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Hibridização molecular de núcleos naftoquinônicos, chalcônicos e triazólicos através de reações click

Rabelo, George Arthur Alves 07 July 2016 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, Programa de Pós-Graduação em Química, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-08-23T16:23:05Z No. of bitstreams: 1 2016_GeorgeArthurAlvesRabelo.pdf: 3681140 bytes, checksum: 734e54ffbdff298a5309f20a29ba37cb (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-10-06T17:19:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_GeorgeArthurAlvesRabelo.pdf: 3681140 bytes, checksum: 734e54ffbdff298a5309f20a29ba37cb (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-06T17:19:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_GeorgeArthurAlvesRabelo.pdf: 3681140 bytes, checksum: 734e54ffbdff298a5309f20a29ba37cb (MD5) / No presente trabalho, a hibridização molecular é empregada no intuito de desenvolver moléculas híbridas com grande potencial farmacológico. Especificamente, o trabalho é baseado na conjugação de núcleos naftoquinônicos, triazólicos e chalcônicos em uma mesma molécula. Existem inúmeros trabalhos na literatura que citam as diversas atividades biológicas (antibacteriana, antiviral, antiprotozoária, anticâncer, antifúngica, dentre outras) dos três núcleos. Não existem trabalhos na literatura, no momento, que apresentem moléculas formadas pelos três núcleos em questão. O procedimento experimental se baseou em conjugar os grupos gradativamente. Dois procedimentos gerais foram propostos. O primeiro se fundamenta na síntese de uma azido-naftoquinona e de diferentes propargiloxi-chalconas, as quais são conjugadas em uma mesma molécula por meio da reação click (CuAAC) através da formação do anel triazólico. O segundo se fundamenta na síntese de uma propargiloxi-naftoquinona e de diferentes azido-chalconas, as quais também são conjugadas em uma mesma molécula, por meio da reação click (CuAAC), formando-se, assim, o anel triazólico. As moléculas propostas foram sintetizadas e caracterizadas com sucesso. Estudos de suas atividades biológicas serão um próximo passo da concretização do trabalho como um todo. _________________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / In this study, molecular hybridization is employed in order to develop hybrid molecules with great pharmacological potential. Specifically, the work is based on the combination of naphthoquinone, triazoles and chalcones cores in the same molecule. There are several studies in the literature mentioning the various biological activities (antibacterial, antiviral, anti-protozoan, anti-cancer, anti-fungal, among others) of the three cores. There are no studies in the literature, at this time, reporting molecules formed by all of the three cores. The experimental procedure was based on combining the groups gradually. Two general procedures were explored. The first is based on the synthesis of an azido-naphthoquinone and several propargyloxy-chalcones which are combined in the same molecule by the click reaction (CuAAC) through formation of the triazole ring. The second is based on the synthesis of a propargyloxy-naphthoquinone and several azido-chalcones which are also combined in the same molecule by the click reaction (CuAAC), thus forming the triazole ring. The proposed molecules were successfully synthesized and characterized. Studies of their biological activities will be the next step of the present work.
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Rimbaud Um Subalterno Híbrido em Contexto Pós Colonial?

BARBOSA, L. J. 11 March 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-29T15:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_4152_.pdf: 617400 bytes, checksum: 64b38c3aed7eb6e759bd50c2a3200298 (MD5) Previous issue date: 2011-03-11 / Esse trabalho visa produzir reflexões sobre subalternidade e hibridização, a partir de uma leitura indiciária da obra e vida de Arthur Rimbaud, cujo objetivo maior é desvendar o seu silêncio e afastamento da poesia enquanto indícios de uma atitude de ruptura e conflito interno e externo. No primeiro capítulo, construindo um campo de visões/enunciações da subalternidade presentes em suas obras. Destaco o ocidente subalterno, propondo a leitura da "enunciação poética" de Rimbaud enquanto uma enunciação subalterna em contexto colonial. Ao discutir o poeta hibrido, proponho a noção de subjetividade subalterna e enfatizo a importância das teorias que tratam dos processos de hibridação para uma melhor compreensão dos complexos fenômenos de formação e transformação das subjetividades em condições de subalternidade, buscando respostas para as seguintes questões: o colonialismo pode ser considerado capaz de produzir o mesmo tipo de ruptura observada no contexto pós colonial? Podemos localizar Rimbaud enquanto uma instância histórica de insurgência de um enunciado subalterno localizado num contexto colonial? Palavras-chave: Subalternidade, hibridização, Colonial.
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Homologia entre os cromossomos politênicos dos gêneros Drosophila e Zaprionus : fotomapa e mapeamento gênico por hibridização in situ em Z. indianus

Roberto de Souza Leão da Costa Campos, Sérgio January 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6310_1.pdf: 1470520 bytes, checksum: b73461a1a23c5f4b6e88598e9cfcfcd2 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / O drosofilídeo Zaprionus indianus invadiu recentemente o Brasil e seu comportamento de praga aumentou o interesse pela sua caracterização genética. A descrição do cariótipo mitótico e um mapa desenhado em câmara clara do complemento politênico foram publicados, porém não foi determinada homologia entre os cromossomos dos gêneros Zaprionus e Drosophila. Neste trabalho foi construído um fotomapa dos cromossomos politênicos com boa resolução, permitindo o mapeamento de genes por hibridização in situ. A marcação do gene Hsr-ω ocorreu na subseção 32C do cromossomo V, apontando correlação com o elemento E de Muller e com o braço 3R de D. melanogaster, sugerido anteriormente pela localização do gene Hsp70. O gene Ubi marcou consistentemente nas subseções 17A do cromossomo III e 10C do cromossomo II. Provavelmente a marca em 17A representa a localização do gene da poliubiquitina, apoiando a homologia do cromossomo III com o elemento D, correspondente ao braço 3L de D. melanogaster, anteriormente sugerida pela localização do gene Hsp83. O gene Br-C foi localizado na subseção 1D, próxima ao telômero do cromossomo X, indicando sua homologia com o elemento A. A sonda do gene Dpp marcou com maior freqüência na subseção 32A do cromossomo V e com menor freqüência em outras seções, mas em nenhum caso correspondendo ao elemento B esperado. Este resultado permite sugerir a ocorrência de um rearranjo complexo envolvendo o gene Dpp em Zaprionus, e as marcações secundárias apontariam outros genes relacionados da família TGF-β
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Estudo de seleção preferencial in vitro de mosaicos de sindrome de Turner por intermedio de hibridização in situ por fluorescencia

Viguetti-Campos, Nilma Lucia 13 May 1997 (has links)
Orientador: Andrea Trevas Maciel Guerra / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-22T08:11:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Viguetti-Campos_NilmaLucia_D.pdf: 2337035 bytes, checksum: 32c9a2a31f7d885c1709b08e2d8df65c (MD5) Previous issue date: 1997 / Doutorado / Genetica / Doutor em Ciências Biológicas
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Caracterização de uma zona híbrida entre dois felídeos neotropicais utilizando múltiplos locos nucleares

Schneider, Alexsandra January 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000425616-Texto+Completo-0.pdf: 700521 bytes, checksum: 0b0a886f69479584d784bf6200b7110f (MD5) Previous issue date: 2009 / Natural hybridization among wild species is currently recognized as a sufficiently common process that it can present significant relevance in the evolutionary trajectory of the involved species. This process can be characterized by the occurrence of sporadic events between sympatric species, by the formation of narrow hybrid zones among taxa with parapatric distribution, or even by an extensive process of admixture between parental populations. Leopardus tigrinus and L. geoffroyi are two closely related species of small felids with essentially allopatric distributions in Neotropical Region. In the State of Rio Grande do Sul (RS), in southern Brazil, the two species present a geographic contact zone where we have previously identified the existence of a complex and extensive pattern of hybridization. To better understand the dynamics of this process, it is critical to combine the use of multiple approaches, including the assessment of different types of molecular markers, whose different sensitivity to demographic processes may illuminate the forces shaping this hybrid zone. The objective of this study was to develop new sequence-based nuclear markers that are informative for the investigation of this hybrid zone, aiming to characterize the ongoing admixture and to expand the knowledge on the magnitude and directionality of this process. Our final data set includes DNA sequences of seven different segments (five of them located on the X chromosome, and two on autosomes), which were analyzed along with 11 microsatellite loci in a sample of 68 individuals of both pure and hybrid origin. In addition to the L. tigrinus and L. geoffroyi samples, six L. colocolo samples were included for comparison. Through the use of haplotype networks and Bayesian admixture analyses it was possible to identify 48 hybrids, most of them originating from RS state. Nevertheless, the geographic breadth of the genetic gradient between the two species appears to indicate that the hybrid zone extends beyond RS state. Our results corroborate recent studies that reported the existence of ongoing hybridization between these species, and suggest a pattern of bidirectional and likely asymmetric genomic introgression. / A hibridação natural entre espécies selvagens é atualmente reconhecida como um processo bastante comum, que pode apresentar relevância significativa na trajetória evolutiva das espécies envolvidas. Este processo pode consistir de eventos esporádicos entre espécies simpátricas, ou da formação de zonas híbridas estreitas entre táxons com distribuição parapátrica, ou até mesmo de um intenso processo de miscigenação entre as populações parentais. Leopardus tigrinus e L. geoffroyi são duas espécies de pequenos felinos proximamente relacionados, com distribuições basicamente alopátricas na Região Neotropical. No Estado do Rio Grande do Sul (RS), as duas espécies apresentam uma zona de contato geográfico onde foi verificada a existência de um complexo e extenso padrão de hibridação. Este estudo tem como objetivo caracterizar novos marcadores nucleares a serem utilizados na investigação genética desta zona híbrida a fim de quantificar o processo de hibridação e ampliar os conhecimentos existentes sobre a magnitude e direcionalidade deste fenômeno. Para a realização deste trabalho foram utilizadas sequências de cinco locos localizados no cromossomo X e dois locos autossômicos, além de onze locos de microssatélites, em uma amostra total de 68 indivíduos, incluindo prováveis puros e híbridos. Além das amostras de L. tigrinus e L. geoffroyi, seis amostras de L. colocolo foram incluídas para fins de comparação. Através da construção de redes de haplótipos e de análises Bayesianas de alocação populacional dos indivíduos, foi possível identificar 48 híbridos, a maioria deles com procedência do RS. No entanto, a amplitude geográfica do gradiente genético entre as duas espécies parece indicar uma extensão da zona híbrida para além do estado do RS. Os resultados corroboram estudos recentes documentando a existência de um processo atual de hibridação entre estas espécies, e indicam a ocorrência de um padrão de introgressão genômica bidirecional e provavelmente assimétrico.
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Caracterização evolutiva de uma zona híbrida entre duas espécies de felídeos neotropicais (Leopardus tigrinus E L. geoffroyi) através da análise de marcadores nucleares

Lehugeur, Livia Menger January 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2013-10-11T13:36:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000451413-Texto+Completo-0.pdf: 1438370 bytes, checksum: 1320e7640f2832d4355692836e95b936 (MD5) Previous issue date: 2013 / Hybridization in animal species has been observed with increasing frequency in nature, probably due to advances in molecular techniques, which have allowed accessing a wealth of information on the biology of living beings. The Neotropical felids Leopardus geoffroyi e L. tigrinus have essentially allopatric distributions, with a narrow contact zone that includes Rio Grande do Sul state, Brazil. Following initial suspicions raised by field studies, hybridization between these species was confirmed by the analysis of mitochondrial DNA and nuclear microsatellites (Trigo 2008). The main objective of this study was to clarify aspects related to hybridization and introgression between these species, including its symmetry and directionality, and also to test the application of multiple loci linked to the X chromosome to differentiate ancestral haplotype sharing from that resulting from the hybridization process. We selected 43 L. geoffroyi individuals and 38 L. tigrinus from regions that are near as well as outside the contact zone, in addition to six L. colocolo used as outgroups for comparison. Through the use of haplotype networks, it was possible to identify 38 hybrids, and based on shared haplotype blocks, we inferred that this number could reach more than 53 individuals. We observed bidirectional and quite asymmetric introgression between these species, corroborating the hypothesis that this is a current and complex hybridization process. In addition, an important result was the demonstration that the X chromosome segment analyzed here harbors sufficient information content to identify ancestral haplotypic blocks from each of the implicated species, opening up new avenues for in-depth genomic analyses targeting this hybridization process. / A hibridação entre espécies animais vem sendo observada cada vez mais frequentemente na natureza, devido provavelmente ao avanço das técnicas moleculares, que têm nos permitido acessar inúmeras informações previamente desconhecidas com relação à biologia dos seres vivos. Os felídeos Neotropicais Leopardus geoffroyi e L. tigrinus possuem sua distribuição essencialmente alopátrica, com uma estreita zona de contato que inclui o Estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Após suspeita levantada em estudos de campo, a hibridação entre estas espécies foi confirmada com análises do DNA mitocondrial e microssatélites nucleares (Trigo 2008). O principal objetivo do presente trabalho é aprofundar a investigação dos processos de hibridação e introgressão entre estas duas espécies, incluindo aspectos como sua simetria e direcionalidade, bem como testar a viabilidade de utilização de múltiplos locos localizados no cromossomo X para diferenciar o compartilhamento de haplótipos por ancestralidade daquele resultante do processo de hibridação. Foram selecionados 43 indivíduos da espécie L. geoffroyi e 38 da espécie L. tigrinus, de regiões próximas (incluindo prováveis puros e híbridos) e também de regiões afastadas da zona de contato, além de seis L. colocolo utilizados como grupo externo para fins de comparação. Através da construção e análise de redes de haplótipos, foi possível identificar 38 híbridos, enquanto através da avaliação de blocos haplotípicos compartilhados, inferiu-se que este número pode chegar a mais de 53 indivíduos. Foi observada introgressão bidirecional e bastante assimétrica entre as espécies, corroborando a hipótese de que se trata de um processo atual e complexo em sua dinâmica. Além disso, um resultado importante deste estudo foi a demonstração de que o segmento analisado do cromossomo X apresenta poder informativo suficiente para identificar blocos haplotípicos ancestrais de cada uma das espécies envolvidas, o que abre caminho para análises genômicas mais aprofundadas deste processo de hibridação.
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Caracterização molecular de três espécies de Trachycephalus (Anura: Hylidae): investigando potenciais híbridos interespecíficos

ZAIDAN, F. C. 11 April 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-29T15:09:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_7652_Fernanda Couto.pdf: 1993328 bytes, checksum: 61036f0c8fd9ac88c02c272a9a80e880 (MD5) Previous issue date: 2014-04-11 / Animais híbridos representam um desafio à taxonomia e sistemática, pois correpondem a unidades evolutivas sem clara delimitação morfológica, comportamental e molecular. Híbridos podem ser morfologicamente intermediários aos parentais ou, devido à introgressão e retrocruzamentos, suas características podem se misturar tornando difícil a identificação. No entanto, resultados conflitantes entre dados moleculares provenientes do DNA mitocondrial (DNAmt) e DNA nuclear (DNAn) podem ser devido ao sorteamento incompleto de polimorfismos ancestrais (ILS). Em localidades do Espírito Santo, Brasil, foram coletados indivíduos de morfologia distinta de Trachycephalus mesophaeus e T. nigromaculatus, que são as únicas espécies do gênero conhecidas para esse estado. Porém, estudos piloto usando o gene mitocondrial COI agruparam esses espécimes com amostras de T. typhonius. Devido a estas incongruências, foram sequenciados fragmentos de dois genes mitocondriais (COI e ND2) e um exon nuclear (tirosinase) de 173 indivíduos de Trachycephalus, de forma a clarificar as identificações taxonômicas e investigar a correspondência entre caracteres morfológicos e genéticos nesta linhagem, na sua área de ocorrência As filogenias moleculares, divergências genéticas, redes de haplótipos e polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) confirmaram as três espécies acima mencionadas como linhagens evolutivas distintas e revelaram mais sete indivíduos potencialmente híbridos, mas morfologicamente assinalados a uma espécie. Devido à taxa de evolução lenta da tirosinase, as espécies mais recentes T. typhonius e T. nigromaculatus parecem não terem sido sorteadas completamente nesse gene. Já T. mesophaeus é a espécie mais antiga das três e foi recuperada inequivocamente em todas as análises. De forma inédita, as análises moleculares evidenciaram a ocorrência de introgressão bidirecional entre T. nigromaculatus e T. typhonius e entre T. nigromaculatus e T. mesophaeus, sendo que há indícios de indivíduos F1. A utilização do gene ND2 mostrou-se mais eficiente do que o gene COI nas filogenias e, apesar da tirosinase ser um gene nuclear de evolução lenta, contribuiu para a identificação de incongruências citonucleares. Nossos resultados mostram que a história filogenética de Trachycephalus é complexa e que o uso de marcadores nucleares de evolução mais rápida e ampliação dessas análises para outras espécies do gênero podem revelar eventos de hibridação.
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Disputa de frames e hibridismo organizacional: um estudo de caso em um hospital universitário federal

AVELAR, J. V. R. 02 September 2016 (has links)
Made available in DSpace on 2018-08-01T23:40:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_10595_Dissertação João Vitor.pdf: 1565242 bytes, checksum: 57663b43394f8d3ba4c35e5b61ad6b98 (MD5) Previous issue date: 2016-09-02 / O caráter híbrido de hospitais-escola das universidades federais brasileiras se configura a partir de sua gênese: ao lado da assistência em saúde pública, ocorre a promoção do ensino e da pesquisa. As demandas contemporâneas dessas organizações requerem medidas adequadas à complexidade das diversas atividades acadêmicas e administrativas. O Programa Nacional de Reestruturação dos Hospitais Universitários Federais (REHUF), implantado em 2010, prevê a realização de ações no sentido de garantir a recuperação física e tecnológica, bem como o reordenamento do quadro de recursos humanos das unidades hospitalares universitárias, com a criação, como parte de um conjunto de medidas, da Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (EBSERH). Desde 2013, a Universidade Federal do Espírito Santo (UFES) tornou-se signatária da EBSERH, que assume total responsabilidade pela coordenação e execução das atividades do Hospital Universitário Cassiano Antônio de Moraes (HUCAM), provocando o surgimento de um cenário atípico na história do hospital. O estudo qualitativo de tal reforma institucional, sob a teoria de frames, objetiva a investigação de influências na cultura organizacional do HUCAM, a partir do processo de hibridização envolvendo a UFES e a EBSERH. O estudo de caso único permite uma abordagem compreensiva desse processo. A coleta de dados, mediante a entrevista individual semiestruturada, fortalece o propósito de pesquisar o tema em profundidade. Ao analisar o processo de hibridização em curso no HUCAM, comprova-se que diferentes frames subjacentes à mescla organizacional têm influenciado os rumos de sua gestão. Ocorrem resistências quanto às relações entre servidores da antiga e da atual estrutura. O aspecto comunicacional deficitário, segundo os entrevistados, também interfere na atual conjuntura do HUCAM. Esse quadro resulta em dificuldade para os gestores. Reconhece-se que as diferenças legal-trabalhistas se impõem como grande obstáculo rumo a uma integração cultural e, até que isso aconteça, a atual situação irá demandar continuamente habilidades conciliatórias dos líderes e gestores. Finalmente, espera-se que os achados possam contribuir para um melhor entendimento sobre como os conflitos de interesses que emergem no trabalho de gestão no atual contexto organizacional dos hospitais universitários se desenvolvem.
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Desenvolvimento de células de combustível microbiana

Lehnen, Débora Rosa January 2014 (has links)
Células de combustível microbianas despertaram interesse nos últimos anos devido à aplicação em tratamento de águas, biorremediação e geração de eletricidade. Um dos organismos que tem sido estudado a fundo para a aplicação em células de combustível microbianas é a Geobacter sulfurreducens. Esta espécie de Geobacter, que gera eletricidade pela oxidação de compostos, mostrou gerar uma quantidade significativa de energia devido a múltiplos mecanismos extracelulares de transferência de elétrons através de pilis ou citocromos do tipo C. Outra espécie de Geobacter que desperta grande interesse é a Geobacter metallireducens por ser capaz de oxidar compostos aromáticos e reduzir metais nocivos solúveis (até mesmo radioativos) à forma inofensiva insolúvel. Porém, o aumento na densidade de potência destes dispositivos é essencial para que sejam competitivos com outras fontes de energia renovável. Neste trabalho foi feito o estudo da melhor configuração visando a ausência de limitações catódicas para aumento da densidade de potência nas células, o que demostrou que medidas como diminuição do tamanho no ânodo, proximidade dos eletrodos e substituição do cátodo de oxigênio por ferricianeto melhoram a desempenho da célula. Também foram feitas comparações de densidade de potência em células de combustível microbianas de culturas puras de G. metalirreducens e G. sulfurreducens e uma cocultura das duas espécies. Essa comparação demonstrou que G. metallireducens além de poder ser utilizada para biorremediação apresenta uma densidade de potência elevada, podendo ser usada também como cultura pura em células de combustível microbianas, para a produção de eletricidade. Também se pode perceber uma relação direta entre a espessura do biofilme e a potência produzida nas três células. A espécie G. metallireducens demonstrou ainda ser útil na utilização de glicerol como fonte de carbono, podendo servir como espécie remediadora para este resíduo. / Microbial fuel cells aroused interest in recent years due to the application in water treatment, bioremediation and electricity generation. One of the microorganisms that has been studied thoroughly for application in microbial fuel cells is the Geobacter sulfurreducens. This specie of Geobacter, which generates electricity by oxidizing compounds, showed generate a significant amount of energy due to multiple mechanisms of extracellular electron transfer through Pilis or c type cytochromes. Another specie of Geobacter that arouses great interest is the Geobacter metallireducens by being able to oxidize aromatic compounds and soluble reducing harmful metals to insoluble harmless. However, the increased power density of these devices is essential to be competitive with other renewable energy sources. This present work studied the best configuration aiming the absence of cathodic limitations to increasing power density of the cells. Measurements have shown that reduced anode size, location of the electrodes and replacement of oxygen by ferricyanide, improves the performance of the cells. Comparisons of power density between pure cultures of G. sulfurreducens and G. metalirreducens and a coculture of the two species were also made. This comparison showed that G. metallireducens can be used for bioremediation and also in a microbial fuel cell to produce electricity due the high power density produced. Direct relationships between the thickness of the biofilm and the power produced in the three cells have been notice. The specie G. metallireducens also showed to use glycerol as a carbon source, which may be an alternative for glycerol consumption.
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Organização espacial da transcrição como um potencial mecanismo de expressão gênica em Plasmodium falciparum / Spatial organization of transcription as a potential gene expression mechanism in Plasmodium falciparum

Moraes, Carolina Borsoi [UNIFESP] January 2009 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-12-06T22:55:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Ministério da Educação, Ciência e Tecnologia da Coreia do Sul (MEST) / Governo da província de Gyeonggi da Coreia do Sul / Instituto Coreano de Informação Científica e Tecnológica (KISTI) / Crescentes evidências mostram que a organização espacial da transcrição é um fator epigenético importante na regulação gênica em eucariotos. Em células de mamíferos, os genes são transcritos em estruturas nucleares discretas conhecidas como fábricas de transcrição, e genes com funções relacionadas e co-regulados compartilham as mesmas fábricas de transcrição. Plasmodium falciparum apresenta um padrão de expressão gênica bastante complexo durante o ciclo eritrocítico, contrastando paradoxalmente com o baixo número de putativos fatores de transcrição codificados pelo seu genoma. Por outro lado, mecanismos epigenéticos são importantes na regulação gênica neste parasita. Nesta tese, investigamos a organização da transcrição em P. falciparum visando determinar se a organização nuclear está relacionada com a expressão/regulação gênica ao longo do desenvolvimento do parasita. Com este objetivo, marcamos transcritos nascentes com BrUTP em formas eritrocíticas de P. falciparum. Assim como em mamíferos, a transcrição no parasita também está organizada em focos nucleoplásmicos discretos, chamados fábricas de transcrição. Análises automatizadas de imagens em 3D mostram que o número e a intensidade das fábricas de transcrição variam durante o ciclo eritrocítico, estando correlacionados com o número de genes expressos em cada estágio, mas não com o volume nuclear. O baixo número de fábricas indica que os genes ativos compartilham as fábricas enquanto estão sendo transcritos. Surpreendentemente, as fábricas são espacilamente redistribuídas durante o desenvolvimento de anéis para trofozoítas, com a periferia nuclear sendo a zona de transcrição favorita nos anéis, enquanto nos trofozoítas as fábricas estão igualmente distribuídas por todo o nucleoplasma. Também observamos que a transcrição por RNA polimerase I ocorre principalmente nas áreas centrais dos núcleos em trofozoítas, sugerindo que os componentes nucleolares podem ser dispersos devido à entrada na fase S. Assim como nos eucariotos superiores, as fábricas de transcrição em P. falciparum também se localizam em áreas nucleares com baixa densidade de cromatina. Análises de imunofluorescência combinando incorporação de BrUTP com marcadores nucleares mostram que as fábricas de transcrição formam um compartimento exclusivo, diferente do compartimento de silenciamento definido por PfSir2A ou do compartimento de cromatina ativa definido por H4ac ou H3K79me3. Para estudar a organização espacial da cromatina e entender como os genes co-regulados interagem com as fábricas de transcrição, decidimos realizar ensaios de hibridização fluorescente in situ (fluorescence in situ hybridization, FISH). Durante a realização de ensaios de FISH seguindo protocolos publicados, observamos uma grande variação na morfologia nuclear dos parasitas, o que nos moveu a otimizar esta técnica. Utilizando análises automatizadas de imagens, mostramos que os parasitas desidratados por secagem ao ar e fixados por curtos períodos de tempo à temperatura ambiente apresentam uma variação intra-populacional maior em relação à forma e ao volume nucleares após o ensaio de FISH, assim como valores de volume quase duas vezes maiores, do que núcleos de parasitas fixados em suspensão por longos períodos de tempo e em baixas temperaturas. Também observamos que a fixação em suspensão leva a uma melhor conservação da estrutura nuclear, e índices de colocalização mais altos para duas sondas de repetições adjacentes das extremidades cromossômicas, Rep20 e telômeros. Em resumo, nossos resultados mostram que o tipo de protocolo de fixação utilizado antes da realização do desenvolvimento de FISH é um fator crucial para a conservação apropriada da arquitetura nuclear. / Growing evidence points that transcription spatial organization is an important epigenetic factor for eukaryotes gene regulation. In mammalian cells, genes are transcribed in discrete nuclear structures known as transcription factories, and developmentally co-regulated, functionally related genes have been shown to share factories. Plasmodium falciparum shows a remarkably complex pattern of gene expression during the erythrocytic cycle, paradoxically contrasting with the low number of putative transcription factors encoded by its genome. However, epigenetic mechanisms are important for gene regulation in this parasite. In this thesis, we investigated transcription organization of P. falciparum in order to determine if nuclear architecture is related with developmentally regulated gene expression. To this aim, we have labeled nascent transcrips with BrUTP in P. falciparum erythrocytic forms. Transcription in organized in discrete nuceloplasmic foci, the transcription factories. Automated 3D analysis of confocal images shows the number and intensity of transcription factories change during the erythrocytic cycle, correlating with the number of genes expressed at each stage but not with the nuclear volume. The low number of factories indicates that active genes share factories while being transcribed. Unexpectedly, factories spatially redistribute from ring to trophozoites, being the nuclear periphery the preferential transcription zone in rings while in trophozoites factories are equally distributed throughout the nucleoplasm. We also observed that RNApolymerase I transcription occurs mostly at central nuclear areas in trophozoites, suggesting that nucleolar components may be dispersed upon S phase transition. Like in higher eukaryotes, in P. falciparum transcription factories occur on nuclear areas with low chromatin density. Immunofluorescence analysis of P. falciparum nuclear markers combined with BrUTP incorporation show that transcription factories are a novel and exclusive nuclear compartment, different from the silent compartment defined by PfSir2A or the active chromatin compartment defined by H4ac and H3K79me3. In order to study the spatial organization of chromatin, and how co-regulated, functionally related genes interact with transcription factories, we decided to perform fluorescence in situ hybridization (FISH). While performing FISH with published protocols, we observed great variation in the parasite nuclear morphology, prompting us to optimize this technique. Using automated image analysis, we show that parasites dehydrated by air-drying and fixed for short periods at room temperature present after FISH higher intra-population variation of nuclear shape and volume, as well as almost two-times higher relative volume values, than parasite nuclei fixed in suspension for long periods at low temperatures. We also observe that longer fixation in suspension leads to improved conservation of the nuclear structure, with chromosome end clusters preferentially locating at the nuclear periphery, and higher colocalization indexes for two adjacent chromosome end probes, Rep20 and telomere. Overall, our results show that the type of fixation protocol applied prior to FISH is crucial for the conservation of nuclear architecture. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

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