Face aux problèmes quotidiens, on se retrouve souvent confrontés à des situations où la prise de décision est nécessaire. Prendre une décision c'est agir en fonction des choix, préférences et connaissances des agents sur le monde. L'intelligence artificielle a donné naissance à de nombreux outils de représentation permettant d'exprimer les préférences et les connaissances des agents. Malheureusement, les approches existantes ne sont pas totalement satisfaisantes. Ainsi le but de la première partie de cette thèse est de proposer une approche permettant l'intégration des connaissances des experts aux modèles graphiques probabilistes utilisées pour des tâches de classification tels que les réseaux Bayésiens. Les performances des modèles développés sont évaluées concrètement sur des problèmes de détection d'intrusions et de corrélation d'alertes dans le domaine de la sécurité informatique. La deuxième partie concerne la gestion des préférences complexes en présence des contraintes fonctionnelles dans des environnements incertains et la proposition d'une nouvelle logique non classique pour la représentation et le raisonnement sur les préférences en présence des contraintes dans de tels environnements. Les travaux menés dans cette deuxième partie sont testés sur un système de réservation électronique utilisé par le CNRS. / In real life, we often find our self confronted to situations where decision making is necessary. Make a decision is to act according to the choices and preferences of agents as well as their knowledge on the world. Artificial Intelligence gave rise to many tools of representation and expression of agents' preferences and knowledge. Unfortunately, existing approaches are not completely satisfactory. Thus, the goal of the first part of this thesis is to propose an approach allowing the integration of experts' knowledge to the probabilistic graphical models used for classification tasks such as Bayesian networks. The performances of the developed models are concretely evaluated on problems of intrusions detection and alerts correlation in the field of computer security. The second part of this thesis relates to complex preferences handling in presence of functional constraints in uncertain environments and proposes a new non-classical logic for representing and reasoning with preferences in such environments. The works leaded in this second part, are tested on an electronic travel-agency system used by CNRS.