONDISI as a legitimate space for dialogue between Indigenous Peoples and the government to discuss the health policy and its implementation in indigenous communities. However, there is a clear predominance of agendas in the interest of the management representatives and the repercussions on the CONDISI meetings of topics already discussed in the Presidents\' Forum. For example, on the agenda of the CONDISI Litoral Sul, object of this study, the discussion of the territorial division of the DSEI, on the interest of the indigenous representatives, did not gain space and recognition by the management representatives. What also draws attention is the absence of discussions of topics that were predominant on the interviews with Indigenous Peoples on formal spaces, such as traditional medicine and differentiated care. This last one is central to the existence of the Subsystem and it is based on inequalities in health, the need for care production methods that articulate traditional indigenous medicine and biomedicine, and the cultural diversity of more than 300 tribes. The predominance of biomedicine as a scientific and legitimate way of health knowledge inhibits the agenda related to traditional indigenous medicine. This logic perpetuates the colonial relationship of the government upon the Indigenous Peoples, especially regarding knowledge, compromising the effectiveness of differentiated care and, consequently, the right to health. This policy, in order to be effective, should be organized in the perspective of the Ecology of Knowledges, considering the ways of existence of these peoples, especially their relationship with the land, and their construction as collective subjects.