La diversité génomique de Lactococcus lactis a été évaluée par Hybridation Suppressive Soustractive (SSH) et par ±Multilocus Sequence Type Analysis¿ (MLSA). Les gènes présentant la plus grande diversité sont les gènes de prophages, de réplication plasmidique et les transposases. De plus, pour les souches IL1403, MG1363, SKll et A TCC-19257, des transporteurs (sucre, peptides, acides aminés), des peptidases et des glycosyltransférases spécifiques ont été isolées. Les résultats pour les 21 loci partiellement séquencés pour les souches SK11 , A TCC-I9257, HP, Wg2 et ES ont permis de construire un schéma MLSA optimal avec six gènes, selon le degré de polymorphisme, l'origine des loci et le nombre d'allèles par loci. La similarité des séquences démontre la relation phylogénétique entre les souches, qui peuvent être divisées en deux groupes centrés autour de la souche SK11 et A TCC 19257. Ce projet de recherche a permis de repérer des différences spécifiques entre les souches de Lactococcus lactis tout en présentant l'utilisation d'outils de génomique comparative pouvant être appliqués au domaine alimentaire.