Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Resumo: O cancro cítrico tem como agente causal a bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), que afeta todas as espécies de citros economicamente importantes. O sequenciamento do genoma do isolado 306 desta bactéria (Xac 306) revelou que 37,4 % dos genes não tinham uma função predita. Assim, a genômica funcional da interação Xac-hospedeiro tem um papel importante na elucidação da função dos genes e dos mecanismos envolvidos na patogenicidade e virulência dessa bactéria. Os genes XAC3981, XAC3982 e XAC3983 fazem parte deste contexto de genes codificadores de proteínas sem função conhecida (hipotéticas). As proteínas codificadas por estes três genes são conservadas em bactérias da família Xanthomonadaceae. Em um estudo prévio, o gene XAC3981 da Xac 306 foi interrompido por inserção do transposon Tn5 e esse mutante apresentou ausência de sintomas quando inoculado em plantas cítricas, sugerindo que possui um papel importante na patogenicidade de Xac. No presente estudo demonstrou-se que os genes XAC3981-3983, juntamente com o gene htrA (XAC3980), constituem um operon funcional de Xac 306. O presente estudo avaliou também os efeitos de mutações por deleção em algumas regiões do operon htrA-3983. Um mutante foi produzido por deleção de 84% da sequência codificadora do gene XAC3982 (ΔXAC3982) e outros três foram obtidos pela deleção das regiões promotoras desse operon. O mutante ΔXAC3982, quando comparado com a estirpe selvagem, alterou o fenótipo em genótipos resistentes e suscetíveis ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a disease that affects all economically important citrus species. The genome sequencing of the 306 isolate of this bacterium (Xac 306) revealed that 37.4% of the genes had no predicted function. Thus, the functional genomics of the Xac-host interaction play an important role in the elucidation of the function of the genes and in the mechanisms involved in the pathogenicity and virulence of this bacterium. The genes XAC3981, XAC3982 and XAC3983 are part of this context of protein coding genes with unknown function (hypothetical). The proteins encoded by these three genes are conserved and present exclusively in bacteria of the family Xanthomonadaceae. In a previous study, the ORF XAC3981 from Xac306 was disrupted by insertion of the Tn5 transposon and the mutant showed no symptoms when inoculated in citrus plants, suggesting that it plays an important role in Xac pathogenicity. In the present study, genes XAC3981-3983, together with gene htrA (XAC3980), have been shown to constitute a functional operon of Xac 306. The present study also evaluated the effects of deletion mutations in some regions of XAC3980-3983 operon. One mutant was produced by deleting 84% of the coding sequence of the gene XAC3982(ΔXAC3982) and another three were obtained by deleting the promoter regions of that operon. The ΔXAC3982 mutant, when compared to the wild type strain, altered the phenotype in resistant citrus... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador : Yoko B. Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-14T03:58:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pimenta_AndreadeLima_M.pdf: 6770754 bytes, checksum: 136b47f574714032f48a26747148f5bc (MD5) Previous issue date: 1990 / Resumo: Xanthomonas campestris é uma bactéria fitopatogênica responsável pela podridão negra de várias espécies vegetais e produtora de um mucopolissacarídeo extracelular de ampla utilização industrial conhecido como goma xantana. Com o intuito de se obter linhagens desta bactéria com alta capacidade de expressão do gene da alfa-amilase e potencialmente capazes de produzir a goma, xantana a partir de substratos amiláceos, foram clonadas e caracterizadas seqüências promotoras específicas de x.campestris e, de posse destas foram construídos e introduzidos em duas de suas linhagens (REF Cmr e 280 Nalr) quatro vetores distintos portadores do gene da alfa-amilase de Bacillus subtilis; (1) pAP2X, contendo o gene amy sob o controle do promotor de B. subtilis; (2) pAP2X, contendo o gene amy sob controle do promotor de X. campestris em adição ao promotor original; (3) pAP23, construção semelhante à do pAP2 contendo a inserção do locus de estabilização parB; e (4) pAP23X, obtido a partir da introdução do promotor de Xanthomonas no pAP23. Análises do nível de estabilização obtido após a introdução do locus parB no plasmidio pAP2 mostraram que linhagens portadoras do plasmidio contendo este locus estabilizador apresentaram índice de perda plasmidial até 27 vezes menor do que aquelas cujo plasmidio não fora dotado desse locus. A quantificação da produção de alfa-amilase pelas oito linhagens obtidas após a introdução dos plasmidios em X.campestris mostrou que linhagens originalmente amilolíticas (Cm r), portadoras de vetores nos quais o gene sob o controle do promotor específico dessa bactéria, apresentaram atividade específica de alfa-amilase 100% superior a da linhagem controle, chegando esta diferença à 300% no caso das linhagens originalmente não amilolíticas (Na I r). Apesar de nenhuma das linhagens obtidas ter se mostrado capaz de produzir goma xantana tendo o amido como único substrato, o caráter amilolítico introduzido conferiu a estas bactérias, de um modo geral, melhor capacidade de aproveitamento de todos os substratos estudados (sacarose, amido e amido+sacarose) para produção de xantana, tendo o mais alto nível de produção correspondido ao da linhagem N2X (portadora do plasmidio amilolítico onde foi introduzido o promotor de X. campestris) crescida em amido+sacarose. Estes resultados permitem considerar promissoras as possibilidades de produção de goma xantana a partir de amido, sendo para tanto necessários alguns estudos adicionais envolvendo a caracterização dos produtos de hidrólise do amido por esta alfa amilase de B. subtilis e seu aproveitamento por linhagens de X. campestris / Abstract: Xanthomonas campestris is a phytopathogenic bacteria responsible for the black rot of crucifers and a variety of other economically important plant diseases, and which produces an exopolisacharide with large industrial applications known as xanthan gum. Promoter sequences isolated from X. campestris were cloned and four plasmids harboring the amy gene of B. subtilis were constructed in order to obtain strains showing high expression of the alpha-amylase gene and thus potentially capable to use starch in fermentation processes, The new plasmids constructed were: (i) pAP2, which contains the amy gene under the control of its original promoter of Bacillus; (ii) pAP2X, which contains an aditional promoter of X. campestris placed upstream of the amy gene; (iii) pAP23, obtained upon introduction of the stabilizer locus parB in pAP2; and (iv) pAP23X, obtained upon introduction of the Xanthomonas promoter sequence in pAP23. Analysis of the stabilization levels obtained after the introduction of parB in pAP2 showed a reduction of up to 27 times in the loss rate of plasmid containing this locus. Quantification of the alpha-amylase production by the 8 strains obtained after the introduction of the new plasmids in X campestris showed that, strains containing both Bacillus and Xanthomonas promoters were able to produce up to 300% more alpha-amylase than strains lacking those plasmids. Although none of the strains tested has been able to produce xanthan gum from starch, the amylolitic character introduced improved their capacity to utilize starch containing media (starch and starch plus sucrose) for the production of this biopolymer. The highest level of xantan production was achieved by strain N2X, wich harbours the amylolitic plasmid with the insertion of the X. campestris promoter (pAP2X). These show that there are promising possibilities for the production of xanthan gum utilizing starch as the unique carbon source, although aditional studies involving characterization of the hydrolysis products of the alpha-amylase gene cloned from B. subtilis and their utilization by strains of X. campestris should still be carried aut / Mestrado / Genetica / Mestre em Ciências Biológicas

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-04Bitstream added on 2014-06-13T18:31:23Z : No. of bitstreams: 1 martins_md_me_sjrp.pdf: 49124372 bytes, checksum: 4c70a3b1bd3cabdb95fdc2ce05440ee4 (MD5) / As cianobactérias são dotadas de grande variabilidade morfológica e plasticidade ecológica e estão adaptadas aos mais diversos ambientes e regiões geográficas. O conhecimento taxonômico do grupo no Brasil ainda é restrito e concentrado principalmente no estado de São Paulo. Lagoas e banhados costeiros constituem hábitats de interesse científico, pois podem abrigar espécies não encontradas em outras condições ambientais e fornecer informações importantes do ponto de vista taxonômico, ecológico e evolutivo. A planície costeira do Rio Grande do Sul apresenta uma forte dominância de ecossistemas de áreas úmidas, destacandose entre eles, lagoas e lagunas de água doce e banhados. O objetivo deste estudo consiste no levantamento e estudo taxonômico das cianobactérias ocorrentes em ambientes aquáticos na área da lagoa do Casamento e ecossistemas associados, assim como na área dos butiazais (formação vegetal dominada pela palmeira butiá, Butia capitata (Martius) Beccari) nos arredores da cidade de Tapes. Os resultados obtidos baseiam-se na análise de 90 amostras de plâncton e espremidos de macrófitas que foram coletadas em maio, junho, outubro, novembro e dezembro de 2003, em 28 pontos das áreas (incluindo diferentes habitats como lagoas, banhados e sangradouro). Foram identificados 92 táxons específicos de cianobactérias, pertencentes a 39 gêneros. Synechococcophycidae foi representada por 34 espécies (37%), Oscillatoriophycidae por 33 espécies (36%) e Nostocophycidae por 25 espécies (27%). Entre as espécies identificadas, 24 (26%) são novas ocorrências para o Rio Grande do Sul. Três táxons foram identificados em nível genérico e provavelmente constituirão novos táxons para a ciência. Phormidium foi o gênero que apresentou o maior número de espécies identificadas (8), seguido de Aphanocapsa, Chroococcus e Oscillatoria (7 cada um)... / Cyanobacteria have wide morphological diversity and ecological plasticity and are adapted to different environments and geographic regions. The taxonomic knowledge of the group in Brazil is still limited and it is mainly concentrated in the São Paulo State. Additionally, coastal lagoons and wetlands are habitats of scientific interest because they may harbor species not found in other environmental conditions and provide important information in terms of taxonomic, ecological and evolutionary. The coastal plain of the Rio Grande do Sul State has a strong dominance of wetland ecosystems, especially lakes and freshwater lagoons and marshes. The aim of this paper is the taxonomic study of the cyanobacteria in aquatic environments in the areas of Casamento lagoon and of the butiazais (vegetation mainly composed by the palm tree Butia capitata (Martius) Beccari) around Tapes City, as well as associated ecosystems. Results are based on the analysis of 90 samples obtained during the project “Assessment of the biodiversity of the Casamento lagoon and butiazais areas, coastal plain of Rio Grande do Sul State”. Samples of plankton and squeezing submerged parts of aquatic macrophytes were collected in May, June, October, November and December 2003, in 28 sites (including different habitats such as ponds, wetlands and spillway). Ninety two specific taxa, belonging to 39 genera, were identified. Synechococcophycidae was represented by 34 species (37%), Oscillatoriophycidae by 33 species (36%) and Nostocophycidae, by 25 species (25%). Among the identified species, 24 (26%) are firstly recorded for Rio Grande do Sul State. Three taxa were identified only at generic level and are probably new to science. Phormidium was the genus which presented the highest number of identified species (8), followed by Aphanocapsa, Chroococcus and Oscillatoria (with 7 species each). Geitlerinema... (Complete abstract click electronic access below)

Resumo: As cianobactérias são dotadas de grande variabilidade morfológica e plasticidade ecológica e estão adaptadas aos mais diversos ambientes e regiões geográficas. O conhecimento taxonômico do grupo no Brasil ainda é restrito e concentrado principalmente no estado de São Paulo. Lagoas e banhados costeiros constituem hábitats de interesse científico, pois podem abrigar espécies não encontradas em outras condições ambientais e fornecer informações importantes do ponto de vista taxonômico, ecológico e evolutivo. A planície costeira do Rio Grande do Sul apresenta uma forte dominância de ecossistemas de áreas úmidas, destacandose entre eles, lagoas e lagunas de água doce e banhados. O objetivo deste estudo consiste no levantamento e estudo taxonômico das cianobactérias ocorrentes em ambientes aquáticos na área da lagoa do Casamento e ecossistemas associados, assim como na área dos butiazais (formação vegetal dominada pela palmeira butiá, Butia capitata (Martius) Beccari) nos arredores da cidade de Tapes. Os resultados obtidos baseiam-se na análise de 90 amostras de plâncton e espremidos de macrófitas que foram coletadas em maio, junho, outubro, novembro e dezembro de 2003, em 28 pontos das áreas (incluindo diferentes habitats como lagoas, banhados e sangradouro). Foram identificados 92 táxons específicos de cianobactérias, pertencentes a 39 gêneros. Synechococcophycidae foi representada por 34 espécies (37%), Oscillatoriophycidae por 33 espécies (36%) e Nostocophycidae por 25 espécies (27%). Entre as espécies identificadas, 24 (26%) são novas ocorrências para o Rio Grande do Sul. Três táxons foram identificados em nível genérico e provavelmente constituirão novos táxons para a ciência. Phormidium foi o gênero que apresentou o maior número de espécies identificadas (8), seguido de Aphanocapsa, Chroococcus e Oscillatoria (7 cada um)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Cyanobacteria have wide morphological diversity and ecological plasticity and are adapted to different environments and geographic regions. The taxonomic knowledge of the group in Brazil is still limited and it is mainly concentrated in the São Paulo State. Additionally, coastal lagoons and wetlands are habitats of scientific interest because they may harbor species not found in other environmental conditions and provide important information in terms of taxonomic, ecological and evolutionary. The coastal plain of the Rio Grande do Sul State has a strong dominance of wetland ecosystems, especially lakes and freshwater lagoons and marshes. The aim of this paper is the taxonomic study of the cyanobacteria in aquatic environments in the areas of Casamento lagoon and of the butiazais (vegetation mainly composed by the palm tree Butia capitata (Martius) Beccari) around Tapes City, as well as associated ecosystems. Results are based on the analysis of 90 samples obtained during the project "Assessment of the biodiversity of the Casamento lagoon and butiazais areas, coastal plain of Rio Grande do Sul State". Samples of plankton and squeezing submerged parts of aquatic macrophytes were collected in May, June, October, November and December 2003, in 28 sites (including different habitats such as ponds, wetlands and spillway). Ninety two specific taxa, belonging to 39 genera, were identified. Synechococcophycidae was represented by 34 species (37%), Oscillatoriophycidae by 33 species (36%) and Nostocophycidae, by 25 species (25%). Among the identified species, 24 (26%) are firstly recorded for Rio Grande do Sul State. Three taxa were identified only at generic level and are probably new to science. Phormidium was the genus which presented the highest number of identified species (8), followed by Aphanocapsa, Chroococcus and Oscillatoria (with 7 species each). Geitlerinema... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Luis Henrique Zanini Branco / Coorientador: Vera Regina Werner / Banca: Maria Teresa de Paiva Azevedo / Banca: Carlos Eduardo de Mattos Bicudo / Mestre

Orientador: Henrique Ferreira / Resumo: Xanthomonas citri subsp. citri (X. citri) é o agente etiológico do cancro cítrico, uma doença que ataca todas as variedades comerciais de citros, causando prejuízos econômicos em vários países produtores. Em áreas endêmicas, o cancro cítrico é controlado principalmente por aplicação de bactericidas cúpricos. Compostos alternativos para controlar a doença são desejáveis, pois os bactericidas cúpricos causam impactos ambientais e podem induzir resistência em X. citri. Um passo importante para a descoberta e avaliação de novos compostos para controle de X. citri é a caracterização de genes/proteínas que são alvos em potencial. O gene mreB codifica para uma proteína que é uma actina bacteriana com papel-chave na determinação da morfologia celular. Esses genes foram caracterizados em algumas bactérias, nas quais foi demonstrado que são essenciais. Não existem relatos da caracterização de mreB em X. citri. A proteína MreB e a actina tem baixa similaridade de sequência, apesar de serem homólogos funcionais. Essas características fazem de MreB um alvo interessante para novos compostos antibacterianos. Os objetivos deste trabalho foram descrever a função e determinar a localização subcelular de MreB em X. citri. Para estudar a função de MreB, duas estratégias foram usadas para deletar o gene mreB em X. citri. Entretanto, não foi possível obter mutantes deletados para mreB nem na ausência, nem na presença de complementação. Esse resultado evidenciou que mreB é essencial para X. citri e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Xanthomonas citri subsp. citri (X. citri) is the etiological agent of Citrus canker, a widespread plant disease that attacks all varieties of commercial citrus plants, causing economic loss worldwide. In endemic areas, citrus canker is controlled mainly by the application of cupric bactericides. Alternative compounds to control this pathogen are desirable, since copper based bactericides have negative environmental impact and induce resistance in X. citri. An important step for the discovery and evaluation of new compounds to control X. citri is the characterization of genes/proteins that are potential targets. The mreB gene codes for a protein that is a bacterial actin homologue with a key role in rod shape morphogenesis. This gene was characterized in some bacteria, in which it was shown to be essential. There are no reports of characterization of mreB in X. citri. MreB and actin have a weak sequence similarity, despite being functional homologues. These characteristics make MreB an interesting target for new antibacterial chemical compounds. The objectives of this work were to study the function and subcellular localization of MreB in X. citri. To study the function of MreB in X. citri, two strategies were used to delete the mreB gene. However, neither strategy produced deleted mutants. This result confirmed that mreB is essential to X. citri and showed that the complementation method used was not adequate to ensure the viability of X. citri. To investigate MreB subcellula... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre