Orientador: Américo Garcia da Silva Sobrinho / Banca: Jane Maria Bertocco Ezequiel / Banca: Lúcia Maria Zeoula / Resumo: Utilizou-se 32 cordeiros Ile de France, não castrados, alimentados com dietas contendo silagem de milho ou cana-de-açúcar em duas relações volumoso:concentrado, 60:40 ou 40:60. Os animais permaneceram confinados individualmente com controle do alimento fornecido e sobras, e foram abatidos aos 32 kg de peso corporal. O ganho de peso foi maior nos animais alimentados com silagem de milho (294,6 g/dia) e na relação 40:60 (314,3 g/dia). Cordeiros alimentados com silagem de milho apresentaram maior consumo de todos os nutrientes digestíveis, exceto de proteína bruta (PB) (162,00 g/dia) e carboidratos não fibrosos (471,42 g/dia). Houve maiores coeficientes de digestibilidade da matéria seca (78,91%), PB (81,30%) e energia bruta (78,77%) nos animais alimentados com cana-de-açúcar. As características in vivo e da carcaça dos cordeiros não foram afetadas (p>0,05) pela relação volumoso:concentrado e tipo de volumoso, exceto a condição corporal, que foi maior (3,85) nos cordeiros alimentados com 40% de volumoso. O conteúdo do trato gastrintestinal foi maior nos cordeiros alimentados com cana-de-açúcar (15,17%) e na relação 60:40 (14,55%). Os rendimentos de carcaça quente (48,6%) e comercial (47,3%) foram menores nos cordeiros que receberam cana-de-açúcar. Houve menor rendimento de lombo nos cordeiros alimentados com cana-de-açúcar (9,1%) e na relação 60:40 (9,2%)...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Thirty-two male Ile de France lambs, non castrated, were submitted to diets containing corn silage or sugar cane with two roughage:concentrate ratio, 60:40 or 40:60. The lambs were confined individually with control of the food supplied and leftovers and were slaughtered at 32 kg of body weight. The daily weight gain were greater for lambs fed up with corn silage (294.6 g/day) and for the 40:60 roughage:concentrate ratio (314.3 g/day). Lambs fed up with corn silage showed greater intake for all digestible nutrients, except for crude protein (162.0 g/day) and non fiber carbohydrate (471.42 g/day). The digestibility coefficients of dry matter (78.91%), crude protein (81.30%) and crude energy (78.77%) were greater in lambs that received sugar cane. The in vivo and carcasses traits were not affected (p>0.05) by diets, except for the corporal condition, that was greater (3.85) in lambs that received 40% of roughage. The contain of gastrointestinal tract was greater in lambs fed up with sugar cane (15.17%) and 60% of roughage (14.55%). The warm (48.6%) and commercial (47.3%) carcass yields were smaller in lambs that received sugar cane, 48.6 and 47.3%. There was smaller loin yield in the lambs fed up with sugar cane (9.1%) and 60% of roughage (9.2%)...(Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6190.pdf: 937316 bytes, checksum: ab23c07a84b6ef5293322fb74683c2b5 (MD5) Previous issue date: 2014-01-24 / Financiadora de Estudos e Projetos / The Beef cattle production is a very important economic activity for Brazil, which is a global producer and exporter of bovine-derived products and currently contains the world s largest beef cattle herd. However, the majority Brazilian cattle are adapted to a tropical climate and have low meat and carcass quality. The crossbreeding between Charolais and Zebu animals resulted in development of Canchim breed. This breed shows better resistance to high temperatures and parasites, as well as better meat and carcass quality. New genotyping and computational technologies can enable the use of single nucleotide polymorphism (SNP) in breeding programs. The high demand for meat quality and the aggressive competition among other beef exporting countries justifies studies focused on improving carcass traits, such as ribeye area (REA), which can provide more efficiency production of meat cuts for consumption. The objective in this study was to validate SNPs selected in a previous genomewide association study (GWAS) for REA performed by Random Forest methodology in 400 animals genotyped with the BovineHD BeadChip ( Illumina®) which yielded a set of 197 SNPs. First, we analyzed the linkage disequilibrium (LD), and then we annotated the associated regions. After verifying this set of SNPs, we selected four SNPs located on BTA4, BTA10, BTA22 and BTA27 for validation purposes. These SNPs were genotyped by RFLPPCR in approximately 712 bovine. We analyzed the genetic effect of these SNPs the using GLM procedure in SAS (P ≤ 0,05), which identified SNPs in BTA4 and BTA27 as contributing some genetic effect on REA. Furthermore, we found significant additive effect (P≤ 0,05) for the SNP on BTA 27, and a significant dominance effect for the SNP in BTA 4 using the ASReml software. The GWAS for REA identified one region between 34989224pb and 36989224pb using haplotype association analysis with the PLINK software that indicated two regions (P≤ 0,05) in the SFRP1 and ANK1 genes associated with REA. / A bovinocultura de corte brasileira se destaca na economia nacional, sendo o Brasil atualmente um dos principais produtores e exportadores de produtos cárneos de origem bovina, apresentando o maior rebanho comercial do mundo. No entanto, a maioria dos rebanhos bovinos são caracterizados por animais com maior adaptabilidade a ambientes tropicais e baixa qualidade de carcaça e carne. Cruzamentos entre raças taurinas e zebuínas originaram a raça Canchim, sendo esta vantajosa em relação à produtividade, conformação da carcaça e resistência ao calor e a parasitas. Com as novas tecnologias de genotipagem e computacionais se renovou o interesse em viabilizar o uso da informação de marcadores genéticos do tipo SNP em programas de seleção e melhoramento. O mercado interno mais exigente e maior competição entre países exportadores justificam estudos em características de carcaça, como área de olho de lombo (AOL), que pode proporcionar maior rendimento em cortes de alto valor agregado. Diante deste contexto, o objetivo desse trabalho foi validar SNPs selecionados por estudo prévio de associação genômica ampla (GWAS) para área de olho de lombo, realizada por Random Forest em uma população composta por 400 animais Canchim e genotipados em BovineHD BeadChip (Illumina®) e que resultou em um conjunto de 197 SNPs. Inicialmente estudou-se o desequilíbrio de ligação no genoma bovino da raça Canchim e realizou-se anotação das regiões associadas. A mineração desse conjunto resultou em 4 SNPs, os quais foram selecionados para as análises de validação e localizam-se nos cromossomos BTA4, BTA10, BTA22 e BTA27. Os marcadores selecionados foram genotipados pela técnica RFLP-PCR em uma população de 712 bovinos da raça Canchim. Analisou-se o efeito desses marcadores sobre o valor genético aditivo (VGA) de AOL por meio de análise de variância que indicou a influência dos SNPs localizados nos BTA4 e BTA27. Além disso, tais SNPs significativos nas análises de validação foram analisados quantos aos efeitos aditivos e de dominância pelo teste Wald F, tendo sido observado efeito 6 de dominância significativo no SNP do BTA4 e efeito aditivo significativo no SNP do BTA 27. A análise de associação haplotípica com área de olho de lombo realizada na região 34989224pb a 36989224pb no BTA27 por meio de análise de regressão logística indicaram duas regiões nos genes SFRP1 e ANK1 associadas com a característica.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-16Bitstream added on 2014-06-13T20:56:37Z : No. of bitstreams: 1 costa_qpb_me_botfmvz.pdf: 262265 bytes, checksum: f71e4223093b9c69558ab8dc8d579bfa (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Este trabalho foi realizado para avaliar a influência da adição de caroço de algodão à dieta de bovinos confinados sobre o desempenho animal e características de carcaça. Usaram-se trinta e seis bovinos Nelores, que apresentavam, ao início do experimento, idade média de 20 meses e peso vivo médio de 333,5 kg. Os animais foram confinados e receberam dietas com os seguintes teores de caroço: 0; 14,35%; 27,51%; e 34,09% na matéria seca da dieta. O ganho de peso diário, peso vivo final e consumo de matéria seca diminuíram linearmente com o aumento da proporção de caroço na dieta. Não foi observado efeito sobre o ganho de peso total ajustado ao consumo, o que indica ausência de efeito sobre a eficiência alimentar. Os pesos da carcaça e do contrafilé diminuíram linearmente com o aumento da proporção de caroço na dieta. No entanto, o peso da carcaça e o peso do contrafilé, quando ajustados ao peso vivo final, não mostraram influência da proporção de caroço, o que sugere não ter ocorrido efeito deste na proporção de carcaça ou de contrafilé nos animais. Não foi observado efeito do teor de caroço sobre a área de olho-de-lombo. Já a espessura de gordura de cobertura do dorso e da garupa diminuíram com o aumento do teor de caroço. Este efeito persistiu ao se ajustar estas variáveis para o peso vivo final, o que sugere um efeito direto do caroço de algodão sobre a deposição de gordura. Observouse uma correlação de 0,62 entre as duas medidas de gordura. A adição de caroço de algodão à dieta de bovinos de corte não se mostrou vantajosa, já que este diminuiu o desempenho animal e a deposição de gordura na carcaça. / The purpose of this experiment was to evaluate the effect of adding whole cottonseed to the diet of feedlot cattle on the performance and carcass traits. Thirty six Nellore bullocks were used, with an average age of 20 months and average initial weight of 333.5 kg. The animals were raised on feedlot and fed diets with the following contents of whole cottonseed: 0; 14.35%; 27.51%; or 34.09% on a dry matter basis. The daily weight gain, final weight and dry matter intake decresed lineraly as the proportion of cottonseed increased. No effect of cottonseed on total weight gain adjusted for intake was observed, which indicates no effect on feed efficiency. Carcass and ribeye weights decresed linearly as cottonseed content increased. However, carcass and ribeye weights, when adjusted for final liveweight, did not show influence of cottonseed content, which suggests that no effect occurred on the percentage of carcass or ribeye. No effect of cottonseed content was observed for ribeye area. In contrast, back fat and rump fat thickness decreased as cottonseed content increased. This effect remained when these variables were adjusted for final liveweight, which suggests a direct effect of whole cottonseed on fat deposition. A correlation of .62 was observed between back fat and rump fat. Adding whole cottonseed to beef cattle diets did not prove advantageous, because it reduced animal performance and carcass fat deposition.

Dez novilhos Nelores, com média de 36 meses, foram abatidos no Abatedouro-Escola da Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos da PCAPS-USP e lados alternados de suas carcaças foram resfriados pelo sistema tradicional, tendão de Aquiles do traseiro especial (TA), ou na forma horizontal (HO). As carcaças foram resfriadas por 48 horas, entre 0-2ºC. Foi avaliada a área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS). Em seguida, foram retiradas amostras dos músculos Longissimus dorsi (LD), Quadríceps femoris (QF), Supraspinatus (SU), Psoas major (PM) e Semitendinosus (ST), embaladas a vácuo, maturadas por 5 dias em câmara de resfriamento e congeladas para posterior análises. Não houve diferença entre a EGS e a AOL para o LD dos tratamentos TA e HO. As amostras foram descongeladas em câmara fria vinte e quatro horas antes das análises e a seguir a maciez foi avaliada pelo método Warner Bratzler Shear Force. Não houve diferença na maciez dos músculos SU, PM e ST, independente do tratamento. Porém, a força de cisalhamento do QF (p=0,0291) foi menor para o HO (5,13 kg) do que para o TA (6,24 kg). O mesmo foi observado para o músculo LD (p=0,0068), com valores de força de cisalhamento de 6,38 kg para HO e 7,73 kg para TA. O LD e QF de carcaças mantidas na posição horizontal foram mais macios. Outras pesquisas que avaliem o índice de fragmentação miofibrilar e o comprimento do sarcômero devem ser realizadas. / Ten Nellore steer carcasses, with average age of 36 months were slaughtered at the meats lab of FZEA – USP and alternate right or left sides were placed in the cooler hung either by the Achilles tendon (TA) or horizontally placed over pallets, outside facing up (HO). Carcass were chilled for 48 hours at 0 – 2ºC. After the chilling period, loin eye area (LEA) and fat thickness (FT) were measured. One inch thick samples from each of the following muscles were removed, loin, tenderloin, eye round, knuckle and chuck tender and after 5 days in the cooler were frozen for future analysis. There was not a statistical difference for LEA and FT between treatments. After thawing the samples were analyzed for shear force through the Warner Bratzler device and there was not statistical difference for the tenderloin, eye round and chuck tender muscles between treatments. The shear force of the knuckle (5.13 Kg) was lower (p=0.029) for the HO treatment than for the TA (6,24 Kg). The loin also had a shear force of 6,4 Kg statistically lower (p=0.007) for the HO treatment when compared to 7.7 Kg for the TA treatment. The loin and knuckle of the carcasses cooled horizontally were more tender. Further studies evaluating MFI and sarcomere length must be done.

Dez novilhos Nelores, com média de 36 meses, foram abatidos no Abatedouro-Escola da Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos da PCAPS-USP e lados alternados de suas carcaças foram resfriados pelo sistema tradicional, tendão de Aquiles do traseiro especial (TA), ou na forma horizontal (HO). As carcaças foram resfriadas por 48 horas, entre 0-2ºC. Foi avaliada a área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS). Em seguida, foram retiradas amostras dos músculos Longissimus dorsi (LD), Quadríceps femoris (QF), Supraspinatus (SU), Psoas major (PM) e Semitendinosus (ST), embaladas a vácuo, maturadas por 5 dias em câmara de resfriamento e congeladas para posterior análises. Não houve diferença entre a EGS e a AOL para o LD dos tratamentos TA e HO. As amostras foram descongeladas em câmara fria vinte e quatro horas antes das análises e a seguir a maciez foi avaliada pelo método Warner Bratzler Shear Force. Não houve diferença na maciez dos músculos SU, PM e ST, independente do tratamento. Porém, a força de cisalhamento do QF (p=0,0291) foi menor para o HO (5,13 kg) do que para o TA (6,24 kg). O mesmo foi observado para o músculo LD (p=0,0068), com valores de força de cisalhamento de 6,38 kg para HO e 7,73 kg para TA. O LD e QF de carcaças mantidas na posição horizontal foram mais macios. Outras pesquisas que avaliem o índice de fragmentação miofibrilar e o comprimento do sarcômero devem ser realizadas. / Ten Nellore steer carcasses, with average age of 36 months were slaughtered at the meats lab of FZEA – USP and alternate right or left sides were placed in the cooler hung either by the Achilles tendon (TA) or horizontally placed over pallets, outside facing up (HO). Carcass were chilled for 48 hours at 0 – 2ºC. After the chilling period, loin eye area (LEA) and fat thickness (FT) were measured. One inch thick samples from each of the following muscles were removed, loin, tenderloin, eye round, knuckle and chuck tender and after 5 days in the cooler were frozen for future analysis. There was not a statistical difference for LEA and FT between treatments. After thawing the samples were analyzed for shear force through the Warner Bratzler device and there was not statistical difference for the tenderloin, eye round and chuck tender muscles between treatments. The shear force of the knuckle (5.13 Kg) was lower (p=0.029) for the HO treatment than for the TA (6,24 Kg). The loin also had a shear force of 6,4 Kg statistically lower (p=0.007) for the HO treatment when compared to 7.7 Kg for the TA treatment. The loin and knuckle of the carcasses cooled horizontally were more tender. Further studies evaluating MFI and sarcomere length must be done.

O objetivo deste trabalho foi estudar o transcriptoma do músculo Longissimus dorsi (LD) de bovinos da raça Nelore associado as características de área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS), a fim de encontrar genes diferencialmente expressos (GDE), conjuntos de genes co-expressos, vias metabólicas e processos biológicos que regulam essas características. Foram utilizados dados de 385 bovinos Nelore castrados para obtenção das medidas fenotípicas de AOL e EGS, mensuradas entre a 12ª e 13ª costelas do músculo LD. Estes animais foram separados em dois grupos extremos, alto e baixo, contendo seis animais cada, baseados nos valores genômicos estimados (GEBV), para AOL e para EGS. Estes conjuntos de 12 animais foram submetidos à análise de expressão diferencial afim de encontrar GDE entre os grupos. Em seguida, a análise de enriquecimento funcional a partir da lista de GDE foi executada por meio do DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) e da combinação do BiNGO (Biological Networks Gene Ontology) e REVIGO (Reduce + Visualise Gene Ontology). Para AOL, foram identificados 101 GDE entre os grupos de alto e baixo GEBV. Desses, 72 genes apresentaram-se down-regulated e 29 up-regulated no grupo baixo. Para EGS, foram encontrados 18 GDE, dos quais treze apresentaram-se up-regulated e cinco down-regulated no grupo baixo. Dentre as vias metabólicas e processos biológicos encontrados para essas características, destacam-se a via de sinalização MAPK (bta04010) e a via da endocitose (bta04144) - AOL - e, os processos de biossíntese de andrógenos (GO:0006702) e via de sinalização canônica Wnt (GO:0060070) - EGS. Para encontrar conjuntos de genes co-expressos associados aos tratamentos (AOL e EGS), foi utilizado o pacote WGCNA (Weighted Correlation Network Analysis) do R, com dados de contagens de transcritos de 43 animais. Foram identificados 37 módulos, dentre eles, os módulos Azul, Verde-escuro e Salmon apresentaram correlação significativa de 0,3 com a EGS (P<0,10). Os genes destes módulos foram selecionados para análise de enriquecimento funcional quando seus valores de filiação ao módulo foram superiores a 0,7. O módulo azul apresentou o maior número de genes co-expressos, com 953 genes submetidos à análise de enriquecimento funcional. Foram encontradas seis vias metabólicas e 101 termos do Gene Ontology para este módulo, conforme análise do DAVID, além de 108 processos biológicos identificados pelo BiNGO/REVIGO. Os resultados do presente estudo enfatizam a complexidade da regulação gênica do músculo LD de bovinos Nelore associado às características de AOL e EGS. Estes resultados nos auxiliam a compreender melhor os diversos processos moleculares envolvidos na deposição muscular e de gordura de cobertura, características de carcaça economicamente importantes para a produção da carne bovina. / The aim of this work was to study the Longissimus dorsi (LD) muscle transcriptome of Nellore cattle associated with ribeye area (REA) and backfat thickness (BFT) to find differentially expressed genes (DEG), coexpressed gene modules, metabolic pathways, and biological processes that regulate these traits. Data from 385 Nellore steers were used to obtain the phenotypic measures of REA and BFT, measured between the 12th and 13th ribs of the LD muscle. These animals were divided into two extreme groups, high and low, with six animals each, based on the estimated genomic breeding values (GEBV) for REA and for BFT. These sets of 12 animals were submitted to differentially expressed gene analysis to find DEG between the groups. Then, the functional enrichment analysis from the list of DEG was performed by DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) and the combination of BiNGO (Biological Networks Gene Ontology) and REVIGO (Reduce + Visualize Gene Ontology). For REA, 101 DEG were identified between the high and low GEBV groups. Of those, 72 genes were down-regulated and 29 up-regulated in the low group. For BFT, 18 DEG were found, of which thirteen were up-regulated and five were down-regulated in the low group. Among the metabolic pathways and biological processes found for these traits, the MAPK signaling pathway (bta04010) and the endocytosis pathway (bta04144) - for REA -, the androgen biosynthetic processes (GO: 0006702) and the canonical Wnt signaling pathway (GO: 0060070) - for EGS - can be highlighted. To find coexpressed gene modules associated with the traits (REA and BFT), we used the WGCNA (Weighted Correlation Network Analysis) package from R, with data from transcript counts of 43 animals. A total of 37 modules were founded. Among them, the Blue, Dark Green and Salmon modules had a significant correlation of 0.3 with BFT (P<0.10). The genes of these modules were selected for functional enrichment analysis when their module membership values were higher than 0.7. The blue module had the highest number of co-expressed genes, with 953 genes submitted to functional enrichment analysis. Six metabolic pathways and 101 Gene Oontology terms were founded for this module by DAVID analysis, in addition, 108 biological processes were identified by BiNGO/REVIGO. The results of the present study emphasize the complexity of gene regulation in the LD muscle of Nellore cattle associated with REA and BFT. These results can help us to better understand the different molecular processes involved in muscle and fat deposition, which are economically important carcass traits for beef production.

Orientador: Francisco Stefano Wechsler / Banca: Roberto de Oliveira Roça / Banca: Paulo Roberto Leme / Resumo: Este trabalho foi realizado para avaliar a influência da adição de caroço de algodão à dieta de bovinos confinados sobre o desempenho animal e características de carcaça. Usaram-se trinta e seis bovinos Nelores, que apresentavam, ao início do experimento, idade média de 20 meses e peso vivo médio de 333,5 kg. Os animais foram confinados e receberam dietas com os seguintes teores de caroço: 0; 14,35%; 27,51%; e 34,09% na matéria seca da dieta. O ganho de peso diário, peso vivo final e consumo de matéria seca diminuíram linearmente com o aumento da proporção de caroço na dieta. Não foi observado efeito sobre o ganho de peso total ajustado ao consumo, o que indica ausência de efeito sobre a eficiência alimentar. Os pesos da carcaça e do contrafilé diminuíram linearmente com o aumento da proporção de caroço na dieta. No entanto, o peso da carcaça e o peso do contrafilé, quando ajustados ao peso vivo final, não mostraram influência da proporção de caroço, o que sugere não ter ocorrido efeito deste na proporção de carcaça ou de contrafilé nos animais. Não foi observado efeito do teor de caroço sobre a área de olho-de-lombo. Já a espessura de gordura de cobertura do dorso e da garupa diminuíram com o aumento do teor de caroço. Este efeito persistiu ao se ajustar estas variáveis para o peso vivo final, o que sugere um efeito direto do caroço de algodão sobre a deposição de gordura. Observouse uma correlação de 0,62 entre as duas medidas de gordura. A adição de caroço de algodão à dieta de bovinos de corte não se mostrou vantajosa, já que este diminuiu o desempenho animal e a deposição de gordura na carcaça. / Abstract: The purpose of this experiment was to evaluate the effect of adding whole cottonseed to the diet of feedlot cattle on the performance and carcass traits. Thirty six Nellore bullocks were used, with an average age of 20 months and average initial weight of 333.5 kg. The animals were raised on feedlot and fed diets with the following contents of whole cottonseed: 0; 14.35%; 27.51%; or 34.09% on a dry matter basis. The daily weight gain, final weight and dry matter intake decresed lineraly as the proportion of cottonseed increased. No effect of cottonseed on total weight gain adjusted for intake was observed, which indicates no effect on feed efficiency. Carcass and ribeye weights decresed linearly as cottonseed content increased. However, carcass and ribeye weights, when adjusted for final liveweight, did not show influence of cottonseed content, which suggests that no effect occurred on the percentage of carcass or ribeye. No effect of cottonseed content was observed for ribeye area. In contrast, back fat and rump fat thickness decreased as cottonseed content increased. This effect remained when these variables were adjusted for final liveweight, which suggests a direct effect of whole cottonseed on fat deposition. A correlation of .62 was observed between back fat and rump fat. Adding whole cottonseed to beef cattle diets did not prove advantageous, because it reduced animal performance and carcass fat deposition. / Mestre

O objetivo deste trabalho foi estudar o transcriptoma do músculo Longissimus dorsi (LD) de bovinos da raça Nelore associado as características de área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EGS), a fim de encontrar genes diferencialmente expressos (GDE), conjuntos de genes co-expressos, vias metabólicas e processos biológicos que regulam essas características. Foram utilizados dados de 385 bovinos Nelore castrados para obtenção das medidas fenotípicas de AOL e EGS, mensuradas entre a 12ª e 13ª costelas do músculo LD. Estes animais foram separados em dois grupos extremos, alto e baixo, contendo seis animais cada, baseados nos valores genômicos estimados (GEBV), para AOL e para EGS. Estes conjuntos de 12 animais foram submetidos à análise de expressão diferencial afim de encontrar GDE entre os grupos. Em seguida, a análise de enriquecimento funcional a partir da lista de GDE foi executada por meio do DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) e da combinação do BiNGO (Biological Networks Gene Ontology) e REVIGO (Reduce + Visualise Gene Ontology). Para AOL, foram identificados 101 GDE entre os grupos de alto e baixo GEBV. Desses, 72 genes apresentaram-se down-regulated e 29 up-regulated no grupo baixo. Para EGS, foram encontrados 18 GDE, dos quais treze apresentaram-se up-regulated e cinco down-regulated no grupo baixo. Dentre as vias metabólicas e processos biológicos encontrados para essas características, destacam-se a via de sinalização MAPK (bta04010) e a via da endocitose (bta04144) - AOL - e, os processos de biossíntese de andrógenos (GO:0006702) e via de sinalização canônica Wnt (GO:0060070) - EGS. Para encontrar conjuntos de genes co-expressos associados aos tratamentos (AOL e EGS), foi utilizado o pacote WGCNA (Weighted Correlation Network Analysis) do R, com dados de contagens de transcritos de 43 animais. Foram identificados 37 módulos, dentre eles, os módulos Azul, Verde-escuro e Salmon apresentaram correlação significativa de 0,3 com a EGS (P<0,10). Os genes destes módulos foram selecionados para análise de enriquecimento funcional quando seus valores de filiação ao módulo foram superiores a 0,7. O módulo azul apresentou o maior número de genes co-expressos, com 953 genes submetidos à análise de enriquecimento funcional. Foram encontradas seis vias metabólicas e 101 termos do Gene Ontology para este módulo, conforme análise do DAVID, além de 108 processos biológicos identificados pelo BiNGO/REVIGO. Os resultados do presente estudo enfatizam a complexidade da regulação gênica do músculo LD de bovinos Nelore associado às características de AOL e EGS. Estes resultados nos auxiliam a compreender melhor os diversos processos moleculares envolvidos na deposição muscular e de gordura de cobertura, características de carcaça economicamente importantes para a produção da carne bovina. / The aim of this work was to study the Longissimus dorsi (LD) muscle transcriptome of Nellore cattle associated with ribeye area (REA) and backfat thickness (BFT) to find differentially expressed genes (DEG), coexpressed gene modules, metabolic pathways, and biological processes that regulate these traits. Data from 385 Nellore steers were used to obtain the phenotypic measures of REA and BFT, measured between the 12th and 13th ribs of the LD muscle. These animals were divided into two extreme groups, high and low, with six animals each, based on the estimated genomic breeding values (GEBV) for REA and for BFT. These sets of 12 animals were submitted to differentially expressed gene analysis to find DEG between the groups. Then, the functional enrichment analysis from the list of DEG was performed by DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery) and the combination of BiNGO (Biological Networks Gene Ontology) and REVIGO (Reduce + Visualize Gene Ontology). For REA, 101 DEG were identified between the high and low GEBV groups. Of those, 72 genes were down-regulated and 29 up-regulated in the low group. For BFT, 18 DEG were found, of which thirteen were up-regulated and five were down-regulated in the low group. Among the metabolic pathways and biological processes found for these traits, the MAPK signaling pathway (bta04010) and the endocytosis pathway (bta04144) - for REA -, the androgen biosynthetic processes (GO: 0006702) and the canonical Wnt signaling pathway (GO: 0060070) - for EGS - can be highlighted. To find coexpressed gene modules associated with the traits (REA and BFT), we used the WGCNA (Weighted Correlation Network Analysis) package from R, with data from transcript counts of 43 animals. A total of 37 modules were founded. Among them, the Blue, Dark Green and Salmon modules had a significant correlation of 0.3 with BFT (P<0.10). The genes of these modules were selected for functional enrichment analysis when their module membership values were higher than 0.7. The blue module had the highest number of co-expressed genes, with 953 genes submitted to functional enrichment analysis. Six metabolic pathways and 101 Gene Oontology terms were founded for this module by DAVID analysis, in addition, 108 biological processes were identified by BiNGO/REVIGO. The results of the present study emphasize the complexity of gene regulation in the LD muscle of Nellore cattle associated with REA and BFT. These results can help us to better understand the different molecular processes involved in muscle and fat deposition, which are economically important carcass traits for beef production.

Este trabalho teve como objetivo avaliar Características de carcaça por ultra-sonografia de 48 animais confinados (24 Brangus e 24 Nelore), com sistema de controle de consumo individual através de portões eletrônicos(Calan Gates), recebendo diferentes níveis de energia na ração (20, 40, 60 e 80%). Foi utilizado um equipamento de ultra-som Piemedical Scanner 200 Vet, com transdutor linear de 18 cm e 3,5 MHz, a cada intervalo de aproximadamente 28 dias, para obter a área de olho de lombo (AOLU), espessura de gordura subcutânea (EGSU) entre a 12ª e a 13ª costelas e a espessura de gordura na picanha (EGPU), sob o terço superior do músculo Bíceps femuris. Após 142 dias de confinamento os animais foram abatidos e obteve-se o peso de carcaça quente (PCQ) e o rendimento de carcaça (RC). Após 24 horas de resfriamento, as carcaças foram cortadas entre a 12ª e a 13ª costelas e obtidas a área de olho de lombo (AOLC) e a espessura de gordura (EGSC) na carcaça. As correlações entre as medidas por ultra-som e na carcaça foram de 0,83 entre AOLU e AOLC e 0,86 entre EGSU e EGSC. Os animais Brangus apresentaram melhores respostas ao tratamento com 60% de concentrado, enquanto que os animais Nelore responderam melhor ao tratamento 40%. Equações de regressão utilizando o peso vivo (PV), AOLU, EGSU e EGPU explicaram 71% da variação do PCQ quando a medida foi realizada no início do experimento e cerca de 97% quando realizada imediatamente antes do abate, nos animais Brangus. Nos animais Nelore as equações explicaram cerca de 50% na medida realizada no início do trabalho e 96% na medida antes do abate. As equações para estimar o RC utilizando as mesmas características explicaram cerca de 28% da variação quando a medida foi realizada 142 dias antes do abate e 25%imediatamente antes do abate, nos animais Brangus. Nos animais Nelore, as equações explicaram cerca de 15% e 21% quando realizadas no início do experimento ou 142 dias depois, respectivamente. A estimativa da espessura de gordura subcutânea ao abate através do PV, AOLU, EGSU e EGPU explicaram cerca de 20% quando utilizados os dados obtidos no início do trabalho até 73% quando os dados utilizados foram os obtidos imediatamente antes do abate. As medidas de ultra-som apresentaram boa acurácia e podem ser utilizadas para estimar diferenças entre grupos de animais, mas as equações para estimar RC e ponto ideal de abate necessitam maiores estudos. / The objective of this experiment was to evaluate trough ultrasonography the carcass characteristics of 48 young bulls (24 Brangus and 24 Nellore), fed diets with four energy levels(20, 40, 60 and 80% of concentrate) in pens with Calan gates. The Piemedical Scanner 200 ultrasound with a linear transductor of 18 cm and 3,5 MHz was utilized, and the measurements taken at 28 days intervals of the rib eye area (AOLU) and subcutaneous fat thickness (EGSU) between the 12 th and 13 th ribs and also over the Biceps femoris muscle (EGPU). After 142 days on feed all the animals were slaughtered and the hot carcass weight (PCQ) was taken and the carcass dressing percentage (RC) calculated. After 24 hours of chilling the carcasses were separated between the 12 th and 13 th ribs and the rib eye area (AOLC) and fat thickness (EGSC) measured directly. The correlations between ultra-sound and carcass measurements were 0,83 for AOLU and AOLC and 0.86 for EGSU and EGSC. The Brangus bulls showed better performance with 60% concentrate diets and the Nellore with 40% concentrate diets. Regression equations using live weight (PV), AOLU, EGSU and EGPU explained 71% of the variation in the PCQ when measured 142 days before slaughter and 97% immediately before slaughter for the Brangus bulls. For the Nellore bulls the equations explained 50% in the first measurement and 96% the day before slaughter. The equations to estimate RC using the same ultrasound measurements explained 50 and 96% and 15 and 21% of the variation when taken 142 days before or in the day before slaughter for the Brangus and Nellore, respectively. To estimate a determined endpoint the PV, AOLU, EGSU and EGPU explained 20% of the variation when the data was taken in the beginning of the feeding period and increased up to 73 when the data were taken just before slaughter. The ultrasound measurements showed good accuracy and could be used to estimate differences among cattle groups, but equations to estimate RC and determined endpoint need further studies.

Orientador: André Mendes Jorge / Resumo: Os sistemas integrados de produção agropecuária (SIPAs), surgem como estratégia para aumentar a produtividade e renda para o produtor ao mesmo tempo que alcançam a sustentabilidade. No entanto, seus efeitos na qualidade da carcaça e carne dos animais nele produzidos carecem de elucidação. Assim, objetivou-se com este estudo avaliar o desempenho e as características da carcaça e carne de bovinos da raça Nelore terminados em SIPAs, sem disponibilidade de sombra (integração lavoura-pecuária: ILP) e com duas densidades de árvores (integração lavoura-pecuária-floresta: ILPF, com 196 árvores/ha e 448 árvores/ha). O delineamento experimental foi em blocos completos, com três tratamentos (ILP, ILPF-1L e ILPF-3L) e quatro repetições por tratamento, totalizando 12 parcelas experimentais. Foram utilizados 60 animais da raça Nelore castrados de aproximadamente 28±2,81 meses de idade e peso médio inicial de 385,71±27,17 kg para a avaliação do desempenho. Após o abate dos animais, foram coletadas 48 amostras do músculo longissimus thoracis para as análises de qualidade da carcaça e carne. Não foram encontradas diferenças (P>0,05) entre os tratamentos para o ganho médio diário e peso vivo final, contribuindo para ausência de diferença no peso e rendimento da carcaça quente, dianteiro, traseiro especial e ponta de agulha (P>0,05). Do mesmo modo, não foi encontrada diferença (P>0,05) entre os tratamentos para área de olho de lombo inicial e final, espessura de gordura subcutânea inicial e fin... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor