Resumo: Isoetes L. (Isoetaceae) é uma licófita com distribuição quase que cosmopolita, com aproximadamente 350 espécies. Nas regiões sul e sudeste do Brasil a maioria das espécies é conhecida de um número bastante limitado de coleções. No presente trabalho é apresentado o tratamento taxonômico para as espécies desta área. Ao todo foram registradas 15 espécies, 12 delas restritas a área de estudo: Isoetes bradei, I. brasiliensis, I. goebelii, I. martii, I. maxima, I. mourabaptistae, I. organensis, I. quiririensis, I. ramboi, I. sehnemii, I. spannagelii e I. ulei. Isoetes baculata, I. gigantea e I. weberi são as três espécies que também ocorrem em outras áreas do Brasil e América do Sul. São também apresentados chave de identificação, descrições, comentários, ilustrações dos esporos e mapas de distribuição geográfica.