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<p> During leaf senescence nutrients are mobilized towards newly developing vegetative and reproductive structures. The IAOx pathway that produces auxin and defense molecules [indole glucosinolates (IGs) and camalexin] is up-regulated during senescence. To investigate the role of the IAOx metabolites we isolated two independent cyp79B2/cyp79B3 double mutants, which are deficient in IGs and camalexin and had reduced auxin levels. Chlorophyll, protein, and gene expression data indicate that cyp79B2/cyp79B3 mutants display early leaf senescence. Furthermore, leaves accumulated higher levels of hydrogen peroxide and seed production was significantly reduced. Auxin signaling at hydathodes and vascular tissue decreased as leaves aged, even though endogenous auxin levels increased. Since CYP79B2/CYP79B3 play only a minor role in auxin synthesis, it is most likely that IGs and/or camalexin are playing a protective role during age-induced developmental leaf senescence. Identifying molecules that slow down the rate of senescence may allow for genetic manipulation to increase nutritional value and crop yield</p>

published_or_final_version / abstract / Obstetrics and Gynaecology / Master / Master of Philosophy

SUMMARY Type 1 diabetes mellitus (T1DM) is an autoimmune disease caused by progressive destruction of insulin-producing pancreatic beta-cells. Both viral infections and the cytokines interleukin-1beta (IL-1beta) and interferon-gamma (IFN-gamma) have been suggested as potential mediators of beta-cell death in early T1DM. Nitric oxide (NO) is a highly diffusible, short-lived free radical gas, which plays a significant role in several physiological processes in a diversity of tissues and organisms. Prolonged exposure of rodent or human pancreatic beta-cells to combinations of cytokines induces the expression of the inducible form of nitric oxide synthase (iNOS) and Fas, NO production, and cell death. It also induces the expression of potential "defense" genes, such as manganese superoxide dismutase (MnSOD) and heat shock protein (hsp) 70. Recent studies have shown that NO, in addition to having cytotoxic actions, may also regulate gene transcription. It remains unclear whether NO mediates cytokine-induced gene expression and subsequent beta-cell death. Previous studies using NO synthase blockers yielded conflicting results, which may be due to non-specific effects of these agents. In the first part of our work, we examined the role of NO in beta-cell dysfunction and death by using an iNOS knockout mice (iNOS-/-, background C57BL/6x129SvEv). We evaluated the effects of cytokines on gene expression, as determined by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), and viability, as determined by nuclear dyes, of pancreatic islet cells or fluorescence-activated cell sorter (FACS)-purified beta-cells isolated from iNOS knockout mice or their respective controls (C57BL/6x129SvEv). The combination of cytokines used was interleukin-1beta (50 U/ml) + gamma-interferon (1000 U/ml) + tumor necrosis factor-alpha (1000 U/ml). The lack of cytokine-induced iNOS activity in the iNOS-/- islet cells was confirmed by RT-PCR and nitrite determination. Cytokines induced a > 3-fold increase in Fas and MnSOD mRNA expression in wild-type (wt) and iNOS-/- islets. On the other hand, hsp 70 was induced in wt but not in iNOS-/- islets. Prolonged (6-9 days) exposure of wt islets to cytokines lead to an 80-90% decrease in islet cell viability, whereas viability decreased by only 10-30% in iNOS-/- islet cells. To determine the mode of cytokine-induced cell death, FACS-purified beta-cells were exposed to the same cytokines. After 9 days, the apoptosis index was similarly increased in wt (39 +/- 3%) and iNOS-/- (33 +/- 4 %) beta-cells. On the other hand, cytokines increased necrosis in wt (20 +/- 4 %) but not in iNOS-/- (7 +/- 3 %) beta-cells. From these data, we conclude that: 1) NO is required for cytokine-induced hsp 70 mRNA expression, but not for Fas and MnSOD expression; 2) cytokines induce both apoptosis and necrosis in mouse beta-cells; 3) cytokine-induced apoptosis is mostly NO-independent, whereas necrosis requires NO formation. In the second part of our work, we examined the role of the viral product double-stranded RNA (dsRNA) in beta-cell dysfunction and death. DsRNA is produced by many viruses during their replicative cycle. We investigated whether dsRNA (here utilized as synthetic poly IC (PIC)) modifies the effects of IL-1beta and IFN-gamma on gene expression and viability of rat pancreatic beta-cells and the role of NO in this process. FACS-purified rat beta-cells were exposed for 6-16 h (study of gene expression by RT-PCR) or 6-9 days (study of viability by nuclear dyes) to PIC and/or IL-1beta or IFN-gamma. PIC increased the expression of Fas and Mn superoxide dismutase mRNAs by 5-10-fold. IL-1beta and a combination of PIC + IFN-gamma(but not PIC or IFN-gamma alone) induced expression of iNOS and consequent NO production. Induction of iNOS expression by PIC + IFN-gamma requires NF-kappaB activation, as suggested by transfection experiments with iNOS promoter-luciferase reporter constructs into primary beta-cells. The PIC-responsive region in the Fas promoter is located between nucleotides -223 and –54. Site-directed mutations at the NF-kappaB and C/EBP binding sites prevented PIC-induced Fas promoter activity. Increased Fas promoter activity was paralleled by enhanced susceptibility of PIC + cytokine-treated beta-cells to apoptosis induced by FasL. Combinations of IL-1beta + IFN-gamma, PIC + IFN-gamma or PIC + IL-1beta induced a 2-3-fold increase in the number of apoptotic beta-cells. Blocking of iNOS activity decreased PIC + IL-1beta-, but not PIC + IFN-gamma-, induced apoptosis. beta-cell infection with an adenovirus encoding the NF-kappaB inhibitor AdIkappaB(SA)2 prevented both necrosis and apoptosis induced by PIC + IL-1beta or PIC + IFN-gamma. mRNAs for several chemokines and one cytokine were induced by PIC, alone or in combination with IFN-gamma, in pancreatic beta-cells. These included IP-10 (CXCL10), IL-15, MCP-1 (CCL2), fractalkine (CX3CL1) and MIP-3alpha (CCL20). There was not, however, induction of IL-1beta expression. PIC has an additive effect on cytokine-induced beta-cell death, by both NO-dependent (in the case of IL-1beta) and NO-independent (in the case of IFN-gamma) mechanisms. To further elucidate the molecular mechanisms involved in PIC + IFN-gamma-effects, the global profile of genes modified by these agents was analysed by high-density oligonucleotide arrays representing 8000 probes in primary rat beta-cells. Following a 6 or 24h treatment with IFN-gamma, PIC or IFN-gamma and PIC, we observed changes in the expression of 51 to 189 genes. IFN-gamma modified the expression of MHC-related genes, and also of genes involved in beta-cell metabolism, protein processing, cytokines and signal transduction. PIC affected preferentially the expression of genes related to cell adhesion, cytokines and dsRNA signal transduction, transcription factors and MHC. PIC and/or IFN-gamma up-regulated the expression of several chemokines and cytokines that could contribute to mononuclear cell homing and activation during viral infection, while IFN-gamma induced a positive feedback on its own signal transduction. PIC + IFN-gamma inhibited insulin and GLUT-2 expression without modifying pdx-1 mRNA expression. Based on these findings, we propose an integrated model for the molecular mechanisms involved in dsRNA + IFN-gamma induced beta-cell dysfunction and death. RESUME Le diabète mellitus de type 1 (DMT1) est une maladie auto-immune provoquée par la destruction progressive des cellules beta pancréatiques productrices d'insuline. Des infections virales, ainsi que deux cytokines, l’interleukine-1beta (IL-1beta) et l’interféron-gamma (IFN-gamma), ont été proposées comme médiateurs potentiels de la mort des cellules beta dans le DMT1 précoce. Le monoxyde d’azote (NO) est un gaz à radical libre, hautement diffusible, à demi-vie courte, qui joue un rôle significatif dans plusieurs processus physiologiques dans une diversité de tissus et d'organismes. L'exposition prolongée des cellules beta pancréatiques humaines ou de rongeur à des combinaisons de cytokines induit l'expression de la forme inductible de la NO synthase (iNOS) et de Fas, la production de NO, et la mort cellulaire. L'expression de gènes potentiellement impliqués dans les mécanismes de défense cellulaire, tels que la superoxyde dismutase – dépendante du manganèse (MnSOD) et la protéine ¨heat shock¨ (hsp) 70, est également induite. Des études récentes ont montré que le NO, outre le fait d'exercer des actions cytotoxiques, pourrait aussi réguler la transcription de gènes. Il n’est cependant pas encore clairement établi si le NO est un médiateur de l’induction de l'expression de gènes et de la mort de la cellule beta par les cytokines. Des études antérieures utilisant des bloqueurs de la NO synthase ont montré des résultats contradictoires, qui pourraient être dus à des effets non spécifiques de ces agents. Dans la première partie de notre travail, nous avons examiné le rôle du NO dans la dysfonction et la mort des cellules beta en utilisant une souris knockout iNOS (iNOS-/-, background C57BL/6x129SvEv). Nous avons évalué les effets des cytokines sur l'expression de gènes, par la technique de "reverse transcriptase-polymerase chain reaction" (RT-PCR), et sur la viabilité de cellules d'îlots pancréatiques ou de cellules beta purifiées par la technique de tri cellulaire basé sur la fluorescence (FACS), isolées au départ de souris knockout iNOS ou de leurs contrôles respectifs (C57BL/6x129SvEv), par l'utilisation de colorants nucléaires. La combinaison des cytokines utilisée était la suivante : interleukine-1beta (50 U/ml) + interféron-gamma (1000 U/ml) + facteur de nécrose tumorale alpha (1000 U/ml). L’absence d’induction de l’activité de l’iNOS par les cytokines dans les îlots iNOS-/- a été confirmée par RT-PCR et mesure de la formation de nitrite. Les cytokines induisaient une augmentation de trois fois de l'expression de l'ARNm de Fas et de la MnSOD dans les îlots de type sauvage (wt) et iNOS-/-. D'autre part, hsp 70 était induite dans les îlots wt mais pas dans les îlots iNOS-/-. L'exposition prolongée (6-9 jours) d'îlots wt aux cytokines a conduit à une diminution de 80-90% de la viabilité des cellules insulaires, alors que la viabilité diminuait seulement de 10-30% dans les cellules insulaires iNOS-/-. Afin de déterminer le mode d'action des cytokines dans l'induction de la mort cellulaire, des cellules beta purifiées par FACS ont été exposées à ces mêmes cytokines. Après 9 jours, l'index apoptotique augmentait de manière similaire dans les cellules beta wt (39 +/- 3%) et iNOS-/- (33 +/- 4%). D’autre part, l’index nécrotique augmentait dans les cellules beta wt (20% +/- 4%) mais pas dans les cellules beta iNOS-/- (7% +/- 3%). De ces données, nous pouvons conclure que : 1) le NO est requis pour l'expression de l'ARNm de hsp 70 induite par des cytokines; 2) les cytokines induisent à la fois l'apoptose et la nécrose dans les cellules beta de souris; 3) l'apoptose induite par les cytokines est principalement NO-indépendante, tandis que la nécrose requiert la formation de NO. Dans la seconde partie de notre travail, nous avons examiné le rôle de l'ARN viral double brin (dsRNA) dans la dysfonction et la mort des cellules beta. Le dsRNA est produit par de nombreux virus durant leur cycle de réplication. Nous avons recherché si le dsRNA (ici utilisé sous la forme de poly IC synthétique (PIC)) modifie les effets de l’IL-1beta et l’IFN-gamma sur l'expression de gènes et sur la viabilité des cellules beta pancréatiques de rat; nous avons également investigué le rôle du NO dans ce processus. Dans ce but, des cellules beta de rat purifiées par FACS ont été exposées pendant 6-16h (étude de l'expression de gènes par RT-PCR) ou 6-9 jours (étude de la viabilité par colorants nucléaires) au PIC et/ou à l’IL1-beta et l’IFN-gamma. Le PIC augmentait de 5-10 fois l'expression des ARNm de Fas et de la MnSOD. L’IL-1beta et l'association de PIC et de l' IFN-gamma (mais pas le PIC ou l’IFN-gamma seul) induisait l'expression de l’iNOS et la production de NO conséquente. L'induction de l'expression de l’iNOS par le PIC + IFN-gamma requiert l'activation de NF-kappaB, comme suggéré par des expériences de transfection avec des constructions du promoteur de l’iNOS couplé au gène rapporteur luciférase dans des cellules beta primaires. Des expériences similaires out montré que la région de réponse au PIC dans le promoteur Fas est localisée entre les nucléotides –223 et –54. La mutation des sites de liaison de NF-kappaB et de C/EBP inhibait l'activité du promoteur Fas induite par le PIC. L’induction de l'activité du promoteur Fas était parallèle à une susceptibilité plus grande à l'apoptose induite par FasL des cellules beta traitées aux cytokines + PIC. Les combinaisons IL-1beta + IFN-gamma, PIC + IFN-gamma ou PIC + IL-1beta induisaient une augmentation de 2-3 fois du nombre de cellules beta apoptotiques. Le blocage de l'activité de l’iNOS diminuait de manière significative l'apoptose induite par PIC + IL-1beta, mais pas par PIC + IFN-gamma. L'infection des cellules beta par un adénovirus exprimant IkappaB(SA)2, un inhibiteur de NFkappaB, inhibait à la fois la nécrose et l'apoptose induite par PIC + IL-1beta ou PIC + IFN-gamma. Les ARNm de plusieurs chémokines (IP-10 (CXCL10), MCP-1 (CCL2) , fractalkine (CX3CL1) et MIP-3alpha (CCL20)) et d’une cytokine (IL-15) étaient induits par le PIC, seul ou en combinaison avec l’IFN-gamma, dans les cellules beta pancréatiques. Cependant, il n'y avait pas d'induction de l'expression de l’IL-1beta. Le PIC a un effet additif sur la mort des cellules beta induite par les cytokines, par des mécanismes à la fois dépendant du NO (dans le cas de l’IL-1beta) et indépendant du NO (dans le cas de l’IFN-gamma). Nous proposons que le dsRNA, généré pendant une infection virale, pourrait contribuer au dysfonctionnement de la cellule beta à la fois en induisant l'expression de chémokines et de l’IL-15, agents potentiels du développement de l’insulite, et en agissant en synergie avec les cytokines produites localement afin d'induire l'apoptose de la cellule beta. La production de NO et l'activation du facteur de transcription NFkappaB semblent jouer un rôle central dans les effets délétères du dsRNA dans les cellules beta pancréatiques. Afin d'élucider les mécanismes moléculaires impliqués dans les effets du PIC et de l' IFNgamma, nous avons analysé le profil d'expression génique des cellules beta primaires de rat et les modifications d'expression induites par ces agents grâce à la technique des puces à ADN ("microarray"). Après une exposition de 6 ou 24h à l' IFNgamma, au PIC ou à une combinaison de ces deux agents, nous avons observé des modifications de l'expression de 51 à 189 gènes. L' IFN-gamma modifie l'expression de gènes MHC-connexes, ainsi que l'expression de gènes impliqués dans le métabolisme de la cellule beta, dans les synthèse et sécrétion des protéines ainsi que dans les voies de signalisation des cytokines. PIC affecte préférentiellement l'expression de gènes impliqués dans les processus d'adhérence cellulaire, dans les voies de signalisation des cytokines et du dsRNA, ainsi que l'expression de gènes codant pour des facteurs de transcription et les gènes MHC-connexes. L'exposition des cellules pancréatiques au PIC et/ou à l' IFN-gamma induit l'expression de plusieurs chemokines et cytokines qui pourraient contribuer à l'attraction et à l'activation des cellules mononucléaires pendant l'infection virale; l' IFN-gamma exerce un feedback positif sur sa voie de signalisation intracellulaire. Le traitement au PIC + IFN-gamma inhibe l'expression de l'ARNm de l'insuline et du GLUT-2, le transporteur du glucose spécifique aux cellules pancréatiques beta sans toutefois modifier l'expression de l' ARNm codant pour le facteur de transcription pdx-1. En se basant sur les résultats obtenus, nous proposons un modèle général pour les mécanismes moléculaires impliqués dans le dysfonctionnement et la mort de la cellule beta observés après exposition au dsRNA + IFN-gamma.

<p>Plants produce a large diverse array of organic compounds that may function in protection against pathogens. Diverse antifungal compounds were reported to exist in barley (Hordeum vulgare L.); the indole alkaloid, gramine, and the pathogenesis-related proteins are some of them. Both the N-methyltransferase that is involved in gramine biosynthesis and PR-17a were studied in barley upon infestation by the bird cherry-oat aphid (Rhopalosiphum padi).</p><p>The effect of infestation by R. padi on induction of PR-17a and N-methyltransferase was investigated in different barley lines, susceptible and resistant.</p><p>The gene expression of PR-17a was down-regulated in the susceptible cv. Golf and to some extent up-regulated at the first days in var. Lina and then down-regulated. The PR-17a was induced by the aphid infestation in the resistant line CI16145; the gene expression was stronger in the infested plants than in the controls. The different responses in resistant and susceptible lines indicate that the induced PR-17a may play a role in the resistance against aphid infestation. PR-17a was up-regulated systemically in the base in barley after infestation by R. padi.</p><p>In the susceptible varieties Lina and Golf, the accumulation of N-methyltransferase did not increase with time from 1 day to 7 days after infestation, as determined by western blots with antibody raised against NMT from barley. The NMT-gene was down-regulated after 7 days infestation in both variety Lina and Golf both locally in the first leaf and in the base. Barley line CI16145 had no accumulation of NMT as was seen by western blotting. There was no induction of NMT in barley upon aphid infestation.</p>

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T5 DNA polymerase, a highly processive single polypeptide enzyme, and PRD1 DNA polymerase, a protein-primed DNA polymerase, have been analyzed for their primary structural features. The amino acid sequence of T5 DNA polymerase reveals a high degree of homology with DNA polymerase I (Pol I) of Escherichia coli and retains many of the amino acid residues which have been implicated in the 3'-5' exonuclease and DNA polymerase activities of that enzyme. Alignment with sequences of polymerase I and T7 DNA polymerase (family A polymerases) was used to identify regions possibly involved in the high processivity of this enzyme. Further amino acid sequence comparisons of T5 DNA polymerase with a large group of DNA polymerases (family B) previously shown to exhibit little similarity to Pol I, indicate certain sequence segments are shared among distantly related DNA polymerases. These shared regions have been implicated in the 3'-5' exonuclease function of Pol I which suggests that the proofreading domains of all these enzymes may be related. Mutations in these segments in T5 DNA polymerase (family A) and PRD1 DNA polymerase (family B) greatly decrease the exonuclease activity of these enzymes but leave the polymerase activities intact. Additionally, an exonuclease deficient T5 DNA polymerase is used in DNA sequencing reactions and yields consistent results with low background contamination on autoradiographs of polyacrylamide/urea gels. PRD1 mutants defective in 3 regions which are highly conserved among family B DNA polymerases, are deficient in DNA polymerase activity but retain exonuclease activity.