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Molecular phylogeny of Thraupis Boie, 1826 (Aves: Passeriformes) and taxonomic review of the Thraupis episcopus (Linnaeus, 1766) - Thraupis sayaca (Linnaeus, 1766) species complex / Filogenia molecular dos representantes do gênero Thraupis Boie, 1826 (Aves: Passeriformes) e revisão taxonômica do complexo Thraupis episcopus (Linnaeus, 1766) e T. sayaca (Linnaeus, 1766)Castro, Diego Alejandro Cueva 16 March 2018 (has links)
Currently, the genus Thraupis Boie, 1826 is a monophyletic group with seven species, all of which have high molecular and morphological support. Nevertheless, the phylogenetic relationship of the species still unclear: T. abbas is the sister species of T. ornataT. palmarum clade, and a second group within the genus is composed by the T. episcopusT. sayaca clade. Furthermore, in the remaining species group, one of the species, T. glaucocolpa, has not been included in any of the previous molecular studies, even it was believed to be close related with T. sayaca. Moreover, the last species within the genus, T. cyanoptera, has an uncertain position in the genus phylogenetic tree. The T. episcopusT. sayacaT. galucocolpa species complex includes 18 subspecies and a high morphological variation and a wide distribution which includes overlapping zones of T. episcopus and T. sayaca, makes taxa identification almost impossible. Nonetheless, previous molecular studies had only used samples from two individuals of T. episcopus and one of T. sayaca. Furthermore, the group does not have taxonomic stability, as shown by the multiple changes, which occur at different levels: moving from one genus to another or from species to subspecies level etc. To check the genus, I analyze 1171 specimens. The morphometric analysis outcomes show the weight as the most variable and important measure and T. cyanoptera as the only clearly different species within taxonomic units. Finally, I did a phylogenetic analysis based on two mitochondrial genes (Cyt- and ND2), in addition to three nuclear introns (intron 3 of MUSK gen, intron 5 of TGFB2 gen and a piece of the intron 5 of the BF5 gen). I performed the extractions from tissues collected at different localities around the natural distribution of the species, with emphasis on T. episcopus and T. sayaca. I ran independent locus RAxML analysis and haplotypes networks and used to group the samples on genetic taxonomic units. RAxML and haplotypes analysis shows a close relationship between T. episcopus and T. sayaca with high probably introgression process within. Furthermore, exposed a genetic structure within T. episcopus. I used this genetic taxonomic units to ran a multilocus species tree with a calibrated molecular clock. The species tree suggests that the origin of the genus Thraupis was between 5.5 and 7.5 million years before present, in the Messinian age. Also recovers T. glaucocolpa is the oldest linage in the genus and shows a relation between the morphological traits with the genetic structure within T. episcopus. Finally, I suggest synonymizing several subspecies and elevating to species level the subspecies T. episcopus cana, based on the morphological and molecular data. / O gênero Thraupis Boie, 1826 é um grupo monofilético composto por sete espécies. Entretanto, as relações entre estas espécies continuam obscuras. Thraupis abbas é a espécie irmã do clado T. ornataT. palmarum. Um segundo grupo é composto pelo clado T. episcopusT. sayaca. Por outro lado, T. glaucocolpa não foi incluída em nenhum dos trabalhos que utilizou dados moleculares, enquanto que a posição de T. cyanoptera continua ainda não é clara. O complexo de espécies T. episcopusT. sayacaT. glaucocolpa inclui 18 subespécies e uma grande variação morfológica, além de uma ampla distribuição de várias delas, com áreas de sintopia entre T. episcopus e T. sayaca, onde a identificação destas duas espécies é muito difícil. Estudos moleculares prévios só incluíram amostras de dois indivíduos de T. episcopus e uma de T. sayaca. Este complexo de espécies ainda apresenta uma grande instabilidade taxonômica. Na revisão deste gênero foram analisados 1.171 espécimes. As análises morfométricas mostraram que a massa é o parâmetro que apresenta a maior variação e que T. cyanoptera é a única mais claramente diferençável dentre as unidades taxonômicas. Foi também realizada uma análise filogenética com base em dois marcadores mitocondriais (Cyt- e ND2), além de três íntrons nucleares (íntron 3 do gen MUSK, íntron 5 do gen TGFB2 e uma parte do íntron 5 do gen BF5). Foi realizada uma análise RAxML e das redes de haplótipos independentemente para cada lócus, e esta informação foi utilizada para agrupar as amostras em unidades taxonômicas genéticas. O RAxML e as redes de haplótipos mostraram uma relação próxima entre T. episcopus e T. sayaca, além de uma alta probabilidade de um processo de introgressão entre as espécies. Há também uma evidente estruturação genética em T. episcopus. As unidades taxonômicas genéticas foram utilizadas em uma análise multilocus de árvore de espécies, com um relógio molecular calibrado. A árvore de espécies sugere que a origem do gênero Thraupis se deu entre 5.5 e 7.7 milhões de anos. Thraupis glaucocolpa é a linhagem mais antiga do gênero e a estrutura genética dentro de T. episcopus possui uma relação com as características morfológicas dessa espécie. Finalmente, são sinonimizadas várias subespécies e T. episcopus cana é elevada à espécie com base nos dados morfológicos e moleculares.
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Morphological variation and taxonomy of Lepidocolaptes angustirostris (Vieillot, 1818) (Passeriformes: Furnariidae) / Variação morfológica e taxonomia de Lepidocolaptes angustirostris (Vieillot, 1818) (Passeriformes: Furnariidae)Leguizamón, Sergio David Bolívar 01 December 2014 (has links)
Lepidocolaptes angustirostris (Narrow-billed Woodcreeper) is a South American woodcreeper that inhabits predominantly open lowlands such as the Cerrado, Chaco and Caatinga. This species exhibits highly variable morphology and vocalization throughout its range. The taxonomic position of L. angustirostris is doubtful; it can be located in at the root or within the Lepidocolaptes genus radiation, depending on the author. Two main groups are recognized within the species, a northern clade distributed in the lowlands of northern Bolivia and central and northern Brazil, and a southern group, which inhabits northern and central Argentina, Uruguay and the state of Rio Grande do Sul, in Brazil. Eight subspecies are currently recognized based on plumage and geographical distribution patterns. However, a more detailed morphological analysis and taxonomic revision have not been conducted in this species. Based on the above information, the objective of this project is to conduct a taxonomic revision of L. angustirostris using morphometrical, plumage, and vocal characters. Second, with the aim to test the existence of phenotypic gradients associated to geographical and climatic variations in the taxon, a clinal and GLM analyses were performed. Finally, a distributional pattern was elaborated using geo-referenced records of examined individuals of the Narrow-billed Woodcreeper. The phenotypic analyses allowed us to identify six main plumage types; however, we also found a high level of intergradation among all of these populations. The PCA analyses show certain levels of morphological differentiation among the populations, with a first component correlated with bill characters (bill length, exposed and total culmen), and a second one that reflects the bill width and the tarsus-metatarsus length. These two components could explain 70.88% of the morphological variation described. Evidence of a latitudinal morphological variation was found, summarized in a series of clines partially overlapped on a region localized from the southern Cerrado and Pantanal ecoregions through the Humid and Dry Chaco and the Paraná Flooded Savanna, to the Espinal and Humid Pampas ecoregions. Some climatic variables explain the geographical variation in the taxon, mainly, temperature seasonality, annual precipitation, and minimum temperature of the coldest month. The ecogeographic rules of Bergmann and Gloger are consistent with this variation, as well as the Allens rule, but more narrowly. Thus, the populations of the Narrow-billed Woodcreeper tend to be larger to the south of the distribution. Due the intergradation of all populations found, with no clear diagnosable population, we propose here that Lepidocolaptes angustirostris be treated as a unique species with no subordinate taxa. Any evidence collected here did not support the taxonomic validity of the proposed subspecies in the Narrow-billed Woodcreeper. Despite colour-polymorphism identified in the plumage patterns, the high level of intergradation, the poor resolution of geographical boundaries, and the existence of clinal variation with a plausible introgression among populations not support the splitting of this species in several taxonomic subunits. / Lepidocolaptes angustirostris (arapaçu-do-cerrado) habita principalmente regiões abertas como a Caatinga, Cerrado e Chaco. Esta espécie apresenta morfologia e vocalização muito variáveis em toda a sua distribuição geográfica. A posição taxonômica de Lepidocolaptes angustirostris não é clara, sendo localizado na raiz ou dentro da radiação do gênero Lepidocolaptes. Dois grupos principais são reconhecidos: um grupo do norte que habita as terras baixas do norte da Bolivia e da região central do Brasil para o norte, e um grupo do sul das regiões do norte ao centro-norte da Argentina, Uruguai, e no Estado do Rio Grande do Sul, sul do Brazil. Oito subespécies são atualmente reconhecidas baseadas em padrões da plumagem e distribuição geográfica. Uma análise morfológica e uma revisão taxonômica nunca foram realizadas nesta espécie. Com base nas informações acima, o objetivo deste projeto é desenvolver uma revisão taxonômica de Lepidocolaptes angustirostris usando caracteres morfológicos e vocais. Além disso, para testar a existência da variação geográfica no táxon, uma análise clinal foi realizada. Finalmente, análises de (GLM) foram feitas para identificar variáveis ambientais que possam explicar esta variação, e um mapa de distribuição geográfica foi elaborado usando os registros geográficos dos indivíduos examinados L. angustirostris. Os resultados indicam que as diferentes populações do complexo Lepidocolaptes angustirostris que habitam as areas abertas da Caatinga, Cerrado e Chaco (mais as populações amazônicas) não têm um nível significativo de diferenciação morfológica nem da plumagem para serem consideradas como espécies válidas. As análise do PCA apresentaram baixos níveis de diferenciação morfológica entre os grupos propostos, com um primeiro componente formado por caracteres do bico (comprimento, cúlmen exposto e cúlmen total), e um segundo componente formado por largura do bico e comprimento do tarso, explicando 70,88% da variação identificada. Igualmente, há evidência de uma variação morfológica latitudinal nos dados analisados, apresentado em uma série de clinas parcialmente sobrepostas sobre uma região localizada desde o sul do Cerrado e Pantanal através das ecoregiões do Chaco Úmido e Seco e a savana inundada do Paraná, até as ecoregiões do Espinal e dos Pampas Úmidos. Nas análises do GLM, algumas variáveis climáticas explicaram a variação geográfica no táxon; principalmente a sazonalidade térmica, a precipitação anual, e a temperatura minima do mês mais frio. As leis ecogeográficas de Bergmann e Gloger podem ser aplicadas nesta variação, assim como a lei de Allen, mas de forma restrita. Assim, as populações do Arapaçu-do-cerrado tendem a ser maiores ao sul da distribuição. A proposta apresentada aqui é de manter o status taxonômico de Lepidocolaptes angustirostris como uma espécie única, e propor evitar a utilização das denominações subespecíficas para este taxon. A validade taxonômica das subespécies no Arapaçu-do-cerrado não foi suportada por quaisquer das evidências coletada aqui. A pesar do polimorfismo de cores identificado nos padrões da plumagem, o elevado nível de intergradação, a baixa resolução dos limites geográficos entre as populações, e a presença de uma variação clinal com um nível considerável de introgressão entre populações não suportam a divisão de uma única espécie em várias sub-unidades taxonômicas.
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Morphological variation and taxonomy of Lepidocolaptes angustirostris (Vieillot, 1818) (Passeriformes: Furnariidae) / Variação morfológica e taxonomia de Lepidocolaptes angustirostris (Vieillot, 1818) (Passeriformes: Furnariidae)Sergio David Bolívar Leguizamón 01 December 2014 (has links)
Lepidocolaptes angustirostris (Narrow-billed Woodcreeper) is a South American woodcreeper that inhabits predominantly open lowlands such as the Cerrado, Chaco and Caatinga. This species exhibits highly variable morphology and vocalization throughout its range. The taxonomic position of L. angustirostris is doubtful; it can be located in at the root or within the Lepidocolaptes genus radiation, depending on the author. Two main groups are recognized within the species, a northern clade distributed in the lowlands of northern Bolivia and central and northern Brazil, and a southern group, which inhabits northern and central Argentina, Uruguay and the state of Rio Grande do Sul, in Brazil. Eight subspecies are currently recognized based on plumage and geographical distribution patterns. However, a more detailed morphological analysis and taxonomic revision have not been conducted in this species. Based on the above information, the objective of this project is to conduct a taxonomic revision of L. angustirostris using morphometrical, plumage, and vocal characters. Second, with the aim to test the existence of phenotypic gradients associated to geographical and climatic variations in the taxon, a clinal and GLM analyses were performed. Finally, a distributional pattern was elaborated using geo-referenced records of examined individuals of the Narrow-billed Woodcreeper. The phenotypic analyses allowed us to identify six main plumage types; however, we also found a high level of intergradation among all of these populations. The PCA analyses show certain levels of morphological differentiation among the populations, with a first component correlated with bill characters (bill length, exposed and total culmen), and a second one that reflects the bill width and the tarsus-metatarsus length. These two components could explain 70.88% of the morphological variation described. Evidence of a latitudinal morphological variation was found, summarized in a series of clines partially overlapped on a region localized from the southern Cerrado and Pantanal ecoregions through the Humid and Dry Chaco and the Paraná Flooded Savanna, to the Espinal and Humid Pampas ecoregions. Some climatic variables explain the geographical variation in the taxon, mainly, temperature seasonality, annual precipitation, and minimum temperature of the coldest month. The ecogeographic rules of Bergmann and Gloger are consistent with this variation, as well as the Allens rule, but more narrowly. Thus, the populations of the Narrow-billed Woodcreeper tend to be larger to the south of the distribution. Due the intergradation of all populations found, with no clear diagnosable population, we propose here that Lepidocolaptes angustirostris be treated as a unique species with no subordinate taxa. Any evidence collected here did not support the taxonomic validity of the proposed subspecies in the Narrow-billed Woodcreeper. Despite colour-polymorphism identified in the plumage patterns, the high level of intergradation, the poor resolution of geographical boundaries, and the existence of clinal variation with a plausible introgression among populations not support the splitting of this species in several taxonomic subunits. / Lepidocolaptes angustirostris (arapaçu-do-cerrado) habita principalmente regiões abertas como a Caatinga, Cerrado e Chaco. Esta espécie apresenta morfologia e vocalização muito variáveis em toda a sua distribuição geográfica. A posição taxonômica de Lepidocolaptes angustirostris não é clara, sendo localizado na raiz ou dentro da radiação do gênero Lepidocolaptes. Dois grupos principais são reconhecidos: um grupo do norte que habita as terras baixas do norte da Bolivia e da região central do Brasil para o norte, e um grupo do sul das regiões do norte ao centro-norte da Argentina, Uruguai, e no Estado do Rio Grande do Sul, sul do Brazil. Oito subespécies são atualmente reconhecidas baseadas em padrões da plumagem e distribuição geográfica. Uma análise morfológica e uma revisão taxonômica nunca foram realizadas nesta espécie. Com base nas informações acima, o objetivo deste projeto é desenvolver uma revisão taxonômica de Lepidocolaptes angustirostris usando caracteres morfológicos e vocais. Além disso, para testar a existência da variação geográfica no táxon, uma análise clinal foi realizada. Finalmente, análises de (GLM) foram feitas para identificar variáveis ambientais que possam explicar esta variação, e um mapa de distribuição geográfica foi elaborado usando os registros geográficos dos indivíduos examinados L. angustirostris. Os resultados indicam que as diferentes populações do complexo Lepidocolaptes angustirostris que habitam as areas abertas da Caatinga, Cerrado e Chaco (mais as populações amazônicas) não têm um nível significativo de diferenciação morfológica nem da plumagem para serem consideradas como espécies válidas. As análise do PCA apresentaram baixos níveis de diferenciação morfológica entre os grupos propostos, com um primeiro componente formado por caracteres do bico (comprimento, cúlmen exposto e cúlmen total), e um segundo componente formado por largura do bico e comprimento do tarso, explicando 70,88% da variação identificada. Igualmente, há evidência de uma variação morfológica latitudinal nos dados analisados, apresentado em uma série de clinas parcialmente sobrepostas sobre uma região localizada desde o sul do Cerrado e Pantanal através das ecoregiões do Chaco Úmido e Seco e a savana inundada do Paraná, até as ecoregiões do Espinal e dos Pampas Úmidos. Nas análises do GLM, algumas variáveis climáticas explicaram a variação geográfica no táxon; principalmente a sazonalidade térmica, a precipitação anual, e a temperatura minima do mês mais frio. As leis ecogeográficas de Bergmann e Gloger podem ser aplicadas nesta variação, assim como a lei de Allen, mas de forma restrita. Assim, as populações do Arapaçu-do-cerrado tendem a ser maiores ao sul da distribuição. A proposta apresentada aqui é de manter o status taxonômico de Lepidocolaptes angustirostris como uma espécie única, e propor evitar a utilização das denominações subespecíficas para este taxon. A validade taxonômica das subespécies no Arapaçu-do-cerrado não foi suportada por quaisquer das evidências coletada aqui. A pesar do polimorfismo de cores identificado nos padrões da plumagem, o elevado nível de intergradação, a baixa resolução dos limites geográficos entre as populações, e a presença de uma variação clinal com um nível considerável de introgressão entre populações não suportam a divisão de uma única espécie em várias sub-unidades taxonômicas.
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