La principale contribution de cette thèse est le développement d'une méthode fiable, robuste, et rapide pour la prédiction des pré-miARNs. Deux objectifs avaient été assignés : efficacité et flexibilité. L'efficacité a été rendue possible au moyen d'un algorithme quadratique. La flexibilité repose sur deux aspects, la nature des données expérimentales et la position taxonomique de l'organisme (en particulier plantes ou animaux). Mirinho accepte en entrée des séquences de génomes complets mais aussi les très nombreuses séquences résultant d'un séquençage massif de type NGS de “RNAseq”. “L'universalité” taxonomique est obtenu par la possibilité de modifier les contraintes sur les tailles de la tige (double hélice) et de la boule terminale. Dans le cas de la prédiction des miARN de plantes la plus grande longueur de leur pré-miARN conduit à des méthodes d'extraction de la structure secondaire en tige-boule moins précises. Mirinho prend en compte ce problème lui permettant de fournir des structures secondaires de pré-miARN plus semblables à celles de miRBase que les autres méthodes disponibles. Mirinho a été utilisé dans le cadre de deux questions biologiques précises l'une concernant des RNAseq l'autre de l'ADN génomique. La première question a conduit au traitement et l'analyse des données RNAseq de Acyrthosiphon pisum, le puceron du pois. L'objectif était d'identifier les miARN qui sont différentiellement exprimés au cours des quatre stades de développement de cette espèce et sont donc des candidats à la régulation des gènes au cours du développement. Pour cette analyse, nous avons développé un pipeline, appelé MirinhoPipe. La deuxieme question a permis d'aborder les problèmes liés à la prévision et l'analyse des ARN non-codants (ARNnc) dans la bactérie Mycoplasma hyopneumoniae. Alvinho a été développé pour la prédiction de cibles des miRNA autour d'une segmentation d'une séquence numérique et de la détection de la conservation des séquences entre ncRNA utilisant un graphe k-partite. Nous avons finalement abordé un problème lié à la recherche de motifs conservés dans un ensemble de séquences et pouvant ainsi correspondre à des éléments fonctionnels / The main contribution of this thesis is the development of a reliable, robust, and much faster method for the prediction of pre-miRNAs. With this method, we aimed mainly at two goals: efficiency and flexibility. Efficiency was made possible by means of a quadratic algorithm. Flexibility relies on two aspects, the input type and the organism clade. Mirinho can receive as input both a genome sequence and small RNA sequencing (sRNA-seq) data of both animal and plant species. To change from one clade to another, it suffices to change the lengths of the stem-arms and of the terminal loop. Concerning the prediction of plant miRNAs, because their pre-miRNAs are longer, the methods for extracting the hairpin secondary structure are not as accurate as for shorter sequences. With Mirinho, we also addressed this problem, which enabled to provide pre-miRNA secondary structures more similar to the ones in miRBase than the other available methods. Mirinho served as the basis to two other issues we addressed. The first issue led to the treatment and analysis of sRNA-seq data of Acyrthosiphon pisum, the pea aphid. The goal was to identify the miRNAs that are expressed during the four developmental stages of this species, allowing further biological conclusions concerning the regulatory system of such an organism. For this analysis, we developed a whole pipeline, called MirinhoPipe, at the end of which Mirinho was aggregated. We then moved on to the second issue, that involved problems related to the prediction and analysis of non-coding RNAs (ncRNAs) in the bacterium Mycoplasma hyopneumoniae. A method, called Alvinho, was thus developed for the prediction of targets in this bacterium, together with a pipeline for the segmentation of a numerical sequence and detection of conservation among ncRNA sequences using a kpartite graph. We finally addressed a problem related to motifs, that is to patterns, that may be composed of one or more parts, that appear conserved in a set of sequences and may correspond to functional elements.

Les outils informatiques (comme les routeurs et calculateurs entre autres) sont des consommateurs accrus d'énergie. Cette problématique a été déjà prise en compte dans les réseaux mobiles. La question de l'énergie commence juste à être prise en compte pour les systèmes "fixes" à grande échelle qui atteignent de nos jours des tailles impressionnantes. L'objectif de cette thèse est de traiter le problème de la consommation de l'énergie dans les réseaux de communication filaires: fournir un certain niveau de qualité de service (QdS) par rapport à la perte des paquets, la vitesse de réponse et la robustesse par rapport aux différentes périodes d'échantillonnages tout en contrôlant la puissance consommée du système. Le but est de concevoir une méthode à partir de la théorie de la commande, qui consiste à garantir un certain nombre de paramètres de QdS. Cette technique est appliquée au niveau local d'un équipement réseau (routeur, switch ...). La loi de commande permet de distribuer temporellement le trafic qui traverse un nœud contrôlé dans les réseaux de communication filaires. Dans ce travail, nous avons considéré que les nœuds de communications sont des routeurs de type ALR. Pour traiter le problème de la consommation énergétique dans les réseaux de communication filaires, nous avons proposé un modèle énergétique ALR étendu adapté à la théorie de commande. Pour ce modèle, nous avons besoin de choisir deux paramètres (ß, ?), permettant de choisir la taille de file d'attente de référence qref et sa fenêtre temporelle d'actualisation Tqref .Ce deux paramètres ont été choisis à partir de plusieurs simulations avec différentes combinaisons des paramètres (ß, ?). Nous avons vu que la variation de ces deux paramètres permet d'agir énormément sur la QdS ainsi que sur la quantité d'énergie réduite. Les résultats théoriques sont ensuite testés sur Matlab-Simulink, puis sur le simulateur de réseaux NS-2. Les simulations ont montré que la consommation énergétique dans les réseaux de communication est bien réduite tout en garantissant un certain niveau de QdS. / The computer tools (as the routers and calculators among others) present a high energy consumption. This problem has been already included in mobile networks. The question of energy is just beginning to be considered for "fixed" large-scale systems that reach nowadays high sizes. The objective of this thesis is to address the problem of energy consumption in wired communication networks: provide a certain level of quality of service (QoS) with respect to the packet lost, response speed and robustness with respect to different sampling periods while controlling power consumption of the system. The goal is to design a method from the theory of control, which guarantees these QoS. This technique is applied locally to a network equipment (router, switch ...) and the control law used to distribute temporally the traffic through a controlled node in the wired communications networks. In this work, we considere that the communication between nodes are performed by routers ALR type. In order to deal with energy reduction problem, we propose an extended ALR energy model adapted to control theory. For this model, we need to choose two parameters (ß, ?) allowing to choose the queue length reference, qref, and the related update time-window, Tqref. These parameters have been chosen after performing some simulations with different combinations of parameters (ß, ?). We have seen that the variation of these two parameters provide an impact over the QoS as well as the energy reduction. The theoretical results are then tested in Matlab-Simulink as well as some experiments under the simulator NS-2. Simulations showed that the energy consumption in communications networks is reduced while ensuring a certain level of QoS.