L'infection chronique ou occulte par le virus de l'hépatite B (HBV) est l'un des facteurs de risque les plusimportants pour le développement de carcinome hépatocellulaire viro-induit. Malgré la petite taille dugénome et les contraintes imposées par l'organisation de ce génome, le HBV présente une grandevariabilité génétique qui est le résultat des erreurs générées lors de l'étape de reverse transcription maisaussi, lors des processus de sélection et d'adaptation. Durant l'infection, une relation étroite hôte-viruss'établit. La population virale est caractérisée par la présence de quasi-espèces pouvant influencerl'évolution de la maladie hépatique et favoriser les phénomènes d'échappement. Le but de notre travail aété 1) d'étudier la variabilité virale associée aux infections occultes et l'impact de certaines modificationsde l'AgHBs (sY100C) sur la reconnaissance des tests de détection enzymatiques, et l'impact des mutations(sK122R, sD144E) sur la reconnaissance des anticorps anti-HBs d'un patient 2) de développer un nouveloutil d'amplification de génomes entiers de HBV que nous avons appliqué à l'étude préliminaire de quasiespècesd'un mutant Core. Cet outil d'amplification est plus sensible que les techniques existantes, et ilpermet l'étude des propriétés moléculaires et fonctionnelles des isolats virales. En conclusion, nous avonspu montrer que les processus d'échappement sont complexes, et font intervenir des facteurs du virus et del'hôte. Ce travail contribue à l'amélioration de la compréhension de la biologie de l'infection par le HBV,et illustre la complexité des interactions hôte-virus.

L'infection chronique ou occulte par le virus de l'hépatite B (HBV) est l'un des facteurs de risque les plusimportants pour le développement de carcinome hépatocellulaire viro-induit. Malgré la petite taille dugénome et les contraintes imposées par l'organisation de ce génome, le HBV présente une grandevariabilité génétique qui est le résultat des erreurs générées lors de l’étape de reverse transcription maisaussi, lors des processus de sélection et d’adaptation. Durant l'infection, une relation étroite hôte-viruss'établit. La population virale est caractérisée par la présence de quasi-espèces pouvant influencerl'évolution de la maladie hépatique et favoriser les phénomènes d'échappement. Le but de notre travail aété 1) d'étudier la variabilité virale associée aux infections occultes et l'impact de certaines modificationsde l'AgHBs (sY100C) sur la reconnaissance des tests de détection enzymatiques, et l'impact des mutations(sK122R, sD144E) sur la reconnaissance des anticorps anti-HBs d'un patient 2) de développer un nouveloutil d'amplification de génomes entiers de HBV que nous avons appliqué à l'étude préliminaire de quasiespècesd'un mutant Core. Cet outil d'amplification est plus sensible que les techniques existantes, et ilpermet l'étude des propriétés moléculaires et fonctionnelles des isolats virales. En conclusion, nous avonspu montrer que les processus d'échappement sont complexes, et font intervenir des facteurs du virus et del'hôte. Ce travail contribue à l'amélioration de la compréhension de la biologie de l'infection par le HBV,et illustre la complexité des interactions hôte-virus. / Pas de résumé en anglais / A infecção crônica e a infecção oculta pelo vírus da hepatite B (HBV) representam fatores de riscoconhecidos para o desenvolvimento de carcinoma hepatocelular. Apesar do pequeno tamanho do genomae as restrições impostas pela organização do genoma, o HBV tem uma alta variabilidade genética que é oresultado dos erros gerados durante a etapa de transcrição reversa e também durante o processo de seleçãoe adaptação do vírus. Durante a infecção uma relação de proximidade se estabelece entre o vírus e ohospedeiro. A população viral é caracterizada pela presença de quasispecies que poderiam influenciar aevolução da doença hepática, e também promover a seleção de variantes de escape imunológico. Osobjetivos do nosso estudo foram 1) estudar a variabilidade do HBV associada às infecções ocultas e oimpacto de certas modificações do HBsAg (sY100C) no reconhecimento de testes de detecçãoenzimáticos. Estudar também o impacto das mutações (sK122R, sD144E) sobre o reconhecimento deanticorpos anti-HBs de um paciente, 2) desenvolver um novo método para amplificar o genoma completodo HBV que foi aplicado a um estudo para identificação de quasispecies de um mutante da região do coreviral. Este método de amplificação é mais sensível do que as técnicas existentes e permite o estudo depropriedades moleculares e funcionais dos virus. Em conclusão, mostramos que os processos de escapeviral são complexas e envolvem fatores relacionados tanto com o vírus como com o hospedeiro. Estetrabalho contribui de maneira significativa para a compreensão da biologia da infecção pelo HBV eilustra a complexidade das interações vírus-hospedeiro.

L’infection par le VHB est endémique en Thaïlande. Malgré l’introduction des programmes de vaccination contre le VHB, la transmission périnatale reste une cause majeure d’infection chronique. Les objectifs de ce travail étaient d’identifier les mutants du VHB pouvant être associés à des échecs de vaccination, de diagnostic et de thérapeutique. Le travail présenté ici est divisé en trois parties. Dans une première partie, nous avons analysé la prévalence de la transmission périnatale du VHB dans une cohorte issue d’un protocole thérapeutique de prévention de la transmission materno-fœtale du VIH. Nous avons cherché à caractériser les mutants d’échappement à la vaccination contre le VHB. Parmi 3349 femmes enceintes séropositives pour le VIH, l’antigène (Ag) HBs était positif dans 7% des cas. L’Ag HBs était détectable à l’âge de 2 et 18 mois chez 11 enfants nés de mères porteuses chroniques. Les variants du VHB présents au sein de 9 de ces paires mère-enfant ont pu être étudiés après séquençage et clonage. Trois types de transmission du VHB ont pu être décrites ; i) transmission de variants non mutés par les mères présentant une charge virale VHB élevée ii) transmission d’un virus mutant minoritaire isolé chez la mère, et iii) transmission de mutants déjà présents à plus de 20% chez la mère. La capacité in vitro de ces mutants à échapper à la réponse neutralisante anti-HBs sera étudiée en utilisant un modèle de pseudo-particules portant les mutations identifiées. / Thailand is an endemic area for chronic HBV infection. Despite implementation of HBV vaccination, perinatal HBV transmission remains a major cause of chronic infection. This study aimed at identifying HBV mutants that may be associated with vaccine failure, misdiagnosis of chronic HBV infection and antiviral treatment failure. The dissertation is divided in three parts. In the first part, we analyzed the prevalence of perinatal HBV transmission in a large HIV prevention cohort in Thailand and characterized the HBV vaccine escape mutants. Among 3,349 HIV-infected pregnant women, 7% were found HBsAg positive. Eleven children born to HBsAg-positive mother were found HBsAg-positive at 2–18 months of age. Complete series of samples were available for 9 mother-child pairs. Based on direct sequencing and cloning analysis, 3 patterns of transmission were observed : i) transmission of wild-type variants from mothers with high HBV DNA level, ii) transmission of maternal minor variant and iii) transmission of variants already present in maternal blood samples. The capacity of HBV variants to escape from anti-HBs neutralization in vitro will be further studied using HBV-pseudoviral particles harboring the characterized mutations.