Orientador: André Rodrigues / Coorientador: Henrique Ferreira / Banca: Simone Possedente de Lira / Banca: Lara Durães Sette / Resumo: As coleções de culturas são importantes pilares na preservação, catalogação e prospecção da biodiversidade microbiana. Com o propósito de atender ao depósito e fornecimento de material biológico de qualidade, a Central de Recursos Microbianos da UNESP (CRM-UNESP) iniciou sua adequação para alcançar os padrões internacionais de operação e gerenciamento; o que inclui a autenticação taxonômica das culturas mantidas na coleção. Utilizando um método de triagem molecular adaptado nesse estudo (microssatélites), aliado ao uso de marcadores morfológicos e moleculares, realizamos a identificação taxonômica de 189 isolados, de um total de 201 fungos filamentosos selecionados com base na diversidade de fontes de isolamento e mantidos no acervo de pesquisa da CRM-UNESP. Com o intuito de agregar informações sobre o potencial biotecnológico desses isolados, também avaliamos a produção de compostos antimicrobianos. Após a reativação e purificação dos isolados, foram identificados 66 gêneros e 116 espécies, sendo que os gêneros mais abundantes foram: Fusarium (18,9%), Clonostachys (11,4%), Trichoderma (7%) e Penicillium (6,5%). Todos os 201 isolados foram avaliados quanto à produção de metabólitos secundários com propriedade antibacteriana e antifúngica, segundo um método de alto desempenho (também adaptado neste estudo), frente a micro-organismos de interesse agrícola (Xanthomonas citri subsp. citri) e clínico (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicans, Candida krusei e Candida parapsilosis). Do total dos cultivos brutos avaliados, a maioria (62,7%) apresentou atividade antagonista frente, a pelo menos, um dos micro-organismos de referência. Os cultivos brutos dos fungos Penicillium aurantiogriseum LESF 194, Clonostachys rosea LESF 389, Penicillium dodgei LESF 487, Xylaria sp. 4 LESF 502 e de um isolado não identificado LESF 227 inibiram o crescimento de todos os micro-organismos de... / Abstract: Culture collections are keystones in the preservation, cataloging and exploration of microbial diversity. In order to meet international standards of deposit and supply of biological materials, the UNESP-Microbial Resources Center (CRM-UNESP) started their suitability for functioning and management to reach international standards; which include taxonomic authentication of cultures preserved in the collection. Using an adapted molecular screening protocol (microsatellites) coupled with morphological and molecular markers, we obtained the taxonomic identification of 189 out of 201 filamentous fungi from the CRM-UNESP research collection. In order to gather information on the biotechnological potential of these isolates, we also evaluated the production of antimicrobial compounds. After revival and purification of fungal isolates, we identified 66 genera and 116 species; comprehending the most abundant genera: Fusarium (18.9%), Clonostachys (11.4%), Trichoderma (7%) and Penicillium (6.5%). All isolates were evaluated for the production of secondary metabolites with antibacterial and antifungal properties, according to a high-throughput method (also adapted in this study), towards agricultural (Xanthomonas citri subsp. citri) and clinical-relevant (Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicans, Candida krusei and Candida parapsilosis) reference strains. The majority of culture broths (62.7%) showed antagonist activity against at least one of the reference strains. Culture broths of Penicillium aurantiogriseum LESF 194, Clonostachys rosea LESF 389, Penicillium dodgei LESF 487, Xylaria sp. 4 LESF 502 and from the non-identified fungus LESF 227 inhibited the growth of all reference strains. Our results contributed for the establishment of two screening approaches in the routine of CRM-UNESP. These methods allowed the identification of the various fungal isolates examined as well as the evaluation of the antimicrobial potential of ... / Mestre

Orientador: Jonas Contiero / Banca: Cassiana Maria Reganhan Coneglian / Banca: Elisabeth Loshchagin Pizzolitto / Resumo: A cepa bacteriana Pseudomonas aeruginosa LBI, isolada de solo contaminado com hidrocarbonetos, foi inoculada visando promover a degradação dos hidrocarbonetos através da capacidade de produção de biossurfactantes. Como matéria prima alternativa de baixo custo para produção biossurfactantes utilizou-se a borra oleosa proveniente do fundo de tanques de estocagem da REPLAN-PETROBRAS. Os ensaios foram realizados em triplicatas a 30C, 200 rpm, durante 168 horas e o acompanhamento foi realizado por amostra a cada 24 horas para quantificar o biossurfactantes e o crescimento celular. A tensão superficial, PH e os estudos de estabilidade e emulsificação foram realizados com o sobrenadante do cultivo de 168 horas. A cepa bacteriana mostrou-se capaz de se desenvolver e produzir biossurfactantes em querosene, óleo diesel, petróleo e borra oleosa. Apenas benzeno e tolueno não apresentam resultados positivos / Abstract: Pseudomonas aeruginosa LBI isolated from hydrocarbon contaminated soil and potential producer of biosurfactant was used for hydrocarbon biodegradation. The petroleum waste from REPLAN-PETROBRAS, alternative source of low cost to biosurfactante synthesis was utilized on medium culture. These studies were done at 30C with shaking at 200 rpm, during 168 hours, in triplicate. The samples were withdrawn daily for growth studies and biosurfactante production. The surface tension, PH and stability studies were done with the cell-free broth after 168 hours of incubation. The strain was able to produce biosurfactantes and to grow on the analyzed carbon sources, except benzene and toluene. When cultivated on diesel oil 30%, the strain produced higher quantities of biosurfactante. The biosurfactante was able to emulsifier all analyzed hidrocarbons. Stability studies of the product on the culture broth indicate that the biosurfactante is stable in extreme conditions. Therefore the strain Pseudomonas aeruginosas LBI and the biosurfactante produced have potential applications in bioremediation of site hydrocarbon contaminated, and possible application in enhanced oil recuperation / Mestre

Orientador: Fernando Carlos Pagnocca / Banca: Allen Norton Hagler / Banca: Carlos Augusto Rosa. / Banca: Mauricio Bacci Junior / Banca: Jonas Contiero. / No período de março de 1999 a fevereiro de 2002, foram coletadas 311 flores e 72 frutos de 19 espécies vegetais nativas de Mata Atlântica na região de Ubatuba, SP - núcleo Picinguaba, com o objetivo de descrever as espécies de leveduras presentes. Os locais de coleta abrangeram uma grande extensão de áreas de mata de encosta, planície, restinga e beira mar. Ainda, 75 amostras da água acumulada nos tanques de outras duas espécies vegetais foram analisadas com o mesmo objetivo. Trezentas e vinte e seis linhagens de leveduras foram isoladas, das quais, 75,8% apresentaram afinidade ascomicética e 24,2% basideomicética. O gênero Candida foi predominante, seguido por Metschnikowia, Hanseniaspora, Bullera e Cryptococcus. Entre os ascomicetos e seus anamorfos, 37 espécies foram identificadas, sendo que a espécie mais freqüentemente isolada em flores e frutos foi Hanseniaspora uvarum, com 22 e 20 isolados, respectivamente. Outras espécies que também foram isoladas com freqüência em flores foram Bullera unica e Metschnikowia koreensis. Como esperado, muitas das linhagens isoladas não se enquadraram dentro dos padrões descritos na literatura e, nesses casos, as mais freqüentes tiveram a região do domínio D1/D2 do rDNA seqüenciada. Todos os oito isolados da nova espécie Candida leandrae foram obtidos a partir de frutos de Leandra reversa (Melastomataceae), sugerindo forte associação entre ambos. Das amostras da água de tanque foram isoladas cinco novas espécies. De Canistropsis seidelii (Bromeliaceae) foram descritas duas novas espécies: Candida bromeliacearum e Candida ubatubensis. A partir de Heliconia velloziana (Heliconiaceae) foram descritas Candida heliconeae, Candida picinguabensis e Candida sanpauloensis. Alguns isolados designados como Candida sp. A, B, C, D, E, F, G, H, I e Debaryomyces sp. A, B, C e outros, também não corresponderam às características das espécies-padrão descritas na literatura e ainda não foram seq / From March of 1999 to February of 2002, 311 flowers and 72 fruits of 19 native plant species of the Atlantic Forest in the region of Ubatuba, SP Picinguaba area were sampled for the presence of yeasts. The sites of collection included a great extension of coastal areas like hillsides, plains, restinga and seashores. Seventy five samples of the water accumulated in the tank of two other plant species were also examined. Three hundred and twenty six yeast strains were isolated, with 75.8% being ascomycetes and 24.2% basideomycetes. The genus Candida was predominant, followed by Metschnikowia, Hanseniaspora, Bullera and Cryptococcus. Regarding the ascomycetous and their anamorphs, 37 species were identified, and Hanseniaspora uvarum was the prevalent in flowers and fruits, with 22 and 20 isolated respectively. Bullera unica and Metschnikowia koreensis were also frequently isolated from flowers. As expected, many of the strains did not fit the standard found in literature and most of them had their D1/D2 domain of rDNA sequenced. All the eight strains of new species, Candida leandrae were isolated from fruits of Leandra reversa (Melastomataceae), suggesting a strong association between them. Another five new species were isolated from tank water as follows: Candida ubatubensis and Candida bromeliacearum from Canistropsis seidelii (Bromeliaceae) and Candida heliconeae, Candida sanpauloensis and Candida picinguabensis from Heliconia velloziana (Heliconiaceae). Some strains previously identified as Candida sp. A, B, C, D, E, F, G, H, I and Debaryomyces sp. A, B, C and others, could not be identified as well but they were not sequenced to date / Doutor

Título anterior à defesa: Estudo da interação adsortiva entre Saccharomyces cerevisiae, Moringa oleifera e corantes texteis / Orientador: Carlos Renato Corso / Banca: Dejanira de Franceschi de Angelis / Banca: Antonio Sérgio Spanó Seixas / Resumo: A indústria têxtil utiliza grandes quantidades de água e em seus processos industriais ocorrem muitas perdas de produtos como corantes, detergentes e engomantes, assim elevadas quantidades de efluentes carregados com diversas substâncias são gerados. Esses efluentes trazem os corantes como principais substancias contaminantes. Os corantes são moléculas estáveis, de difícil degradação e acarretam graves conseqüências prejudiciais aos organismos. Devido à grande problemática causada por essas substâncias, diversos tratamentos vêem sendo estudados, entre eles, tratamentos alternativos que associem baixo custo, disponibilidade e ausência de subprodutos tóxicos. A biossorção e floculação são processos que se mostram cada vez mais promissores na remoção de corantes provenientes de efluentes têxteis. A levedura Saccharomyces cerevisiae é um adsorvente eficiente, porem uma vez que ocorre o processo de adsorção do corante na levedura, esta precisa passar por algum processo para que decante. A Moringa oleifera é uma espécie arbórea já utilizada no tratamento de clarificação de águas turvas, contendo em sua semente uma proteína com grande potencial de coagulação/floculação. Portanto, o presente trabalho propõe avaliar o uso de Moringa oleifera e Saccharomyces cerevisiae no tratamento de remoção dos corantes Acid Orange 7, Direct Violet 51 e Procion Red HE7B em soluções aquosas, analisando a descoloração, a fitotoxicidade e possíveis alterações moleculares das amostras. Os tratamentos fo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The textile industry uses large volumes of water and in industrial processes many losses of products like dyes, detergents and gouges occur, so high amounts of effluents loaded with various substances are generated. These effluents bring the dyes as the main contaminating substances. Dyes are stable molecules that are difficult to degrade and have serious harmful consequences for organisms. Due to the great problem caused by these substances, several treatments have been studied, among them alternative treatments that associate low cost, availability and absence of toxic byproducts. Biosorption and flocculation are processes that are increasingly promising in the removal of dyes from textile effluents. Yeast Saccharomyces cerevisiae is an efficient adsorbent, however, since the process of adsorption of the dye in the yeast takes place, it needs to undergo some process for it to decant. Moringa oleifera is an arboreal species already used in the treatment of clarification of turbid waters, containing in its seed a protein with great coagulation/flocculation potential. Therefore, the present work proposes to evaluate the use of Moringa oleifera and Saccharomyces cerevisiae in the treatment of Acid Orange 7, Direct Violet 51 and Procion Red HE7B dyes in aqueous solutions, analyzing discoloration, phytotoxicity and possible molecular alterations of the samples. The treatments were done using different amounts of lyophilized yeast, Moringa oleifera seed powder and Moringa oleifera... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: André Rodrigues / Banca: Italo Delalibera Júnior / Banca: Fernando Carlos Pagnocca / Resumo: Os jardins de fungo das formigas da tribo Attini abrigam uma microbiota diversa, além do fungo mutualista cultivado como alimento por esses insetos. Fungos do gênero Escovopsioides foram recentemente descritos como membros dessa microbiota. Relacionado filogeneticamente com os fungos parasitas Escovopsis, nada se sabe sobre a biologia e o potencial parasita de Escovopsioides nos jardins de fungo das formigas atíneas. Neste contexto, acessamos a diversidade genética de 21 isolados de Escovopsioides obtidos de colônias de formigas cortadeiras (gêneros Atta e Acromyrmex) e não cortadeiras (gêneros Trachymyrmex e Apterostigma), provenientes de diferentes regiões do Brasil. Independente da origem dos isolados, foi observada uma baixa diversidade genética entre 20 dos 21 isolados de Escovopsioides examinados, o que permitiu identifica-los como Escovopsioides nivea (a única espécie descrita para o gênero). Em contrapartida, o isolado obtido da colônia de Apterostigma megacephala apresentou baixa similaridade genética em relação à E. nivea, o que aponta para uma nova espécie filogenética. Segundo os marcadores moleculares tef1 e ITS, Escovopsioides ocupa uma posição intermediária na filogenia de Escovopsis, o que sugere a possível reclassificação do gênero Escovopsioides como Escovopsis. Adicionalmente, nosso estudo confirmou o antagonismo de Escovopsioides frente ao fungo mutualista de formigas cortadeiras (Leucoagaricus gongylophorus). Esse resultado sugere que Escovopsioides seja um micoparasita do fungo cultivado pelas formigas. Baseado em dados de crescimento de Escovopsioides em jardim de fungo, tanto na ausência, quanto na presença de operárias podemos apontar fortes evidências do parasitismo de Escovopsioides frente ao jardim de fungo das formigas / Abstract: Fungus gardens of attine ants harbor a rich microbiome, besides the mutualistic fungus cultivated by these insects for food. Fungi in the genus Escovopsioides were recently described as members of this microbiome. Closely related to the parasitic fungal genus Escovopsis, nothing is known about the biology and the parasitic potential of Escovopsioides in the fungus gardens of attine ants. In this sense, we accessed the genetic diversity of 21 Escovopsioides isolates obtained from leafcutting ants (Atta and Acromyrmex genera) and no leaf cutting ant colonies (Trachymyrmex and Apterostigma genera), originated from distinct regions of Brazil. Independent of the origin of the isolate, we observed a low genetic diversity among 20 out of 21 isolates, which prompted the identification of these isolates as Escovopsioides nivea (the only described species for the genus). In contrast, the isolate obtained from the colony of Apterostigma megacephala showed low genetic similarity in relation with E. nivea, indicating a new phylogenetic species. According to the tef1 and ITS molecular markers, Escovopsioides exhibit an intermediate placement in the Escovopsis phylogeny, suggesting the putative reclassification of the genus Escovopsioides as Escovopsis. In addition, our study confirmed the antagonism of Escovopsioides towards the mutualistic fungus of leaf cutting ants (Leucoagaricus gongylophorus). This indicate that Escovopsioides is a mycoparasite of the ant fungal cultivar. Based in growth experiments of Escovopsioides in the fungus gardens, in the absence and in the presence of ant workers, we provide strong evidences of Escovopsioides parasitism in the fungus gardens of attini ants / Mestre

Orientador: Lara Durães Sette / Coorientador: Patricia Giovanella Grazziotin / Banca: Renato Nallin Montagnolli / Banca: Lucélia Cabral / Resumo: Quantidades significativas de efluentes, contendo corantes, sais e pH alcalino, são produzidas diariamente pelas indústrias têxteis. Esses efluentes devem ser tratados adequadamente antes de serem descartados em corpos d'água, pois são potencialmente tóxicos a vários organismos. Neste contexto, a biorremediação utilizando fungos e bactérias tem sido uma alternativa sustentável para o tratamento destes poluentes. Aliado a isso, a utilização de micro-organismos de origem marinha apresenta vantagens, tendo em vista que esses organismos são adaptados à salinidade e alcalinidade do ambiente marinho. Assim, os objetivos deste trabalho foram avaliar o potencial de micro-organismos associados a ambientes marinhos na destoxificação e descoloração de Efluente Têxtil Sintético (ETS) e otimizar o processo. Para tanto, foram estruturados diversos experimentos com os seguintes micro-organismos: os fungos Tinctosporellus sp. CBMAI 1061, Marasmiellus sp. CBMAI 1062, Peniophora sp. CBMAI 1063, o isolado LAMAI 659 e as bactérias Bacillus subtilis CBMAI 707 e Dietzia maris CBMAI 705. Em adição, foi preparado um efluente têxtil sintético utilizando NaCl 30 g L-1 e os corantes Azul Índigo, Marinho Reativo e Preto Sulfuroso em diversas concentrações. Os experimentos foram analisados quanto à biomassa seca formada, atividade de enzimas ligninolíticas, pH, descoloração, adsorção e toxicidade utilizando os bioindicadores Artemia sp., A. fischeri e C. sativus. O planejamento experimental foi aplicado ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Significant amounts of effluent containing dyes, salts and alkaline pH are produced daily by the textile industries. These effluents must be properly treated before being disposed in water bodies, as they are potentially toxic to various organisms. In this context, bioremediation using fungi and bacteria has been a sustainable alternative for the treatment of these pollutants. In addition, the use of microorganisms of marine origin has advantages, since these organisms are adapted to the salinity and alkalinity of the marine environment. Thus, the aims of this work were to evaluate the potential of microorganisms associated to the marine environments in the detoxification and discoloration of Synthetic Textile Effluent (STE) and to optimize the process. For this, several experiments were structured with the following microorganisms: the fungi Tinctosporellus sp. CBMAI 1061, Marasmiellus sp. CBMAI 1062, Peniophora sp. CBMAI 1063, the isolate LAMAI 659, the bacteria Bacillus subtilis CBMAI 707 and Dietzia maris CBMAI 705. In addition, a STE was prepared using NaCl 30 g L-1 and the dyes Indigo blue, Reactive Blue and Sulfur Black at various concentrations. The experiments were analyzed for dried biomass, ligninolytic enzymes activities, pH, discoloration, adsorption and toxicity using the bioindicators Artemia sp., A. fischeri and C. sativus. The experimental design was applied to optimize detoxification and discoloration processes. In addition, two validations were made to conf... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Marcia Carneiro Valera / Banca: Carlos Henrique Ribeiro Camargo / Banca: Renato Miotto Palo / Resumo: Os objetivos do presente estudo foram: a) Verificar a carga microbiana e quantificar endotoxinas presentes nos canais radiculares de dentes com infecção endodôntica primária; b) Comparar a efetividade antibacteriana e sobre endotoxinas do preparo biomecânico com dois métodos de irrigação final: com ou sem irrigação ultrassônica passiva; c) Correlacionar sinais e sintomas com a microbiota presente e complexos bacterianos; d) Relacionar níveis de endotoxinas e carga microbiana com sinais e sintomas clinicos. Foram selecionados para o estudo 20 dentes uniradiculares, que apresentavam infecção endodôntica primária e lesão periapical, sendo estes submetidos a TCFC. Os canais foram preparados com sistema reciprocante e irrigação com NaOCl 2.5%, seguido de dois protocolos de irrigação final: com e sem uso de ultrassom. Todos os canais foram preenchidos com MIC com hidróxido de cálcio + soro fisiológico e após 14 dias foram obturados com cones de guta-percha e cimento AH Plus. Foram realizadas coletas do conteúdo do canal, logo após a abertura coronária (1ª Coleta); após PBM (2ª Coleta) e após limpeza final dos canais com NaOCl seguido de EDTA por 5 min (grupo sem PUI); ou irrigação com NaOCl + PUI e EDTA + PUI (3ª Coleta) (grupo com PUI) . Foram avaliados sinais/sintomas clínicos previo ao tratamento.O conteúdo das coletas foi analisado a partir de sondas de DNA pelo método de hibridização DNA-DNA checkerboard e foi realizado teste de avaliação da atividade antimicrobiana por cultu... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract : the objetive of this study were: a) to check the microbial load and to quantify endotoxin present in the root canals of teeth with primary endodontic infection; b) to compare the effectiveness of bacteria and endotoxin reduction of the biomechanical preparation with final irrigation methods: with or without passive ultrasonic irrigation (PUI); c) to correlate signs and symptoms with the present microbiota and bacterial complexes; d) to relate endotoxin and microbial load levels with signs and symptoms before biomechanical preparation. Twenty single-root teeth were selected for the study, presenting primary endodontic infections and periapical lesion, which underwent CBCT. The canals were prepared with reciprocating system and irrigation with 2.5% NaOCl, followed by two final irrigation protocols: with and without ultrasound. All canals were filled with MIC with calcium hydroxide + saline and after 14 days were filled with gutta percha and AH Plus. Samples from the content of canal were harvested, after coronal opening (1st Sample); after PBM (2nd Sample) and after final cleaning of the canals with NaOCl followed by EDTA for 5 min (group without PUI); or irrigation with NaOCl + PUI and EDTA + PUI (3rd Sample) (group with PUI). The contents of the samples were analyzed from DNA probes by the DNA-DNA checkerboard hybridization method and a test was performed to evaluate the antimicrobial activity by microbiological culture. In addition, quantification of endotoxins by Limulus Amebocyte Lysate (LAL) was performed. The canal volumetry was assessed through the CBCT using Nemotec® software. The results were submitted to statistical analysis by Mann Whitney and repeated measures two-way ANOVA (5%). Value of p <0.05 was considered statistically significant. There was an association between pain at percussion and main orange and peripheral orange complexes...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Orientadora: Lara Durães Sette / Coorientador: Henrique Ferreira / Banca: Mauricio Bacci Junior / Banca: Paula Maria Moreira Martins / Resumo: As lacases pertencem ao grupo das multicobre oxidases e o interesse biotecnológico por essas enzimas se deve ao fato delas catalisarem reações envolvendo diferentes compostos fenólicos e amínicos. A utilização diversificada dessas enzimas na indústria estimula a busca por lacases capazes de se adaptar aos diferentes processos industriais visando encontrar a relação de ótimo custo-benefício. O basidiomiceto de origem marinha Peniophora sp. CBMAI 1063, já demonstrou capacidade de secretar quantidades significativas de lacase sob condições otimizadas (salinas) para produção da enzima. As lacases desse organismo podem apresentar características diferenciadas devido a origem marinha do basidiomiceto. Nesse sentido, o presente trabalho teve como objetivo a obtenção das sequências de lacase do fungo Peniophora sp. CBMAI 1063 através da análise do transcriptoma, afim de realizar a caracterização in silico dessas sequências, análises filogenéticas, clonagem e expressão heteróloga. Foram obtidas 13 isoformas de lacase correspondente a 8 genes putativos para a enzima, das 13 isoformas, 11 foram referentes a lacases extracelulares e 2 intracelulares. Todas as isoformas apresentaram-se ricas em conteúdo GC (> 52 %) sendo os aminoácidos Valina, Leucina, Serina, Ácido aspártico e Treonina os mais representativos na composição polipeptídica. A massa das lacases variou entre 53,5 e 64,6 kDa. Nove isoformas apresentaram o aminoácido Leucina e 4 isoformas apresentaram o aminoácido Fenilalanina na posição variável ligado ao cobre tipo 1 que possui atividade regulatória sobre a enzima. Nenhuma das isoformas apresentou similaridade maior a 57% em relação à outras sequências de lacases depositadas no NCBI e, portanto, demonstraram ser potencialmente diferentes das lacases ... (Resumo completo clicaracesso eletrônico abaixo) / Abstract: Laccases belong to the group of multicobre oxidases and the biotechnological interest in these enzymes is due to the fact that they catalyze reactions involving different phenolic and amine compounds. The diverse use of these enzymes in the industry stimulates the search for laccases able to adapt to different industrial processes seeking to find the optimum cost-benefit ratio. The marine-derived basidiomycete Peniophora sp. CBMAI 1063, has demonstrated ability to secrete significant amounts of laccase under optimized conditions (salt) for the enzyme production. Laccases from this organism could present different characteristics due to its marine origin. The present study aimed to obtain the laccase sequences from the fungus Peniophora sp. CBMAI 1063 by transcriptome analysis in order to perform characterization of these sequences in silico, phylogenetic analysis, cloning and heterologous expression. A total of 13 laccase isoforms were obtained corresponding to eight putative genes for the enzyme. Among the 13 isoforms, eleven were related to extracellular laccases and two to intracellular. All isoforms showed abundance in GC content (> 52 %) with the amino acid Valine, Leucine, Serine, Threonine Aspartic Acid as the most representative in the polypeptide composition. The mass of laccases varied between 53.5 and 64.6 kDa. Nine isoforms showed the amino acid Leucine and four isoforms showed the amino acid Phenylalanine in the variable position on the copper type 1 which has regulatory activity on the enzyme. None of the isoforms showed a similarity over to 57% compared to other laccases sequences deposited in the NCBI and therefore shown to be potentially different from laccases from other marine and terrestrial basidiomycetes. The cloning of a DNA fragment that encodes laccase from Peniophora sp. 1063 CBMAI allowed ... (Complete abstract click electronic below) / Mestre

Orientador: Maurício Bacci Júnior / Banca: Andre Rodrigues / Banca: Paulo Sérgio Moreira Carvalho de Oliveira / Banca: André Luiz Meleiro Porto / Banca: Marisa de Cássia Piccolo / Resumo: Formigas Attini constroem ninhos que contêm culturas microbianas, os jardins de fungo, para lidar com o ambiente. O cultivo, conhecido como agricultura, é dividido em três grupos filogenéticos majoritários: um plesiomórfico, nomeado basal, com centenas de indivíduos; outro derivado, com milhares de indivíduos; e um subgrupo da agricultura derivada, conhecido como de corte de folhas, com milhões de indivíduos. A sobrevivência e demografia do ninho dependem da habilidade do jardim de fungo em disponibilizar alimentos na forma de biomassa microbiana e açúcares resultantes da hidrólise dos polissacarídeos presentes no material forrageado. O presente trabalho estudou as características funcionais de 342 jardins de fungo de oito espécies de formigas representantes destes três grupos. Para tanto, os sistemas foram generalizados em compartimentos conectados por vetores de fluxos e abordados de forma holística, segundo estratégia da caixa preta, utilizando técnicas respirométricas, enzimológicas e espectroscópicas para caracterizar a biocinética, atividades enzimáticas, produtos de hidrólise e substrato, respectivamente. As avaliações do substrato indicaram substituição de material de serapilheira recalcitrante nos sistemas basais para menos recalcitrante nos derivados e vegetação fresca, rica em produtos facilmente degradáveis, nos de corte de folhas. Esta alteração foi acompanhada pela transição de um sistema enzimático generalista basal para um sistema potente especializado na degradação de amido e hemiceluloses nos derivados e de corte de folhas. As taxas de acúmulo de xilose e glicose aumentaram dos basais para os derivados, sendo maiores nos de corte de folhas. Somente nestes últimos, o acúmulo de xilose superou o de glicose. A resposta respirométrica da microbiota também mostrou a especialização no consumo de xilose pelos grupos de corte de folhas. Assim, embora a especialização enzimática tenha... / Abstract: Attine ants build nests containing microbial cultures named fungus gardens to deal with the environment.The cultivation, or agriculture, is divided into three major phylogenetic groups: lower, with hundreds of individuals; higher with thousands of individuals; and the higher subgroup of leafcutters with millions of individuals. The demography of nests and ant survival depend on the ability of the microbiota in providing nutrients to the nest from materials foraged by ants. This work comparatively studied the functional characteristics of 342 fungus gardens from 8 species of ants representing these three major groups. A holistic strategy was applied to deal with these issues. Each system was generalized in compartments connected by vectors of flows and studied according to a black box approach using respirometric, enzymological and spectroscopic techniques to characterize substrates, hydrolysis products, enzymatic activity and biokinetics of each fungus garden. The evaluation of the substrate indicated replacement of high recalcitrant litter materials used in the lower group by less recalcitrant materials in higher group and fresh vegetation rich in easily degradable products in leaf-cutters. This change correlated positively with the exchange of a general enzyme system observed in the lower group to a more powerful and specialized enzyme system directed to the degradation of starch and hemicellulose in higher and leaf-cutters groups. Accumulation rates of xylose exceeded glucose only in leaf-cutters indicating preference for hemicelluloses. The physiological profile of the microbiota follows the modifications related to the product generated, starting from a lower generalist system to a leaf-cutter specialist in xylose. Thus, the physiological consequences of enzyme specialization observed in higher systems appeared only inleaf-cutters. This result is linked to the use of fresh substrate rich in hemicelluloses. The changes were accompanied... / Doutor

Resumo: A simbiose entre as formigas cortadeiras e seu fungo originou-se a aproximadamente 50 milhões de anos. A diversidade biótica dos formigueiros, no entanto, não se restringe apenas à formiga e ao fungo simbionte. Recentemente foi descoberto um terceiro mutualista, uma bactéria filamentosa do grupo dos actinomicetos, cuja principal função seria a inibição do crescimento de parasitas do jardim de fungos, especialmente o fungo conhecido como Escovopsis sp, através da produção de antibióticos. O presente trabalho teve como objetivos verificar o potencial das linhagens de Streptomyces, que foram isoladas de Attini, como produtoras de substâncias antimicrobianas frente aos fungos Escovopsis weberi e outros microrganismos e também a caracterização dessas linhagens através de técnicas de biologia molecular. Foram selecionadas nove linhagens de Streptomyces, que foram cultivadas em meio SCN líquido, para a obtenção dos filtrados. Para os ensaios de antibiose envolvendo os fungos Escovopsis weberi, foram testadas diferentes concentrações de filtrados adicionadas ao meio A sólido e foi verificada a porcentagem de germinação dos conídios em cada concentração. Para a determinar a atividade dos filtrados frente as bactérias e leveduras, os testes foram realizados pelo método de difusão em agar. Os resultados mostraram que, mesmo variando os filtrados obtidos das linhagens de Streptomyces, a inibição da germinação dos conídios foram muito semelhantes, e todas as linhagens do fungo Escovopsis weberi apresentaram uma inibição homogênea frente a mesma concentração de filtrado. Com relação as bactérias e leveduras, os resultados mostraram que houve diferenças na intensidade da resposta. Algumas linhagens inibiram o crescimento de todas as bactérias e leveduras testadas, outras não inibiram apenas algumas culturas e teve linhagens que não inibiram nenhuma das...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The symbiotic relationship between leaf-cutting ants (Tribe Attini) and their mutualistic fungus probably arose fifty million years ago. However, these two organisms are at least, part of the biological diversity found in nests of these insects. Recently, it was discovered a third mutualist, an antibioticproducing actinomycete, which is used by the ants to control the development of garden parasites, specially within the microfungus genus Escovopsis sp. In order to determine which isolates of this actinomycete could affect the growth of Escovopsis weberi and other microorganisms; nine strains of Streptomyces sp. were grown in liquid SCN and the resultant media (extract) were filtered and used in the experiments. Also, all actinomycete strains were characterized by molecular sequencing of the 16 rDNA region. In the assays involving E. weberi, different extract amounts were added into solid medium (Meio A) and the conidial germination rate were determined after incubation. Disk-difusion method were used to verify the antimicrobial activity of these extracts over a large range of bacteria and yeasts. In spite of the concentration used in E. weberi assays, inhibiton of spore germination was achieved and this response was similiar among E. weberi isolates. On the other hand, bacteria and yeasts demostrated a high degree variability in this response. Some Streptomyces sp. strains inhibited all bacteria and yeasts tested, but other just inhibited a few of them. The molecular sequencing of the 16S rDNA region have shown that all actinomycete strains used in this work were grouped with other Streptomyces species found in GenBank. In spite of phylogenetic analyses have grouped Attini isolates in different clades, the activity of the antimicrobial compounds produced by these bacteria had a high degree of homogenicity over E. weberi... (Complete abstract, click electronic address below) / Orientador: Maurício Bacci Junior / Coorientador: Fernando Carlos Pagnocca / Banca: Lara Durães Sette / Banca: Dejanira de Franceschi de Angelis / Mestre