FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / Shrimp is the most important commodity, by value, in the international seafood trade, while new techniques and technologies are needed to keep the shrimp farming and industry growing exponentially and with sustainability in Brazil. Shrimp farmers and aquaculture scientists will demand knowledge gathered from genetic improvement programs through husbandry and/or disease management to reduce the loss of genetic diversity in successive generations. A currently popular type of molecular marker aproach to evaluate genetic variability (both in wild and farmed populations) is microsatellites. They can be assayed more rapidly than other types of molecular markers and their high allelic nature (high polymorphism and co-dominance) means that they confer more information per unit assay than any other marker systems, thus reducing costs. Another type of marker is the sequence analysis of hypervariable segments within the mitochondrial DNA (mtDNA) control region, a set of non-coding A+T rich genes that are useful to evaluate genetic intraspecies variation. In this study, icrosatellite loci and the mtDNA control region of Litopenaeus vannamei were used to estimate the genetic variability of commercial broodstocks. Expected results might help in developing strategies to fully explore the available germplasm. Broodstocks from two laboratories located in the State of Cearà were investigated using 10 microsatellite DNA loci. The genetic diversity between laboratories was indicated by the number of alleles per locus, together with the observed heterozygosity (ranging from 3,0 to 10,5 and from 0,46 - 0,84, respectively). Deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium were found at most loci in both laboratories. Inbreeding levels have shown positive Fis values, exception made to the locus 1003 that had negative values for both laboratories. Fst values were not significantly different between the two laboratories. Analyses of multiple sequence alignment of the mtDNA control region showed high homology. Using Kimuraâs two-parameter (K2P) model, a dendrogram was generated with our sequences (those obtained in this study) and wild populationsâ sequences available at GenBankÂ/NCBI. The resulting dendrogram confirmed a good variability index in the mtDNA control region, without evidences of population differentiation among them. Accordingly, analyses of our data do indicate that cultured shrimp populations in Cearà still keep some level of genetic variability, with studied broodstocks seeming to have accumulated genetic differences. / Visando nÃo sà o progresso da carcinicultura como tambÃm a sua sustentabilidade, novas tÃcnicas e tecnologias vÃm sendo Buscadas. Dentre elas, destaca-se o desenvolvimento de programas de melhoramento genÃtico, os quais visam à construÃÃo de linhagens de altas performances. Atualmente, a classe de marcadores moleculares mais amplamente utilizados para avaliar e monitorar a variabilidade genÃtica, tanto em populaÃÃes naturais como em espÃcies domesticadas, sÃo os microssatÃlites, devido ao seu alto polimorfismo e co-dominÃncia. Outra classe de marcadores utilizada à o conjunto de genes do DNA mitocondrial, no qual a regiÃo controle, rica em A+T e nÃo codificadora demonstrou ser a mais Ãtil para avaliaÃÃo de variaÃÃo genÃtica intraespecÃfica, quando comparada com outros genes mitocondriais. No presente estudo, locos de microssatÃlites e a regiÃo controle mitocondrial de Litopenaeus vannamei foram utilizados com o objetivo de estimar a variabilidade intraespecÃfica e avaliar o potencial destas regiÃes do genoma em subsidiar a elaboraÃÃo de estratÃgias que permitam explorar o potencial representado pelo germoplasma disponÃvel. A variabilidade de reprodutores de laboratÃrios de maturaÃÃo de duas fazendas do Estado do Cearà foi analisada atravÃs da utilizaÃÃo de 10 loci de microssatÃlites. A diversidade genÃtica entre os laboratÃrios foi estimada pelo nÃmero de alelos por loci e heterozigosidade observada que variaram de 3,0 a 10,5 e de 0,46 a 0,84 respectivamente. Desvios do EquilÃbrio de Hardy-Weinberg foram detectados para a maioria dos loci estudados dos dois laboratÃrios. Os nÃveis de endocruzamento foram analisados pelos valores positivos de Fis com exceÃÃo do loci 1003 que apresentou valores negativos para os dois laboratÃrios. Valores de Fst nÃo demonstraram diferenciaÃÃo significante entre os dois laboratÃrios. Na anÃlise da regiÃo controle mitocondrial o alinhamento das seqÃÃncias obtidas apresentou alta homologia entre si. Um dendrograma construÃdo a partir da matriz Kimura 2P entre as seqÃÃncias deste estudo e seqÃÃncias de populaÃÃes naturais disponÃveis no GenBankÂ/NCBI demonstrou um bom nÃvel de variabilidade da regiÃo controle mitocondrial, nÃo havendo nenhum tipo de diferenciaÃÃo populacional entre estas. Com os resultados obtidos neste estudo percebe-se que as populaÃÃes de camarÃo marinho cultivados no Cearà ainda guardam grande variabilidade genÃtica e os plantÃis estudados jà acumulam diferenÃas genÃticas, ainda que em pequeno nÃvel.