Orientador: Jorge Chahine / Banca: Alexandre Suman de Araujo / Banca: Leandro Cristante de Oliveira / Banca: José Roberto Ruggiero / Banca: Sidney Jurado de Carvalho / Resumo: O Polybia-MPI é um peptídeo catiônico curto que tem toxicidade seletiva para as células cancerosas, mas nenhuma atividade hemolítica. Apresenta ação antimicrobiana potente tanto contra bactérias Gram-positivas quanto Gram-negativas. O peptídeo oferece ainda eficácia citotóxica e antiproliferativa pela formação de poros. Pode inibir seletivamente a proliferação de células de câncer de próstata e bexiga, mas tem menor citotoxicidade para fibroblastos murinos normais. Simulações foram realizadas fazendo uso do pacote computacional GROMACS 4.0 a partir do arquivo de coordenadas espaciais do peptídeo construído com base na estrutura primária, depositada no banco de dados ExPASy/SwissProt sob o código P0C1Q4. A dinâmica teve como estrutura inicial o peptídeo estendido imerso em 1831 moléculas de água e 250 moléculas de TriFluorEtanol (TFE), proporção volumétrica de 65% de água e 35% de TFE. Foi utilizado o Método de Troca de Réplicas (Replica Exchange Method) no intuito de evitar que o sistema ficasse preso em mínimos locais de energia, o que possibilitou uma visitação aleatória à possibilidades energéticas diferentes. A combinação dos histogramas provenientes da Análise de Componente Principal (PCA) de cada arquivo de trajetória permitiu o estudo estatístico da simulação. Os resultados e suas respectivas análises indicam a estabilidade da conformação com trechos em hélice α, o que acarreta na possibilidade de inferir que seja esta a estrutura do peptídeo Polybia-MPI. / Abstract: The Polybia-MPI is a short cationic peptide that has selective toxicity to cancer cells, but no hemolytic activity. It displays a potent antimicrobial action against Gram-positive and Gram-negative bacteria. The peptide also offers cytotoxic and antiproliferative efficiency for the formation of pores. It can selectively inhibit cell proliferation of prostate and bladder cancer, but shows less cytotoxicity to normal murine fibroblasts. Simulations were performed using the computational package GROMACS 4.0 with the spatial coordinates of the peptide constructed based on the primary structure, deposited in the ExPASy/SwissProt database under the code P0C1Q4. The molecular dynamic simulations had as initial structure the extended peptide immersed in 1831 water molecules and 250 TriFluoroEthanol (TFE) molecules, volumetric ratio of 65% water and 35% TFE. The Replica Exchange Method was used in order to prevent the system of getting stuck in energy local minima, which allowed random visits to different energy possibilities. The combination of the histograms from the Principal Component Analysis (PCA) of each trajectory file allowed the statistical study of the simulation. The results and their respective evaluations indicate stability of the α-helical conformation, resulting in the possibility of inferring that this is the structure of the peptide Polybia-MPI. / Doutor

Orientador: Izabel Yoko Ito / Banca: Mario Roberto Leonardo / Banca: Lea Assed Bezerra da Silva / Banca: Reginaldo Bruno Gonçalves / Banca: Brenda Paula Figueiredo de Almeida Gomes / Resumo: No presente estudo foi monitorada a microbiota do canal radicular de 30 dentes de humanos portadores de lesão periapical crônica. Foram utilizados curativos de demora à base de hidróxido de cálcio entre sessões: Calen (Grupo I), Calen PMCC (Grupo II) e Calasept (Grupo III), que foram mantidos nos canais radiculares por aproximadamente 30 dias. O material colhido dos canais radiculares, antes e após a realização da terapêutica endodôntica, foi submetido a teste laboratorial baseado na biologia molecular: Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Como controle positivo da presença bacteriana, foi utilizado primer 16S rDNA. As seguintes espécies bacterianas foram monitoradas: Porphyromonas endodontalis, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens (bacilos pigmentados de negro), e Bacteroides forsythus, microrganismos marcantes na patologia de processos infecciosos dos tecidos pulpoperiapicais. Os resultados evidenciaram diminuição das espécies microbianas, aqui monitoradas de forma indireta à partir da presença de bandas, ou amplicons (produtos do PCR), quando do uso de curativos de demora à base de hidróxido de cálcio. Com relação à eficácia particular a cada material, os Grupos I, II e III não demonstraram entre si diferenças estatisticamente significantes. / Abstract: In the present study the root canal flora of 30 human teeth with chronic periapical lesion was monitored. Dressing pastes based on calcium hydroxide were used, among sessions namely: Calen (Group I), Calen/PMCC (Group II) and Calasept (Group III) that were used as a temporary dressings in root canals for approximately 30 days. The microbial material was colected from root canals, before and after the root canal treatment and submitted to laboratorial test based on molecular biology assay: Polymerase Chain Reaction (PCR). As a positive control of bacterial presence, a primer 16S rDNA was utilized. The following bacterial strains were monitored: Porphyromonas endodontalis, P. gingivalis, P. intermedia, P. nigrescens (black pigmented rods) and B. forsythus, a microorganism with an important role on pulpoperiapical pathosis. The results showed a decrease of bacterial strains population indirectly, based on bands presence (amplicons) where the calcium hydroxide dressing pastes were applied. Concerning the intrinsic efficacy of each material, the Groups I, II and III didn't show significant statistical differences among them. / Doutor