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Desempenho produtivo e características de carcaça de novilhos Nelore de diferentes progênies terminados em confinamento

Lima, Antônio Victor Oliveira 18 July 2017 (has links)
Fundação de Apoio a Pesquisa e à Inovação Tecnológica do Estado de Sergipe - FAPITEC/SE / São Cristóvão, SE / Este trabalho foi realizado com objetivo de avaliar o desempenho e as caraterísticas de carcaças de novilhos Nelores oriundos de diferentes progênies paternas em sistema de confinamento. Foram avaliadas 3 progênies distintas, progênie para qualidade de carcaça (PROQC) (n= 8); progênie para precocidade sexual (PROPS) (n= 8); e progênie para ciclo completo - cria, recria e engorda (PROCC) (n= 8). O delineamento utilizado foi inteiramente casualizado, com 8 repetições. O consumo de matéria seca (%PV) foi influenciado pelas diferentes progênies (P<0,05), onde a PROCC apresentou maior consumo (1,86%PV). Já eficiência alimentar não diferiu entre as progênies estudadas (P>0,05), apresentando uma média de 22,15%, o mesmo ocorreu para o ganho de peso diário (P>0,05) atingindo em média 1,341 kg/dia. Para as características de carcaça (EGS, AOL, RCQ, RCF, PCQ, PQF e PPR) e cortes secundários (Peso do dianteiro, traseiro e costilhar) também não apresentaram diferença estatísticas (P>0,05) entre as diferentes progênies. A EGS apresentou em média 5,35mm, valor acima do mínimo (3mm) preconizado pelas indústrias frigoríficas brasileiras. As progênies não influenciaram (P>0,05) também para as características alométricas da carcaça (LG, CP, CIC, ICC e ICP). As progênies de bovinos de corte da raça Nelore para qualidade de carcaça, precocidade sexual e para ciclo completo não apresentaram diferença em termos de desempenho produtivo, características de carcaça e de cortes primários.
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Métodos paramétricos e não paramétricos para a predição de valores genéticos genômicos de características de importância econômica em suínos /

Joaquim, Letícia Borges. January 2019 (has links)
Orientador: Danísio Prado Munari / Resumo: A seleção genômica tem sido usada em vários programas de melhoramento de plantas e animais proporcionando ganhos na acurácia de seleção quando comparado a seleção tradicional. Contudo, é importante ressaltar que a superioridade da seleção genômica depende de vários fatores tais como a metodologia de predição dos valores genéticos genômicos. Além do desafio de encontrar a melhor metodologia para a aplicação da seleção genômica, o alto custo de implementação também representa uma dificuldade na sua ampla utilização nos programas de melhoramento animal, principalmente em suínos e aves. Os objetivos deste trabalho foram: (i) avaliar a capacidade de predição de quatro diferentes métodos de seleção genômica para características reprodutivas e produtivas; (ii) utilizar o método “Random Forest” para selecionar conjuntos de marcadores SNPs mais relevantes na explicação dos fenótipos para as características estudadas e verificar o impacto do uso desses conjuntos de SNPs na acurácia dos valores genômicos preditos para duas características de importância econômica na suinocultura. No estudo foi utilizado um arquivo de pedigree com 879.965 animais distribuídos em 13 gerações e um arquivo de fenótipos composto por 73.439 observações de espessura de gordura (EG) e 69.505 registros de número de leitões nascidos vivos por leitegada (NV). Além disso, informações de 969 animais de uma linhagem fêmea tipo Landrace genotipados com um painel customizado com 57.692 marcadores distribuídos por todo ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Genomic selection has been used in several plant and animal breeding programs providing selection accuracy gains when compared to traditional genetic analysis. However, it is important to emphasize the superiority of genomic selection depends on several factors, such as the methodology for predicting genomic values. In addition to the challenge of finding the best model for application of genomic selection, the high cost of implementation also makes difficult the use of genomic selection in breeding programs of all animal species. Therefore, the aims of this study were: (i) evaluate the prediction ability of four different genomic selection methods using reproductive and productive traits; (ii) use Random Forest analysis to select the most important markers for studied traits and to verify the impact of using these subsets of SNPs on the accuracy of predicted genomic values for two economically important traits in pig production. The pedigree files contained 879,965 individuals, which spanned up to 13 generations and phenotype file composed of 73,439 backfat thickness observations and 69,505 litter records. A total of 969 animals of a Landrace female line were genotyped using a custom Illumina chip consisting of 57,692 SNPs distributed throughout the genome. Genomic selection was performed by applying the linear methods GBLUP (Genomic Estimated Breeding Value) and Single-step GBLUP and the nonlinear methods brnn (Bayesian Regularized Neural Network) and snnR (“Sparse Neural N... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Estimativa do ponto de abate de bovinos Nelore confinados a partir de medidas obtidas no animal vivo / Prediction of slaughter endpoint of feedlot Nellore cattle using live animal measurements

Zoppa, Letícia Maria de 17 December 2012 (has links)
Este trabalho foi desenvolvido para avaliar as correlações entre as características de carcaça avaliadas por ultrassonografia em diferentes tempos de confinamento em bovinos Nelore castrados e não castrados. Foram avaliados 242 bovinos durante os anos de 2009, 2010 e 2011. Em cada ano, metade dos animais foram castrados após a desmama, com aproximadamente 12 meses de idade e mantidos a pasto, juntamente com os não castrados até o início do confinamento. Os animais foram alimentados com dieta de alto concentrado (85%) e confinados por período de 56 a 140 dias. A cada intervalo de aproximadamente 28 dias os animais foram pesados e avaliados por ultrassonografia para determinação de área de olho de lombo (AOLU) e espessura de gordura subcutânea (EGSU) na região entre a 12&ordf; e 13&ordf; costelas e espessura de gordura subcutânea na picanha (EGPU). No início do confinamento foi avaliada a altura da garupa dos animais determinação do escore de frame. A condição sexual dos animais influenciou a maioria das características de carcaça avaliadas em todos os períodos. O peso vivo inicial apresentou altas correlações com os demais pesos avaliados durante o experimento. As correlações do peso vivo com a espessura de gordura ao abate foram inferiores nos animais não castrados quando comparados aos castrados. Características avaliadas no início do confinamento apresentaram média acurácia para estimar a EGSU após 140, 112 ou 84 dias de confinamento (R&sup2;=0,47; 0,56 e 0,60, respectivamente) para machos castrados e 0,32; 0,12 e 0,60, respectivamente, para não castrados. A EGSU foi a principal variável que compôs os modelos de predição, seguido pelo peso vivo e escore tamanho, enquanto que a AOLU e a EGPU tiveram pouca contribuição para a estimativa do tempo de confinamento. As características de carcaça, aliadas ao escore de tamanho podem ser utilizadas em conjunto com o peso vivo dos animais, visando uma maior uniformidade de acabamento no momento do abate. No entanto, estudos adicionais são necessários para o aprimoramento e validação desses modelos. / This work was developed to evaluate the correlations of carcass traits of castrated and non-castrated Nellore cattle evaluated with ultrasound at different time on feed. Along 2009, 2010 and 2011 242 animals were evaluated, and in each year half of animals was castrated with approximately 12 months old and kept under pasture until the beginning of the feedlot. Animals were fed a high concentrate diet (85%) during periods ranging from 56 to 140 days. Every 28 days the animals were weighed and ultrasound scanned for determinations of ribeye area (AOLU) and backfat thickness (EGSU) between 12th and 13th rib, and rump fat (EGPU). In the beginning of feedlot the rump height was measured to determine the frame score. The sex condition affected most of the traits evaluated in all periods. Initial live weight was highly correlated with the same trait evaluated after different time on feed. Correlation of live weight with EGSU at slaughter was smaller in non-castrated animals when compared to castrate. Traits measured at the beginning of feedlot had medium accuracy on the prediction of EGSU after 140, 112 or 84 days on feed (R&sup2;=0.47, 0.56 and 0.60, respectively) for castrated males and lower accuracy (0.32, 0.12 and 0.60, respectively) for non-castrated. The EGSU was the main trait to be included in prediction models, followed by live weight and frame score while AOLU and EGPU had smaller contribution. Carcass traits and frame score can be used with live weight to improve the uniformity of backfat at slaughter. However further studies are necessary to improve and validate these models.
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Estimativa do ponto de abate de bovinos Nelore confinados a partir de medidas obtidas no animal vivo / Prediction of slaughter endpoint of feedlot Nellore cattle using live animal measurements

Letícia Maria de Zoppa 17 December 2012 (has links)
Este trabalho foi desenvolvido para avaliar as correlações entre as características de carcaça avaliadas por ultrassonografia em diferentes tempos de confinamento em bovinos Nelore castrados e não castrados. Foram avaliados 242 bovinos durante os anos de 2009, 2010 e 2011. Em cada ano, metade dos animais foram castrados após a desmama, com aproximadamente 12 meses de idade e mantidos a pasto, juntamente com os não castrados até o início do confinamento. Os animais foram alimentados com dieta de alto concentrado (85%) e confinados por período de 56 a 140 dias. A cada intervalo de aproximadamente 28 dias os animais foram pesados e avaliados por ultrassonografia para determinação de área de olho de lombo (AOLU) e espessura de gordura subcutânea (EGSU) na região entre a 12&ordf; e 13&ordf; costelas e espessura de gordura subcutânea na picanha (EGPU). No início do confinamento foi avaliada a altura da garupa dos animais determinação do escore de frame. A condição sexual dos animais influenciou a maioria das características de carcaça avaliadas em todos os períodos. O peso vivo inicial apresentou altas correlações com os demais pesos avaliados durante o experimento. As correlações do peso vivo com a espessura de gordura ao abate foram inferiores nos animais não castrados quando comparados aos castrados. Características avaliadas no início do confinamento apresentaram média acurácia para estimar a EGSU após 140, 112 ou 84 dias de confinamento (R&sup2;=0,47; 0,56 e 0,60, respectivamente) para machos castrados e 0,32; 0,12 e 0,60, respectivamente, para não castrados. A EGSU foi a principal variável que compôs os modelos de predição, seguido pelo peso vivo e escore tamanho, enquanto que a AOLU e a EGPU tiveram pouca contribuição para a estimativa do tempo de confinamento. As características de carcaça, aliadas ao escore de tamanho podem ser utilizadas em conjunto com o peso vivo dos animais, visando uma maior uniformidade de acabamento no momento do abate. No entanto, estudos adicionais são necessários para o aprimoramento e validação desses modelos. / This work was developed to evaluate the correlations of carcass traits of castrated and non-castrated Nellore cattle evaluated with ultrasound at different time on feed. Along 2009, 2010 and 2011 242 animals were evaluated, and in each year half of animals was castrated with approximately 12 months old and kept under pasture until the beginning of the feedlot. Animals were fed a high concentrate diet (85%) during periods ranging from 56 to 140 days. Every 28 days the animals were weighed and ultrasound scanned for determinations of ribeye area (AOLU) and backfat thickness (EGSU) between 12th and 13th rib, and rump fat (EGPU). In the beginning of feedlot the rump height was measured to determine the frame score. The sex condition affected most of the traits evaluated in all periods. Initial live weight was highly correlated with the same trait evaluated after different time on feed. Correlation of live weight with EGSU at slaughter was smaller in non-castrated animals when compared to castrate. Traits measured at the beginning of feedlot had medium accuracy on the prediction of EGSU after 140, 112 or 84 days on feed (R&sup2;=0.47, 0.56 and 0.60, respectively) for castrated males and lower accuracy (0.32, 0.12 and 0.60, respectively) for non-castrated. The EGSU was the main trait to be included in prediction models, followed by live weight and frame score while AOLU and EGPU had smaller contribution. Carcass traits and frame score can be used with live weight to improve the uniformity of backfat at slaughter. However further studies are necessary to improve and validate these models.
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Características de carcaça e rendimento de cortes comerciais de bovinos Nelore confinados, imunocastrados e suplementados com beta-agonistas / Carcass traits and yield of retail cuts of Nellore beef cattle, immunocastrated supplemented with beta-agonists

Brigida, Delaila Juliana 10 July 2014 (has links)
Esta pesquisa teve como objetivo avaliar os efeitos da imunocastração e de diferentes beta-agonistas (BAA) sobre características de carcaça e rendimento dos cortes comerciais, de animais machos da raça Nelore, terminados em confinamento. Foram avaliados 96 bovinos, divididos em dois grupos, imunocastrados e não-castrados. Após 70 dias de confinamento, os animais foram divididos em três grupos e alimentados com uma das seguintes dietas: CON - dieta padrão, sem a adição de BAA; ZIL - dieta padrão acrescida Cloridrato de Zilpaterol (80 mg/animal/dia) e RAC - dieta padrão acrescida Cloridrato de Ractopamina (300 mg/animal/dia). Após 24 horas de resfriamento, foram obtidos o peso da carcaça fria (PCF) e rendimento de carcaça fria (RCF), além das perdas por refrigeração (PR). Em seguida foram obtidos os pesos e as percentagens do dianteiro, traseiro pistola e ponta de agulha de cada um dos cortes individuais e do total da porção comestível. Não houve interação entre a condição sexual e os tratamentos. Não houve efeito da condição sexual e de BAA sobre o PCF, PR e EGS, entretanto, animais do tratamento ZIL apresentaram maior RCF em comparação ao CON e RAC, que não diferiram entre si. Animais não castrados apresentaram maior peso dos cortes primários e dos cortes individuais. Com relação aos BAA, os maiores pesos e percentagens de cortes primários e individuais foram observados para o tratamento ZIL em comparação ao CON. O tratamento RAC apresentou valores intermediários em relação aos demais. Os BAA aumentam o peso e a percentagem dos cortes das carcaças em relação a animais sem BAA. / This research aimed to evaluate the effects of different immunocastration and beta-agonists on carcass traits of male Nellore, finished in feedlot. Evaluated 96 cattle and divided in two groups, non-castrated e immunocastrated. After 70 days of feedlot, the animals were divided into three groups and fed one of the following diets: STD - standard diet used, without addiction of BAA; ZIL - standard diet plus zilpaterol hydrochloride (80 mg/animal/day) e RAC - standard diet plus ractopamine hydrochloride (300 mg/animal/day). After 48 hours of cooling, the cold carcass weight (CCW) and cold dressing percentage (CDP) were obtained, in addition to cooling losses (CL) and subcutaneous fat thickness (SFT). Then the weights and percentages of the forequarter, hindquarter and side cut of each of the individual sections and the total edible portion were obtained. There was no interaction between sex condition and treatments. No effect of sex condition and BAA about the CCW, CL and SFT, however, the animals of ZIL treatment showed higher CDP compared to STD and RAC, which did not differ. Uncastrated animals showed greater weight of primal cuts and individual cuts. With respect to the BAA, the higher weight percentages of primary and individual sections were observed for treatment ZIL compared to CON. The RAC treatment showed intermediate values in relation to others. The BAA increases the weight and the proportion of the carcass cuts compared to animals without BAA.
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Validação do escore de condição corporal e seu impacto na eficiência reprodutiva de vacas Nelore (Bos indicus) inseminadas em tempo fixo / Validation of body condition score and its impact on reproductive efficiency of Nelore (Bos indicus) cows fixed-time inseminated

Ayres, Henderson 25 June 2008 (has links)
A presente dissertação foi dividida em 2 Capítulos. O objetivo do Capítulo 1 foi determinar a relação entre as variáveis: peso vivo (PV), avaliação do escore de condição corporal (ECC) e espessura da gordura subcutânea na garupa (EGPU) mensurada por ultra-sonografia. 266 vacas Nelores foram avaliadas quanto ao ECC, a EGPU e PV, em cinco momentos distintos: M1) no momento da desmame; M2) ao parto, M3) no dia da sincronização; M4) aos 82 dias e M5) aos 112 dias pós-parto. Foi atribuído um ECC para cada vaca na escala 1 a 5 (MACIEL, 2006). Para a obtenção das imagens ultra-sonográficas para mensuração EGPU, foi utilizado um transdutor linear com freqüência de 3,5 MHz. As imagens ultra-sonográficas obtidas foram congeladas e imediatamente analisadas. As relações entre ECC e as mensurações de EGPU foram investigadas utilizando modelos de regressão. Para a análise de semelhança entre os cinco modelos foi utilizado o proc MIXED do SAS. As correlações entre variáveis foram analisadas com o proc CORR do SAS. O ECC foi capaz de predizer a EGPU de vacas Nelores em diferentes momentos do ciclo de criação. Ainda, foi demonstrado que o ECC apresentou alta correlação (r = 0,82 a 0,93) e relação (R2 = 0,73 a 0,92) com a EGPU. Porém, tanto o ECC, quanto a EGPU apresentam baixa correlação e baixíssima relação com o peso. No Capítulo2, o objetivo foi determinar o impacto do ECC, da EGPU, do PV e de suas variações nos 5 momentos descritos acima na eficiência reprodutiva (ER) de vacas Nelore submetidas à IATF e repasse com o touro e determinar o(s) momento(s) de avaliação com maior impacto na ER. Foram utilizados os mesmas animais do Capítulo 1. No dia 0, todos os animais receberam implante auricular de Norgestomet, reutilizado e a aplicação de 2,0 mg de benzoato de estradiol (D42). Oito dias após (D50), os implantes foram retirados e foi administrado 400 UI de eCG e PGF. No dia seguinte (D51), foi administrado 1,0 mg de Benzoato de estradiol. Os animais foram inseminados 56 horas após a retirada do implante (D52). Após 10 dias da inseminação, houve a introdução de touros. O diagnóstico de gestação foi realizado aos 30 e 60 dias após à IATF. Os animais foram avaliados quanto ao PV, ECC e EGPU com a mesma metodologia do Capítulo 1. A ER foi avaliada pela taxa de concepção à IATF aos 82 e aos 112 dias pós-parto e a taxa de prenhez acumulada até 82 dias pós-parto. Os dados binomiais foram analizados com o proc GLIMMIX do SAS. Os modelos de regressão foram gerados através do Guide Data Analysis do SAS. As correlações entre variáveis foram analisadas com o proc CORR do SAS. Os resultados apontam que vacas com maior ECC, EGPU e ganho destas medidas entre desmame-parto apresentaram melhor ER e a avaliação do peso apresentou baixa correlação com a ER. Porém, a menor perda de ECC e gordura subcutânea entre parto-sincronização não melhorou a ER. Avaliação do ECC e a EGPU no momento do parto demonstraram ter o maior impacto na ER de vacas Nelore submetidas à IATF e repasse com touro. Porém, mais estudos são necessários para confirmar os dados deste estudo. / The present study was divided in two Chapters. The objective of the first Chapter was to determine the relationship among the variables: body weight (BW), body condition score (BCS) and back fat thickness (BFT), measured by ultrasonography. Two hundred and six Nelore cows had their BW, BCS and BFT evaluated at five different moments: M1) weaning; M2) parturition, M3) synchronization; M4) 82 days post-partum and M5) 112 days post-partum. A BCS value was attributed for each cow following a 1 to 5 points scale (MACIEL, 2006). Ultrasound images for BFT measurement were obtained using a 3.5 MHz linear transducer. Images were immediately analyzed as soon as they were formed and frozen. The relationship between BCS and BFT values was investigated by regression models. The analysis of similarity among the five obtained models was performed using the proc MIXED from SAS and the correlations among variables were analyzed with proc CORR from SAS. The BCS was able to predict BFT in Nelore cows in all different moments evaluated. Also, it was shown that BCS presented high correlation (r = 0.82 to 0.93) and relationship (R2 = 0.73 to 0.92) with BFT. However, both BCS and BFT showed poor correlation and extremely pour relationship with BW. On Chapter 2, the objective of the study was to determine the impact of BCS, BFT and BW, and their variations in that five previously cited moments, on reproductive efficiency (RE) of Nelore cows submitted to FTAI followed by exposition to clean-up bulls. Also, this work aimed to determine the moment(s) of evaluation that presented greater impact on RE. The same animals used on Chapter 1 were used here. All animals received a norgestomet ear implant (previously used for 9 days) associated to 2.0 mg of estradiol benzoate (D42). Eight days after (D50), the implants were removed and 400 IU of eCG plus PGF were administered. On the following day (D51), cows received 1.0 mg of estradiol benzoate and all animals were inseminated 56 hours after implant withdrawal (D52). Ten days after insemination females were exposed to clean-up bulls. Pregnancy diagnosis was performed 30 and 60 days post-FTAI. All animals had their BW, BCS and BFT measured using the same methods described on Chapter 1. Reproductive efficiency was evaluated considering pregnancy per AI at 82 and 112 days post-partum and cumulative pregnancy until 82 days post-partum. Binomial data were analyzed using the proc GLIMMIX from SAS, regression models were generated via Guide Data Analysis from SAS, and correlations among variables were analyzed with proc CORR from SAS. The obtained results evidenced that cows with higher BCS and BFT and greater gain of these measures during the interval weaning-partum presented better RE. However, the decreased loss of BCS and BFT between parturition and synchronization did not increase the RE. Also, BW evaluation showed poor correlation with RE. The evaluation of BCS and BFT at partum demonstrated that these parameters had great impact on RE of Nelore cows submitted to FTAI followed exposition to bulls. However, more studies are demanded in order to reaffirm the results obtained in this particular study.
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Transcriptoma comparativo e redes de co-expressão gênica associados a características de carcaça de bovinos Nelore / Comparative transcriptome and gene co-expression networks associated with carcass traits of Nellore cattle

Vignato, Bárbara Silva 31 March 2017 (has links)
O objetivo deste trabalho foi estudar o transcriptoma do músculo Longissimus dorsi (LD) de bovinos da raça Nelore associado as características de área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS), a fim de encontrar genes diferencialmente expressos (GDE), conjuntos de genes co-expressos, vias metabólicas e processos biológicos que regulam essas características. Foram utilizados dados de 385 bovinos Nelore castrados para obtenção das medidas fenotípicas de AOL e EGS, mensuradas entre a 12ª e 13ª costelas do músculo LD. Estes animais foram separados em dois grupos extremos, alto e baixo, contendo seis animais cada, baseados nos valores genômicos estimados (GEBV), para AOL e para EGS. Estes conjuntos de 12 animais foram submetidos à análise de expressão diferencial afim de encontrar GDE entre os grupos. Em seguida, a análise de enriquecimento funcional a partir da lista de GDE foi executada por meio do DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) e da combinação do BiNGO (Biological Networks Gene Ontology) e REVIGO (Reduce + Visualise Gene Ontology). Para AOL, foram identificados 101 GDE entre os grupos de alto e baixo GEBV. Desses, 72 genes apresentaram-se down-regulated e 29 up-regulated no grupo baixo. Para EGS, foram encontrados 18 GDE, dos quais treze apresentaram-se up-regulated e cinco down-regulated no grupo baixo. Dentre as vias metabólicas e processos biológicos encontrados para essas características, destacam-se a via de sinalização MAPK (bta04010) e a via da endocitose (bta04144) - AOL - e, os processos de biossíntese de andrógenos (GO:0006702) e via de sinalização canônica Wnt (GO:0060070) - EGS. Para encontrar conjuntos de genes co-expressos associados aos tratamentos (AOL e EGS), foi utilizado o pacote WGCNA (Weighted Correlation Network Analysis) do R, com dados de contagens de transcritos de 43 animais. Foram identificados 37 módulos, dentre eles, os módulos Azul, Verde-escuro e Salmon apresentaram correlação significativa de 0,3 com a EGS (P&lt;0,10). Os genes destes módulos foram selecionados para análise de enriquecimento funcional quando seus valores de filiação ao módulo foram superiores a 0,7. O módulo azul apresentou o maior número de genes co-expressos, com 953 genes submetidos à análise de enriquecimento funcional. Foram encontradas seis vias metabólicas e 101 termos do Gene Ontology para este módulo, conforme análise do DAVID, além de 108 processos biológicos identificados pelo BiNGO/REVIGO. Os resultados do presente estudo enfatizam a complexidade da regulação gênica do músculo LD de bovinos Nelore associado às características de AOL e EGS. Estes resultados nos auxiliam a compreender melhor os diversos processos moleculares envolvidos na deposição muscular e de gordura de cobertura, características de carcaça economicamente importantes para a produção da carne bovina. / The aim of this work was to study the Longissimus dorsi (LD) muscle transcriptome of Nellore cattle associated with ribeye area (REA) and backfat thickness (BFT) to find differentially expressed genes (DEG), coexpressed gene modules, metabolic pathways, and biological processes that regulate these traits. Data from 385 Nellore steers were used to obtain the phenotypic measures of REA and BFT, measured between the 12th and 13th ribs of the LD muscle. These animals were divided into two extreme groups, high and low, with six animals each, based on the estimated genomic breeding values (GEBV) for REA and for BFT. These sets of 12 animals were submitted to differentially expressed gene analysis to find DEG between the groups. Then, the functional enrichment analysis from the list of DEG was performed by DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) and the combination of BiNGO (Biological Networks Gene Ontology) and REVIGO (Reduce + Visualize Gene Ontology). For REA, 101 DEG were identified between the high and low GEBV groups. Of those, 72 genes were down-regulated and 29 up-regulated in the low group. For BFT, 18 DEG were found, of which thirteen were up-regulated and five were down-regulated in the low group. Among the metabolic pathways and biological processes found for these traits, the MAPK signaling pathway (bta04010) and the endocytosis pathway (bta04144) - for REA -, the androgen biosynthetic processes (GO: 0006702) and the canonical Wnt signaling pathway (GO: 0060070) - for EGS - can be highlighted. To find coexpressed gene modules associated with the traits (REA and BFT), we used the WGCNA (Weighted Correlation Network Analysis) package from R, with data from transcript counts of 43 animals. A total of 37 modules were founded. Among them, the Blue, Dark Green and Salmon modules had a significant correlation of 0.3 with BFT (P&lt;0.10). The genes of these modules were selected for functional enrichment analysis when their module membership values were higher than 0.7. The blue module had the highest number of co-expressed genes, with 953 genes submitted to functional enrichment analysis. Six metabolic pathways and 101 Gene Oontology terms were founded for this module by DAVID analysis, in addition, 108 biological processes were identified by BiNGO/REVIGO. The results of the present study emphasize the complexity of gene regulation in the LD muscle of Nellore cattle associated with REA and BFT. These results can help us to better understand the different molecular processes involved in muscle and fat deposition, which are economically important carcass traits for beef production.
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Terminação de novilhas em semiconfinamento com grão milho ou sorgo, inteiro ou moído

Souza, André Teles de 18 February 2016 (has links)
Com este trabalho objetivou-se avaliar as formas de processamento do milho e sorgo (inteiro ou moído) na suplementação em pastagem de capim mombaça (Panicum maximum) sobre o desempenho produtivo, perfil bioquímico sanguíneo e, características da carcaça e da carne de novilhas cruzadas, Angus x Nelore, terminadas em sistema de semiconfinamento na época seca do ano. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado em arranjo fatorial 2 x 2, (dois tipo de grão e duas formas de processamento dos grãos) com três repetições (cada repetição representada por um piquete com três novilhas) para as variáveis de desempenho e, nove repetições (cada repetição representada por uma novilha) para as característica da carcaça e da carne e, variáveis sanguíneas. Os concentrados foram formulados com milho ou sorgo, inteiro ou moído e um núcleo protéico-mineral-vitamínico (pellet) (Engordim®) em uma relação grão:pellet de 850:150 g/kg na matéria seca (MS). Foram utilizadas 36 novilhas, com idade média inicial de 13 meses e peso inicial de 277 kg. Os animais foram alimentados durante 77 dias, sendo 14 dias para adaptação e, mais três períodos de 21 dias para coleta de dados. Ao início do período experimental foi fornecido 220 g/kg de concentrado em relação ao peso vivo dos animais, e ajustado de acordo com as sobras. Os animais foram mantidos em piquetes, com disponibilidade média de 5.586 kg de MS/ha no momento da entrada no piquete. Com exceção do escore de condição corporal e luminosidade (L*), não houve interação (P>0,05) do tipo de grão e processamento para as variáveis, consumo, parâmetros sanguíneos e, características da carcaça e da carne. Maior consumo de nutrientes (P<0,05) foi observado para os animais que receberam sorgo no concentrado, com exceção do extrato etéreo (EE), que foi maior (P=0,001) para o milho. Em relação à forma de processamento, animais alimentados com grão na forma inteira tiveram maior consumo (P<0,05) de MS, FDN, CNF e, EE em g/kgPC, porém, essa diferença não promoveu melhor desempenho, com maior ganho médio diário (GMD) (P=0,004), eficiência alimentar (EA) (P=0,022), peso de carcaça quente (PCQ) (P=0,029) e rendimento de carcaça quente (RCQ) (0,010) para os animais que consumiram o grão na forma moída (1,70 contra 1,22 kg/dia), (0,23 contra 0,16 kg/kg), (198,17 contra 180,47 kg) e (52,03 contra 50,57 kg/100kgPC), respectivamente. O processamento do grão proporcionou maior produção por área (P=0,041), com média de 1488,8 kg/há. O escore de musculosidade (EM) e de condição corporal final (ECCf), seguiu o mesmo comportamento do GMD. Não houve influencia dos tratamentos sobre os parâmetros sanguíneos (P>0,05) apesar dos níveis de glicose e fosfatase alcalina estarem acima dos valores considerados normais para espécie bovina. As variáveis quantitativas da carcaça diferiram (P<0,05) em função do processamento dos grãos, sendo observado maior valor para os animais que consumiram concentrado com grão moído, exceto para espessura de gordura subcutânea (EGS) que se mostrou maior (P=0,048) na carcaça dos animais que consumiram grão inteiro. Não houve influência do tipo de grão e processamento (P>0,05) sobre o peso relativo a 100 kg de carcaça fria (CF) para os cortes primários. Os tratamentos não alteraram (P>0,05) as características que expressam desenvolvimento ósseo. Para a composição da carcaça houve influência do tipo de grão (P<0,05) no percentual de osso da carcaça dos animais que consumiram o grão inteiro, refletindo menor relação da porção comestível:osso (PC/O) e músculo:osso (M/O), independentemente da forma de processamento do grão. A luminosidade (L*) e cor avaliada de forma objetiva apresentaram interação significativa (P<0,05), porém as demais características avaliadas na carne não foram afetadas pelos tratamentos. Quando se utiliza concentrados com alta participação de grãos, o milho promove maior desempenho em relação ao sorgo. No entanto, para as características da carne e da carcaça o sorgo pode ser utilizado, pois não há alteração de suas características (P>0,05), exceto para EGS que foi maior quando se utilizou milho no concentrado. Os grãos devem ser fornecidos moídos por proporcionar melhor eficiência alimentar, desempenho e, características da carcaça e da carne. / This study aimed to assess two different forms of corn and sorghum (whole or ground) in supplementation in Mombaça grass pasture (Panicum maximum) on productive performance, blood parameters, carcass characteristics and meat of crossbred heifers Angus x Nellore finished in semi-confinement system in the dry season. The experimental design was completely randomized in a factorial arrangement 2 x 2 (two kinds of grain and two different of presentation of the grains) with three repetitions (each repetition represented by a paddocks with three heifers) for performance variables and nine repetitions (each repetition represented by a heifer) for blood variables and carcass and meat characteristics. The concentrates were formulated with corn or sorghum, whole or ground, and protein supplement (pellet) (Engordim®) in a ratio grain:pellet of 850:150 g/kg dry matter (DM). Thirty-six heifers, with average initial age of 13 months and initial weight of 277 kg were used. The animals were fed for 77 days, 14 days for adaptation and three periods of 21 days for data collection. At the beginning of the trial was provided 220 g/kg of concentrate in relation to the live weight of the animals, and adjusted according to the orts, which were kept in paddocks, with average availability of 5586 kg DM/ha at the time of entry animals in the paddock. With the exception of body condition score, and lightness (L *) and color evaluated subjectively, there was no interaction (P> 0.05) of the type of grain and processing for variable consumption, blood parameters and carcass characteristics and meat. Greater nutrient intake (P> 0.05) was observed for animals that received sorghum in the concentrate, with the exception of ether extract (EE), which was higher for corn, explained by nutrient fact be at a higher concentration in the sorghum. Regarding the form of presentation, animals fed grain in the whole form had higher consumption (P> 0.05) of DM, NDF, NFC and EE in g / kgPC, but this difference did not promote better performance with higher average daily gain (ADG) and feed efficiency (EA) for the animals that consumed the corn in the ground form (1.70 vs 1.22 kg/day) and (0.23 vs 0.16 kg/kg), respectively. The muscularity score (MS) and final body condition (ECCF), followed the same behavior of GMD. The muscularity score (MS) and final body condition (ECCF), followed the same GMD behavior. There was no influence of treatments on blood parameters (P> 0.05) despite the glucose and alkaline phosphatase levels are above normal values to bovine species. The quantitative variables differ (P <0.05) in function of the form of presentation of the grains, with higher values for animals fed concentrate with ground grain, except for subcutaneous fat thickness (SFT) which was higher to the animals fed whole grain. There was no influence of the type of grain and processing (P> 0.05) on the relative weight of 100 kg of cold carcass (CC) for primary cuts. The treatments did not affect (P> 0.05) the characteristics that express bone development. For the carcass composition was influence of type of grain (P> 0.05) to the bone percentage in the carcass from animals fed whole grain, reflecting lower ratio of edible portion: bone (EP/B) and muscle:bone (M/B), regardless of the form of presentation. The lightness (L *) and color evaluated subjectively had interaction, but the other characteristics evaluated in meat were not affected by treatments. The corn is indicated for use in concentrate with high participation of grain compared to sorghum, for giving greater weight gain. However, the use of sorghum does not change carcass characteristics and meat, except for the thickness of subcutaneous fat. When using corn or sorghum, they maybe be provided ground for providing better feed efficiency, performance, carcass characteristics and meat.
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Estimativa de parâmetros genéticos para características de carcaça avaliadas por ultrassom, com ênfase na gordura intramuscular, em bovinos Nelore / Estimation of genetic parameters for carcass traits measured by ultrasound, with emphasis on intramuscular fat, in Nellore

Matarim, Danielle Leal 07 July 2015 (has links)
Este trabalho foi desenvolvido visando a estimativa de parâmetros genéticos para características de carcaça obtidas por ultrassonografia em bovinos da raça Nelore. Foram analisadas as informações de 13.256 animais, machos e fêmeas, com idade entre 10 e 25 meses, provenientes de cinco propriedades distintas, pertencentes ao programa de melhoramento genético da Associação Nacional de Criadores e Produtores (ANCP). As características de carcaça avaliadas por ultrassonografia foram área de olho de lombo (AOL), espessura de gordura subcutânea (EGS), espessura de gordura na garupa (EGG), percentagem de gordura intramuscular (PGIM), além do peso na data da avaliação e das estimativas do peso e da percentagem da porção comestível (PESPC e PERPC, respectivamente). Foram estimadas a herdabilidade, correlações genéticas e fenotípicas, além da tendência genética observada no período avaliado. As herdabilidades observadas foram de moderada magnitude (0,18 a 0,37), suportando a recomendação de seleção para as características de carcaça. As correlações da gordura intramuscular com as demais variáveis foram, em sua maioria, próximas de zero, com exceção para as correlações com a área de olho de lombo e com o peso da porção comestível, cujos valores negativos devem ser considerados nos critérios de seleção. O efeito da idade sob as características permite afirmar que as avaliações por ultrassonografia podem ser obtidas em idade precoce. Os resultados indicaram ainda que a inclusão das DEPs de carcaça tem proporcionado melhorias na área de olho de lombo e nas espessuras de gordura, no entanto a percentagem da gordura intramuscular e o rendimento dos cortes cárneos não apresentaram progresso uniforme na população e período avaliados. / This work was developed aiming to estimate genetic parameters for carcass traits obtained by ultrasound in Nelore cattle. The information of 13,256 animals were analyzed, male and female, with ages between 10 and 25 months, from five distinct properties, belonging to the genetic improvement program of the Associação Nacional de Criadores e Produtores (ANCP). The carcass characteristics evaluated by ultrasonography were: rib eye area (REA), subcutaneous back fat thickness (BF), rump fat thickness (RF), percentage of intramuscular fat (IMF), also the weight on the valuation date, estimates of weight and percentage of retail product. Heritability, genetic and phenotypic correlations were estimated, in addition to the genetic tendency observed during the study period. Observed heritability had moderate magnitude (0,18 to 0,37), corroborating the selection recommendation for carcass traits. The percentage of intramuscular fat correlations with other features were mostly close to zero, except for correlations with the loin eye area and the weight of retail product, whose negative values should be considered in the selection criteria. The effect of age on the observed features suggest that the ultrasound evaluation can be held at an early age. The results also indicated that the inclusion of expected progeny differences (EPDs) has provided improvements in REA and BF, however the intramuscular fat and yield of meat cuts showed no uniform progress in the population and the evaluated period.
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Validação do escore de condição corporal e seu impacto na eficiência reprodutiva de vacas Nelore (Bos indicus) inseminadas em tempo fixo / Validation of body condition score and its impact on reproductive efficiency of Nelore (Bos indicus) cows fixed-time inseminated

Henderson Ayres 25 June 2008 (has links)
A presente dissertação foi dividida em 2 Capítulos. O objetivo do Capítulo 1 foi determinar a relação entre as variáveis: peso vivo (PV), avaliação do escore de condição corporal (ECC) e espessura da gordura subcutânea na garupa (EGPU) mensurada por ultra-sonografia. 266 vacas Nelores foram avaliadas quanto ao ECC, a EGPU e PV, em cinco momentos distintos: M1) no momento da desmame; M2) ao parto, M3) no dia da sincronização; M4) aos 82 dias e M5) aos 112 dias pós-parto. Foi atribuído um ECC para cada vaca na escala 1 a 5 (MACIEL, 2006). Para a obtenção das imagens ultra-sonográficas para mensuração EGPU, foi utilizado um transdutor linear com freqüência de 3,5 MHz. As imagens ultra-sonográficas obtidas foram congeladas e imediatamente analisadas. As relações entre ECC e as mensurações de EGPU foram investigadas utilizando modelos de regressão. Para a análise de semelhança entre os cinco modelos foi utilizado o proc MIXED do SAS. As correlações entre variáveis foram analisadas com o proc CORR do SAS. O ECC foi capaz de predizer a EGPU de vacas Nelores em diferentes momentos do ciclo de criação. Ainda, foi demonstrado que o ECC apresentou alta correlação (r = 0,82 a 0,93) e relação (R2 = 0,73 a 0,92) com a EGPU. Porém, tanto o ECC, quanto a EGPU apresentam baixa correlação e baixíssima relação com o peso. No Capítulo2, o objetivo foi determinar o impacto do ECC, da EGPU, do PV e de suas variações nos 5 momentos descritos acima na eficiência reprodutiva (ER) de vacas Nelore submetidas à IATF e repasse com o touro e determinar o(s) momento(s) de avaliação com maior impacto na ER. Foram utilizados os mesmas animais do Capítulo 1. No dia 0, todos os animais receberam implante auricular de Norgestomet, reutilizado e a aplicação de 2,0 mg de benzoato de estradiol (D42). Oito dias após (D50), os implantes foram retirados e foi administrado 400 UI de eCG e PGF. No dia seguinte (D51), foi administrado 1,0 mg de Benzoato de estradiol. Os animais foram inseminados 56 horas após a retirada do implante (D52). Após 10 dias da inseminação, houve a introdução de touros. O diagnóstico de gestação foi realizado aos 30 e 60 dias após à IATF. Os animais foram avaliados quanto ao PV, ECC e EGPU com a mesma metodologia do Capítulo 1. A ER foi avaliada pela taxa de concepção à IATF aos 82 e aos 112 dias pós-parto e a taxa de prenhez acumulada até 82 dias pós-parto. Os dados binomiais foram analizados com o proc GLIMMIX do SAS. Os modelos de regressão foram gerados através do Guide Data Analysis do SAS. As correlações entre variáveis foram analisadas com o proc CORR do SAS. Os resultados apontam que vacas com maior ECC, EGPU e ganho destas medidas entre desmame-parto apresentaram melhor ER e a avaliação do peso apresentou baixa correlação com a ER. Porém, a menor perda de ECC e gordura subcutânea entre parto-sincronização não melhorou a ER. Avaliação do ECC e a EGPU no momento do parto demonstraram ter o maior impacto na ER de vacas Nelore submetidas à IATF e repasse com touro. Porém, mais estudos são necessários para confirmar os dados deste estudo. / The present study was divided in two Chapters. The objective of the first Chapter was to determine the relationship among the variables: body weight (BW), body condition score (BCS) and back fat thickness (BFT), measured by ultrasonography. Two hundred and six Nelore cows had their BW, BCS and BFT evaluated at five different moments: M1) weaning; M2) parturition, M3) synchronization; M4) 82 days post-partum and M5) 112 days post-partum. A BCS value was attributed for each cow following a 1 to 5 points scale (MACIEL, 2006). Ultrasound images for BFT measurement were obtained using a 3.5 MHz linear transducer. Images were immediately analyzed as soon as they were formed and frozen. The relationship between BCS and BFT values was investigated by regression models. The analysis of similarity among the five obtained models was performed using the proc MIXED from SAS and the correlations among variables were analyzed with proc CORR from SAS. The BCS was able to predict BFT in Nelore cows in all different moments evaluated. Also, it was shown that BCS presented high correlation (r = 0.82 to 0.93) and relationship (R2 = 0.73 to 0.92) with BFT. However, both BCS and BFT showed poor correlation and extremely pour relationship with BW. On Chapter 2, the objective of the study was to determine the impact of BCS, BFT and BW, and their variations in that five previously cited moments, on reproductive efficiency (RE) of Nelore cows submitted to FTAI followed by exposition to clean-up bulls. Also, this work aimed to determine the moment(s) of evaluation that presented greater impact on RE. The same animals used on Chapter 1 were used here. All animals received a norgestomet ear implant (previously used for 9 days) associated to 2.0 mg of estradiol benzoate (D42). Eight days after (D50), the implants were removed and 400 IU of eCG plus PGF were administered. On the following day (D51), cows received 1.0 mg of estradiol benzoate and all animals were inseminated 56 hours after implant withdrawal (D52). Ten days after insemination females were exposed to clean-up bulls. Pregnancy diagnosis was performed 30 and 60 days post-FTAI. All animals had their BW, BCS and BFT measured using the same methods described on Chapter 1. Reproductive efficiency was evaluated considering pregnancy per AI at 82 and 112 days post-partum and cumulative pregnancy until 82 days post-partum. Binomial data were analyzed using the proc GLIMMIX from SAS, regression models were generated via Guide Data Analysis from SAS, and correlations among variables were analyzed with proc CORR from SAS. The obtained results evidenced that cows with higher BCS and BFT and greater gain of these measures during the interval weaning-partum presented better RE. However, the decreased loss of BCS and BFT between parturition and synchronization did not increase the RE. Also, BW evaluation showed poor correlation with RE. The evaluation of BCS and BFT at partum demonstrated that these parameters had great impact on RE of Nelore cows submitted to FTAI followed exposition to bulls. However, more studies are demanded in order to reaffirm the results obtained in this particular study.

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