Ces travaux de thèse ont permis de mettre en œuvre une méthode de criblage de l'activité antibactérienne des dendrimères greffés de la L-lysine (DGL) par électrophorèse capillaire (EC). Le principe de la méthode est basé sur le suivi du profil électrophorétique des bactéries avant et après leur rencontre avec une bande de composé cationique dont on souhaite cribler l'activité. La mise en œuvre de cette méthode a nécessité plusieurs étapes. Dans la première étape, une nouvelle méthodologie permettant la focalisation, la mobilisation et la quantification des bactéries par EC a été développée. Cette méthode a été appliquée pour la quantification de la flore totale dans des eaux naturelles. Dans la seconde étape, plusieurs revêtements neutres de capillaire ont été comparés pour l'analyse simultanée de composés polycationiques et polyanioniques. Dans la dernière partie, la méthodologie de criblage a été mise en œuvre pour l'étude de l'activité des DGL. / In this work, a new analytical methodology has been implemented for the screening of antibacterial activity of dendrigraft poly-L-lysines (DGL) by capillary electrophoresis (CE). The principle of this methodology is based on the monitoring of the electrophoretic profile of bacteria before and after the meeting with a zone containing the cationic compound to be screened. The implementation of this methodology has required several steps. In a first experimental part, a new methodology has been developed for the focalization, mobilization and quantification of bacteria. This focusing mode has been applied for the quantification of bacteria in natural waters. In a second experimental part, several neutral capillary coatings were compared for the simultaneous CE analysis of polyanionic and polycationic compounds. In the last experimental part, the screening of antibacterial activity has been implemented on DGL.