El objetivo de esta investigación es la medición y estimación de los determinantes de los Índices de Comercio Intra-Industrial (CII) bilateral para la industria manufacturera no maquiladora de México en el contexto del Tratado de Libre Comercio de América del Norte (TLCAN) que corresponde al periodo 1994-2006. En este trabajo se sostiene la pertinencia de aislar el contenido del componente maquilador de los flujos de comercio exterior ya que éstas corresponden a un intercambio de bienes en diferentes etapas de producción, mientras que el CII ha sido analizado y cuantificado como el comercio de bienes que pertenecen a una misma etapa productiva. En ese entendido se ofrece una medición ajustada de los índices considerando además su diferenciación respecto de su naturaleza horizontal y vertical. Se comprueba que los índices calculados teniendo en cuenta los flujos maquiladores sobre-estiman el desempeño de este tipo de comercio, en particular con Estados Unidos con el que se tiene un significativo comercio, mientras que con Canadá existe una sobre-estimación aunque no de la misma magnitud. Asimismo, se evidencia que el comercio bilateral mexicano ha sido principalmente de naturaleza vertical y se ha concentrado en un reducido número de sectores industriales. Asimismo, se plantea un conjunto de variables explicativas con el objetivo de analizar los determinantes de este CII. Para ello se utiliza una función econométrica de Mínimos Cuadrados No Lineales (MCNL) y un Modelo Lineal Generalizado (MLG) que confirman cómo las diferencias en el desarrollo económico así como la presencia del capital extranjero y la diferenciación horizontal y vertical del producto han sido los principales determinantes del CII para el periodo estudiado. Todo lo cual nos permite corroborar el carácter Norte-Sur de la relación comercial de México con sus socios comerciales así como de la pertinencia de las teorías Neo-H-O y de las recientes aportaciones sobre la heterogeneidad de la empresa en el comercio internacional para explicar este comercio. / The objective of this research is a measurement and an econometric estimation of the bilateral Intra-Industry Trade (IIT) indices for the Mexican non-maquiladora manufacturing industry in the framework of the North American Free Trade Agreement (NAFTA) and for the period 1994-2006. In this work we propose the relevance of isolating the maquiladora component from the Mexican trade flows, since the maquiladora trade belongs to an exchange of goods in different stages of production while the IIT has been analyzed and quantified as the trade of goods that belong to the same stage of production. In that sense, we offer adjusted measurements of the indices taking into account their differentiation regarding their horizontal and vertical nature. We verified that an index's measurement which includes the maquiladora leads to an overestimation of the bilateral performance of this type of trade, particularly with the United States. With Canada, however, an overestimation is registered but not in the same magnitude. We demonstrated that the Mexican bilateral IIT has been mainly of a vertical nature and it was concentrated in a few industrial sectors. In addition, we postulate a set of independent variables to test the determinants for the non-maquiladora IIT indices. We applied an econometric function using Non-Linear Less Squares (NLMS) and a Generalized Linear Model (GLM). It is confirmed that differences in economic development, foreign capital and product's horizontal and vertical differentiation have been the main determinants of the IIT for the non-maquiladora manufacturing for the 1994-2006 period. All of the above led us to confirm the North-South character of the trade relation between Mexico and its partners as well as the significance of Neo-Heckscher-Ohlin theories and recently the contributions of enterprise's heterogeneity in the international trade models to explain this trade.