La diversité génomique de Lactococcus lactis a été évaluée par Hybridation Suppressive Soustractive (SSH) et par ±Multilocus Sequence Type Analysis¿ (MLSA). Les gènes présentant la plus grande diversité sont les gènes de prophages, de réplication plasmidique et les transposases. De plus, pour les souches IL1403, MG1363, SKll et A TCC-19257, des transporteurs (sucre, peptides, acides aminés), des peptidases et des glycosyltransférases spécifiques ont été isolées. Les résultats pour les 21 loci partiellement séquencés pour les souches SK11 , A TCC-I9257, HP, Wg2 et ES ont permis de construire un schéma MLSA optimal avec six gènes, selon le degré de polymorphisme, l'origine des loci et le nombre d'allèles par loci. La similarité des séquences démontre la relation phylogénétique entre les souches, qui peuvent être divisées en deux groupes centrés autour de la souche SK11 et A TCC 19257. Ce projet de recherche a permis de repérer des différences spécifiques entre les souches de Lactococcus lactis tout en présentant l'utilisation d'outils de génomique comparative pouvant être appliqués au domaine alimentaire.

Les souches de Lactococcus lactis ssp. cremoris sont caractérisées par un polymorphisme génétique conduisant à des propriétés technologiques différentes. Le but de ce projet était d'évaluer la diversité génétique des souches de L. lactis ssp. cremoris par deux approches moléculaires. D'une part, l'hybridation génomique comparative des souches combinée à l'analyse MLSA ont permis de classifier les souches et d'identifier des marqueurs pour la sélection et la distinction des souches de ferments. D'autre part, l'analyse comparative des transcriptomes des souches au cours d'une simulation des conditions de fabrication du Cheddar a permis d'identifier deux types de réponses, a) un transcriptome commun qui pourrait représenter une réponse commune de toutes les souches de Lactococcus lactis ssp. cremoris au cours de la fabrication, et b) des réponses spécifiques pour chacune des souches pouvant les distinguer. Celles-ci permettront d'identifier des marqueurs technologiques qui seront utilisés en industrie, tels que les transporteurs d'oligopeptides, des gènes de la résistance, et d'autres gènes liés à la production de flaveurs. L'analyse de la diversité génétique entre les souches de L. lactis ssp. cremoris a permis de mieux comprendre les origines de la diversité et d'identifier des gènes potentiellement liés à la différence des comportements et de la réponse des souches