Resumo: Esta tese trata da caracterização espectroscópica por dicroísmo circular e fluorescência, caracterização estrutural utilizando as técnicas de cristalografia de raios X e espalhamento de raios X a baixos ângulos (SAXS) de duas (chiquimato quinase e corismato sintase) das sete enzimas da via metabólica do ácido chiquímico na forma apo e em complexo com seus respectivos ligantes naturais e o desenvolvimento de abordagens computacionais para implementação e integração de ferramentas de modelagem molecular comparativa e análise das estruturas tridimensionais geradas em larga escala das enzimas da via do ácido chiquímico de microorganismos e de plantas. A motivação deste trabalho é o fato de que a tuberculose e outras doenças também negligenciadas causadas por microorganismos são a causa de morte de milhões de pessoas no mundo, assim a caracterização estrutural de proteínas alvo para propor novas drogas tornou-se essencial. O principal interesse no estudo da via do ácido chiquímico é o fato que a via não esta presente em humanos, o que a torna alvo seletivo para desenho de drogas, diminuindo o impacto das drogas em humanos. Os resultados obtidos a partir das técnicas experimentais utilizadas neste trabalho possibilitaram um melhor entendimento do mecanismo catalítico das enzimas chiquimato quinase e corismato sintase. A partir dos dados de modelagem molecular em larga escala, foi possível montar um banco de dados relacional e curado, o SKPDB, que contém anotações detalhadas sobre a função e estrutura das enzimas, podendo ser acessado emhttp://lsbzix.rc.unesp.br/skpdb/index.html. Este trabalho aumenta a certeza de que a modelagem molecular comparativa em conjunto com técnicas experimentais é uma ferramenta útil e valiosa na anotação de seqüências e no estudo estrutural e funcional de proteínas. / Abstract: This thesis deals with the spectroscopic characterization by fluorescence and circular dicroismo, structural characterization using the techniques of X-ray crystallography and X-ray scattering at low angles (SAXS) of two (corismato synthase and shikimate kinase) of the seven enzymes of the metabolic pathway of chiquimic acid in apo form and in complex with their natural ligands and the development of computational approaches to implementation and integration of tools for molecular modeling and comparative analysis of three-dimensional structures generated in a large scale means of the enzyme chiquimic acid of microorganisms and plants. The motivation of this work is the fact that tuberculosis and other neglected diseases also caused by microorganisms are the cause of death of millions of people around the world, so the structural characterization of proteins offer new targets for drugs has become essential. The main interest in studying the path of chiquimic acid is the fact that the route is not present in humans, which makes selective target for design of drugs, reducing the impact of drugs in humans. The results obtained from the experimental techniques used in this study allowed a better understanding of the catalytic mechanism of shikimate kinase enzymes and corismato synthase. From the data of molecular modeling in large scale, it can build a relational database and cured, the SKPDB which contains detailed notes on the structure and function of enzymes, which can be accessed in http://lsbzix.rc.unesp.br/skpdb/index.html. This work increases the certainty that the comparative molecular modeling together with experimental techniques is a useful and valuable tool in the annotation of sequences and the study of structural and functional proteins. / Orientador: Mário Sérgio Palma / Coorientador: Walter Filgueira de Azevedo Júnior / Banca: Júlio César Borges / Banca: Marcos Roberto de Mattos Fontes / Banca: Fátima Pereira de Souza / Banca: José Márcio Machado / Doutor

Orientador: Marinônio Lopes Cornélio / Banca: José Roberto Ruggiero / Banca: Luis Paulo Barbour Scott / Resumo: O α-tocoferol é a principal dentre as moléculas que desempenham o papel biológico de vitamina E, sendo a que apresenta maior biodisponibilidade e atividade. Além dos papéis como vitamina, o α-tocoferol tem diversas funções no organismo incluindo a inibição de proteínas da família PLA2. Esse trabalho apresenta a análise vibracional do α-tocoferol inteiro no vácuo seguido pela otimização geométrica da molécula em ambiente protéico. O estudo do tocoferol no vácuo foi realizado dentro do formalismo do DFT usando o funcional de correlação-troca B3LYP e a base de funções 6-311G**. A análise vibracional foi realizada em um programa desenvolvido pelo autor. Em ambiente protéico, o processo foi dividido em duas etapas: a otimização geométrica do sistema inteiro no formalismo da dinâmica molecular e a otimização somente do ligante e de um envelope protéico em DFT. Por dificuldades computacionais não foi possível a análise vibracional do sistema. / Abstract: The α-tocopherol is the most important molecule which has the biological role of vitamin E, having the greatest biodisponibility and activity. Besides its vitamin roles, the α- tocopherol has many functions in organisms including the inhibition of proteins of the PLA2 family. This work presents the vibrational analysis of the whole α-tocoferol in vacuum followed by the geometric optimization of the molecule in protein environment. The study of tocopherol in vacuum was done in the DFT framework using the B3LYP exchangecorrelation functional with the 6-311G** function basis and the vibrational analysis was done by a program developed by the author. The process was divided in two steps for the study in protein environment: the geometrical optimization of the whole system in the molecular dynamics framework and the optimization of the ligand and a protein envelope in DFT. Due to computational troubles it was not possible to perform the vibrational analysis of this system. / Mestre

Resumo: Amostras de plantas sintomáticas provenientes de produções comerciais de pimentão e pimenta das regiões de Lins, Salto, Sorocaba, Itapetininga, Joanópolis no Estado de São Paulo foram obtidos durante os anos de 2000 a 2005 e analisadas quanto à espécie de tobamovírus presente. Visando ampliar o conhecimento da variabilidade biológica, bem como genética destes isolados, após a purificação por monolesões, estes isolados foram inoculados na série diferenciadora de Capsicum spp. contendo os genes L1, L2, L3 e L4 que permitiram a separação dos mesmos em patótipos. Foram observadas as espécies Tobacco mosaic virus (TMV), Tomato mosaic virus (ToMV) pertencentes ao patótipo P0 e Pepper mild mottle virus (PMMoV) pertencente ao patótipo P1-2, respectivamente. A maioria dos isolados de tobamovírus foram encontrados sob cultivo de estufa e com predominância do ToMV, porém com baixa incidência. A identidade das espécies de tobamovírus nas amostras de pimentão e pimenta foi confirmada por RT-PCR, utilizando-se oligonucleotídeos universais para o gênero Tobamovirus seguido de sequenciamento e específicos para cada uma das espécies. O sequenciamento do fragmento amplificado correspondente à parte da porção codificadora para a capa protéica dos isolados identificados como ToMV revelou identidade de aminoácidos entre 90% a 100% quando comparados com outras seqüências de To MV. Três isolados de ToMV não detectados pelos oligonucleotídeos específicos tiveram sua identidade confirmada após sequenciamento como pertencentes a esta espécie. Os isolados caracterizados como patótipo P1-2 de PMMoV apresentaram identidade de aminoácidos entre 96% a 100% quando comparados com outras seqüências de PMMoV. Nas principais regiões produtoras do Estado de São Paulo ainda não ocorre o patótipo P1-2-3 de PMMoV, bem como a incidência de tobamovírus em pimentão e pimenta é baixa. / Abstract: Isolates from commercial hot and sweet peppers fields surrounding the cities of Lins, Salto, Sorocaba, Itapetininga, Bragança Paulista in São Paulo State were collected during the years 2000 to 2005 and analyzed for the presence of tobamovirus species. The biological and genetic variability of these isolates, purification by local lesions , was analysed using the differencial genotypes of Capsicum spp. with the L1, L2, L3 e L4 genes that permit the classification of the isolates in pathotypes. The occurrence of Tobacco mosaic virus (TMV) and Tomato mosaic virus (ToMV) belonging to the P0 pathotype and Pepper mild mottle virus (PMMoV) belonging to the P1-2, respectively, was observed. The most part of tobamovirus isolates were found in indoor conditions and with predominance of the ToMV specie, however with low incidence. The identification of the tobamovirus species was confirmed by RTPCR using degenerated primers for the Tobamovirus genus and specific primers for TMV, ToMV and PMMoV. The analysis of part of the coat protein sequence gene of the isolates of ToMV characterizated as P0 showed amino acids identity ranging between 90 to 100% when compared with others ToMV sequences. The identity of three ToMV isolates that could not be detected by the ToMV specific primers was confirmed only after the sequence analysis. The isolates characterized as P1-2 PMMoV showed amino acids identity ranging between 96 to 100% when compared with others PMMoV sequences. The pathotype P1-2-3 PMMoV still does not occurs in the main producing areas of São Paulo State, as well as the tobamovirus incidence in sweet and hot pepper is low. There is no possible geographic correlation origin for the ToMV Brazilian isolates, whereas the PMMoV isolates could be separated in two phylogenetics branches, one including isolates from Japan, Germany and Taiwan and the second including isolates from Italy, China and Korea. / Orientador: Renate Krause Sakate / Coorientador: Marcelo Agenor Pavan / Banca: Antonio Carlos Maringoni / Banca: Cyro Paulino da Costa / Banca: Rômulo Fujito Kobori / Banca: Valdir Atsushi Yuki / Doutor

Resumo: Este estudo avaliou a estomatite por prótese total e as variáveis relacionadas à sua etiologia, considerando as características clínicas do indivíduo, as características micológicas e de adesão das espécies de Candida e o grupo sangüíneo dos indivíduos. Sessenta indivíduos portadores de prótese total superior (grupo teste) e 15 indivíduos não usuários de próteses removíveis (grupo controle) foram avaliados. As amostras micológicas foram coletadas da mucosa do palato, face interna da prótese e dorso da língua, por imprint. A identificação das espécies de Candida foi realizada por métodos clássicos (cultura) e moleculares (RAPD). A avaliação da qualidade das próteses totais foi realizada com base em cinco indicadores (defeitos, material, estabilidade, retenção e oclusão) e a da qualidade da higiene da prótese total, por meio da visualização do biofilme com o uso de evidenciador de placa. Não houve diferença significativa no diagnóstico de EP e na detecção de Candida spp. entre o gêneros, hábito de fumar, presença de doença sistêmica, uso de medicamentos e hábitos de higiene (cavidade bucal e PT). A EP foi correlacionada com detecção de Candida spp. no palato e com indivíduos O Rh+. Entretanto não foi correlacionada com um perfil genotípico de Candida spp. ou uma espécie de Candida, com a quantidade de células aderidas nos corpos de prova de resina, com o estado secretor do indivíduo, com o uso contínuo ou qualidade e higiene da prótese total. A detecção de Candida spp. foi correlacionada com a presença de EP, com doença sistêmica, uso de medicamentos, com a qualidade e higiene das próteses e com indivíduos A Rh+. Com base nos resultados obtidos verificamos que a presença de estomatite por prótese total foi correlacionada com o grupo sangüíneo do indivíduo e com Candida spp., a qual também foi correlacionada com características do hospedeiro e da prótese total. / Abstract: This study evaluated the denture stomatitis (DS) and clinical variables related with its etiology, considering the characteristics of clinical, mycological, adhesion profile and blood group of the subjects. 60 denture wearers (test group) and 15 subjects without removable appliances (control group) were evaluated. The mycological samples were taken from palate, denture and tongue by imprint method. The Candida species were identified by classical (culture) and molecular (RAPD) methods. The evaluation of denture quality was performed on basis of five parameters (defect, material, stability, retention, and occlusion) and the hygiene of the denture by means of plaque observation. Statistical difference was not observed between diagnosis of DS and Candida detection for gender, smoking, systemic diseases, medication, hygiene habits (oral cavity and denture). The DS was correlated with Candida spp. on the palate and with subjects O Rh+. However, there was no significance with genotypic profile with any species of Candida either clinical or molecular features. The detection of Candida was correlated with DS, systemic diseases, medication, quality and hygiene of denture in A Rh+ subjects. Within the limits of this study we conclude that denture stomatitis was correlated with blood group and Candida as well as the characteristics of the host and the denture. / Orientador: Maria Regina Sposto / Coorientador: Maria José Soares Mendes Giannini / Banca: Gelson Luis Adabo / Banca: Antonio Olavo Cardoso Jorge / Banca: Luciene Cristina de Figueiredo / Banca: Jacks Jorge Júnior / Doutor

Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Marcia Aparecida da Silva Graminha / Banca: Maurício Bacci Junior / Resumo: A família Trypanosomatidae compreende um grande número de protozoários parasitas, incluindo importantes agentes etiológicos de doenças humanas. Entre os causadores de doenças, destaca-se o Trypanosoma brucei (responsável pela Doença do Sono) e o Trypanosoma cruzi (agente causador da Doença de Chagas). Ambos possuem como mecanismo de processamento dos seus mRNAs o "trans-splicing", que envolve a excisão de íntrons e a união dos éxons de dois transcritos independentes, o splice-leader, e o pré-mRNA aceptor. As reações de cis e trans-splicing in vitro com extrato nuclear de células HeLa já foram padronizadas e utilizada como modelo em diversos experimentos. Entretanto, em tripanosomas, as únicas referências sobre a reação de transsplicing in vitro são de Vianna et. al., (2001) e Skaked et. al., (2010), com extratos de parasitas preparados de modos diferentes. A reação com células permeáveis do Trypanosoma cruzi foi usada como modelo para análise de drogas tripanocidas na reação de trans-splicing (Barbosa et. al., 2007); porém, não é um sistema livre de células conforme mencionado acima. Diante disso, este trabalho propõe reproduzir a reação de "trans-splicing" in vitro com extratos nucleares livre de parasitas utilizando as formas epimastigotas de T. cruzi e/ou as formas prociclicas de T. brucei e uma sequência parcial de alfa tubulina de T. cruzi como pré-mRNA aceptor. A padronização desta reação in vitro possibilitará avanços no entendimento da maquinaria do trans-spliceossomo, tornando-se também um modelo interessante para avaliação de mecanismo de ação de drogas tripanocidas / Abstract: Trypanosomatidae family comprises a large number of protozoan parasites, including important etiological agents of neglected human diseases. Among the diseases' agents, Trypanosoma brucei (responsible for sleeping sickness) and Trypanosoma cruzi (causative agent of Chagas' disease) are the most important parasites. Both have trans-splicing as a mechanism for the processing of its mRNA, which involves the excision of introns and union of exons form two independent transcripts, the spliceleader (SLRNA), and the acceptor pre-mRNA. The reaction of cis-and transsplicing in vitro with nuclear extract of HeLa cells has already been standardized and used as a model in several experiments. However, in trypanosomes, the only references on the reaction of trans-splicing in vitro are from Vianna et. al., (2001) and Skaked et. al., (2010), using parasitefree extracts prepared on different methods. For trypanocidal drugs analyze, trans-splicing reaction using T. cruzi permeable cells was used as a model (Barbosa et. al., 2007), but this is not the same as free-cell nuclear extract as mentioned above. Thus, this work shows trans-splicing in vitro reaction using nuclear extracts either from T. cruzi epimastigote forms and/or T. brucei procyclic forms reacting with the T. cruzi alpHa-tubulin cloned sequence as pre-mRNA acceptor. The standardization of this in vitro reaction will be able to promote advances to understanding the transspliceosomo machinery, as well as occurred in mammalian cis- and/or trans-splicing, becoming also an interesting model for evaluating trypanocidal drugs interference / Mestre

Resumo: A Paracoccidioidomicose (PCM) é uma micose sistêmica e a de maior ocorrência na América Latina, causada pelo fungo Paracoccidioides brasiliensis. Apesar dos esforços contínuos de diversos grupos de pesquisa principalmente do Brasil, Colômbia Venezuela e Argentina, a fase ambiental produtora de propágulos infectantes, seu nicho ecológico e outros aspectos fundamentais da biologia deste patógeno ainda representa um enigma. Sabe-se, no entanto, que há alguns indicadores biológicos onde se constata a infecção natural do P. brasiliensis em espécies de tatu Dasypus novemcinctus em áreas endêmicas. Assim, o isolamento sistemático deste patógeno nesta espécie animal tem despertado o interesse em avaliar outras espécies animais cuja distribuição geográfica seja coincidente com a da PCM. O conhecimento de reservatórios naturais de fungos patogênicos e o mapeamento de regiões habitadas pelos fungos são dados fundamentais para elucidar a eco-epidemiologia da PCM. O presente projeto focalizou a detecção ambiental do P. brasiliensis, bem como de outros fungos patogênicos geneticamente relacionados, em animais silvestres pelo emprego de métodos moleculares em amostras de tecido de animais atropelados em beiras de estradas. Sabe-se que esse material é muitas vezes negligenciado, sendo utilizado em estudos de conservação biológica e de parasitologia. Esta abordagem é inédita e útil no estudo da eco-epidemiologia da PCM. Foram avaliados também tatus (D. novemcintus) capturados em regiões geograficamente definidas, visando o isolamento fúngico do P. brasiliensis, bem como de outros fungos patogênicos, por cultura de órgãos, histopatologia e técnicas moleculares. A integração dos dados micológicos, moleculares e a aplicação de técnicas de geoprocessamento permitiu a caracterização da área geográfica dos animais avaliados e contribuiu para um melhor conhecimento sobre a ocorrência do patógeno no hospedeiro animal / Abstract: Paracoccidioidomycosis (PCM) is the most prevalent systemic mycosis of Latin America, caused by fungus Paracoccidioides brasiliensis. Despite the continuous efforts by several research groups mainly from Brazil, Colombia, Venezuela and Argentina, the saprobic form producing infective propagula, its exact niche in nature and other fundamental aspects of the biology of this pathogen still remains enigmatic. It is known however that some biological indicators where there is a natural infection of P. brasiliensis from the nine-banded armadillo Dasypus novemcinctus in an endemic area. Thus, the systematic isolation of this pathogen in this species has increased the necessity in evaluating several wild mammals whose geographical distribution is coincident of PCM. The knowledge about natural reservoirs of pathogenic fungi and mapping landscape of areas inhabited by fungi may be clarified the ecoepidemiology of PCM. This work focused on the environmental detection of P. brasiliensis, as well as other related pathogenic fungi in wild animals, the use of molecular tools in tissue samples from road-killed wild animals. While road-killed animals proved to be usefull both form parasitological and conservative studies, these materials have been negleted in the area of infections disease. This approach is new and has been useful to elucidate PCM ecoepidemiology. It was evaluated armadillos (D. novemcinctus) captured is some restricted areas, such as from Savanna and a County considered to be hyperendemic for PCM, by culture, histopathology and molecular techniques, in order to confirm if P. brasiliensis also occurs in such defined ecological conditions. The use the Geographical Information Systems (GIS), thus contributing to a better understanding about the occurrence of the pathogen in the host animal and the associated biotic and abiotic factors / Orientador: Eduardo Bagagli / Coorientador: Sandra de Moraes Gimenes Bosco / Banca: Hélio Langoni / Banca: Maria Terezinha Serrão Peraçoli / Banca: Andréa de Faria Fernandes Belone / Banca: Silvio Alencar Marques / Acompanhado de 1 CD-ROM / Doutor

Resumo: As glândulas mandibulares, dos insetos Hymenoptera, fazem parte do seu sistema salivar. São estruturas pares que se localizam uma em cada lado da cabeça, possuindo um ducto excretor abrindo na base da articulação da mandíbula, por onde eliminam a secreção produzida. São compostas por um reservatório associado às células secretoras, sendo que cada célula desemboca individualmente no reservatório através de canalículos. Embora as glândulas mandibulares estejam ligadas às peças bucais, utilizando seu produto glandular na ingestão e digestão de alimentos, essas glândulas evoluíram no sentido de se dissociarem da função digestiva para terem função comportamental. No presente estudo avaliou-se a morfo-histologia, citoquímica ultra-estrutural, dosagem e eletroforese de proteínas, além da expressão gênica das glândulas mandibulares das operárias mínimas, médias e soldados de formigas Atta sexdens rubropilosa, com o objetivo de fornecer informações sobre a dinâmica da produção, bem como a composição e origem da secreção dessas glândulas nas três castas desses insetos. A análise morfológica e ultra-estrutural evidenciou uma organização glandular saculiforme, constituída por uma porção secretora e um reservatório com um ducto excretor a ele conectado. A porção secretora é formada por células arranjadas em ácinos e o reservatório é constituído por um epitélio simples pavimentoso revestido pela íntima cuticular. Essas duas porções encontram-se interligadas por canalículos intra e extracitoplasmáticos. Tanto a histoquímica, quanto a citoquímica ultra-estrutural detectou lipídios, proteínas e polissacarídeos nas diferentes regiões das glândulas mandibulares nas três castas estudadas, inclusive em suas secreções, demonstrando... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The mandibular glands, in the Hymenoptera insects, make up part of the salivary system. These glands are paired structures that are located one on each side of the head, containing an excretory duct, at the base of the mandible articulation, from which the secretion produced is eliminated. They contain a reservoir associated with the secretory cells, being that each cell opens individually in the reservoir through the canaliculi. Even though the mandibular glands are connected to the bucal parts, using its glandular product in the ingestion and digestion of food, these glands have evolved in the sense of being disassociated with the digestive function to having a behavioural function. In the present study the morpho-histology, ultrastructural cytochemistry, protein dosage and electrophoresis were evaluated, as well as the gene expression of the mandibular glands of the minima, media workers and soldiers of ants Atta sexdens rubropilosa, with the objective of providing information about the production dynamics, as well as the composition and origin of the secretion of these glands in the three castes of these insects. The morphological and ultrastructural analysis described a glandular organization consisting of sacs, formed by a secretory portion and a reservoir with a connected excretory duct. The secretory portion is formed by cells arranged in alveoli and the reservoir is constituted of a simple pavimentous epithelium covered by the cuticular intima. These two portions are interconnected by intra- and extra-cytoplasmic canaliculi. The histochemistry, as well the ultrastructural cytochemistry, highlighted lipids, proteins and polysaccharides in different regions of the mandibular glands in the three castes studied demonstrating... (Complete abstract, click electronic address below) / Orientador: Maria Izabel Camargo Mathias / Coorientador: Maurício Bacci Júnior / Banca: Odair Correa Bueno / Banca: Vanderlei Geraldo Martins / Banca: Roberta Cornélio Ferreira Nocelli / Banca: Márcia Regina Paes de Oliveira. / Doutor

Orientador: Elso Drigo Filho / Banca: José Márcio Machado / Banca: Nelson Augusto Alves / Resumo: Este trabalho versa sobre difusão anômala, especificamente a proposição e solução exata e aproximada de um conjunto de equações não lineares de difusão. Primeiramente é apresentada a solução de dois sistemas sujeitos a difusão normal para explicitar a restrição que há em métodos de solução para a equação de difusão não linear. Em seguida, focamos o trabalho em processos anômalos mostrando, inicialmente a solução estacionária que maximiza a entropia de Tsallis. Sua solução exata é uma gaussiana generalizada que unifica o comportamento tipo lei de potência e exponencial alongada. Para um dos casos solucionados é incluído na equação um termo de fonte dependente da parte temporal da probabilidade. As soluções analíticas encontradas são analisadas para diferentes valores de não linearidade, caracterizando processos sub ou super difusivos, embora ao se considerar uma equação não linear, uma escolha conveniente na dependência temporal dos coeficientes também conduz a esses processos. Neste caso, equações não lineares com solução não gaussiana podem conduzir à difusão usual, da mesma forma que surgem anomalias em processos descritos por equações lineares e solução gaussiana. Por fim, a equação do tipo Fokker- Planck não linear é solucionada através do emprego de método numérico visando uma forma alternativa para analisar sistemas que não permitem obter uma solução exata da equação / Abstract: This work describes anomalous diffusion, specifically the proposition and exact and approximate solution of a set of nonlinear equations of diffusion. First is shown the solution solve of two systems subject to normal diffusion to exhibit the restriction that exist in solution methods for nonlinear diffusion equation. After, we focus on the work showing anomalous processes, initially stationary solution which maximizes the entropy purpose of Tsallis. Its exact solution is a generalized Gaussian that unifies behavior power law and stretched exponential. For one of the solved cases is included in the equation a source term dependent on the temporal part of probability. The analytical solutions found are analyzed for different values of nonlinearity characterizing diffusion processes under or over, although when considering a nonlinear equation, a convenient choice in the time dependence of the coefficients also leads to these processes. In this case, nonlinear equations with non-Gaussian solution can lead to the usual diffusion, similar anomalies that arise in processes described by linear equations and Gaussian solution. Finally, the equation of nonlinear Fokker-Planck is solved by employing numerical method seeking an alternative way to analyze systems that do not achieve an exact solution of the equation / Mestre

Orientador: Mário Tanomaru Filho / Banca: Marco Antônio Húngaro Duarte / Banca: Paulo Sérgio Cerri / Resumo: A proposta do estudo foi avaliar a microbiota endodôntica de dentes de humanos sem vitalidade pulpar com ou sem lesão periapical visível radiograficamente por meio das técnicas de "Checkerboard DNA-DNA Hybridization" e cultura microbiológica. Foram utilizados 20 dentes unirradiculados, divididos em casos de necrose pulpar sem lesão periapical (Grupo I) e dentes com necrose pulpar e lesão periapical (Grupo II). A colheita do material do canal radicular foi realizada com lima K e cones de papel absorvente. Para a técnica de cultura, as amostras foram semeadas em meios As, Ask, Ms e Tio's, para avaliação da presença de microrganismos anaeróbios, aeróbios e facultativos. Para a técnica de "Checkerboard DNA-DNA Hybridization", foi realizado o processamento do DNA extraído das amostras e das sondas de DNA de 33 microrganismos. Os resultados mostraram nas duas técnicas empregadas a presença de microrganismos. A técnica de hibridação DNA - DNA checkerboard permitiu a identificação de 31 espécies diferentes no Grupo I e de 32 espécies diferentes no Grupo II. Fusobacterium nucleatum spp polymorphum (80%), Porphyromonas gingivalis (80%), Prevotella melaninogenica (90%) predominaram no Grupo I. As sondas Streptococcus mitis e Selenomonas noxia não foram detectadas em nenhuma amostra deste grupo. No Grupo II, Fusobacterium nucleatum spp polymorphum, Neisseria mucosa e Porphyromonas gingivalis foram detectadas em todos os casos e Selenomonas noxia não foi encontrada em nenhuma das amostras deste grupo. Houve tendência para maior presença de bactérias anaeróbias obrigatórias moderadas no Grupo II, embora sem diferença significante (p>0,05), em relação ao Grupo I, de acordo com a cultura microbiológica. Foi observada maior freqüência de espécies bacterianas anaeróbias obrigatórias moderadas nos canais radiculares, tanto para o Grupo I como para o Grupo II, de acordo com a técnica de hibridação DNA-DNA checkerboard. / Abstract: The purpose of this study was to evaluate the endodontic microbiota from human's teeth, with no pulp vitality, with or without radiographic chronic periapical lesion, using a culture microbiologic method and checkerboard DNA-DNA hybridization technique. The whole sample, with 20 single root's teeth, was collected and divided into: teeth with no pulp vitality without periapical lesion (Group I) and teeth with no pulp vitality with periapical lesion (Group II). The samples were obtained with K file and absorbent paper points. To the culture technique, the samples were grown by using media like As, Ask, Ms and Tio's. To checkerboard DNA-DNA hybridization technique, the samples of DNA extracted crossed with microorganisms' DNA obtained from ATCC. The results demonstrated in two techniques used that in all the samples identified microorganisms, at least 20 ufc/ml. The checkerboard DNA-DNA hybridization technique demonstrated the identification of 31 different species of microorganisms in Group I and 32 different species of microorganisms in Group II. Fusobacterium nucleatum spp polymorphum (80%), Porphyromonas gingivalis (80%), Prevotella melaninogenica (90%) predominated in Group I. The probes Streptococcus mitis and Selenomonas noxia were not detected in no sample in this group. At Group II, Fusobacterium nucleatum spp polymorphum, Neisseria mucosa and Porphyromonas gingivalis were detected in all cases, and Selenomonas noxia was not present in sample of this group. It was tendency to greater number strict anaerobe microorganisms in Group II, however without statistical significance (p>0.05), in relation Group I, in accord with culture microbiologic method. It was detected a greater frequency of anaerobe strict microorganisms species in root canal, in both Groups I and II, in accord with the checkerboard DNA-DNA hybridization technique. / Mestre

Resumo: Um dos momentos históricos interessantes no estabelecimento da Biologia Molecular diz respeito às pesquisas realizadas por Avery, MacLeod e McCarty, que indicaram que a natureza química do princípio transformante bacteriano era o DNA. A nosso ver, esse episódio pode ser explorado do ponto de vista histórico, e assim fornecer elementos relevantes para o Ensino de Ciências. Em relação à perspectiva histórica, embora os estudos de Avery e colaboradores sejam atualmente considerados referência no estabelecimento de relações entre DNA e hereditariedade, há na literatura apontamentos sobre a provável não aceitação imediata desses pela comunidade científica da época (1944). Assim, o objetivo da presente pesquisa foi investigar, por meio da análise de fontes primárias, como artigos, documentos e correspondências que envolvem Avery e colaboradores, os motivos para a resistência inicial aos resultados de seus trabalhos. Dentre as razões levantadas, podemos mencionar dúvidas de cunho técnico, que indicavam a presença de proteínas nos preparados utilizados por Avery e colaboradores, a suposta timidez de Avery e a idéia de sua proposta ter sido cientificamente prematura. Outra razão, que aparentemente, abrange um maior número de aspectos envolvidos no processo de construção do conhecimento em questão, refere-se à hipótese de que a idéia do DNA como responsável pela hereditariedade encontrou dificuldades em ser aceita, pois, foi produzida e apresentada inicialmente fora da área de domínio da temática de interesse, no caso, a Genética. Acerca da utilização do episódio histórico em questão no Ensino, essa se justifica, pois possibilita a observação de diversos elementos que caracterizam e estão envolvidos na produção científica, como por exemplo: implicações metodológicas, subjetividade dos indivíduos, coletividade... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: One of the interesting historical moment on the establishment of Molecular Biology is related to Avery, MacLeod and McCarty's research, which indicated that the chemical nature of the transforming principle in bacteria was DNA. In our view, this episode can be explored from a historical perspective, and thus provide relevant information to the Teaching of Science. Regarding the historical perspective, although Avery and his colleague's studies are now considered landmark in the establishment of relations between DNA and heredity, in literature there are notes on the probable immediate rejection of this by the scientific community of that time (1944). The objective of this research was to investigate, through analysis of primary sources such as articles, documents and correspondence involving Avery and his colleagues, the reasons for the initial resistance to the results of their work. Among the reasons raised, we can mention technical-doubt, which indicated the presence of protein in the preparations used by Avery and his colleagues, the alleged Avery's timidity and the idea of his proposal was scientifically premature. Another reason, which apparently includes a greater number of issues involved in building the knowledge in discussion, refers to the hypothesis that the idea of DNA as responsible for heredity found difficulties to be accepted, because it was produced and presented initially outside of Genetics field. As far as use of the referred historical episode in Education or in Teaching of Biology, this is justified because it enables the observation of several elements that characterize and are involved in scientific research, such as: methodological implications, the subjectivity of individuals, collective production of knowledge, social influences (hostility), the impact of the journal in which they release a specific publication, ... (Complete abstract, click electronic access below) / Orientador: João José Caluzi / Coorientador: Elaine Sandra Nicolini Nabuco de Araujo / Banca: Maria Elice Brzezinski Prestes / Banca: Ana Maria de Andrade Caldeira / Mestre