Red Propolis northeastern Brazil (Alagoas, Brazil) has been widely studied for their biological activity against parasites, microorganisms. The composition of propolis varies according to geographic region and seasonality. Currently only isoflavanas, isoflavones and some propolones / guttiferones identified in propolis in Alagoas. The aim of this study was to apply modern methods of analysis of fingerprinting and screening (Screening), using LC-Orbitrap-FTMS in combination with MZmine software for extracting data from molecular ions to carry out such studies of propolis. Four propolis samples collected in two different towns of state of Alagoas and two of Pernambuco -. Brazil in the month of June / July 2012 The 2 samples of red propolis originating Alagoas (5.0 g) were subjected to extraction with ethanol to obtain their crude extracts, the remaining sample were already sold in the form of crude extract. The extracts solubilized in ethanol, diluted to a concentration of 1mg/mL, and injected directly into the LC-Orbitrap-FTMS, MS data extracted using the software MZmine 02.10. The precise masses of the components of the extracts compared with a database of online data. The LC-FTMS analysis combined with extraction and search database online with MZmine showed the presence of over 2,000 ion in the extract but only 210 could be a probable identification. In the Histogram, analysis showed phenolic groups/chalcones acids; isoflavones/isoflavans/ pterocarpans; propolones/guttiferones/bflavonoids specific mass of bands of common substances such as propolis, present as major compounds. Samples showed differences in the chemical profile, but all showed a high frequency of propolonas, isoflavones, terpenes and guttiferones / terpenosideos. Software MZmine and techniques of LC-FTMS and are extremely applicable for the testing fingerprint and identification of new phenolic compounds, not idetificavéis by conventional techniques phytochemical present in complex matrices. / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas / A Própolis vermelha do nordeste brasileiro (Alagoas, Brasil) tem sido amplamente pesquisada por sua atividade biológica contra diversos tipos de microrganismos. A composição da própolis varia de acordo com a região geográfica e a sazonalidade. Atualmente isoflavonoides e algumas propolonas/guttiferonas foram identificados na própolis vermelha de Alagoas. O objetivo deste estudo foi aplicar métodos modernos de análise de Impressão digital e triagem (Screening), usando LC-Orbitrap-FTMS em combinação com o software MZmine para a extração de dados dos íons. Quatro amostras de própolis foram coletadas: duas na cidade Marechal Deodoro no estado de Alagoas e duas na cidade de Igarassu no estado de Pernambuco – Brasil durante o mês de Junho/Julho de 2012. As amostras de Própolis vermelha de Alagoas, cinco gramas de cada amostra, foram submetidas a extração com etanol para obtenção de seus extratos brutos, as demais foram cedidas sob a forma de extrato bruto. Os extratos foram solubilizados em etanol e diluídos para a concentração de 1mg/mL e injetados diretamente no LC-Orbitrap-FTMS. Os dados de MS foram extraídos usando o software MZmine 2.10. As Massas exatas dos componentes dos extratos foram comparadas com um banco de dados on-line. A análise de LC-FTMS combinada com extração e pesquisa em banco de dados on-line com MZmine demonstrou presença de mais de 2.000 íons no extrato, onde 210 puderam ter uma identificação provável. A análise do Histograma de frequência íons mostrou agrupamentos de ácidos fenólicos/chalconas; isoflavonoides/ isoflavanas/pterocarpanos; propolonas/guttiferonas/ biflavonoides em faixas de massas específicas como substâncias comuns a própolis vermelha e presentes como substâncias majoritárias. Apesar das amostras apresentarem diferenças no perfil químico, todas continham alta frequência dos agrupamentos vistos no histograma. O software MZmine e as técnicas de LC-FTMS são extremamente aplicavéis para identificação de novos compostos fenólicos, não idetificavéis por técnicas convencionais de fitoquímica presentes em matrizes complexas.