La Maladie Hollandaise de l'Orme (MHO) est causée par des champignons du genre Ophiostoma. Ceux-ci sont responsables de la mort de plusieurs centaines de milliers d'ormes adultes en Europe ainsi qu'en Amérique du Nord, modifiant de manière drastiques les paysages forestiers et urbains. L'étude de la MHO a permis de caractériser deux espèces différentes, O. ulmi et O. novo-ulmi, qui présentent des phénotypes différents en terne de virulence et de croissance. L'analyse de données de séquençage à haut débit (génomique) associée à l'utilisation de données phénotypiques s'est répandue ces dernières décennies dans le domaine de la phytopathologie et permet de comprendre plus en détails la structure des populations ainsi que les gènes et mécanismes impliqués dans l'adaptation chez les champignons pathogènes. Dans le premier chapitre, nous comparons les caractéristiques évolutives des champignons phytopathogènes des cultures et des forêts. Nous contrastons l'impact des différents degrés de domestication et de gestion des milieux agricoles et forestiers sur ces populations de pathogènes. Les milieux agricoles et les forêts présentent des caractéristiques très différentes, comme le temps de génération ou le niveau de domestication. Cependant, nous trouvons que les mécanismes modelant les populations de pathogènes restent similaires, comme l'hybridation, les sauts d'hôtes, la sélection, la spécialisation et l'expansion clonale. Dans un second temps nous faisons un bilan des méthodes et techniques disponibles pour la gestion et l'amélioration des plantes de ces systèmes afin de prévenir ou lutter contre de futures épidémies. Dans le second chapitre, nous avons utilisé des données de génomiques pour examiner la structure génétique des populations des champignons responsables de la Maladie Hollandaise de l'Orme (MHO) Ophiostoma ulmi et Ophiostoma novo-ulmi. Nous quantifions et caractérisons la diversité génétique au sein des quatre lignées génétiques, ainsi que la divergence et la phylogénie entre chaque taxon. Nous décrivons le rôle de l'hybridation et de l'introgression dans l'histoire évolutive de ces pathogènes comme étant le mécanisme principal générant de la diversité génétique. La production de données phénotypiques nous permet également de caractériser l'impact de l'introgression sur l'adaptation de ces espèces. Dans le troisième chapitre, nous avons utilisé une approche « GWAS » (Genome Wide Analysis Study) pour révéler les marqueurs impliqués dans l'adaptation à la température et à un composé de défense de l'hôte chez O. ulmi et O. novo-ulmi. Nous trouvons d'importants gènes et familles de gènes associés avec les phénotypes de croissance et de virulence comme des transporteurs, des cytochromes, des protéines de choc thermique ou des protéines impliquées dans le système d'incompatibilité végétative qui pourraient jouer un rôle dans la protection contre les virus. / Dutch Elm Disease (DED) is a highly destructive tree disease caused by fungi from the Ophiostoma genus. These fungi are responsible for the deaths of hundreds of thousands of mature elm trees both in Europe and in North America. Studies on DED allowed the characterization of two disctinct species, O. ulmi and O. novo-ulmi, that exhibit different virulence and growth phenotypes. Global pathogen genomics data including population genomics and high-quality reference assemblies are crucial for understanding the evolution and adaptation of pathogens. In a first chapter, we review crops and forest pathosystems with remarkably different characteristics, such as generation time and the level of domestication. They also have different management systems for disease control which is more intensive in crops than forest trees. By comparing and contrasting results from pathogen population genomic studies done on widely different agricultural and forest production systems, we can improve our understanding of pathogen evolution and adaptation to different selective pressures. We find that despite these differences, similar processes such as hybridization, host jumps, selection, specialization, and clonal expansion are shaping the pathogen populations in both crops and forest trees. We propose some solutions to reduce these impacts and to lower the probability of global pathogen outbreaks so that we can envision better management strategies to sustain global food production as well as ecosystem services. In a second chapter, we investigate how hybridization and the resulting introgression can drive the success of DED fungi via the rapid acquisition of adaptive traits. Using whole-genome sequences and growth phenotyping of a worldwide collection of isolates, we show that introgression has been the main driver of genomic diversity and that it impacted fitness-related traits. Introgressions contain genes involved in host-pathogen interactions and reproduction. Introgressed isolates have enhanced growth rate at high temperature and produce different necrosis sizes on an in vivo model for pathogenicity. In addition, lineages diverge in many pathogenicity-associated genes and exhibit differential mycelial growth in the presence of a proxy of a host defence compound, implying an important role of host trees in the molecular and functional differentiation of these pathogens. In the third chapter, we performed the identification of O. ulmi and O. novo-ulmi genes potentially associated with virulence and growth using Genome-Wide Association (GWA) analysis. We measured necrosis size induced on apples as a proxy for fungal virulence and measured growth rates at three different temperatures and two different media. We found several candidate genes for virulence, such as a CFEM domain containing protein and a HC-toxin efflux carrier. For growth, we identify several important gene families such as ABC and MFS transporters, cytochromes, transcription factors and proteins from the vegetative incompatibility complex.

Le poids du pétrole dans les exportations camerounaises a augmenté après sa découverte et la hausse de son prix au cours des années 1970. Une découverte du pétrole dans un pays en développement, conjuguée à une hausse de sa demande mondiale, conduit à l’expansion de sa production et d’une contraction de la taille des autres secteurs. Nous examinons dans ce mémoire l’impact qu’aura l’exploitation du pétrole camerounais sur l’économie du pays en présence du syndrome hollandais. Dans ce sens, la maladie hollandaise est principalement due à la découverte des ressources naturelles. L’augmentation de la demande mondiale de ces ressources augmente la demande mondiale de la devise nationale, ce qui provoquera l’appréciation du taux de change réel. Par conséquent, les autres secteurs se voient pénaliser. Pour vérifier la présence du syndrome hollandais et ses canaux de transmission, une approche par un modèle d’équilibre général calculable calibré sur les données de la matrice de la comptabilité sociale camerounaise de 2010 comprenant 42 secteurs d’activité. À ce titre, nous avons simulé une diminution progressive du prix à l’exportation du pétrole. Cette simulation devrait permettre de décrire la structure de l’économie camerounaise en absence d’une exploitation pétrolière importante. Notre simulation montre que le secteur agricole est avantagé alors que certains secteurs manufacturiers sont pénalisés. Mots clés : syndrome hollandais, désindustrialisation, modèle d’équilibre général calculable (MEGC), canaux de transmission, prix à l’exportation.

L’objectif sous-jacent aux trois chapitres qui composent cette thèse, est une meilleure compréhension de l’incidence des politiques publiques dont les impacts diffèrent entre secteurs hétérogènes. Nous déclinons cette analyse à trois types de politiques publiques au cœur de la macro-économie contemporaine : (i) une politique environnementale (ii) une politique d’aide au développement et (iii) une politique de déficits jumeaux. A travers ces trois chapitres, nous soutenons que les impacts sectoriels des politiques jouent un rôle crucial dans l’évaluation des politiques et dans la détermination de la politique optimale. Le premier chapitre se concentre sur la taxe sur la pollution. Il fournit un modèle théorique qui explique pourquoi il existe une relation négative entre le revenu des ménages et leur soutien pour la taxe sur la pollution. Dans le deuxième chapitre, j’étudie les impacts macroéconomiques d’une politique d’aide au développement et je considère deux secteurs: secteur des biens échangeables (T-secteur) et le secteur des biens non-échangeables (N-secteur). Je considère deux types d’aide étrangère: (i) une aide distribuée par des transferts forfaitaires aux ménages et (ii) une aide destinée à financer les investissements publics. J'étudie l'impact de la libéralisation du marché des capitaux sur la forme optimale et la performance de l'aide au développement. Le troisième chapitre est centré sur les déficits jumeaux : un déficit de la balance courante induit par un déficit de l'équilibre budgétaire. L'analyse économétrique du papier montre que les pays ayant adopté une négociation salariée centralisée présentent des déficits jumeaux plus faibles que les autres. Ce chapitre fournit aussi un modèle théorique pour expliquer ces résultats empiriques. / In this dissertation, I study the implications of policies with heterogeneous sectoral impacts in three separate research fields of macroeconomics: (i) environmental policy, (ii) foreign aid and (iii) the political economy of the twin deficits. Through the three chapters of this thesis, it is argued that, in all these three contexts, the sectoral impacts of policies play important roles in the policy evaluation and in the determination of optimal policy. In the first chapter, the policy of concern is the pollution tax. The paper provides a theoretical model to explain why in top income percentiles, there can be a negative relationship between household's income and their support for pollution tax. In the second chapter, I study the macroeconomic impacts of foreign aid and I consider two sectors: tradable sector (T-sector) and non-tradable sector (N-sector). I consider two forms of foreign aid: (i) aid which is transferred to the households and (ii) aid which is used to finance public investment. I investigate the impact of the liberalization of capital market on the optimal form and on the performance of foreign aid. In the third chapter, I consider the same sectors as in the second chapter : T-sector and N-sector. The focus of this chapter is rather on the political economy of the twin deficits: a deficit in current account induced by a deficit in fiscal balance. Econometric analysis of the paper finds evidence that wage centralization, in a cross-section of industrialized economies, is significantly associated with lower deficits in current account and budget balance. The paper provides a political economy framework to explain this empirical finding.

L’étude cherche à mettre en évidence un cas de maladie hollandaise au Canada, c'est-à-dire si la relative force de la monnaie canadienne explique les difficultés du secteur manufacturier. Sous cette hypothèse, le taux de change et/ou le prix des produits de base devraient affecter différemment la croissance des régions énergétiques de l’Ouest de celle des régions manufacturières de l’Est. La méthodologie économétrique consiste en un modèle à correction d’erreur servant à décrire la dynamique de court terme et de long terme qui existerait théoriquement entre notre variable dépendante (emploi) et nos variables explicatives (taux de change et prix des produits de base).