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Características de carcaça e rendimento de cortes comerciais de bovinos Nelore confinados, imunocastrados e suplementados com beta-agonistas / Carcass traits and yield of retail cuts of Nellore beef cattle, immunocastrated supplemented with beta-agonists

Brigida, Delaila Juliana 10 July 2014 (has links)
Esta pesquisa teve como objetivo avaliar os efeitos da imunocastração e de diferentes beta-agonistas (BAA) sobre características de carcaça e rendimento dos cortes comerciais, de animais machos da raça Nelore, terminados em confinamento. Foram avaliados 96 bovinos, divididos em dois grupos, imunocastrados e não-castrados. Após 70 dias de confinamento, os animais foram divididos em três grupos e alimentados com uma das seguintes dietas: CON - dieta padrão, sem a adição de BAA; ZIL - dieta padrão acrescida Cloridrato de Zilpaterol (80 mg/animal/dia) e RAC - dieta padrão acrescida Cloridrato de Ractopamina (300 mg/animal/dia). Após 24 horas de resfriamento, foram obtidos o peso da carcaça fria (PCF) e rendimento de carcaça fria (RCF), além das perdas por refrigeração (PR). Em seguida foram obtidos os pesos e as percentagens do dianteiro, traseiro pistola e ponta de agulha de cada um dos cortes individuais e do total da porção comestível. Não houve interação entre a condição sexual e os tratamentos. Não houve efeito da condição sexual e de BAA sobre o PCF, PR e EGS, entretanto, animais do tratamento ZIL apresentaram maior RCF em comparação ao CON e RAC, que não diferiram entre si. Animais não castrados apresentaram maior peso dos cortes primários e dos cortes individuais. Com relação aos BAA, os maiores pesos e percentagens de cortes primários e individuais foram observados para o tratamento ZIL em comparação ao CON. O tratamento RAC apresentou valores intermediários em relação aos demais. Os BAA aumentam o peso e a percentagem dos cortes das carcaças em relação a animais sem BAA. / This research aimed to evaluate the effects of different immunocastration and beta-agonists on carcass traits of male Nellore, finished in feedlot. Evaluated 96 cattle and divided in two groups, non-castrated e immunocastrated. After 70 days of feedlot, the animals were divided into three groups and fed one of the following diets: STD - standard diet used, without addiction of BAA; ZIL - standard diet plus zilpaterol hydrochloride (80 mg/animal/day) e RAC - standard diet plus ractopamine hydrochloride (300 mg/animal/day). After 48 hours of cooling, the cold carcass weight (CCW) and cold dressing percentage (CDP) were obtained, in addition to cooling losses (CL) and subcutaneous fat thickness (SFT). Then the weights and percentages of the forequarter, hindquarter and side cut of each of the individual sections and the total edible portion were obtained. There was no interaction between sex condition and treatments. No effect of sex condition and BAA about the CCW, CL and SFT, however, the animals of ZIL treatment showed higher CDP compared to STD and RAC, which did not differ. Uncastrated animals showed greater weight of primal cuts and individual cuts. With respect to the BAA, the higher weight percentages of primary and individual sections were observed for treatment ZIL compared to CON. The RAC treatment showed intermediate values in relation to others. The BAA increases the weight and the proportion of the carcass cuts compared to animals without BAA.
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Validação do escore de condição corporal e seu impacto na eficiência reprodutiva de vacas Nelore (Bos indicus) inseminadas em tempo fixo / Validation of body condition score and its impact on reproductive efficiency of Nelore (Bos indicus) cows fixed-time inseminated

Ayres, Henderson 25 June 2008 (has links)
A presente dissertação foi dividida em 2 Capítulos. O objetivo do Capítulo 1 foi determinar a relação entre as variáveis: peso vivo (PV), avaliação do escore de condição corporal (ECC) e espessura da gordura subcutânea na garupa (EGPU) mensurada por ultra-sonografia. 266 vacas Nelores foram avaliadas quanto ao ECC, a EGPU e PV, em cinco momentos distintos: M1) no momento da desmame; M2) ao parto, M3) no dia da sincronização; M4) aos 82 dias e M5) aos 112 dias pós-parto. Foi atribuído um ECC para cada vaca na escala 1 a 5 (MACIEL, 2006). Para a obtenção das imagens ultra-sonográficas para mensuração EGPU, foi utilizado um transdutor linear com freqüência de 3,5 MHz. As imagens ultra-sonográficas obtidas foram congeladas e imediatamente analisadas. As relações entre ECC e as mensurações de EGPU foram investigadas utilizando modelos de regressão. Para a análise de semelhança entre os cinco modelos foi utilizado o proc MIXED do SAS. As correlações entre variáveis foram analisadas com o proc CORR do SAS. O ECC foi capaz de predizer a EGPU de vacas Nelores em diferentes momentos do ciclo de criação. Ainda, foi demonstrado que o ECC apresentou alta correlação (r = 0,82 a 0,93) e relação (R2 = 0,73 a 0,92) com a EGPU. Porém, tanto o ECC, quanto a EGPU apresentam baixa correlação e baixíssima relação com o peso. No Capítulo2, o objetivo foi determinar o impacto do ECC, da EGPU, do PV e de suas variações nos 5 momentos descritos acima na eficiência reprodutiva (ER) de vacas Nelore submetidas à IATF e repasse com o touro e determinar o(s) momento(s) de avaliação com maior impacto na ER. Foram utilizados os mesmas animais do Capítulo 1. No dia 0, todos os animais receberam implante auricular de Norgestomet, reutilizado e a aplicação de 2,0 mg de benzoato de estradiol (D42). Oito dias após (D50), os implantes foram retirados e foi administrado 400 UI de eCG e PGF. No dia seguinte (D51), foi administrado 1,0 mg de Benzoato de estradiol. Os animais foram inseminados 56 horas após a retirada do implante (D52). Após 10 dias da inseminação, houve a introdução de touros. O diagnóstico de gestação foi realizado aos 30 e 60 dias após à IATF. Os animais foram avaliados quanto ao PV, ECC e EGPU com a mesma metodologia do Capítulo 1. A ER foi avaliada pela taxa de concepção à IATF aos 82 e aos 112 dias pós-parto e a taxa de prenhez acumulada até 82 dias pós-parto. Os dados binomiais foram analizados com o proc GLIMMIX do SAS. Os modelos de regressão foram gerados através do Guide Data Analysis do SAS. As correlações entre variáveis foram analisadas com o proc CORR do SAS. Os resultados apontam que vacas com maior ECC, EGPU e ganho destas medidas entre desmame-parto apresentaram melhor ER e a avaliação do peso apresentou baixa correlação com a ER. Porém, a menor perda de ECC e gordura subcutânea entre parto-sincronização não melhorou a ER. Avaliação do ECC e a EGPU no momento do parto demonstraram ter o maior impacto na ER de vacas Nelore submetidas à IATF e repasse com touro. Porém, mais estudos são necessários para confirmar os dados deste estudo. / The present study was divided in two Chapters. The objective of the first Chapter was to determine the relationship among the variables: body weight (BW), body condition score (BCS) and back fat thickness (BFT), measured by ultrasonography. Two hundred and six Nelore cows had their BW, BCS and BFT evaluated at five different moments: M1) weaning; M2) parturition, M3) synchronization; M4) 82 days post-partum and M5) 112 days post-partum. A BCS value was attributed for each cow following a 1 to 5 points scale (MACIEL, 2006). Ultrasound images for BFT measurement were obtained using a 3.5 MHz linear transducer. Images were immediately analyzed as soon as they were formed and frozen. The relationship between BCS and BFT values was investigated by regression models. The analysis of similarity among the five obtained models was performed using the proc MIXED from SAS and the correlations among variables were analyzed with proc CORR from SAS. The BCS was able to predict BFT in Nelore cows in all different moments evaluated. Also, it was shown that BCS presented high correlation (r = 0.82 to 0.93) and relationship (R2 = 0.73 to 0.92) with BFT. However, both BCS and BFT showed poor correlation and extremely pour relationship with BW. On Chapter 2, the objective of the study was to determine the impact of BCS, BFT and BW, and their variations in that five previously cited moments, on reproductive efficiency (RE) of Nelore cows submitted to FTAI followed by exposition to clean-up bulls. Also, this work aimed to determine the moment(s) of evaluation that presented greater impact on RE. The same animals used on Chapter 1 were used here. All animals received a norgestomet ear implant (previously used for 9 days) associated to 2.0 mg of estradiol benzoate (D42). Eight days after (D50), the implants were removed and 400 IU of eCG plus PGF were administered. On the following day (D51), cows received 1.0 mg of estradiol benzoate and all animals were inseminated 56 hours after implant withdrawal (D52). Ten days after insemination females were exposed to clean-up bulls. Pregnancy diagnosis was performed 30 and 60 days post-FTAI. All animals had their BW, BCS and BFT measured using the same methods described on Chapter 1. Reproductive efficiency was evaluated considering pregnancy per AI at 82 and 112 days post-partum and cumulative pregnancy until 82 days post-partum. Binomial data were analyzed using the proc GLIMMIX from SAS, regression models were generated via Guide Data Analysis from SAS, and correlations among variables were analyzed with proc CORR from SAS. The obtained results evidenced that cows with higher BCS and BFT and greater gain of these measures during the interval weaning-partum presented better RE. However, the decreased loss of BCS and BFT between parturition and synchronization did not increase the RE. Also, BW evaluation showed poor correlation with RE. The evaluation of BCS and BFT at partum demonstrated that these parameters had great impact on RE of Nelore cows submitted to FTAI followed exposition to bulls. However, more studies are demanded in order to reaffirm the results obtained in this particular study.
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Transcriptoma comparativo e redes de co-expressão gênica associados a características de carcaça de bovinos Nelore / Comparative transcriptome and gene co-expression networks associated with carcass traits of Nellore cattle

Vignato, Bárbara Silva 31 March 2017 (has links)
O objetivo deste trabalho foi estudar o transcriptoma do músculo Longissimus dorsi (LD) de bovinos da raça Nelore associado as características de área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS), a fim de encontrar genes diferencialmente expressos (GDE), conjuntos de genes co-expressos, vias metabólicas e processos biológicos que regulam essas características. Foram utilizados dados de 385 bovinos Nelore castrados para obtenção das medidas fenotípicas de AOL e EGS, mensuradas entre a 12ª e 13ª costelas do músculo LD. Estes animais foram separados em dois grupos extremos, alto e baixo, contendo seis animais cada, baseados nos valores genômicos estimados (GEBV), para AOL e para EGS. Estes conjuntos de 12 animais foram submetidos à análise de expressão diferencial afim de encontrar GDE entre os grupos. Em seguida, a análise de enriquecimento funcional a partir da lista de GDE foi executada por meio do DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) e da combinação do BiNGO (Biological Networks Gene Ontology) e REVIGO (Reduce + Visualise Gene Ontology). Para AOL, foram identificados 101 GDE entre os grupos de alto e baixo GEBV. Desses, 72 genes apresentaram-se down-regulated e 29 up-regulated no grupo baixo. Para EGS, foram encontrados 18 GDE, dos quais treze apresentaram-se up-regulated e cinco down-regulated no grupo baixo. Dentre as vias metabólicas e processos biológicos encontrados para essas características, destacam-se a via de sinalização MAPK (bta04010) e a via da endocitose (bta04144) - AOL - e, os processos de biossíntese de andrógenos (GO:0006702) e via de sinalização canônica Wnt (GO:0060070) - EGS. Para encontrar conjuntos de genes co-expressos associados aos tratamentos (AOL e EGS), foi utilizado o pacote WGCNA (Weighted Correlation Network Analysis) do R, com dados de contagens de transcritos de 43 animais. Foram identificados 37 módulos, dentre eles, os módulos Azul, Verde-escuro e Salmon apresentaram correlação significativa de 0,3 com a EGS (P<0,10). Os genes destes módulos foram selecionados para análise de enriquecimento funcional quando seus valores de filiação ao módulo foram superiores a 0,7. O módulo azul apresentou o maior número de genes co-expressos, com 953 genes submetidos à análise de enriquecimento funcional. Foram encontradas seis vias metabólicas e 101 termos do Gene Ontology para este módulo, conforme análise do DAVID, além de 108 processos biológicos identificados pelo BiNGO/REVIGO. Os resultados do presente estudo enfatizam a complexidade da regulação gênica do músculo LD de bovinos Nelore associado às características de AOL e EGS. Estes resultados nos auxiliam a compreender melhor os diversos processos moleculares envolvidos na deposição muscular e de gordura de cobertura, características de carcaça economicamente importantes para a produção da carne bovina. / The aim of this work was to study the Longissimus dorsi (LD) muscle transcriptome of Nellore cattle associated with ribeye area (REA) and backfat thickness (BFT) to find differentially expressed genes (DEG), coexpressed gene modules, metabolic pathways, and biological processes that regulate these traits. Data from 385 Nellore steers were used to obtain the phenotypic measures of REA and BFT, measured between the 12th and 13th ribs of the LD muscle. These animals were divided into two extreme groups, high and low, with six animals each, based on the estimated genomic breeding values (GEBV) for REA and for BFT. These sets of 12 animals were submitted to differentially expressed gene analysis to find DEG between the groups. Then, the functional enrichment analysis from the list of DEG was performed by DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) and the combination of BiNGO (Biological Networks Gene Ontology) and REVIGO (Reduce + Visualize Gene Ontology). For REA, 101 DEG were identified between the high and low GEBV groups. Of those, 72 genes were down-regulated and 29 up-regulated in the low group. For BFT, 18 DEG were found, of which thirteen were up-regulated and five were down-regulated in the low group. Among the metabolic pathways and biological processes found for these traits, the MAPK signaling pathway (bta04010) and the endocytosis pathway (bta04144) - for REA -, the androgen biosynthetic processes (GO: 0006702) and the canonical Wnt signaling pathway (GO: 0060070) - for EGS - can be highlighted. To find coexpressed gene modules associated with the traits (REA and BFT), we used the WGCNA (Weighted Correlation Network Analysis) package from R, with data from transcript counts of 43 animals. A total of 37 modules were founded. Among them, the Blue, Dark Green and Salmon modules had a significant correlation of 0.3 with BFT (P<0.10). The genes of these modules were selected for functional enrichment analysis when their module membership values were higher than 0.7. The blue module had the highest number of co-expressed genes, with 953 genes submitted to functional enrichment analysis. Six metabolic pathways and 101 Gene Oontology terms were founded for this module by DAVID analysis, in addition, 108 biological processes were identified by BiNGO/REVIGO. The results of the present study emphasize the complexity of gene regulation in the LD muscle of Nellore cattle associated with REA and BFT. These results can help us to better understand the different molecular processes involved in muscle and fat deposition, which are economically important carcass traits for beef production.
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Validação do escore de condição corporal e seu impacto na eficiência reprodutiva de vacas Nelore (Bos indicus) inseminadas em tempo fixo / Validation of body condition score and its impact on reproductive efficiency of Nelore (Bos indicus) cows fixed-time inseminated

Henderson Ayres 25 June 2008 (has links)
A presente dissertação foi dividida em 2 Capítulos. O objetivo do Capítulo 1 foi determinar a relação entre as variáveis: peso vivo (PV), avaliação do escore de condição corporal (ECC) e espessura da gordura subcutânea na garupa (EGPU) mensurada por ultra-sonografia. 266 vacas Nelores foram avaliadas quanto ao ECC, a EGPU e PV, em cinco momentos distintos: M1) no momento da desmame; M2) ao parto, M3) no dia da sincronização; M4) aos 82 dias e M5) aos 112 dias pós-parto. Foi atribuído um ECC para cada vaca na escala 1 a 5 (MACIEL, 2006). Para a obtenção das imagens ultra-sonográficas para mensuração EGPU, foi utilizado um transdutor linear com freqüência de 3,5 MHz. As imagens ultra-sonográficas obtidas foram congeladas e imediatamente analisadas. As relações entre ECC e as mensurações de EGPU foram investigadas utilizando modelos de regressão. Para a análise de semelhança entre os cinco modelos foi utilizado o proc MIXED do SAS. As correlações entre variáveis foram analisadas com o proc CORR do SAS. O ECC foi capaz de predizer a EGPU de vacas Nelores em diferentes momentos do ciclo de criação. Ainda, foi demonstrado que o ECC apresentou alta correlação (r = 0,82 a 0,93) e relação (R2 = 0,73 a 0,92) com a EGPU. Porém, tanto o ECC, quanto a EGPU apresentam baixa correlação e baixíssima relação com o peso. No Capítulo2, o objetivo foi determinar o impacto do ECC, da EGPU, do PV e de suas variações nos 5 momentos descritos acima na eficiência reprodutiva (ER) de vacas Nelore submetidas à IATF e repasse com o touro e determinar o(s) momento(s) de avaliação com maior impacto na ER. Foram utilizados os mesmas animais do Capítulo 1. No dia 0, todos os animais receberam implante auricular de Norgestomet, reutilizado e a aplicação de 2,0 mg de benzoato de estradiol (D42). Oito dias após (D50), os implantes foram retirados e foi administrado 400 UI de eCG e PGF. No dia seguinte (D51), foi administrado 1,0 mg de Benzoato de estradiol. Os animais foram inseminados 56 horas após a retirada do implante (D52). Após 10 dias da inseminação, houve a introdução de touros. O diagnóstico de gestação foi realizado aos 30 e 60 dias após à IATF. Os animais foram avaliados quanto ao PV, ECC e EGPU com a mesma metodologia do Capítulo 1. A ER foi avaliada pela taxa de concepção à IATF aos 82 e aos 112 dias pós-parto e a taxa de prenhez acumulada até 82 dias pós-parto. Os dados binomiais foram analizados com o proc GLIMMIX do SAS. Os modelos de regressão foram gerados através do Guide Data Analysis do SAS. As correlações entre variáveis foram analisadas com o proc CORR do SAS. Os resultados apontam que vacas com maior ECC, EGPU e ganho destas medidas entre desmame-parto apresentaram melhor ER e a avaliação do peso apresentou baixa correlação com a ER. Porém, a menor perda de ECC e gordura subcutânea entre parto-sincronização não melhorou a ER. Avaliação do ECC e a EGPU no momento do parto demonstraram ter o maior impacto na ER de vacas Nelore submetidas à IATF e repasse com touro. Porém, mais estudos são necessários para confirmar os dados deste estudo. / The present study was divided in two Chapters. The objective of the first Chapter was to determine the relationship among the variables: body weight (BW), body condition score (BCS) and back fat thickness (BFT), measured by ultrasonography. Two hundred and six Nelore cows had their BW, BCS and BFT evaluated at five different moments: M1) weaning; M2) parturition, M3) synchronization; M4) 82 days post-partum and M5) 112 days post-partum. A BCS value was attributed for each cow following a 1 to 5 points scale (MACIEL, 2006). Ultrasound images for BFT measurement were obtained using a 3.5 MHz linear transducer. Images were immediately analyzed as soon as they were formed and frozen. The relationship between BCS and BFT values was investigated by regression models. The analysis of similarity among the five obtained models was performed using the proc MIXED from SAS and the correlations among variables were analyzed with proc CORR from SAS. The BCS was able to predict BFT in Nelore cows in all different moments evaluated. Also, it was shown that BCS presented high correlation (r = 0.82 to 0.93) and relationship (R2 = 0.73 to 0.92) with BFT. However, both BCS and BFT showed poor correlation and extremely pour relationship with BW. On Chapter 2, the objective of the study was to determine the impact of BCS, BFT and BW, and their variations in that five previously cited moments, on reproductive efficiency (RE) of Nelore cows submitted to FTAI followed by exposition to clean-up bulls. Also, this work aimed to determine the moment(s) of evaluation that presented greater impact on RE. The same animals used on Chapter 1 were used here. All animals received a norgestomet ear implant (previously used for 9 days) associated to 2.0 mg of estradiol benzoate (D42). Eight days after (D50), the implants were removed and 400 IU of eCG plus PGF were administered. On the following day (D51), cows received 1.0 mg of estradiol benzoate and all animals were inseminated 56 hours after implant withdrawal (D52). Ten days after insemination females were exposed to clean-up bulls. Pregnancy diagnosis was performed 30 and 60 days post-FTAI. All animals had their BW, BCS and BFT measured using the same methods described on Chapter 1. Reproductive efficiency was evaluated considering pregnancy per AI at 82 and 112 days post-partum and cumulative pregnancy until 82 days post-partum. Binomial data were analyzed using the proc GLIMMIX from SAS, regression models were generated via Guide Data Analysis from SAS, and correlations among variables were analyzed with proc CORR from SAS. The obtained results evidenced that cows with higher BCS and BFT and greater gain of these measures during the interval weaning-partum presented better RE. However, the decreased loss of BCS and BFT between parturition and synchronization did not increase the RE. Also, BW evaluation showed poor correlation with RE. The evaluation of BCS and BFT at partum demonstrated that these parameters had great impact on RE of Nelore cows submitted to FTAI followed exposition to bulls. However, more studies are demanded in order to reaffirm the results obtained in this particular study.
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Transcriptoma comparativo e redes de co-expressão gênica associados a características de carcaça de bovinos Nelore / Comparative transcriptome and gene co-expression networks associated with carcass traits of Nellore cattle

Bárbara Silva Vignato 31 March 2017 (has links)
O objetivo deste trabalho foi estudar o transcriptoma do músculo Longissimus dorsi (LD) de bovinos da raça Nelore associado as características de área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS), a fim de encontrar genes diferencialmente expressos (GDE), conjuntos de genes co-expressos, vias metabólicas e processos biológicos que regulam essas características. Foram utilizados dados de 385 bovinos Nelore castrados para obtenção das medidas fenotípicas de AOL e EGS, mensuradas entre a 12ª e 13ª costelas do músculo LD. Estes animais foram separados em dois grupos extremos, alto e baixo, contendo seis animais cada, baseados nos valores genômicos estimados (GEBV), para AOL e para EGS. Estes conjuntos de 12 animais foram submetidos à análise de expressão diferencial afim de encontrar GDE entre os grupos. Em seguida, a análise de enriquecimento funcional a partir da lista de GDE foi executada por meio do DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) e da combinação do BiNGO (Biological Networks Gene Ontology) e REVIGO (Reduce + Visualise Gene Ontology). Para AOL, foram identificados 101 GDE entre os grupos de alto e baixo GEBV. Desses, 72 genes apresentaram-se down-regulated e 29 up-regulated no grupo baixo. Para EGS, foram encontrados 18 GDE, dos quais treze apresentaram-se up-regulated e cinco down-regulated no grupo baixo. Dentre as vias metabólicas e processos biológicos encontrados para essas características, destacam-se a via de sinalização MAPK (bta04010) e a via da endocitose (bta04144) - AOL - e, os processos de biossíntese de andrógenos (GO:0006702) e via de sinalização canônica Wnt (GO:0060070) - EGS. Para encontrar conjuntos de genes co-expressos associados aos tratamentos (AOL e EGS), foi utilizado o pacote WGCNA (Weighted Correlation Network Analysis) do R, com dados de contagens de transcritos de 43 animais. Foram identificados 37 módulos, dentre eles, os módulos Azul, Verde-escuro e Salmon apresentaram correlação significativa de 0,3 com a EGS (P<0,10). Os genes destes módulos foram selecionados para análise de enriquecimento funcional quando seus valores de filiação ao módulo foram superiores a 0,7. O módulo azul apresentou o maior número de genes co-expressos, com 953 genes submetidos à análise de enriquecimento funcional. Foram encontradas seis vias metabólicas e 101 termos do Gene Ontology para este módulo, conforme análise do DAVID, além de 108 processos biológicos identificados pelo BiNGO/REVIGO. Os resultados do presente estudo enfatizam a complexidade da regulação gênica do músculo LD de bovinos Nelore associado às características de AOL e EGS. Estes resultados nos auxiliam a compreender melhor os diversos processos moleculares envolvidos na deposição muscular e de gordura de cobertura, características de carcaça economicamente importantes para a produção da carne bovina. / The aim of this work was to study the Longissimus dorsi (LD) muscle transcriptome of Nellore cattle associated with ribeye area (REA) and backfat thickness (BFT) to find differentially expressed genes (DEG), coexpressed gene modules, metabolic pathways, and biological processes that regulate these traits. Data from 385 Nellore steers were used to obtain the phenotypic measures of REA and BFT, measured between the 12th and 13th ribs of the LD muscle. These animals were divided into two extreme groups, high and low, with six animals each, based on the estimated genomic breeding values (GEBV) for REA and for BFT. These sets of 12 animals were submitted to differentially expressed gene analysis to find DEG between the groups. Then, the functional enrichment analysis from the list of DEG was performed by DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) and the combination of BiNGO (Biological Networks Gene Ontology) and REVIGO (Reduce + Visualize Gene Ontology). For REA, 101 DEG were identified between the high and low GEBV groups. Of those, 72 genes were down-regulated and 29 up-regulated in the low group. For BFT, 18 DEG were found, of which thirteen were up-regulated and five were down-regulated in the low group. Among the metabolic pathways and biological processes found for these traits, the MAPK signaling pathway (bta04010) and the endocytosis pathway (bta04144) - for REA -, the androgen biosynthetic processes (GO: 0006702) and the canonical Wnt signaling pathway (GO: 0060070) - for EGS - can be highlighted. To find coexpressed gene modules associated with the traits (REA and BFT), we used the WGCNA (Weighted Correlation Network Analysis) package from R, with data from transcript counts of 43 animals. A total of 37 modules were founded. Among them, the Blue, Dark Green and Salmon modules had a significant correlation of 0.3 with BFT (P<0.10). The genes of these modules were selected for functional enrichment analysis when their module membership values were higher than 0.7. The blue module had the highest number of co-expressed genes, with 953 genes submitted to functional enrichment analysis. Six metabolic pathways and 101 Gene Oontology terms were founded for this module by DAVID analysis, in addition, 108 biological processes were identified by BiNGO/REVIGO. The results of the present study emphasize the complexity of gene regulation in the LD muscle of Nellore cattle associated with REA and BFT. These results can help us to better understand the different molecular processes involved in muscle and fat deposition, which are economically important carcass traits for beef production.
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Características de carcaça e rendimento de cortes comerciais de bovinos Nelore confinados, imunocastrados e suplementados com beta-agonistas / Carcass traits and yield of retail cuts of Nellore beef cattle, immunocastrated supplemented with beta-agonists

Delaila Juliana Brigida 10 July 2014 (has links)
Esta pesquisa teve como objetivo avaliar os efeitos da imunocastração e de diferentes beta-agonistas (BAA) sobre características de carcaça e rendimento dos cortes comerciais, de animais machos da raça Nelore, terminados em confinamento. Foram avaliados 96 bovinos, divididos em dois grupos, imunocastrados e não-castrados. Após 70 dias de confinamento, os animais foram divididos em três grupos e alimentados com uma das seguintes dietas: CON - dieta padrão, sem a adição de BAA; ZIL - dieta padrão acrescida Cloridrato de Zilpaterol (80 mg/animal/dia) e RAC - dieta padrão acrescida Cloridrato de Ractopamina (300 mg/animal/dia). Após 24 horas de resfriamento, foram obtidos o peso da carcaça fria (PCF) e rendimento de carcaça fria (RCF), além das perdas por refrigeração (PR). Em seguida foram obtidos os pesos e as percentagens do dianteiro, traseiro pistola e ponta de agulha de cada um dos cortes individuais e do total da porção comestível. Não houve interação entre a condição sexual e os tratamentos. Não houve efeito da condição sexual e de BAA sobre o PCF, PR e EGS, entretanto, animais do tratamento ZIL apresentaram maior RCF em comparação ao CON e RAC, que não diferiram entre si. Animais não castrados apresentaram maior peso dos cortes primários e dos cortes individuais. Com relação aos BAA, os maiores pesos e percentagens de cortes primários e individuais foram observados para o tratamento ZIL em comparação ao CON. O tratamento RAC apresentou valores intermediários em relação aos demais. Os BAA aumentam o peso e a percentagem dos cortes das carcaças em relação a animais sem BAA. / This research aimed to evaluate the effects of different immunocastration and beta-agonists on carcass traits of male Nellore, finished in feedlot. Evaluated 96 cattle and divided in two groups, non-castrated e immunocastrated. After 70 days of feedlot, the animals were divided into three groups and fed one of the following diets: STD - standard diet used, without addiction of BAA; ZIL - standard diet plus zilpaterol hydrochloride (80 mg/animal/day) e RAC - standard diet plus ractopamine hydrochloride (300 mg/animal/day). After 48 hours of cooling, the cold carcass weight (CCW) and cold dressing percentage (CDP) were obtained, in addition to cooling losses (CL) and subcutaneous fat thickness (SFT). Then the weights and percentages of the forequarter, hindquarter and side cut of each of the individual sections and the total edible portion were obtained. There was no interaction between sex condition and treatments. No effect of sex condition and BAA about the CCW, CL and SFT, however, the animals of ZIL treatment showed higher CDP compared to STD and RAC, which did not differ. Uncastrated animals showed greater weight of primal cuts and individual cuts. With respect to the BAA, the higher weight percentages of primary and individual sections were observed for treatment ZIL compared to CON. The RAC treatment showed intermediate values in relation to others. The BAA increases the weight and the proportion of the carcass cuts compared to animals without BAA.
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Características de carcaça de bovinos da raça Canchim: estimativas de parâmetros genéticos e associação com marcadores moleculares

Meirelles, Sarah Laguna [UNESP] 14 December 2007 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-12-14Bitstream added on 2014-06-13T20:45:16Z : No. of bitstreams: 1 meirelles_sl_dr_jabo_prot.pdf: 325686 bytes, checksum: 5b1303e4e98a3092a0fa9f1e186529b9 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) / A espessura de gordura subcutânea (EGS) e a área de olho de lombo (AOL) são características importantes ligadas à eficiência de produção e à qualidade da carne bovina. Para considerá-las em um programa de avaliação genética e/ou de seleção assistida por marcadores, é necessário quantificar sua variação genética aditiva e validar marcadores moleculares associados a elas. Desta forma, o objetivo neste trabalho foi contribuir para o melhoramento genético da raça Canchim por meio do estudo das características de carcaça EGS e AOL e de peso, obtidas em média aos 18 meses de idade, com abordagens quantitativas e moleculares. Dados de 987 animais da raça Canchim (5/8 Charolês + 3/8 zebu) e MA (filhos de touros Charolês e vacas 1/2 Canchim + 1/2 zebu), machos e fêmeas criados em pastagens, nascidos entre 2003 e 2005, foram analisados pelo método dos quadrados mínimos, cujo modelo estatístico incluiu os efeitos de ano de nascimento, rebanho, sexo, grupo genético e idade à medição (covariável). Foram feitas análises uni e bicaracterísticas utilizando-se um modelo animal que incluiu, além de efeitos fixos, os efeitos aleatórios genético aditivo direto e residual, por meio do método da máxima verossimilhança restrita, para estimar as herdabilidades e as correlações genéticas entre as características. Foram realizadas análises para verificar efeitos de cinco marcadores moleculares (BMS490 e ETH10 do cromossomo 5, INRA133 e ILSTS090 do cromossomo 6 e BMS2142 do cromossomo 19) sobre as características EGS e AOL, com modelo estatístico igual ao anterior mais o efeito do genótipo para o marcador... / Carcass traits like back fat thickness (BFT) and rib eye area (REA) are important to determine production efficiency and beef quality. To consider them as selection criteria in genetic evaluation and marker assisted selection programs, it is necessary to quantify their additive genetic variation and to evaluate the existence of genetic markers associated to them. The objective in this work was to contribute to the Canchim breeding program through the study of BFT, REA and body weight (BW), using quantitative and molecular informations. Data on 987 eighteen months old Canchim (5/8 Charolais + 3/8 zebu) and MA (offspring of Charolais bulls and 1/2 Canchim + 1/2 Zebu cows) bulls and heifers, grown on pasture, born from 2003 to 2005, were analyzed by the least squares method, with a model that included the fixed effects of year of birth, herd, sex, genetic group and age (covariate). One and two-trait analyses with a model that included fixed effects and the additive direct and residual random effects, by the restricted maximum likelihood method, were undertaken to estimate heritabilities and genetic correlations among the traits. Statistical analyses to verify the effect of five genetic markers (BMS490 and ETH10 in chromosome 5, INRA133 and ILSTS090 in chromosome 6 and BMS2142 in chromosome 19) on BFT and REA were also realized with a similar model, but including the genotype of a marker as a fixed effect. All effects included in the model for the analyses of variance significantly affected all traits studied, with the exception of year of birth for REA and of sex for BFT. In general, bulls... (Complete abstract click electronic access below)

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