En el contexto del Desarrollo Sustentable, Chile ha comenzado acciones dirigidas a los recursos hídricos enfocadas en un mejor aprovechamiento y tratamiento de las aguas residuales para su reuso en agricultura y otras actividades. La Tecnología de Lodos Activados es hoy en día el sistema de tratamiento más utilizado en el mundo debido a su buena relación costo/calidad. En este trabajo de título se estudió experimentalmente la relación entre las variaciones en la población biológica y los parámetros físicos y químicos convencionales. La biodiversidad del sistema se analizó mediante la técnica de biología molecular t-RFLP del 16S rDNA que retorna las abundancias relativas de los fragmentos de los diferentes filotipos bacterianos. Se observó que en el inóculo proveniente de una planta urbana en la época Invernal predominaron en situaciones de bulking los fragmentos de 33pb y 196pb que corresponderían posiblemente a bacterias filamentosas (hipótesis reforzada por observaciones al microscopio). En el período de Primavera en cambio se observó que los fragmentos que predominaban en los episodios de bulking fueron el 30pb, 48pb y el 194pb. Luego, se pudo concluir que en distintas épocas del año (distintas temperaturas, humedad, radiación solar, volumen de precipitaciones) es diferente la especie que adquiere mayor importancia durante una situación de bulking. Sin embargo, esto está sujeto a la precisión del t-RFLP, ya que eventualmente podrían ser la misma especie porque la diferencia en el largo de los fragmentos no es muy importante. Desarrollando diversos análisis estadísticos se concluyó que el Índice de Shannon-Wiener no era un buen indicador para describir o predecir bulking. Se mostró como la construcción matemática del índice de Shannon-Wiener no es conveniente para percibir de manera adecuada las variaciones de biodiversidad que experimentan estos sistemas, en donde existen muchas especies con abundancias relativas semejantes y pequeñas. Se propone estudiar por bandas entre la longitud de los fragmentos medidos en pares de bases con la suma acumulada de la abundancia relativa de los mismos.