Submitted by Andre Moraes Queiroz (andre.moraesqueiroz@ufpe.br) on 2015-04-14T15:05:53Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Patricia Rocha.pdf: 2020756 bytes, checksum: 96804531919a1d7e9cb5ab9787d73242 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-14T15:05:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação Patricia Rocha.pdf: 2020756 bytes, checksum: 96804531919a1d7e9cb5ab9787d73242 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013 / FACEPE / A ordem Lepidoptera apresenta uma gama de espécimes de importância econômica, algumas são agentes polinizadores e outras são pragas. Vários estudos têm sido realizados com base na morfologia com base em dados moleculares para elucidar a evolução da ordem. O DNA mitocondrial é muito utilizado por proporcionar boa resolução filogenética. Com base em genes mitocondriais informativos, nós propusemos um conjunto de dados que pode ser utilizado em análise filogenética de Lepidoptera obtendo a mesma robustez que a análise com mtDNAs completos. Para isso, as sequências dos mitogenomas de Lepidoptera foram recuperadas no banco de dados do NCBI. Foi identificada a ordem gênica das sequências utilizando o programa MAUVE. As regiões de interesse em D. flavipennella foram sequenciadas para testar a eficiência dos marcadores moleculares em sequência nova. Foi realizada análise de entropia, teste de sinal filogenético e de saturação para verificar características de bons marcadores moleculares e foram realizadas análises filogenéticas nos programas PhyML e MrBayes. Foram realizados também testes com e sem a terceira posição dos códons para verificar a influência da terceira posição nas análises filogenéticas de Lepidoptera. As regiões estudadas foram concatenadas para aumentar os valores de confiança das árvores. Verificamos que com a concatenação dos genes COI, ATP6, COIII, ND3, ND5, CYTB, ND1 e 16S foi possível obter resultados com robustez semelhante a dos mitogenomas completos.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-24Bitstream added on 2014-06-13T18:41:10Z : No. of bitstreams: 1 rodovalho_cm_dr_rcla.pdf: 1352309 bytes, checksum: b91a746d690f5903c39601146a591fab (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Formigas cortadeiras do gênero Atta, popularmente conhecidas como saúvas, são as mais derivadas dentro da tribo Attini. Apresentam grande importância ecológica, porém, pelo hábito de cortarem folhas para manutenção do fungo simbionte e pelo enorme tamanho das colônias, causam muitos prejuízos às lavouras, pastagens e plantações, sendo consideradas pragas agrícolas. Atta laevigata Smith, 1858 apresenta vasta distribuição pelo Brasil e é responsável pela herbivoria de inúmeras plantas dicotiledôneas, gramíneas e espécies nativas de diferentes biomas. O presente trabalho teve como objetivos a caracterização parcial do transcriptoma e do genoma mitocondrial de A. laevigata. Foram caracterizadas 2006 sequências únicas do transcriptoma, a partir de uma biblioteca de cDNA preparada com indivíduos inteiros da formiga. Entre essas sequências, 16 provavelmente representam genes com grande número de transcritos. Esses 16 genes estão relacionados a três funções celulares: (i) conservação de energia através de reações redox na mitocôndria; (ii) estrutural, pelo citoesqueleto e músculos; (iii) regulação da expressão gênica e metabolismo. Considerando o estilo de vida e processos biológicos chaves para essas formigas, 146 sequências foram identificadas com base na sua utilização para o controle de cortadeiras pragas. A partir de dados da biblioteca de cDNA e procedimentos envolvendo primer walking, o genoma mitocondrial de A. laevigata foi parcialmente caracterizado, apresentandose com 17920 pb, maior, portanto, do que outros já descritos em Hymenoptera, mesmo considerando-se a impossibilidade de determinação da sequência de uma pequena porção do mtDNA, envolvendo a região controle, uma parte do 12S e os tRNAs S1, V e M. Como já descrito para outros mitogenomas, o de A. laevigata apresentou alto conteúdo AT, os mesmos 13 genes codificadores... / Leafcutter ants from Atta genus, popularly known as “saúvas”, are the most derived of the tribe Attini. They have major ecological importance, but, because of their habit of cutting leaves for the maintenance of the symbiotic fungus and the huge colony size, they impose severe economic damages to plantations, pastures, and agriculture, being considered as agriculture pests. Atta laevigata shows wide distribution in Brazil and it is responsible for the herbivory of many dicots, grass, and native species from different biomes. The present work aimed to characterize the transcriptome and the mitochondrial genome of A. laevigata. 2,006 unique sequences of the transcriptome were characterized from a cDNA library constructed with whole individuals. Among those sequences, 16 are likely from genes with high number of transcripts. Those 16 genes are related with three cellular functions: (i) energy conservation through redox reactions in mitochondria; (ii) cytoskeleton and muscle structuring; (iii) regulation of gene expression and metabolism. Based on lifestyle and key biological processes of these ants, 146 sequences were identified with potential use for controlling pest leafcutters. Using data from cDNA library and primer walking proceedings, the mitochondrial genome of A. laevigata was partially characterized with 17,920 bp, being larger than the others already described for Hymenoptera. A small part of the mtDNA was not sequenced, including the control region, a portion of 12S and tRNAs S1, V, and M. As described before for other mitogenomes, A. laevigata mtDNA displayed high AT contain, the same 13 proteincoding genes and the two ribosomal subunits with length and location according to the hypothetic ancestral mitogenome. Rearrangements were found for the tRNAs, but the most remarkable difference were the high number and longer length of intergenic regions presented in the mtDNA... (Complete abstract click electronic access below)