Resumo: A distribuição espaço-temporal de Liriope tetraphylla e Blackfordia virginica bem como a dinâmica populacional destas espécies foram estudadas ao longo de um ciclo anual, no estuário subtropical da baía da Babitonga, litoral norte de Santa Catarina, Brasil. As amostragens de zooplâncton foram realizadas no período entre outubro de 2007 e agosto de 2008. Liriope tetraphylla, com 4309 indivíduos, foi dominante na região, com dois picos de abundância anuais, o principal durante a primavera, período em que houve as máximas de biomassa zooplanctônica e abundância de ovos de peixes. Durante o período estudado, houve predomínio de indivíduos jovens e os adultos foram dominantes entre a população durante o verão, em janeiro. Considerando os parâmetros físico-químicos, a ocorrência da espécie concentrou-se entre 26 e 30 ‰ de salinidade e 22 a 23 °C de temperatura subsuperficial. Blackfordia virginica foi pouco abundante, com 63 indivíduos capturados durante o estudo, ocorrendo principalmente no verão. Neste período houve predomínio de adultos e a espécie concentrou-se entre 22 a 30 ‰ de salinidade e 26 e 27 °C de temperatura. Em relação à ocupação espacial, L. tetraphylla concentrou-se nas regiões mais externas do estuário, com salinidades mais elevadas e maior influência da plataforma continental adjacente. Outro padrão foi observado para B. virginica, que ocupou as regiões mais internas da baía, correlacionando-se com as concentrações de clorofila-a, que foram mais altas neste setor da baía.