Titre de l'écran-titre (visionné le 4 décembre 2024) / Le microbiome intestinal a évolué avec son hôte humain et joue un rôle crucial dans la santé physique et mentale. Cependant, les données sur le métagénome de l'intestin sont biaisées en faveur des populations au mode de vie industrialisé. Jusqu'à présent, la majorité des communautés non industrielles étudiées dépendent d'un régime alimentaire principalement composé d'aliments riches en fibres issus de la cueillette locale. Tandis que, les populations industrialisées consomment principalement des aliments de supermarché caractérisés par une faible teneur en fibres et une forte teneur en matières grasses. Les caractéristiques taxonomique et fonctionnelle du microbiome de ces populations ont été décrites par de nombreuses études métagénomique. En revanche, il existe peu de données métagénomiques sur des populations telles que les Inuits du Nunavik, dont l'alimentation repose sur des produits animaux chassé localement. Nous avons donc émis l'hypothèse que nous identifierions une composition d'espèces et des capacités fonctionnelles distinctes dans les microbiomes intestinaux du Nunavik par rapport aux métagénomes non industrialisés et industrialisés. En outre, nous avons postulé que nous pourrions reconstruire les génomes de bactéries précédemment inconnues dans les métagénomes intestinaux des Inuits du Nunavik. Tout d'abord, nous avons généré des données de séquençage shotgun en profondeur à partir de 279 échantillons donnés par des résidents du Nunavik. Ensuite, nous avons choisi des échantillons provenant de populations non industrialisées et industrialisées dans une base de données publique pour qu’ils servent de groupes de comparaison. Nous avons utilisé une méthode basée sur les lectures de séquençage non assemblées pour réaliser un profilage taxonomique et fonctionnel des échantillons du Nunavik et de comparaison. Enfin, nous avons utilisé une approche basée sur l'assemblage des lectures de séquençage pour reconstruire des génomes assemblés du métagénome (MAG), identifier et décrire des espèces microbiennes non caractérisées présentes dans le microbiome intestinal du Nunavik. Mes travaux ont démontré que le microbiome intestinal des jeunes Inuits du Nunavik présente une plus grande diversité intraindividuelle, une plus faible diversité inter-individuelle et qu'il est distinct de celui de leurs homologues non industrialisés et industrialisés. De plus, nous avons identifié des signatures taxonomiques et fonctionnelles uniques qui distinguent les microbiomes du Nunavik des groupes de comparaison. En outre, nous avons reconstruit un total de 30365 MAG, représentant 840 génomes non redondants qui appartiennent chacun à une seule espèce bactérienne. Parmi les 840 MAG non redondants, 734 sont des représentants d'espèces décrites et ont été classés comme MAG connus (kMAG). En revanche, 101 n'ont pas été assignés au niveau taxonomique de l'espèce, et 5 représentent des genres non caractérisés ; nous les avons donc classés comme MAGs inconnus (uMAGs). De plus, nous avons démontré que les uMAGs sont fortement associés au microbiome intestinal du Nunavik par rapport aux populations non industrialisées et industrialisées. Enfin, une analyse fonctionnelle complète a démontré que près de 30 % des gènes prédits dans les uMAGs ont des fonctions inconnues. Dans son ensemble, mon projet de doctorat fournit une description complète des profils taxonomiques et fonctionnels du microbiome intestinal des Inuits du Nunavik. Les études réalisées dans le cadre de cette thèse démontrent que le microbiome intestinal du Nunavik est différent de celui de populations ayant des modes de vie et des environnements différents des Inuits. Ensemble, les résultats de mes travaux contribuent à réduire les biais des bases de données, à améliorer la représentativité et à maximiser le profilage taxonomique. Ce projet de doctorat permet donc de mieux comprendre la composition bactérienne de l'intestin humain. Par conséquent, ces résultats ont le potentiel d'améliorer les modèles prédictifs de l'état de santé, non seulement pour les jeunes Inuits du Nunavik, mais aussi pour l'ensemble de la population. / The gut microbiome has co-evolved with its human host and plays a crucial role in physical and mental health. However, Human gut metagenome data are biased toward populations following an industrialized lifestyle. Until now, most non-industrial communities studied depend on a diet primarily composed of locally foraged fiber-rich foods. Whereas industrialized populations predominantly consume market food characterized by low fiber high fat contents. The taxonomic and functional characteristics of the gut microbiome of these populations have been described by numerous metagenomic studies. In contrast, there is limited metagenomic data from populations such as the Nunavik Inuit, who rely on naturally sourced animal products in their diet. Hence, we hypothesized that we would identify distinct species composition and functional capabilities in Nunavik gut microbiomes compared to non-industrialized and industrialized metagenomes. Additionally, we postulated that we could reconstruct genomes of previously unknown bacteria from Nunavik Inuit gut metagenomes. We first generated deep shotgun sequencing data from 279 samples donated by Nunavik resident. Next, we chose samples from non-industrialized and industrialized populations available in a public database to serve as comparison groups. We performed read-based taxonomic and functional profiling of metagenomic data for Nunavik and comparison samples. Lastly, we used an assembly-based approach to reconstruct metagenome assembled genomes (MAGs) and identify previously uncharacterized microbial species within the Nunavik gut microbiome. My work demonstrated that the Nunavik Inuit youth gut microbiome exhibits higher intra-individual diversity, lower interindividual diversity, and is distinct from their non-industrialized and industrialized counterparts. Furthermore, we identified unique taxonomic and functional signatures discriminating Nunavik microbiomes from comparison groups. In addition, we reconstructed a total of 30,365 MAGs, representing 840 distinct non-redundant genomes that each belong to a single bacterial species. Among the 840 non-redundant MAGs, 734 are representatives ofdescribed species and were categorized as known MAGs (kMAGs). In contrast, 101 were unassigned at the species level, and 5 represent uncharacterized genera, thus, we classified them as unknown MAGs (uMAGs). Furthermore, we demonstrate that uMAGs strongly associate with Nunavik gut microbiome compared to nonindustrialized and industrialized population. Finally, comprehensive functional analysis demonstrated that close to 30% of genes predicted in uMAGs have unidentified functions. Overall, my doctoral project provides a comprehensive description of the Nunavik Inuit gut microbiome taxonomic and functional profiles. Studies performed for this thesis demonstrate that the Nunavik gut microbiome is different from populations with different lifestyles and environment. Together my work findings contribute to reducing database bias, enhancesrepresentativeness and maximizes taxonomic profiling. Hence, it allows for a more comprehensive understanding of the bacterial composition of the Human gut. As a result, it has the potential to improve predictive models of health status not only for young Nunavik Inuit but also for the broader population

L’obésité et la résistance à l’insuline sont associées avec les troubles de l’humeur ainsi que des concentrations plasmatiques élevées en acides aminés ramifiés (BCAAs : isoleucine, leucine et valine) et en acides aminés aromatiques (AAAs : phénylalanine et tyrosine). Étant donné que les AAAs sont des précurseurs de neurotransmetteurs clés et que leur apport au cerveau est concurrentiel à celui des BCAAs en raison de leur transporteur commun, nous avons exploré la relation entre les biomarqueurs métabolomiques (BCAAs et AAAs) et les problèmes de comportement auprès de jeunes Inuit du Nunavik. L’analyse inclut 141 jeunes ayant participé au début du suivi (2005-2010) de la Nunavik Child Development Study et au suivi à l’adolescence (2013-2015). Les concentrations plasmatiques de BCAAs et AAAs ont été mesurées au début du suivi et catégorisées en tertiles du ratio des BCAAs sur les AAAs (BCAA/AAA). Les problèmes de comportement ont été évalués à l’adolescence à l’aide du Youth Self-Report (YSR) du Child Behavior Checklist (CBCL). La relation entre les tertiles de BCAA/AAA et les scores moyens des syndromes du YSR a été évaluée à l'aide de modèles linéaires généraux. Nous avons noté que les scores moyens des syndromes de problèmes internalisés (Ptendance = 0,05) et de plaintes somatiques (Ptendance = 0,01) tendent à augmenter avec l’élévation du ratio BCAA/AAA. Aucune relation statistiquement significative n’a été trouvée pour les scores de problèmes externalisés et d’attention. Nous avons observé que les scores de problèmes internalisés ainsi que les sous-scores de plaintes somatiques augmentent (Ptendance < 0,05) avec le ratio BCAA/AAA chez les jeunes de statut pondéral normal, mais non parmi ceux en surpoids ou en obésité. Nos résultats suggèrent qu’un ratio élevé de BCAA/AAA est associé aux problèmes de comportement chez les jeunes, essentiellement aux problèmes de type internalisés. / Obesity and insulin resistance are associated with mood disorders and elevated plasma concentrations of branched-chain amino acids (BCAAs: isoleucine, leucine and valine), and aromatic amino acids (AAAs: phenylalanine and tyrosine). Because AAAs are precursors of key neurotransmitters and their uptake into the brain is competitive with respect to the uptake of BCAAs via their transport through the same carrier, we explored the relationship between metabolomic biomarkers (BCAAs and AAAs) and behavioral problems among young Inuit from Nunavik. The current analysis includes 141 youth who participated in the Nunavik Child Development Study baseline (2005-2010) and adolescent follow-up (2013-2015). BCAA and AAA plasma concentrations were measured at baseline and categorised in tertiles of the ratio of BCAAs to AAAs (BCAA/AAA). Behavioral problems were assessed during adolescence with the Youth Self-Report (YSR) from the Child Behavior Checklist (CBCL). The relationship between tertiles of BCAA/AAA and mean scores of YSR syndromes was assessed with general linear models. We noted a trend toward a higher mean scores of internalizing problems (Ptrend=0.05) and somatic complaints (Ptrend=0.01) syndromes with higher BCAA/AAA ratio. No statistically-significant relationship was noted for externalizing and attention problems scores. We observed higher (Ptrend < 0.05) internalizing problems and somatic complaints syndrome scores with a higher ratio of BCAA/AAA among normal weight participants, but not among overweight or obese. Our results suggest that an elevated BCAA/AAA ratio is associated with behavioral problems among youth, mainly internalizing problems.

Ce mémoire analyse les déterminants des conditions de vie des Inuit du Nunavik. De façon particulière, l'accent est mis sur la contribution de l'éducation sur les comportements économiques. Les résultats montrent que l'éducation influence relativement la distribution des emplois et des revenus mais, d'autres facteurs tels que les caractéristiques du marché du travail ainsi que les caractéristiques individuelles influenceraient considérablement les activités sur le marché du travail. À la lueur des résultats obtenus, il semblerait que l'applicabilité des théories existantes sur les déterminants des emplois et des revenus dépende du contexte dans lequel elles sont appliquées. Finalement, les résultats indiquent aussi que l'éducation contribue à l'élévation du niveau de vie des Inuit en contribuant à la poursuite des activités traditionnelles et en influençant le contrôle des naissances.

Thèse en cotutelle: Université Laval, Québec, Canada et Université de Rennes 1, Rennes, France / Les bois flottés actuels et ressources ligneuses archéologiques trouvés sur la côte ouest du Nunavik ont été étudiés afin de documenter leurs cararctéristiques, méthodes de collecte, exploitations et origines. Au total, 1572 bois flottés provenant des plages d’Ivujivik, Akulivik, Inukjuak et Umiujaq ont été examinés. Ces bois étaient moins nombreux, de plus petites tailles et plus dégradés dans les aires les plus au nord. Huit taxons ont été identifiés sous microscope. L’épinette était majoritaire, suivie du saule, du mélèze, du peuplier et de l’aulne. Le cèdre blanc, le bouleau blanc et le sapin baumier étaient également présents mais extrêmement rares. La composition de 293 bois archéologiques, 550 charbons et 11 artéfacts ligneux provenant de 11 sites archéologiques dans les quatre zones d’études n’était guère différente. Des charbons de pin rouge ou pin sylvestre et de châtaignier ont été découverts dans un site archéologique à Ivujivik mais étaient probablement importés. De plus, de nombreux charbons d’éricacées probablement locaux ainsi que du chêne ont été trouvés dans les sites archéologiques aux alentours d’Umiujaq. La présence du cèdre blanc et du bouleau blanc dans les amas de bois flottés actuels et archéologiques témoigne d’une origine des bois au sud et sud-est de la Baie de James. Ce résultat est également appuyé par les études comparatives et interdatations des largeurs moyennes de cernes de croissance. Des entrevues avec 27 Aînés dans les quatre villages révèlent que : le vocabulaire du bois était plus diversifié dans les villages les plus méridionaux; les arbustes étaient coupés en automne et utilisés pour la confection de matelas ou pour le feu; les plus gros bois étaient prioritairement utilisés pour la construction des bateaux, des kayaks et traîneaux; à Ivujivik, les bois flottés étaient principalement collectés l’été par bateau autour des îles alors que plus au sud, les gros bois étaient collectés ou coupés l’hiver puis rapportés par traîneaux à chiens. Finalement, des expérimentations visant à différencier chimiquement un bois flotté d’un bois non flotté pour en déduire le mode de collecte des gros bois archéologiques, ont montré un plus fort enrichissement en sodium dans les bois immergés. Des analyses en composantes principales (ACP), basées sur les concentrations relatives des cations, montrent que les bois immergés et secs peuvent être séparés en deux groupes. La complémentarité de ces recherches xylologiques, anthracologiques, radiométriques, dendrochronologiques, sociales et chimiques sur les ressources ligneuses au Nunavik apporte des connaissances précieuses et inédites sur cette matière première fondamentale dans la vie quotidienne des Inuit et de leurs ancêtres. / Modern driftwood and archaeological wood found on the west coast of Nunavik were studied in order to document its characteristics, methods of collection, uses and origins. In total, 1572 driftwood samples from beaches around Ivujivik, Akulivik, Inukjuak and Umiujaq were examined. Driftwood in the more northern areas was less frequent, smaller in size and more degraded. Eight taxa were identified under a microscope. Spruce was the most abundant, followed by willow, larch, poplar and alder. White cedar, white birch and balsam fir were extremely rare. The composition of the 293 wood samples, 550 charcoals and 11 wooden artifacts from 11 archaeological sites located within the four study areas was similar to the driftwood composition. Charcoals of red pine, Scots pine and chestnut were found at an archeological site in Ivujivik, but these were probably imported. In addition, many local ericaceous charcoals and an oak sample were found at archaeological sites around Umiujaq. The presence of white cedar and white birch in both modern and archaeological wood samples indicated that the wood originated from the south and southeast of James Bay. This conclusion is supported by comparative studies and cross-dating of the average growth rings. Interviews with 27 elders from the four villages revealed that: the wood vocabulary was more diversified in the southern villages; shrubs were cut in autumn and used for making mattresses or as fuel; the larger driftwood pieces were primarily used for the construction of boats, kayaks or sleds; in Ivujivik, driftwood was mainly collected in the summer by boat from around the islands whereas further south, the large wood pieces were collected or cut in winter and carried by dogsled. Finally, experiments to chemically differentiate immersed wood from dry wood in order to deduce the harvesting method of the large archaeological wood specimens, showed a stronger enrichment in sodium in the submerged woods. Principal component analyses (PCA), which are based on the relative concentrations of cations, allowed us to divide the immersed and dry samples into two groups. Principal component analyses (PCA), based on the relative concentrations of cations, reveal that the immersed and dry samples can be separated into two groups. The complementarity of these xylological, anthracological, radiometric, dendrochronological, social and chemical studies on wood resources in Nunavik provides invaluable and original knowledge concerning this essential raw material in the daily life of the Inuit and their ancestors.

Cette thèse est construite sur deux mouvements qui s’entrecroisent : une analyse de la nature des relations de pouvoir et une étude de la construction de la figure du leader chez les Inuit du Nunavik. Elle propose ainsi de déconstruire la catégorie de leader en montrant sa nature endogène, mais réappropriée, tout en offrant une nouvelle perspective analytique sur la question des formes de pouvoir. Outillée par l’anthropologie réflexive, cette recherche doctorale met en évidence la prééminence de la coopération dans le Nunavik contemporain. Au sein même des relations d’entraide, qui dépassent de loin le cadre des échanges alimentaires et matériels pour toucher des dimensions sociales et immatérielles, se manifestent clairement les rapports de pouvoir. Les figures de pouvoir sont des personnes possédant des biens dont d’autres sont dépourvus et dans l’obligation de les partager. Dans le sillage des travaux menés sur les sociétés dites égalitaristes et sur les sociétés dites sans État, cette thèse montre ainsi que la source du pouvoir chez les Inuit est externe. Sa légitimité est conférée par le groupe et il se manifeste dans la contrainte sociale de redistribuer. Le groupe l’institue en décidant, librement, de suivre certaines personnes. Ce schème éclaire sous un nouveau jour la nature du lien tissé entre les Nunavimmiut et les Qallunaat tout au long du XXe siècle. La pression constante que le groupe exerce sur les figures de pouvoir s’étend en effet aux missionnaires ou aux commerçants venant s’installer dans l’Arctique québécois. Alors que ces derniers tentent d’imposer leurs conceptions et d’établir de nouvelles positions de pouvoir, ils sont dans le même temps considérés comme des pourvoyeurs devant partager leur richesse. Il en est de même pour les gouvernements qui s’implantent progressivement dans la région à partir des années 1950. Ceux-ci voient alors s’enliser leur politique paternaliste. Les critiques adressées au projet de gouvernement régional au Nunavik portent elles aussi ces marques. Pour les Nunavimmiut, un gouvernement autonome doit être, avant tout, au service des habitants de la région. Mots clés : Inuit, Nunavik, anthropologie politique, coopération, pouvoir, gouvernement, gouvernance, Canada, anthropologie réflexive. / This dissertation describes power relationships among the Nunavik Inuit by addressing two interrelated themes. On the one hand, the nature of power and the role of authority figures are analyzed. On the other, the concept of leader is deconstructed by showing its endogenous nature and the way it is appropriated by Inuit. Through reflexive fieldwork, this research points to a high prevalence of cooperation practices among the Nunavik Inuit. These practices, which are structured by power relationships and various inequalities, cover a wide range of social and material goods and go far beyond food sharing and equipment lending. Such pooling of resources is driven by authority figures who possess what others lack and, as such, are obliged to give back and share their wealth. In line with previous research on egalitarian groups and stateless societies, this research shows that Inuit individuals gain power through exogenous factors, i.e., what others within the group think of them, and not through endogenous ones, i.e., their personal ambitions. In other words, a group creates its leader by deciding to follow him or her. This finding sheds new light on the history of Inuit and Qallunaat relations during the 20th century. Each Inuit group continually exerted pressure to control authority figures, and this pressure extended to missionaries and traders as well. Despite efforts to impose their own power structures by creating new positions of authority in the Arctic, missionaries and traders were nevertheless considered to be wealthy people who had an obligation to share. Governments likewise felt the same pressures, which in time subverted their paternalistic policies. The same applies today to the Nunavik regional government, which recognizes this reality and is seeking to develop a very advanced form of participatory democracy. Keywords: Inuit, Nunavik, Canada, political anthropology, cooperation, power, government, governance, reflexive anthropology.

Cette étude exploratoire vise à offrir une base d’informations entourant l’utilisation des médias sociaux dans le cadre d’une recherche participative en santé auprès des communautés Inuit du Nunavik. Des entrevues semi-structurées réalisées auprès d’une trentaine de Nunavimmiut (Inuit du Nunavik) et le contenu de six groupes et deux pages Facebook ont fait l’objet d’une analyse thématique pour mieux comprendre l’usage fait par les Nunavimmiut des médias sociaux, et déterminer les meilleures méthodes pour améliorer la communication dans le cadre d’une recherche participative. Les résultats démontrent que les médias sociaux, particulièrement Facebook, sont devenus des moyens de communication incontournables pour joindre et impliquer les populations dans un tel processus, mais qu’ils doivent s’inclure dans une stratégie globale intégrant les canaux de communication traditionnels. Il doit également y avoir une adaptation culturelle de la part des chercheurs lors de leur utilisation, en respectant les normes sociales et culturelles des Inuit, pour qu’il puisse y avoir une communication réussie, et obtenir ainsi des résultats de recherche probants correspondant aux besoins réels des communautés. Mots-clés : Inuit, Nunavik, médias sociaux, recherche participative, santé, communication interculturelle, adaptation culturelle / This exploratory study aims to provide information about the use of social media as part of a communication strategy within an Inuit community-based participatory health research (CBPR). Thirty semi-structured interviews conducted with Nunavimmiut (Inuit from Nunavik), as well as the content of six Facebook groups and two Facebook pages, were the subject of a thematic analysis. The goal was to better understand the use of social media by Nunavimmiut, and the best methods to improve communication within an Inuit CBPR. The results show that social media, especially Facebook, is an effective tool to reach and involve local people in the research process, but needs to be included in a broader strategy including traditional media. Researchers also need to culturally adapt their use of social media by respecting the social and cultural norms of Inuit to communicate successfully and generate more locally valuable research results. Key words: Inuit, Nunavik, social media, community-based participatory research, health, cross-cultural communication, cross-cultural adaptation

Énergie renouvelable, centrale diesel, transition énergétique, Nunavik, Arctique, Canada, Nord du Québec, Inuit, Autochtones, Premières Nations, cogestion, gouvernance, participation autochtone, milieux éloignés, développement régional, relations de pouvoir Le territoire du Nunavik, majoritairement habitée par les Inuits, est approvisionné en énergie à près de 100 % par des produits pétroliers. Depuis le développement hydroélectrique à la baie James et la suspension du projet Grande-Baleine, le contexte énergétique de cette région n’avait toujours pas été analysé en dépit des bouleversements sociopolitiques que ces projets avaient entrainés chez les Autochtones. Ce manque d’intérêt pour cette question est surprenant considérant l’intensité de l’activité minière qui est anticipée dans la vision du Plan Nord et des engagements répétés du gouvernement du Québec et d’Hydro-Québec à réaliser la conversion des centrales thermiques et à mener des projets en partenariat avec les Autochtones. Par une analyse géopolitique, l’objectif de cette recherche était de répondre à ces questionnements. Quels sont les projets énergétiques réalisés, valorisés et envisagés depuis 1994 pour le Nunavik? Comment les engagements et les orientations des gouvernements et d'Hydro-Québec, en matière d’énergie au Nunavik, ont-ils été mis en oeuvre? Les représentations et préoccupations de certains acteurs sont-elles davantage prises en compte dans les projets identifiés et réalisés? Quelle est la participation des Inuits dans les décisions? Les données proviennent d’entrevues semi-dirigées, une analyse de documents institutionnels, du cadre juridique et réglementaire, bonifié par un stage professionnel au sein du ministère de l’Énergie et des Ressources naturelles du Québec. Les résultats démontrent que la stratégie énergétique est tournée vers les énergies renouvelables de plus petite envergure, mais les grands ouvrages hydroélectriques ne sont pas pour autant délaissés. Les structures permettent aux Inuits d’être représentés dans les décisions, sans toutefois leur attribuer un réel contrôle. Il se dégage de notre analyse que l’expertise, le cadre législatif et des rivalités au sein même de la société inuite nuisent à une plus grande participation et autonomie des Inuits dans les projets. / Renewable energy, diesel power generation, Energy transition, Nunavik, Arctic, Canada, North of Quebec, Inuit, Aboriginals, First Nations, comanagement, governance, aboriginal participation, remote area, regional development, power relations The territory of Nunavik, mainly inhabited by the Inuit, is almost exclusively supplied by fossils energies. Ever since the hydroelectric development at James Bay and the suspension of the Grande- Baleine hydroelectric project, the energy sociopolitical environment in Nunavik had not been analyzed despite the socio-political upheaval that these projects had caused for Indigenous groups. The lack of interest in this issue is surprising considering the intensity of mining activity that is anticipated in the Plan Nord vision, and the repeated government and Hydro-Québec commitments to convert thermal power stations and to carry out projects in partnership with Aboriginal people. Carried out through a geopolitical analysis, the objective of this research was to answer the following questions. What are the energy projects developed, promoted and considered since 1994 for Nunavik? How the government and Hydro-Québec commitments and orientations, in regard to energy, have been implemented in Nunavik? Are the representations and concerns of certain actors more taken into account in the projects? How are the Inuit involved in decisions? Data are from from semi-structured interviews, institutional documents, the legal framework, improved by an internship within the Quebec Ministry of Energy and Natural Resources. The results show that the energy strategy is focused on smaller renewable energies, but large hydropower projects are not neglected. Structures allow Inuit to be represented in decisions without giving them real control. Our analysis reveals that the expertise, the legal framework and rivalries, within Inuit society, undermine the greater participation and autonomy of Inuit in projects.