Orientador: Jose Antonio Rocha Gontijo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-06T03:50:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bento_LedaMarciaAraujo_D.pdf: 18154421 bytes, checksum: cb3c676e5986d07c3462c4afdbcc4d15 (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Estudos em animais demonstram que a acidose metabólica promove muitas mudanças morfológicas e bioquímicas nos rins, que estão intimamente associadas com a hipertrofia do órgão Confirmamos que a acidose metabólica crónica causada pela ingestão de cloreto de amónia (NH4Cl), promove a hipertrofia do órgão e também uma diminuição da reabsorção de água e sais pelos rins. Aventamos a hipótese que esses são processos que competem pela energia disponível pelas células tubulares Como a mitocòndria tem sido implicada em uma variedade de processos metabólicos, nós estudamos o comportamento das mitocôndrias isoladas de rins de ratos tratados com NH4Cl As mitocôndrias de rim de ratos (MRR) acidóticos apresentaram uma diminuição de aproximadamente 25% da eficiência da respiração, através do controle respiratório Usando o mesmo substrato (succinato), nós achamos a relação ADP/O significativamente menor nos animais acidóticos quando comparados aos controles Em concordância com esses resultados, o potencial transmembrana mitocondrial, apresentou o tempo de fosforilação aumentado nesses animais, determinado pelo método da safranina. Nenhuma diferença significativa foi observada no potencial em ambas as mitocôndrias. Interessantemente, na determinação do transporte de cálcio, verificamos uma captação inicial mais rápida e maior nas MRR acidóticos, quando comparadas aos controles, mantida equilibrada por mais tempo com a adição do inibidor do poro de transição de permeabilidade mitocondrial, a ciclosporina A (CsA). Não foi observada nenhuma diferença significativa na liberação do cálcio após adição de vermelho de Rutênio (RR) e cloreto de sódio (NaCl). Nós também analisamos todos esses parâmetros em mitocôndrias de fígado de rato, para saber se esse efeito da acidose é particular do rim, ou outros órgãos também apresentam. Não verificamos alterações nas funções mitocondriais, induzidas pela acidose. durante dois dias de tratamento com NH4Cl, nessas mitocôndrias Para sabermos se essas alterações nas mitocôndrias renais estariam relacionadas à proteína desacopladora (UCP), utilizamos em nossos experimentos de controle respiratório inibidores da atividade dessas proteínas CAT, GDP e BSA Observamos indiretamente que a UCP esta ativada nas MRR acidóticos, respondendo o desacoplamento observado na situação de acidose nessas mitocôndrias / Abstract: Studies in animals have shown that metabolic acidosis causes several morphologic and biochemical changes in kidney, which are ultimately associated with organ hypertrophy We have previously shown that chronic metabolic acidosis caused by feeding NH4Cl lead to nephron hypertrophy and to a decreased water-salt reabsortion by the kidneys Since mitochondria have been implicated in a variety of metabolic disorders, we examined energy linked functions in isolated mitochondria from rat kidneys with chronic metabolic acidosis induced by NH4Cl Mitochondria from acidotic rats presented resting respiration supported by succinate oxidation 25% slower when compared to control mitochondria Using the same substrate we found an ADP/O ratio of 1,4 in control and 1,1 in isolated mitochondria from acidotic rats. Accordingly, the transient decrease in ?? that occurs during ADP phosphorylation was much larger in mitochondria from acidotic rat kidneys as evidenced by the safranine method No significant difference in ?? could be detected in both types of mitochondria using this method. Interestingly, determination of Ca2+ transport showed a faster rate of initial Ca2+ up take by mitochondria from acidotics and a lower concentration of extramitochondrial Ca2+ under steady state conditions (Ca2+ set point) by these mitochondria compared to control mitochondria In contrast, no significant differences could be detected in rates of Na+ or ruthenium red induced Ca2+ efflux. The data provided evidence that: succinate oxidation is inhibited in mitochondria isolated from acidotic rats while the Ca2+ influx pathway is activated in these mitochondria / Doutorado / Doutor em Farmacologia

Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-07T10:59:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Formighieri_EduardoFernandes_D.pdf: 7946045 bytes, checksum: f2194ed5a131ce1c4510fba4a7bbea5f (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O genoma mitocondrial (mtDNA) do fungo Moniliophthora perniciosa foi completamente seqüenciado e contém 109103 pb, com 31% de bases GC, porcentagem menor que a encontrada nas seqüências do genoma nuclear (47%). É o maior genoma mitocondrial de fungos descrito até o momento, e seu tamanho é conseqüência de grande espaço intergênico, que contém diversas ORFs com possibilidade de serem confirmadas como novos genes. Análises computacionais indicam a presença de variação no número de mtDNAs/célula nas diferentes bibliotecas, com tendência significativa de menor número de mtDNAs/célula no grupo de bibliotecas proveniente de culturas submetidas a repetidas repicagens. A maioria dos genes típicos (atp6, atp9, nad1-6, nad4L, cox1-3, cob, sendo a exceção o atp8), todos os rRNAS, tRNAS (foi encontrado pelo menos um para cada aminoácido) e genes das ORFs intrônicas estão orientados no sentido horário. Foram identificados também um gene rps3 e um grupo de ORFs com características semelhantes às dos genes típicos. Surpreendentemente o mtDNA apresenta uma região ocupada por uma estrutura de invertron característica de plasmídeos kalilo-like, integrado de maneira estável ao genoma em todas as variedades do biótipo C, e presente nos demais biótipos testados. Esta seqüência está disponível no GenBank através do número de acesso: AY376688. A outra linha de trabalho foi desenvolvida juntamente com outros bioinformatas do Laboratório de Genômica e Expressão. Foram desenvolvidas ferramentas de mineração e anotação de genes para projetos genoma, sendo os maiores destaques o Gene Projects, que permite mineração e anotação de genes durante o processo de seqüenciamento, e a nova interface de anotação, desenvolvida para otimizar a qualidade e a eficiência da anotação de genes / Abstract: The mitochondrial genome (mtDNA) of the fungus Moniliophthora perniciosa was completely sequenced and it contains 109103 bases pair, with 31% of bases GC, smaller percentage than found in the sequences of the nuclear genome (47%). It is the largest mitochondrial genome of fungus described to the moment, and its size is consequence of great intergenic space, with several ORFs who can be confirmed as new genes. Computational analyses show the presence of variation in the number of mtDNAs / cell in different libraries, with significant tendency of smaller mtDNAs / cell number in group of libraries originating from cultures undergoes to repeatedly reply. Most of the typical genes (atp6, atp9, nad1-6, nad4L, cox1-3, cob, being the exception the atp8), all of the rRNAS, tRNAS (it was found at least one for each amino acid) and genes of the intronic ORFs are guided in the hourly sense. Surprisingly the mtDNA presents one region occupied for a structure of invertron, characteristic of plasmids kalilo-like, integrated in stable way to the genome in all of the varieties of the biotype C, and present in other tested biotypes. This sequence is available in the GenBank through the accession number: AY376688. The other work line was developed together with other bioinformatics of the Genomic and Expression Laboratory. Data mining and annotation of genes tools were developed for projects genome, being the largest prominences the Gene Projects, that allows mining and annotation of genes during the sequencing process, and the new annotation interface, developed to optimize the quality and the efficiency of the annotation of genes / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular