Les structures tectoniques responsables du soulèvement de la Cordillère des Andes à la latitude de Santiago du Chili sont bien connues sur le versant argentin de la chaîne, où s'est développé au cours du Néogène un système chevauchant à vergence Est. Sur le flanc Pacifique de la Cordillère, par contre, les structures tectoniques sont mal connues, et il n'y a pas de consensus pour expliquer le soulèvement de la Cordillère Principale et la formation de la Dépression Centrale dans laquelle s'est installée la ville de Santiago et la majeure partie de la population du Chili. Nous montrons que le raccourcissement dans les Andes du Chili Central a débuté par une inversion tectonique à l'ouest de la chaîne qui a accommodé 16 km de raccourcissement entre 22 et 16 Ma. Ce raccourcissement fait suite à l'extension oligocène, responsable de la formation du bassin extensif de Abanico, lequel a été comblé par de plus de 6 km de roches volcano-sédimentaires. Cette quantité de raccourcissement reste modeste par rapport à celle accommodée sur le flanc oriental de la chaîne, principalement coté argentin, où la tectonique compressive est responsable de ~70 km de raccourcissement survenus entre 16 et 4 Ma.<br />Tectonique compressive et soulèvement des Andes chiliennes n'ont pas été synchrones. Le soulèvement a eu lieu principalement entre 8 et 4 Ma, c'est-à-dire plusieurs millions d'années après l'épisode compressif majeur survenu sur le versant chilien des Andes centrales. En effet, le soulèvement des Andes du Chili central résulte essentiellement du fonctionnement d'un chevauchement majeur à vergence Est, qui émerge en surface en Argentine, et qui est issu du plan de Bénioff à 60 km de profondeur. Cette structure est articulée en plats et rampes, et sa géométrie est contrôlée par la stratification rhéologique de la lithosphère continentale. Cette structure joue un rôle fondamental pendant le développement andin car elle contrôle le transfert des déformations et des contraintes depuis la zone de subduction vers le continent. On observe que l'épisode majeur de soulèvement de la chaîne est corrélé avec la mise en place des porphyres cuprifères géants (gisement de El Teniente) du Chili central.<br />La réponse érosive au soulèvement de la chaîne a été très lente. Nous montrons à l'aide d'âges d'exhumation obtenus par traces de fission sur apatites, et à l'aide de la datation de niveaux volcaniques déposés dans les vallées au cours de leur formation, que l'incision des vallées dans la Cordillère Principale a eu lieu plusieurs millions d'années après le soulèvement de la chaîne. Les contrastes lithologiques, en contrôlant la vitesse d'érosion, ont favorisé le développement d'une vallée parallèle à la côte, entraînant la capture des cours d'eau descendant de la haute chaîne par quelques fleuves majeurs. Ce phénomène a été modélisé à l'aide du code de calcul APERO. Nous pensons donc que la Dépression Centrale n'est pas d'origine tectonique sensu-stricto, mais qu'elle résulte aussi de la mise en place du réseau de drainage et de son contrôle par la lithologie. Son creusement provient de la réponse érosive au grand soulèvement du Miocène supérieur.<br />L'épisode majeur de soulèvement qui a lieu vers 10 Ma ne concerne pas seulement le Chili central. Il s'observe également dans les Andes centrales (Altiplano) et dans l'avant-arc du Pérou central. Pourtant, la vitesse de convergence entre les plaques Nazca et le continent diminue à cette époque. Par contre, la vitesse absolue vers l'ouest de la plaque Amérique du sud augmente, ce qui suggère que la vitesse absolue du continent, plus que la vitesse de convergence, exerce un contrôle majeur sur l'orogenèse andine.<br />Enfin, le Chili Central constitue une région de transition entre deux zones climatiques et géomorphologiques : la région nord, plus sèche, est dominée par les processus constructifs tandis que les processus érosifs sont prépondérants dans la région sud. Ce contraste contribue à la disparition de la Dépression Centrale au nord de 33°S, même si l'influence de la géométrie de la subduction, qui passe à une subduction horizontale au nord de 33°S est aussi à prendre en compte.

La chaîne du Tianshan s'étend sur ~2800 km en longitude et sépare deux bassins désertiques d'Asie Centrale, le Tarim au sud et le Junggar au nord. Ses reliefs élevés (>7000 m) sont issus d'une réactivation cénozoïque due à la collision<br />Inde-Asie. Cette chaîne forme ainsi une barrière naturelle aux courants atmosphériques d'Asie Centrale et sa surrection a dû avoir un impact sur l'évolution climatique durant le Néogène. Son évolution morphologique est contrôlée par la tectonique et le climat, à plusieurs échelles de temps et d'espace. Le Tianshan est donc un objet naturel pour l'étude des interactions Orogenèse-Climat-Erosion. Le piedmont nord du Tianshan est formé de plis d'avant-pays incisés par des rivières, mettant à l'affleurement des séries fluvio-lacustres cénozoïques des bassins de piedmont, issues de l'érosion de<br />la chaîne. Une étude sédimentologique (faciès, matière organique-MO et minéraux lourds-ML) a été menée trois sites Jingou He, Kuitun He et Ebi Nor, afin de reconstituer les paléoenvironnements depuis 25 Ma. Il a été montré que la composition organique des sédiments n'est pas liée aux environnements sédimentaires. De plus, les palynofaciès exposent des variations climatiques globales, comme les périodes d'aridification connues en Asie Centrale à ~15, 8 et 3 Ma, ainsi que des variations régionales sur le piedmont nord. La confrontation des résultats avec ceux de l'étude du magnétisme des roches permet d'apporter des informations supplémentaires : les variations climatiques sur le piedmont nord seraient dues soit à la tectonique (~20,5; 15,5; 11,5 et 4,5 Ma), soit au climat (~20,5; ~17,5; ~13,8; ~9-8,8; ~4,5 et ~1,2 Ma).<br />L'étude sédimentaire des séries néogènes du bassin du Junggar révèle que 1) les palynofaciès permettent de décrire l'évolution des environnements, en terme de degré d'humidité/aridité, cela malgré les faibles contenus organiques, 2) la confrontation avec d'autres paramètres permet de proposer une origine tectonique ou climatique aux changements environnementaux, 3) la corrélation entre les 3 sites d'étude montre que ces variations sont au moins d'échelle régionale.

L'évolution géodynamique néogène des Andes équatoriennes a été enregistrée dans les séquences sédimentaires syn-orogéniques qui se sont déposées dans les bassins d'avant-arc, sur la façade pacifique, dans les bassins intra-montagneux, à l'axe de la chaine, et dans le bassin d'avant-pays, sur le versant amazonien. Nous avons réalisé une analyse stratigraphique et structurale ainsi qu'une évaluation de la masse sédimentaire accumulée dans ces bassins, a partir de données de sismique, de forages et de campagnes de terrain. L'évolution néogène peut ainsi être divisée en quatre périodes : 1) au miocène inferieur (23-21 a 14-12 ma), les flux sédimentaires a dominante argileuse alimentent les bassins avant-arc de Manabi et Progreso. Leur activité tectonique et leur géométrie sont contrôlées par des décrochements dextres associes a l'obliquité de la subduction a la marge équatorienne. Aucun bassin n'existe à l'axe de la chaine. Le bassin flexural amazonien est le réceptacle de dépôts importants provenant du craton guayanais et de la cordillère orientale. 2) au miocène moyen terminal (14-12 a 10-9 ma) les bassins intramontagneux s'ouvrent en transtension dextre. Dans l'ensemble de l'avant-arc, les flux sédimentaires diminuent et le matériel dépose devient géeseux. 3) au miocène supérieur (10-9 ma a 5,3 ma) les cordillères occidentale et orientale se soulèvent. Les bassins intramontagneux sont inverses et se ferment en transpression dextre. Le bassin amazonien enregistre une subsidence flexurale. 4) du pliocène a l'actuel, la chaine équatorienne est dans sa phase orogénique majeure. L'érosion domine dans le domaine montagneux en surrection. La zone subandine est comprimée et soulevée, permettant la mise en place définitive du système de drainage amazonien actuel. L'entrée en subduction de la ride de Carnegie provoque l'émersion des bassins avant-arc de Manabi et Progreso. Le bassin du golfe de Guayaquil s'ouvre et enregistre les plus forts taux d'accumulation de masse du néogène.

La première partie de ce travail s'attache à définir les frontières et la cinématique plio-quaternaire du Bloc Sud Mexcain (BSM), une microplaque tectonique découplée de l'Amérique du Nord au niveau de l'Axe Volcanique Trans-Mexicain (AVTM). L'analyse de profils sismiques, l'analyse d'images satellites ainsi que des observations de terrain montrent que le bassin de Veracruz et le volcanisme post-5Ma du Massif de Los Tuxtlas sont affectés par un grand décrochement sénestre. Cette faille est toujours active comme en témoignent la sismicité modérée ainsi que les marqueurs quaternaires (cônes, terrasses alluviales et volcanisme) affectés par la déformation. Le décrochement plio-quaternaire de la région de Veracruz est important car il établit la jonction entre le système transtensif senestre qui affecte l'AVTM et les décrochements également sénestres qui affectent la région des Chiapas au sud. Ces trois zones, sismiquement actives, accommodent une rotation antihoraire du BSM par rapport à l'Amérique du Nord. Le modèle cinématique proposé ici prédit une rotation du BSM par rapport à l'Amérique du Nord de 0.45°/Ma avec un pôle localisé à 24.2°N et 91.8°W. La seconde partie de ce travail se focalise sur l'évolution tectonique du Mexique central. Des données structurales ainsi qu'une étude paléomagnétique réalisée sur des unités volcaniques oligocènes permettent de mieux contraindre la cinématique des failles du système Tepehuanes-Zimapán (SFTZ), orienté N130°, à proximité des villes de San Luis Potosí et Guanajuato. Les données structurales collectées ainsi que les directions paléomagnétiques moyennes, indiquant des rotations antihoraires de ~10°, montrent que ce système était caractérisé par un mouvement transtensif sénestre. Cette déformation intra-arc oligocène est similaire à celle qui affecte l'AVTM actuel. Il est possible que le SFTZ ait constitué la limite nord du BSM durant l'Oligocène inférieur. Cette limite aurait migré en même temps que l'arc volcanique durant l'Oligocène supérieur et le Miocène pour atteindre sa position actuelle.

Cette étude concerne un long enregistrement sédimentaire marin (Site DSDP 380 : Miocène supérieur à Présent) et des affleurements à terre de dépôts marins ou lacustres du Miocène supérieur et(ou) du Pliocène inférieur. L’objectif principal de cette recherche est de reconstruire la végétation et le climat des régions nord-anatolienne et nord-égéenne des 7 derniers Ma. Deux types de végétation y furent alternativement : les forêts de plantes thermophiles et les formations ouvertes incluant les steppes à Artemisia. A la fin du Miocène, la plupart des éléments mégathermes (tropicaux) et mégamésothermies (subtropicaux) avaient régressé en raison des détériorations climatiques. Cependant, certains d'entre eux ont survécu pendant le Pliocène supérieur, notamment ceux qui constituaient des forêts littorals marécageuses (Glyptostrobus, Engelhardia, Sapotaceae, Nyssa) ou participaient à des forêts mixtes avec des arbres décidus mésothermes. Pendant ce temps, les formations ouvertes à herbes sont devenues prédominantes dans la végétation sans que les éléments steppiques (Artemisia, Ephedra, Hippophae rhamnoides) soient très abondants. A 2,6 Ma, sous l’effet des premières glaciations arctiques, les éléments méga-mesothermes se sont très raréfiés malgré la persistance de quelques reliques (Taxodiaceae : probablement Glyptostrobus, Engelhardia, Sapotaceae, Nyssa). Simultanément, les forêts mixtes à éléments mésothermes (Quercus décidus, Betula, Alnus, Liquidambar, Fagus, Carpinus, Tilia, Acer, Ulmus, Zelkova, Carya, Pterocarya, etc) ont aussi quasiment disparu tandis que les environnements steppiques se développaient fortement. Désormais, tout au long des cycles glaciaire-interglaciaire (d’abord de 41 ka de périodicité puis de 100 ka), les steppes à Artemisia occuperont plus d’espace temporel que les phases arborées. Depuis 1,8 Ma, les environnements à herbes et les steppes à Artemisia n’ont cessé de s’étendre jusqu' à aujourd'hui. Cette expansion des steppes à Artemisia dans la région du Pont-Euxin a été observée au tout début du Pliocène mais leur premier enregistrement en Anatolie date du Miocène inférieur. Le développement de la steppe à Artemisa en Anatolie pourrait résulter du soulèvement du Plateau tibétain. Le maintien dans cette région de plantes thermophiles reliques en situation de refuges (Carpinus orientalis, Pterocarya, Liquidambar orientalis, Zelkova) peut être expliqué par l’influence grandissante de la mousson asiatique dont le renforcement aurait aussi résulté du soulèvement du Plateau tibétain. / This study concerns a long marine section (DSDP Site 380: Late Miocene to Present) and onshore exposed sections from the Late Miocene and/or Early Pliocene. The main target of this study is to reconstruct vegetation and climate in the North Anatolia and North Aegean region for the last 7 Ma. Two vegetation types were alternately dominant: thermophilous forests and open vegetations including Artemisia steppes. During the Late Miocene, most of the tropical and subtropical plants declined because of the climatic deterioration. However, some of them survived during the Late Pliocene, such as those which constituted coastal swamp forests (Glyptostrobus, Engelhardia, Sapotaceae, Nyssa) or composed deciduous mixed forests with mesothermic trees. Simultaneously, herbaceous assemblages became a prevalent vegetation component despite steppe elements (Artemisia, Ephedra, Hippophae rhamnoides) did not significantly develop. At 2.6 Ma, as a response to the onset of Arctic glaciations, subtropical elements rarefied despite some taxa persisted (Glyptostrobus, Engelhardia, Sapotaceae, Nyssa). In parallel, deciduous mixed forest assemblages composed of mesothermic trees (deciduous Quercus, Betula, Alnus, Liquidambar, Fagus, Carpinus, Tilia, Acer, Ulmus, Zelkova, Carya, Pterocarya) almost disappeared too while steppe environments strongly enlarged. Then, Artemisia steppic phases developed during longer temporal intervals than mesophilous tree phases all along the glacial-interglacial cycles (first with a period of 41 kyrs, then 100 kyrs). Since 1.8 Ma, herbaceous ecosystems including Artemisia steppes still continuously enlarged up today. Such an expansion of Artemisia steppes in the Ponto-Euxinian region was observed at the earliest Pliocene but their earliest settlement in Anatolia seems to have occurred in the Early Miocene. The development of the Artemisa steppes in Anatolia might result from the uplift of the Tibetan Plateau. Relictuous plants such as Carpinus orientalis, Pterocarya, Liquidambar orientalis, Zelkova persisted up today. This story can be explained by some influence of the Asian monsoon which reinforced as a result from the uplifted Tibetan Plateau.

Au Miocène (-25 à -5Ma) en Europe des changements climatiques entraînent des bouleversements dans les communautés de rongeurs (Mammalia), en particulier les Cricetinae. Une révision systématique des Democricetodon, utilisant une population actuelle d'Oryzomys comme modèle de variabilité morphologique, permet de proposer une phylogénie. L'étude du contour, en analyse de Fourrier, des molaires de trois lignées du genre Megacricetodon dans trois régions d'Europe montre des accélérations évolutives qui ne sont pas synchrones. L'étude de ces deux genres met en évidence l'importance des contextes géographique et climatique sur le dynamique des faunes de rongeurs. La distribution des espèces de rongeurs montre une différenciation biogéographique selon un gradient environnemental nord-sud succédant à un gradient géographique est-ouest. Cette étude démontre également que les changements intervenant à l'échelle des régions régulent la diversité à l'échelle du continental européen.

Le terrain étudié se situe dans le Sud -Ouest anatolien, qui comporte deux grandes unités: la chaîne sud-anatolienne et le massif de Menderes qui représente la "Zone intermédiaire", considérée jadis par certains auteurs comme n 'ayant pas participé à l'orogenèse alpine. 1) La chaine sud -anatolienne laisse affleurer des sédiments de tous les étages du cycle alpin, auxquels s'associent par endroits des terrains paléozoïques. 2) Le massif de Menderes est constitué pour sa plus grande partie de terrains cristallophylliens avec une partie de leur couverture; il s'agit d'un matériel ancien antéhercynien et paléozoïque. Le Néogène continental discordant est venu recouvrir en maints endroits ces deux grandes unités; son ablation par l 'érosion dans les régions côtières est une circonstance favorable à l'étude géologique. Du point de vue de la tectonique alpine, c 'est dans la chaine sud - anatolienne en particulier que se manifestent des mouvements tangentiels dont l 'amplitude est discutée; jusqu 'ici, une opposition franche entre unités autochtones et allochtones n'a pas été définie dans la région .

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Ce travail de thèse présente une analyse géologique combinant plusieurs méthodes : géologie structurale des bassins néogènes et plio-quaternaires, inversion comparée des couples failles/stries et mécanismes au foyer ainsi qu'une l'analyse de la répartition spatiale et temporelle de la sismicité en relation avec la pluviométrie, avec pour objectif de comprendre quelle est la signification de l'activité sismique dans un système orogénique lent en prenant pour exemple le sud des Alpes Occidentales. Les principaux résultats sont les suivants : La région soumise à un raccourcissement nord-sud révélé par l'analyse et le caractère syn-tectonique des bassins miocènes et plio-quaternaires. La déformation est principalement accommodée par des systèmes décrochants N140 dextres. Ces systèmes décrochants concentrent la déformation active le long de structures héritées. On trouve de façon synchrone de l'extension (au nord-ouest du massif du Mercantour) et de la compression (au pied de la marge Ligure) le long d'un même système décrochant N140 dextre. La transition se fait progressivement, passant d'un régime transtensif au nord (dépression de Jausiers) vers un régime transpressif au sud qui s'explique par des permutations de contraintes. Cette géodynamique alpine est temporellement et cinématiquement reliée à une rotation continue de la micro-plaque apulienne et ce depuis le Miocène, contrôlée par l'ouverture des bassins ligure puis tyrrhénien. Le moteur de la tectonique active semble donc lié à la rotation de l'Apulie elle-même contrôlée par la subduction en Méditerranée.

Le phénomène dit de domestication moléculaire qui a été rapporté pour certains transposons à ADN a abouti à la formation de néogènes qui codent des protéines potentiellement impliquées dans la stabilité du génome de part une activité recombinase. L’objectif de ce travail est d’étudier l’expression de 23 recombinases néogéniques d’intérêt dérivées de transpsons à ADN dans une série de cancers colorectaux. Nous avons fabriqué de nouveaux anticorps performants pour l’étude en western blot et en immunofluorescence de l’expression du gène SETMAR qui code pour la protéine Metnase dans des lignées cancéreuse différentes et dans des tissus du côlon tumoraux et normaux. Nos résultats démontrent que la vaccination d’ADN avec la formulation utilisée est une méthode qui donne de meilleurs résultats que l'injection de peptide ou protéines purifiées. Nous avons observé une expression de la protéine metnase dans des lignées cancéreuses de cancer du côlon, de leucémie et de cancer du sein. Le niveau d’expression de cette protéine Metnase dans le cancer du côlon semble être associé au statut MSI ce qui suggère un rôle de cette protéine dans les mécanismes de carcinogenèse et de progression tumorale. / During a phenomena known as molecular domestication has been reported for some DNA transposons leading to the formation of Neogenes which encode proteins potentially involved in the genome stability. The objective of this work is to study the expression of 23 neogenic recombinases of interest derived from DNA transpsons in a series of frozen colorectal cancers. We have manufactured new effective antibodies for the study of the expression of SETMAR gene which encode Metnase protein in different cancer cell lines and tissues of colon tumoral and normal by the method of Western blot and immunofluorescence. Our results demonstrate that DNA vaccination with the formulation used here is a method that gives better results than the injection of peptide or purified proteins. We observed an expression of Metnase protein in cell lines of colorectal cancer, leukemia and breast cancer. The level of expression of the Metnase protein in colon cancer appears to be associated to the MSI status which suggests a role for this protein in the mechanisms of carcinogenesis and tumor progression.