CASTRO, Elcineide Soares de. Microbactérias não tuberculosas : aspectos clínicos e epidemiológicos e análise de espécies identificadas pela metodologia PRA. 2012. 199 f. Tese (Doutorado em Farmacologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2012. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2013-07-10T11:54:06Z No. of bitstreams: 1 2012_tese_escastro.pdf: 2955399 bytes, checksum: b18d621d9f650e57deb685f39430e41b (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2013-07-10T13:14:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_tese_escastro.pdf: 2955399 bytes, checksum: b18d621d9f650e57deb685f39430e41b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-07-10T13:14:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_tese_escastro.pdf: 2955399 bytes, checksum: b18d621d9f650e57deb685f39430e41b (MD5) Previous issue date: 2012 / Infections caused by nontuberculous mycobacteria (NTM) are becoming more frequent around the world and also in Brazil. The ability of produce disease is clearly documented in the literature and its importance has been increasing steadily. Although mycobacteria can affect any human organ, the most common form of involvement is the lung disease. This study aimed to evaluate clinical and epidemiological characteristics of patients with NTM lung disease and the diversity of species isolated. We studied retrospectively 59 patients enrolled for treatment at the outpatient clinic reference Messejana Hospital, from 1998 to 2008. The species of NTM isolated from sputum were identified using PRA method in the Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, Federal University of Ceará. The variables studied were: year of diagnosis, age, origin, gender, profession and biological risk of illness, education level, family income, clinical symptoms, comorbidity, previous history of tuberculosis (TB), radiological findings, anti-HIV serology, tuberculin test, history of smoking and alcoholism and outcome. The quantitative and categorical variables were analysed by calculating frequencies and proportions of the measures of central location and dispersion for each variable separately. The analyzes of associations were performed using the nonparametric Pearson’s test and parametric test of the likelihood ratio (based on product binomial distributions / multinomial) using CI = 95% and p < 0,05. The PRA method identified all 59 species, with predominance of the following: M. abscessus, 28.5% (17/59); M. lentiflavum 18.6% (11/59); M. avium, 16.6% (10/59); M. fortuitum and M. smegmatis, 10.2% (06/59) each; M. kansasii, 6.8% (4/59). The mean age ± SD of the group was 50.4 ± 16.1 years; 62.7% (37/59) were male and 62, 7% had at most basic education, 72.9% (43/59) with income below the poverty level, 49.2% (29/59) reported using alcohol and 40.6% (24/59) smoking, 59.3% (35/59) were involved with biological risk, 86% (51%) lived in Fortaleza. Cough was observed in 91.5% (54/59) and expectoration in 72.9% (43/59). Fibrosis and cavity were in 71.2% (42/59) and 45.8% (27/59) of the patients, respectively. HIV serology was positive in 7% (4/59), tuberculin skin test was performed in only 22% (13/59), of which 92.3% (12/13) were positive, 54% (32/59) had cured and 15.3% (9/59) had died. The associations between the variable profession with biological risk and gender (60% female), and between profession with biological risk and comorbidity (75% had associated disease), and profession with biological risk and family income proved to be significant. The association analysis of the groups of species of NTM isolated, if potentially pathogenic or rarely pathogenic with the others different study variables were not significant, thus did not discriminate to differentiate the groups. This study demonstrated the importance for the recognition of NTM lung disease whose species can be identified in sputum samples and for the epidemiological importance and the need for differential diagnosis in cases of tuberculosis. / As infecções por micobactérias não tuberculosas (MNT) estão se tornando mais frequentes em todo o mundo, inclusive no Brasil. A capacidade das MNT em produzir doença está claramente documentada na literatura e sua importância clínica vem aumentando progressivamente. Embora a micobactéria possa comprometer qualquer órgão ou sítio, a forma mais frequente de comprometimento é a doença pulmonar. Esse estudo se propôs a avaliar aspectos clínicos e epidemiológicos de pacientes com doença pulmonar por MNT e a diversidade das espécies isoladas. Foram estudados retrospectivamente, 59 pacientes inscritos para tratamento no ambulatório de referência do Hospital de Messejana, período de 1998 a 2008. As espécies de MNT isoladas em meio de cultura a partir de amostras de escarro foram identificadas através da metodologia PRA no Laboratório de Microbiologia da Faculdade de Medicina, UFC e classificadas conforme a patogenicidade em potencialmente ou raramente patogênicas. As variáveis foram: ano diagnóstico, idade, procedência, sexo, profissão e risco biológico de adoecimento, grau de escolaridade, renda familiar, comorbidades, história prévia de tuberculose (TB), sorologia HIV, teste tuberculínico, história de tabagismo e etilismo, sintomas clínicos, achados radiológicos e desfecho. As variáveis categóricas e quantitativas foram analisadas através de proporções e frequências com cálculo das medidas de localização central e de dispersão para cada variável isoladamente. As análises de associações foram feitas utilizando o teste não-paramétrico de Pearson e o teste paramétrico da razão de verossimilhanças, com IC=95% e p = 0,05. Resultados: As espécies identificadas mais frequentes foram: M. abscessus, 28,5% (17/59); M. lentiflavum 18,6% (11/59); M. avium, 16,6% (10/59). A média de idade ± dp do grupo foi de 50,4 ± 16,1 anos; 62,7% (37/59) do sexo masculino e 62, 7% tinham no máximo o ensino fundamental; 72,9% (43/59) renda até um salário mínimo; 49,2% (29/59) uso de álcool e 40,6% (24/59) tabagismo; 62,7% (37/59) profissão com risco biológico; 86% (51/59) residiam em Fortaleza; A tosse foi observada em 91,5% (54/59) e expectoração em 72,9% (43/59); Fibrose e cavidade foram observadas em 71,2% (42/59) e 45,8 (27/59), respectivamente. Sorologia HIV foi positiva em 7% (4/59); teste tuberculínico realizado em 22% (13/59), desses, 92,3% (12/13) positivos; 54% (32/59) tiveram alta por cura e 15,3% (9/59) óbito. As associações entre profissão com risco biológico e sexo feminino, profissão com risco biológico e comorbidade, e profissão e renda familiar mostraram-se significantes. A análise de associação da patogenicidade da espécie de MNT isolada com as outras variáveis do estudo não mostrou significância, ou seja, nenhuma foi discriminativa. Este estudo demonstra a importância para o reconhecimento da doença pulmonar por MNT, cujas espécies podem ser identificadas em amostras de escarro.

Submitted by Diogo Misoguti (diogo.misoguti@gmail.com) on 2018-04-18T13:18:24Z No. of bitstreams: 1 Tese-15860.pdf: 879437 bytes, checksum: c869f5350ca0a0b0f13be8ba348f8fa5 (MD5) / Approved for entry into archive by Mariusa Loução (mariusa.loucao@unifesp.br) on 2018-04-18T13:20:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese-15860.pdf: 879437 bytes, checksum: c869f5350ca0a0b0f13be8ba348f8fa5 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-18T13:20:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese-15860.pdf: 879437 bytes, checksum: c869f5350ca0a0b0f13be8ba348f8fa5 (MD5) Previous issue date: 2016 / O uso da biologia molecular como ferramenta de diagnóstico microbiológico vem se expandindo no setor da medicina laboratorial. Novas plataformas aparecem com a prerrogativa de facilitar e acelerar o processo de análise. O uso de sistemas automatizados, que realizam extração, amplificação e detecção de ácidos nucleicos dentro da mesma plataforma, permite maior precisão e facilidade ao desenvolvimento de um novo teste por apresentarem todos os processos acoplados e reagentes disponíveis para o processo. Dentre as plataformas automatizadas, uma das que se destacam é o BD Max™ (Becton Dickinson Diagnostics). O sistema BD Max é uma plataforma automatizada aberta, que combina a extração de ácidos nucleicos, PCR (Reação de Polimerização em Cadeia) em tempo real e detecção dentro do mesmo instrumento, oferecendo a opção de usar os testes aprovados pelo Food and Drug Administration (FDA) e também, testes desenvolvidos pelo usuário. Com o objetivo de testar os recursos que a modalidade aberta da plataforma BD Max oferece, foram desenvolvidos três estudos distintos para o diagnóstico molecular de agentes infecciosos direto de amostras clínicas. Estudo 1: O objetivo deste estudo foi validar um teste multiplex usando a tecnologia PCR em tempo real no sistema aberto BD MAX™, para detectar o complexo Mycobacterium tuberculosis (CMT), complexo Mycobacterium avium (CMA) e Mycobacterium spp. (PAN) diretamente de amostras clínicas. Quando os resultados do novo teste foram comparados com os resultados da cultura, a reação de PCR apresentou especificidade de 97,1%, 100% e 100% para CMT, CMA e PAN, respectivamente. Estudo 2: O objetivo deste estudo foi validar um teste multiplex usando a tecnologia PCR em tempo real no sistema aberto BD MAX™ para detectar o grupo Mycobacterium abscessus (GMA), complexo Mycobacterium fortuitum (CMF) e Mycobacterium chelonae (MC), diretamente de amostras clínicas. Quando os resultados do novo teste foram comparados com os resultados da cultura, uma concordância de 97%, 100% e 99% para GMA, CMF e MC, respectivamente foi observada. Estudo 3: O objetivo deste estudo foi validar um teste multiplex usando a tecnologia PCR em tempo real no sistema aberto BD MAX™ para detectar e identificar Achromobacter xylosoxidans (AX), Burkholderia cepacia (BC), Pseudomonas aeruginosa (PSA) e Stenotrophomonas maltophilia (SM) diretamente de amostras respiratórias de pacientes portadores de Fibrose Cística (FC). Quando os resultados do novo teste foram comparados com os resultados da cultura, uma alta concordância foi observada entre as duas metodologias. Conclusão: Os 3 testes desenvolvidos provaram ser específicos e sensíveis para detectar por PCR em tempo real microrganismos causadores de infeção direto da amostra clínica. A plataforma automatizada BD Max provou ser uma excelente ferramenta para a realização de testes moleculares automatizados. / The use of molecular biology as a tool for microbiology diagnostic has been expanding in the laboratory routine. Despite of the strong growth of the area, companies can not afford the demand about epidemiological changes around the world and for this reason laboratories opt to develop their own methods. New platforms appear with the prerogative to facilitate and accelerate the analysis process. The use of automated sample-in results-out platforms allows higher precision and facilitates the development of a new test by presenting all attached processes and reagents available for the test. Among platforms that best fits this profile, the BD Max™ (BD Diagnostics) is one of the most used ones. The BD Max system is an automated open platform that combines extraction and real time PCR in the same instrument, offering the option of using tests approved by the FDA or the open platform mode for userdeveloped test. In order to explore the BD Max open mode platform, three differents studies were developed to detect the microorganisms that causes infection directly from clinical samples. Study 1: A multiplex real time PCR was validated on the BD MAX™ open mode system to detect Mycobacterium tuberculosis complex (MTC), Mycobacterium avium complex (MAC) and Mycobacterium spp. (PAN) directly from clinical specimens. When compared to culture results, the new BD MAX PCR test presented specificities of 97.1%, 100% and 100% for MTC, MAC and PAN, respectively. Study 2: A multiplex real time PCR was validated on the BD MAX™ open mode system to detect Mycobacterium abscesses Group (MAG), Mycobacterium fortuitum complex (MFC) and Mycobacterium chelonae (MC) directly from clinical specimens. When compared to culture results, the new BD Max PCR test presented an overall agreement of 97%, 99% and 100% for the detection of MAG, MFC and MC, respectively. Study 3: A multiplex real time PCR was validated on the BD MAX™ open mode system to detect Achromobacter xylosoxidans (AX), Burkholderia cepacia (BC), Pseudomonas aeruginosa (PSA) and Stenotrophomonas maltophilia (SM) directly from clinical specimens collected from Cystic Fibrosis patients. When culture results were compared to the new BD Max PCR test results, a high overall agreement were observed between both methodologies. Conclusion: All 3 tests proved to be specific and sensitive to detect different microorganisms associated with infections, directly from clinical samples. The BD Max proved to be an excellent tool for automated molecular tests.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-03T15:30:41Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Jessyca Rodrigues Braga - 2017.pdf: 4744453 bytes, checksum: 900a3d7f082db5d208a086c58466aa61 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-03T15:31:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Jessyca Rodrigues Braga - 2017.pdf: 4744453 bytes, checksum: 900a3d7f082db5d208a086c58466aa61 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-03T15:31:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Jessyca Rodrigues Braga - 2017.pdf: 4744453 bytes, checksum: 900a3d7f082db5d208a086c58466aa61 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-04-04 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Surgical Site Infection (SSI), besides being an indicator of the quality of care, is one of the main healthcare-associated infection (HAI). SSI caused by non-tuberculous mycobacteria (NTM) has become increasingly frequent, increasing the prevalence of SSI in clinical practice. OBJECTIVE: To analyze the epidemiological and clinical aspects of SSI by MNT in the city of Goiânia-Goiás. METHODS: Retrospective cross-sectional study, carried out from the Municipal Coordination of Infection Control and Patient Safety in Health Services (Comciss), of the Municipality of Goiânia - Goiás (Brazil). The population consisted of clinical cases of SSI by probable MNT notified to Comciss, by public and private health institutions of the city of Goiânia-Goiás, in the period from 2006 to 2015. Data were collected during the months of October to December 2015 and March 2016. The source of the data consisted of the notification/investigation forms of SSI cases by MNT stored in Comciss. The data were organized, processed and analyzed in SPSS software version 20.0 and estimated by means of simple frequency and measures of central tendency (average, fashion and median). Chi-square test or Fisher's exact test were used to assess the differences between proportions, and Odds Ratio to estimate the chance of positivity for each outcome. The level of significance was considered p <0.05. RESULTS: One hundred twenty two specimens were positive for MNT and 9 were negative. The average age of the patients was 38.15 years (SD: 13.8, min: 19 and max: 86 years). The female sex predominated in 77.1% of the cases. Comciss was the main responsible (67.1%) for the notifications. The private healthcare institutions accounted for 92.3% of the surgeries performed. Aesthetic surgeries were the most prevalent (51.9%), with mammoplasty being the most frequent. The conventional route stood out with 44.2%, compared to those made by video. The species M. abscessus and M. fortuitum prevailed. Orthopedic surgery (p = 0.002) and general surgery (p <0.001) presented a statistical association for M. abscessus infection. The use of prosthesis (p <0.001, OR 95%: 6.12) and plastic surgery (p <0.001; OR 95%: 5.90) showed statistical difference for M. fortuitum infection, but were not associated in regression. Signs / symptoms were present in 119 patients, including fever, secretion, abscess, nodules, hyperemia, among others. Clarithromycin was the most commonly used antimicrobial for the treatment of SSI by M. abscessus, and amikacin-associated clarithromycin was the most commonly used antimicrobial therapy for M. fortuitum. Resistance to 12 (80%) different antimicrobials was found for M. abscessus, and 15 (88.2%) for M. fortuitum. CONCLUSIONS: Females predominated, with mammoplasty being the main surgery. M. abscessus and M. fortuitum were the most prevalent species, being resistant to up to 15 (88,2%) antimicrobials. Being submitted to orthopedic and general surgery was a factor associated with ISC by M. abscessus. / A Infecção de Sítio Cirúrgico (ISC), além de ser um indicador da qualidade da assistência, é uma das principais infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS). As ISC causadas pelas Micobactérias Não Tuberculosas (MNT) têm se tornado cada vez mais frequentes, aumentando a prevalência de ISC na prática clínica. OBJETIVO: Analisar os aspectos epidemiológicos e clínicos das ISC por MNT no município de Goiânia-Goiás. MÉTODO: Estudo retrospectivo do tipo transversal, realizado a partir do banco de dados da Coordenação Municipal de Controle de Infecção e Segurança do Paciente em Serviços de Saúde (Comciss) do Município de Goiânia – Goiás (Brasil). A população constituiu-se de casos clínicos de ISC por provável MNT notificados à Comciss por instituições de saúde pública e privadas do município de Goiânia-Goiás, no período de 2006 à 2015. Os dados foram coletados durante os meses de outubro a dezembro de 2015 e março de 2016. A fonte dos dados constituiu-se das fichas de notificação/investigação dos casos de ISC por MNT armazenadas na Comciss. Os dados foram organizados, processados e analisados no software SPSS versão 20.0 e estimados por meio de frequência simples e medidas de tendência central (média, moda e mediana). Teste de Qui- quadrado ou exato de Fischer foram utilizados para avaliar as diferenças entre proporções, e Odds Ratio para estimar a chance de positividade para cada desfecho. O nível de significância foi considerado p<0,05. RESULTADOS: Foram positivas 122 espécimes para MNT e 9 negativos. A média de idade dos pacientes foi 38,15 anos (DP: 13,8; min:19 e máx: 86 anos). Predominou o sexo feminino em 77,1% dos casos. A Comciss foi a principal responsável (67,1%) pelas notificações. As instituições de saúde da rede privada foram responsáveis por 92,3% das cirurgias realizadas. As cirurgias estéticas foram as mais prevalentes (51,9%), sendo a mamoplastia a mais frequente. A via convencional se sobressaiu, com 44,2% em relação às realizadas por vídeo. Predominaram as espécies M. abscessus e M. fortuitum. Cirurgia ortopédica (p=0,002) e cirurgia geral (p<0,001) apresentaram associação estatística para infecção pelo M. abscessus. O uso de prótese (p<0,001; OR 95%: 6,12) e cirurgia plástica (p<0,001; OR 95%: 5,90) mostraram diferença estatística para infecção por M. fortuitum, porém não apresentaram associação nos modelos de regressão. Cento de dezenove pacientes apresentaram sinais/sintomas, verificou-se febre, secreção, abscesso, nódulos, hiperemia, dentre outros. Claritromicina foi o antimicrobiano mais utilizado para tratamento de ISC por M. abscessus, e claritromicina associada à amicacina foi terapêutica antimicrobiana mais utilizada para M. fortuitum. Encontrou-se resistência a 12 (70,0%) diferentes antimicrobianos para M. abscessus, e a 15 (88,2%) para M. fortuitum. CONCLUSÕES: Predominou o sexo feminino, sendo a mamoplastia a principal cirurgia envolvida. M. abscessus e M. fortuitum foram as espécies mais prevalentes, sendo as mesmas resistentes à até 15 (88,2%) antimicrobianos. Ser submetido à cirurgia ortopédica e geral foi fator associado à ISC por M. abscessus.