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Métodos paramétricos e não paramétricos para a predição de valores genéticos genômicos de características de importância econômica em suínos /Joaquim, Letícia Borges. January 2019 (has links)
Orientador: Danísio Prado Munari / Resumo: A seleção genômica tem sido usada em vários programas de melhoramento de plantas e animais proporcionando ganhos na acurácia de seleção quando comparado a seleção tradicional. Contudo, é importante ressaltar que a superioridade da seleção genômica depende de vários fatores tais como a metodologia de predição dos valores genéticos genômicos. Além do desafio de encontrar a melhor metodologia para a aplicação da seleção genômica, o alto custo de implementação também representa uma dificuldade na sua ampla utilização nos programas de melhoramento animal, principalmente em suínos e aves. Os objetivos deste trabalho foram: (i) avaliar a capacidade de predição de quatro diferentes métodos de seleção genômica para características reprodutivas e produtivas; (ii) utilizar o método “Random Forest” para selecionar conjuntos de marcadores SNPs mais relevantes na explicação dos fenótipos para as características estudadas e verificar o impacto do uso desses conjuntos de SNPs na acurácia dos valores genômicos preditos para duas características de importância econômica na suinocultura. No estudo foi utilizado um arquivo de pedigree com 879.965 animais distribuídos em 13 gerações e um arquivo de fenótipos composto por 73.439 observações de espessura de gordura (EG) e 69.505 registros de número de leitões nascidos vivos por leitegada (NV). Além disso, informações de 969 animais de uma linhagem fêmea tipo Landrace genotipados com um painel customizado com 57.692 marcadores distribuídos por todo ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genomic selection has been used in several plant and animal breeding programs providing selection accuracy gains when compared to traditional genetic analysis. However, it is important to emphasize the superiority of genomic selection depends on several factors, such as the methodology for predicting genomic values. In addition to the challenge of finding the best model for application of genomic selection, the high cost of implementation also makes difficult the use of genomic selection in breeding programs of all animal species. Therefore, the aims of this study were: (i) evaluate the prediction ability of four different genomic selection methods using reproductive and productive traits; (ii) use Random Forest analysis to select the most important markers for studied traits and to verify the impact of using these subsets of SNPs on the accuracy of predicted genomic values for two economically important traits in pig production. The pedigree files contained 879,965 individuals, which spanned up to 13 generations and phenotype file composed of 73,439 backfat thickness observations and 69,505 litter records. A total of 969 animals of a Landrace female line were genotyped using a custom Illumina chip consisting of 57,692 SNPs distributed throughout the genome. Genomic selection was performed by applying the linear methods GBLUP (Genomic Estimated Breeding Value) and Single-step GBLUP and the nonlinear methods brnn (Bayesian Regularized Neural Network) and snnR (“Sparse Neural N... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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