Corynebacterium pseudotuberculosis est une bactérie pathogène intracellulaire facultative, divisée en deux biovars : C. pseudotuberculosis ovis, agent de la lymphadénite caséeuse (petits ruminants), et C. pseudotuberculosis equi, responsable de lymphangites ulcéreuses (chevaux), mammites (bovins) et d’œdèmes cutanés (buffles). La génomique fonctionnelle a pour but d'élucider le rôle que joue chaque gène dans l'organisme, ainsi que l'interaction de ces gènes dans un réseau biologique. Au cours de ce travail de thèse, différentes stratégies protéomiques ont été adoptées pour l’étude fonctionnelle du génome de C. pseudotuberculosis : i) l’analyse du protéome extracellulaire des souches 1002_ovis et C231_ovis a permis la caractérisation totale de 60 protéines différentes de C. pseudotuberculosis dont 18 protéines sont régulées différemment ;ii) le protéome de la souche 1002_ovis été analysé en réponse au stress nitrosant révélant 58 protéines différentiellement régulées et impliquées dans différents processus biologiques susceptibles de favoriser la survie à ce stress ; iii) les souches 1002_ovis et 258_equi ont été utilisées pour induire des infections expérimentales sur modèle souris. L’analyse de leur protéome extracellulaire avant et après passage en série sur souris a permis d’identifier 250 protéines différentiellement régulées touchant diverses fonctions. Pour conclure, ce travail a permis de générer une base de données de protéines et de valider la fonctionnalité de différents gènes jusqu’alors prédits in silico seulement et des informations importantes sur les facteu / Corynebacterium pseudotuberculosis is a facultative intracellular pathogenic bacterium, subdivided into two biovars: C. pseudotuberculosis ovis, agent of caseous lymphadenitis (small ruminants), and C. pseudotuberculosis equi, which causes ulcerative lymphangitis (equines), mastitis (bovines), and oedematous skin disease (buffalos). Functional genomics aims to elucidate the role that each gene plays in organism, as well as the interactions of these genes into a biological network. In this PhD work, various proteomic approaches were used to evaluate the functional genome of C. pseudotuberculosis: i) the analysis of the exoproteome of strains 1002_ovis and C231_ovis enabled the characterization of 60 proteins of C. pseudotuberculosis of which 18 were differentially regulated; ii) the proteome of the strain 1002_ovis was analyzed after a nitrosative stress revealing 58 proteins differentially regulated when compared to the control conditionsThese 58 proteins are involved in different biological processes which may favor the survival of this pathogen under exposition to nitrosative stress; iii) the strains 1002_ovis and 258_equi were used in a murine model of experimental infection. A comparative analysis of their extracellular proteomes before and after passage in mice revealed that 250 proteins ibnvolved in various functions were differentially regulated in C. pseudotuberculosis. Altogether, this PhD work allowed the generation of a protein data base, as well as the validation of several genes previously predicted in silico, and generated information about factors that fa

En Amérique du Nord, et particulièrement au Canada, il y a très peu de données sur l’incidence des causes de mortalité chez l’espèce caprine. Le premier objectif de cette étude était de déterminer les principales causes de mortalité chez les chèvres au Québec. Depuis 2006, avec l’arrêt de la vaccination contre la lymphadénite caséeuse, les éleveurs de caprins laitiers et de boucherie du Québec ont rapporté une recrudescence des abcès chez leur bétail. Le second but de cette étude était de déterminer l’importance de la lymphadénite caséeuse dans le dépérissement et la mortalité des chèvres du Québec. Cent-cinquante-deux chèvres provenant de 13 élevages différents ont été soumises pour nécropsie et la cause de mortalité, de même que la présence d’abcès (s’il y a lieu), leur localisation et leur cause furent compilés. Les mortalités proportionnelles étaient, par ordre décroissant : l’entérotoxémie de type D (n= 26; 17,1%), la pneumonie (n= 21; 13,8%), la paratuberculose (n= 16; 10,5%), listériose encéphalitique (n= 10; 6,6%), la toxémie de gestation (n= 8; 5,3%), l’arthrite-encéphalite caprine (n= 7; 4,6%) et la lymphadénite caséeuse (n= 6; 3,9%). La lymphadénite caséeuse a été diagnostiquée chez 24,3% des chèvres soumises, mais sans être une cause majeure de dépérissement ou de mortalité. Les abcès étaient internes dans 54,1% des cas. Au total, la paratuberculose a été diagnostiquée chez 29 chèvres (16 en étant décédées) et fut considérée comme une cause majeure de dépérissement, d’émaciation et de mortalité. Le développement et l’implantation de mesures préventives contre cette maladie seraient donc à envisager dans le futur. / In North America, and especially in Canada, the incidence and the causes of death in goats are not well documented. The first objective of this study was to determine the main causes of mortality in goats in Quebec. Dairy and meat goat farmers had reported an increase in abscesses in their herd since vaccination for caseous lymphadenitis stopped being available (2006) in Quebec. The second objective of this study was to determine the importance of caseous lymphadenits in wasting and mortality in caprine herds from Quebec. One hundred and fifty-two goats from 13 different herds from Quebec were submitted for necropsy and the cause of mortality, as well as the presence, location and cause of abscesses (if present) were recorded. Proportional mortalities were, in decreasing order: type D enterotoxemia (n= 26; 17,1%), pneumonia (n= 21; 13,8%), paratuberculosis (n= 16; 10,5%), encephalitic listeriosis (n= 10; 6,6%), pregnancy toxemia (n= 8; 5,3%), caprine arthritis-encephalitis (n= 7; 4,6%) and caseous lymphadenitis (n= 6; 3,9%). Caseous lymphadenitis was diagnosed in 24.3% of the submitted goats, but was not a major cause of debilitation or mortality. Abscesses were localized internally in 54.1% of the cases. Overall, paratuberculosis was diagnosed in 29 goats (16 of which died of the condition) and was considered a major cause of wasting, emaciation and mortality. Development and implementation of preventive measures to control this disease in goat herds would certainly be relevant in the future.

En Amérique du Nord, et particulièrement au Canada, il y a très peu de données sur l’incidence des causes de mortalité chez l’espèce caprine. Le premier objectif de cette étude était de déterminer les principales causes de mortalité chez les chèvres au Québec. Depuis 2006, avec l’arrêt de la vaccination contre la lymphadénite caséeuse, les éleveurs de caprins laitiers et de boucherie du Québec ont rapporté une recrudescence des abcès chez leur bétail. Le second but de cette étude était de déterminer l’importance de la lymphadénite caséeuse dans le dépérissement et la mortalité des chèvres du Québec. Cent-cinquante-deux chèvres provenant de 13 élevages différents ont été soumises pour nécropsie et la cause de mortalité, de même que la présence d’abcès (s’il y a lieu), leur localisation et leur cause furent compilés. Les mortalités proportionnelles étaient, par ordre décroissant : l’entérotoxémie de type D (n= 26; 17,1%), la pneumonie (n= 21; 13,8%), la paratuberculose (n= 16; 10,5%), listériose encéphalitique (n= 10; 6,6%), la toxémie de gestation (n= 8; 5,3%), l’arthrite-encéphalite caprine (n= 7; 4,6%) et la lymphadénite caséeuse (n= 6; 3,9%). La lymphadénite caséeuse a été diagnostiquée chez 24,3% des chèvres soumises, mais sans être une cause majeure de dépérissement ou de mortalité. Les abcès étaient internes dans 54,1% des cas. Au total, la paratuberculose a été diagnostiquée chez 29 chèvres (16 en étant décédées) et fut considérée comme une cause majeure de dépérissement, d’émaciation et de mortalité. Le développement et l’implantation de mesures préventives contre cette maladie seraient donc à envisager dans le futur. / In North America, and especially in Canada, the incidence and the causes of death in goats are not well documented. The first objective of this study was to determine the main causes of mortality in goats in Quebec. Dairy and meat goat farmers had reported an increase in abscesses in their herd since vaccination for caseous lymphadenitis stopped being available (2006) in Quebec. The second objective of this study was to determine the importance of caseous lymphadenits in wasting and mortality in caprine herds from Quebec. One hundred and fifty-two goats from 13 different herds from Quebec were submitted for necropsy and the cause of mortality, as well as the presence, location and cause of abscesses (if present) were recorded. Proportional mortalities were, in decreasing order: type D enterotoxemia (n= 26; 17,1%), pneumonia (n= 21; 13,8%), paratuberculosis (n= 16; 10,5%), encephalitic listeriosis (n= 10; 6,6%), pregnancy toxemia (n= 8; 5,3%), caprine arthritis-encephalitis (n= 7; 4,6%) and caseous lymphadenitis (n= 6; 3,9%). Caseous lymphadenitis was diagnosed in 24.3% of the submitted goats, but was not a major cause of debilitation or mortality. Abscesses were localized internally in 54.1% of the cases. Overall, paratuberculosis was diagnosed in 29 goats (16 of which died of the condition) and was considered a major cause of wasting, emaciation and mortality. Development and implementation of preventive measures to control this disease in goat herds would certainly be relevant in the future.