El presente artículo ilustra cómo se ha dado el reconocimiento de los derechos de los integrantes de la población LGBTI en el marco del conflicto armado, a partir de un estudio del Sistema Interamericano de Derechos Humanos y del Derecho colombiano con ocasión al conflicto armado. En este estudio se pondrá en evidencia los sufrimientos y las causas estructurales de violencias que han marcado las vidas de miles de personas LGBTI al interior del territorio colombiano en zonas donde hubo enfrentamientos armados entre el Estado y los distintos grupos guerrilleros y paramilitares. Se estudia el enfoque diferencial y de género contemplado en el Acuerdo de Paz, el cual es transversal a las decisiones que tome la Jurisdicción Especial para la Paz (JEP). También se muestra cómo este enfoque permite entender el conflicto colombiano desde la realidad de la población LGBTI, lo que permite establecer si, efectivamente, estas personas deberían ser reparadas de forma diferenciada, y se concluye con la formulación de una serie de lineamientos y parámetros que puedan ser tenidos en cuenta para la reparación integral de personas con identidades y orientaciones sexuales diversas en el marco de la JEP. / This article will discuss how it is the recognition of human rights of the LGBTI people within the framework of the armed conflict starting from the study of the Inter- American System of Human Rights and also from the study of the Colombian law. Thus, we will show the suffer and the structural causes of violence that have marked the lives of thousands of LGBTI people within Colombian territory in areas where there was armed confrontation between the State and illegal groups as guerrilla and paramilitaries. At the same time, we will focus on studying the differential and gender approach contemplated in the Peace Agreement, which should be transversal to the decisions taken by the Special Jurisdiction for Peace (JEP, Spanish acronym). Likewise, we will show how this approach allows us to understand the Colombian conflict in a differentiated way from the reality of diverse people and will allow us, to establish if it will be good to repaired LGBTI people in a differentiated way. Based on that, we will formulate some guidelines and parameters which can be used in the integral compensation of person with sexual and identities different in the frameworks of the Special Jurisdiction of Peace (JEP, Spanish acronym).