Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-05-30Bitstream added on 2014-06-13T20:33:50Z : No. of bitstreams: 1 pereira_vmc_me_jabo.pdf: 170146 bytes, checksum: a632189e1f4550de16cb0049845075b8 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Estimaram-se, pelo método da máxima verossimilhança restrita livre de derivadas, parâmetros genéticos dos pesos ao nascimento (PN), à desmama (P240), ao ano (P365) e ao sobreano (P550), dos ganhos em peso do nascimento à desmama (GND) e do nascimento ao sobreano (GN18), do número de dias para ganhar 175 kg do nascimento à desmama (D175) e 450 kg do nascimento ao abate (D450) de machos e fêmeas, do perímetro escrotal (PE12) de machos aos 12 meses de idade e da idade (IPP) e peso (PPP) ao primeiro parto e peso adulto (PAD) de fêmeas, em um rebanho Canchim. As herdabilidades foram: 0,41 (PN e PE12); 0,28 (P240 e P550); 0,38 (P365); 0,26 (GND); 0,30 (GN18); 0,23 (D175 e D450); 0,09 (IPP); 0,42 (PPP) e 0,48 (PAD). As correlações genéticas entre as características de crescimento (-0,98 a 0,97) e das características de crescimento com PE12 (-0,39 a 0,46) e com IPP (-0,38 a 0,44) foram favoráveis, com exceção de PN com IPP (0,49). Com PPP (-0,47 a 0,88) e PAD (-0,42 a 0,78), as correlações genéticas das características de crescimento foram desfavoráveis e as de PE12 com IPP, PPP e PAD foram -0,37; 0,04 e -0,09, respectivamente. Os resultados sugerem que a seleção para melhorar as características de crescimento após o nascimento deve reduzir IPP, mas resultar em fêmeas com maior PAD, enquanto que a seleção para maior PE12 deve reduzir IPP sem modificar PAD. / Genetic parameters for body weights at birth (PN), weaning (P240), twelve (P365) and eighteen (P550) months of age, body weight gains from birth to weaning (GND) and from birth to eighteen (GN18) months of age, and days to gain 175 kg from birth to weaning (D175 = 175/GND) and 450 kg (D450 = 450/GN18) from birth to slaughter of males and females, male scrotal circumference at 12 months of age (PE12), and female age (IPP) and weight (PPP) at first calving, and adult body weight (PAD), were obtained by the derivative free restricted maximum likelihood method, in a Canchim (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) beef cattle herd. The heritabilities were: 0.41 (PN and PE12), 0.28 (P240 and P550), 0.38 (P365), 0.26 (GND), 0.30 (GN18), 0.23 (D175 and D450), 0.09 (IPP), 0.42 (PPP) and 0.48 (PAD). The genetic correlations among the growth traits (-0.98 to 0.97), and between the growth traits and PE12 (-0.39 to 0.46) and IPP (-0.38 to 0.44) were favorable, with the exception of that for PN and IPP (0.49). For PPP (-0.47 to 0.88) and PAD (-0.42 to 0.78) with the growth traits, the correlations were unfavorable, while for PE12 with IPP, PPP and PAD they were -0.37, 0.04 and -0.09, respectively. The results suggest that selection to enhance growth traits after birth should reduce IPP, but increase PAD, while selection to increase PE12 should reduce IPP without changes in PAD.

Orientador: Maurício Mello de Alencar / Coorientador: Danísio Prado Munari / Banca: Roberto Carvalheiro / Banca: Luciana Correia de Almeida Regitano / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Os marcadores do tipo SNP ("Single Nucleotide Polymorphism") estão entre os mais utilizados para estudos do genoma bovino, pois estão presentes em grande quantidade e podem estar associados a regiões do genoma que atuam em características de interesse econômico. Fatores como a redução dos custos de genotipagem e a alta densidade dos painéis de marcadores possibilitaram que esta tecnologia seja utilizada em larga escala. Os objetivos deste trabalho foram avaliar o desequilíbrio de ligação (DL) e a conservação da fase do desequilíbrio de ligação (FDL) entre animais da raça Canchim e do grupo genético MA; e aplicar a metodologia "Generalized Quase- Likelihood Score" para estudo de associações genômica entre SNPs e características de peso corporal ao nascimento (PN), ao desmame (PD) e ao sobreano (PS); perímetro escrotal ao desmame (PED) e ao sobreano (PES); e idade ao primeiro (IPP) e segundo (ISP) parto nestes mesmos animais. Foram utilizados 285 animais da raça Canchim (proporção Charolês-Zebu igual a 62,5 % e 37,5%) e 114 animais do grupo genético MA (proporção aproximada Charolês-Zebu igual a 65,6% e 34,4%) genotipados para o painel de alta densidade BovineHD - Illumina® bead chip (777k). Para o estudo de DL e FDL as informações dos genótipos de alta densidade foram concatenadas com o mapa de genótipos de menor densidade (BovineSNP50 v2 bead chip) que possui aproximadamente 50 mil SNPs (50k), realizando assim a redução da densidade dos marcadores. Foram realizadas análises para animais Canchim, MA e Canchim + MA. O painel de 777k mostrou-se mais eficiente para estudo do DL e FDL quando comparado ao painel de 50k, pois apresentou elevada conservação de FDL (acima de 0,80)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Recent technological advances have enabled to use genomic data in livestock evaluation. Single nucleotide polymorphism (SNP) are one of the most widely used genetic markers because they are widely spread along the genome and also could be associated with traits of economic interest. High-throughput panels are becoming interesting for the producers as the cost of genotyping reduces. The objectives of this study were to evaluate the extent of linkage disequilibrium (LD) and the phase of linkage disequilibrium (PLD) between Canchim animals and MA genetic group; and to apply the "Generalized Quasi-Likelihood Score" method to perform a genome wide association study with birth weight (BW), weaning weight (WW), yearling weight (YW), scrotal circumference at weaning (SCW), scrotal circumference at yearling (SCY), age at first calving (AFC), and age at second calving (ASC). Analyses considered 285 Canchim animals (Charolais-Zebu proportion of 62.5% - 37.5%) and 114 animals of the MA genetic group (Charolais-Zebu proportion of 65.6% - 34.4%) genotyped with the BovineHD - Illumina Bead® chip (777k). Two marker densities were used for the LD and PLD analyses; one considered the 777k panel while the other considered a reduced panel which was resulted from a combined information of the high-throughput panel and the BovineSNP50 chip bead v2 map from Illumina®. These analyses were carried out for Canchim, MA, and Canchim + MA animals. PLD conservation was high in both panels, but only the 777k panel had higher mean r2 (LD measure) equal to 0.38, 0.34, and 0.31 at distances from 0.00 to 0.0025 Mb, 0.0025 to 0.0050 Mb, and 0.0050 to 0.0075 Mb in the Canchim + MA analysis. After this step, genome wide associations were carried out using the Generalized Quasi-Likelihood Score method (GQLS), which considers the logistic regression to associate phenotypic information... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Roberto Hiroshi Higa / Coorientador: Marcos Eli Buzanskas / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Banca: Fabiana Barichello Mokry / Resumo: Recentes avanços tecnológicos em genética permitiram a genotipagem de espécies de interesse zootécnico, como os bovinos. Foram desenvolvidos painéis de genotipagem com diferentes densidades de marcadores do tipo polimorfismos de nucleotídeo único ("single nucleotide polymorphism" - SNP). Painéis de alta densidade permitiram maior cobertura do genoma e possibilitaram sua aplicação em diferentes tipos de estudos, como a identificação de regiões do genoma conservadas devido à seleção. Tais regiões são denominadas assinaturas de seleção (AS). As AS são detectáveis por diferentes metodologias, como a Homozigose do Haplótipo Estendido ("extended haplotype homozygosity" - EHH) e o Escore de Integração dos Haplótipos ("integrated haplotype score" - iHS), sendo esta última derivada da EHH. O objetivo desse trabalho foi identificar regiões de AS em bovinos de corte da raça Canchim, genotipados com painel de alta densidade, visando futuras aplicações no melhoramento genético animal. O pacote rehh do programa R foi utilizado para identificação de AS por meio da metodologia iHS. Foram utilizados registros de 285 animais da raça Canchim, 114 do grupo genético MA e um da raça Charolês. Todos os animais (amostras) foram genotipados com o painel Illumina BovineHD BeadChip (786.799 SNPs) e provenientes da base de dados da Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. O controle de qualidade de genótipos (CQ) foi realizado por meio do pacote snpStats, do R. Após o CQ, restaram 687.655 marcadores SNP e 396 amostras. Foi utilizado o programa BEAGLE para a inferência das fases de ligação e construção dos haplótipos, etapa necessária para utilização da iHS. A estatística iHS para cada um dos marcadores foi transformada em para conveniência da análise dos resultados. Valores de foram observados nos cromossomos BTA (Bos taurus) 5 e 14, com 39 e nove SNPs estatisticamente significativos ... / Abstract: Genomic selection has been considered as a technique that will allow significant increase in the genetic progress of animal breeding programs. Recent technological advances in genetics have allowed the genotyping of livestock species such as cattle, by means of single nucleotide polymorphism (SNP) chip panels. High-density SNP panels have allowed greater coverage of the genome and its application in different studies, such as the identification of conserved regions of the genome due to selection. Such regions are known as selection signatures (SS). The SS are detectable by various methods, such as the extended haplotype homozygosity (EHH); and the integrated haplotype score (iHS), which is derived from the HHE. The aim of this study was to identify regions of SS in Canchim beef cattle, genotyped with high-density SNP panel, and evaluate its future application in animal breeding. The rehh package of the R software was used for identification of SS through the iHS methodology. Data on 285 Canchim animals, 114 "MA" genetic group (cross between Charolais sires and Canchim-zebu dams), and one Charolais breed individual were used. The database used in this study was provided by Embrapa Cattle Southeast (São Carlos, SP, Brazil), which contains animals (samples) genotyped with the Illumina BovineHD BeadChip panel (786,799 SNPs). The quality control of genotypes (QC) was performed through snpStats package present in R. After the QC, a total of 687,655 SNP markers and 396 samples remained for SS analysis. The BEAGLE software was used to infer the linkage phase and to construct the haplotypes. The iHS statistic for each marker was transformed into piHS for better understanding of the results. On the Bos taurus (BTA) chromosomes 5 and 14 were observed piHS ≥ 5 (P <0.00001), with 39 and nine statistically significant SNPs, respectively. Windows of one million base pairs each were built to assist in the delimitation of SS regions. Within ... / Mestre

Orientador: Sandra Aidar de Queiroz / Coorientador: Patrícia Tholon / Banca: Claudia Cristina Paro de Paz / Banca: Danísio Prado Munari / Abstract: Temperament is a trait of notable economic relevance, due to its association with management and productive trait, and can be used as a selection criterion of cattle, requiring identification of environmental factors that influence, as well as the verification of genetic variability and the interrelationship with the other characteristics of interest to the production system. The objective of this study was to estimate genetic, phenotypic and environmental parameters using four measures of temperament evaluated on Canchim cattle. The temperament measures used were: flight speed (TS), composite score of temperament (ECT), total score of temperament (ET) and reactivity (REAT). This study analyzed 2090 information of Canchim cattle from the Canchim farm belonging to Embrapa Pecuária Sudeste, located at São Carlos, SP. The temperament traits were analyzed using an animal model, through bi-trait analyzes. For all traits, the contemporaries group (CG) was formed by animals born in the same year and belonging to the same sex. The evaluations were carried out during the weaning, yearling and long yearling phases. The temperament measures showed heritability estimates ranging from 0,07 (0,142) (TS at weaning) to 0,36 (0,240) (TS at yearling) values of moderate to low magnitude that were influenced by management practices and environmental conditions, being important knowledge such factors for selection actions. The genetic correlation estimates were higher for ETxREAT (1.00 at long ye... (Complete abstract click electronic access below) / Resumo: As medidas de temperamento possuem notória relevância econômica devido a sua associação com características de interesse produtivo. Essas medidas podem ser utilizadas como critérios de seleção de bovinos, requerendo identificação de fatores ambientais que as influenciem, assim como a verificação de variabilidade genética e a inter-relação destas com as demais características de interesse ao sistema de produção. O objetivo deste estudo foi estimar parâmetros genéticos, fenotípicos e ambientais de quatro medidas de avaliação do temperamento de bovinos da raça Canchim. As medidas de temperamento utilizadas foram: tempo de saída (TS), escore composto de temperamento (ECT), escore total (ET) e reatividade (REAT). Neste trabalho foram analisadas 2090 informações de bovinos da raça Canchim provenientes da fazenda Canchim, pertencente à Embrapa Pecuária Sudeste, situada na cidade de São Carlos, SP. As características foram analisadas utilizando-se um modelo animal, por meio de análises bi-característica. Para todas as características, o grupo de contemporâneos (GC) foi formado por animais nascidos no mesmo ano e pertencentes ao mesmo sexo. As avaliações foram realizadas durante as fases de desmama, ano e sobreano. As medidas de temperamento apresentaram estimativas de herdabilidade que variaram de 0,07 (0,142) (TS na desmama) a 0,36 (0,240) (TS, ao sobreano). As baixas magnitudes das estimativas indicam que as características são influenciadas principalmente por práticas de manejo e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Orientador: Maurício Mello de Alencar / Coorientador: Roberto Augusto de Almeida Torres Júnior / Banca: Cintia Righetti Marcondes / Banca: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Fernando Sebastian Baldi Rey / Resumo: A utilização de animais como reprodutores em programas de melhoramento genético de bovinos está associada ao registro genealógico pela Associação de Criadores. O objetivo neste trabalho foi avaliar e relacionar a aprovação dos animais ao registro genealógico definitivo com as características avaliadas no programa de avaliação genética da raça Canchim. Foram estimados parâmetros genéticos, por meio de modelo multicaracterística, para os pesos ao nascimento, ao desmame e ao sobreano, escores para conformação frigorífica ao desmame e ao sobreano, classificação final no registro ao desmame (CLD) e ao sobreano (CLS), escores para comprimento de umbigo e qualidade do pelo (PEL) avaliados ao desmame, e perímetro escrotal ao sobreano (PE), e por modelos bicaracterística para aprovação ao registro genealógico (AP) com cada uma das demais variáveis. A relação entre classificação final e as outras características avaliadas foi desdobrada pela análise de trilha para estimar efeitos diretos e indiretos. A probabilidade de aprovação ao registro genealógico foi estudada, as diferenças esperadas na progênie (DEP) para todas as características foram estimadas e foi elaborado o índice de qualificação genética (IQG) utilizado pelo Programa de Avaliação Genética do Canchim. Foi estimada a herdabilidade do escore de coloração da mucosa dos animais e foram obtidas as probabilidades de ocorrência de cada um dos escores de acordo com a coloração da mucosa dos pais. A probabilidade de um animal ser a... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The use of animals in beef cattle breeding programs is dependent on their approval to genealogical registry by the breeders association. The aim of this work was to evaluate and to relate the approval of the animals to the definitive genealogical record with the traits evaluated in the genetic evaluation program of the Canchim breed. Genetic parameters were estimated by means of a multi-trait model for birth, weaning and yearling (18 months of age) weights, slaughter conformation scores at weaning (CSW) and yearling (CSY), final registry classification scores at weaning (CLW) and yearling (CLY), navel and hair coat (HC) scores at weaning, and scrotal circumference at yearling (SCY), and using two-trait models for approval to registry (AR) with each of the above traits. The relationship of CLW and CLY with the other traits was studied by path analysis to estimate direct and indirect effects. Probabilities of approval to registry were studied, expected progeny differences (EPD) for all traits were estimated and a genetic qualification index (GQI) used by the Canchim Genetic Evaluation Program was obtained for each animal. Heritability was also estimated for color of the mucosa, and the probability of occurring the various color of mucosa in the offspring according to the mucosa of the parents were obtained. The probability of an animal being approved for registration by the Brazilian Canchim Breeders Association at weaning was 77.48%, 75.15% for males and 79.43% for females, while at yearling, given the approval at weaning, the probability was 87.36%, 86.43% for males and 87.83% for females. The total probability of an animal being approved for registration at yearling was 69.63%, 72.26% for females and 67.71% for males. The genetic correlations among the traits varied from low negative (-0.07) to high po... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:38Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-18Bitstream added on 2015-03-03T12:06:20Z : No. of bitstreams: 1 000810894.pdf: 860867 bytes, checksum: 36e288609bb5e15f82609175b82fe944 (MD5) / Recentes avanços tecnológicos em genética permitiram a genotipagem de espécies de interesse zootécnico, como os bovinos. Foram desenvolvidos painéis de genotipagem com diferentes densidades de marcadores do tipo polimorfismos de nucleotídeo único (“single nucleotide polymorphism” - SNP). Painéis de alta densidade permitiram maior cobertura do genoma e possibilitaram sua aplicação em diferentes tipos de estudos, como a identificação de regiões do genoma conservadas devido à seleção. Tais regiões são denominadas assinaturas de seleção (AS). As AS são detectáveis por diferentes metodologias, como a Homozigose do Haplótipo Estendido (“extended haplotype homozygosity” – EHH) e o Escore de Integração dos Haplótipos (“integrated haplotype score” - iHS), sendo esta última derivada da EHH. O objetivo desse trabalho foi identificar regiões de AS em bovinos de corte da raça Canchim, genotipados com painel de alta densidade, visando futuras aplicações no melhoramento genético animal. O pacote rehh do programa R foi utilizado para identificação de AS por meio da metodologia iHS. Foram utilizados registros de 285 animais da raça Canchim, 114 do grupo genético MA e um da raça Charolês. Todos os animais (amostras) foram genotipados com o painel Illumina BovineHD BeadChip (786.799 SNPs) e provenientes da base de dados da Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. O controle de qualidade de genótipos (CQ) foi realizado por meio do pacote snpStats, do R. Após o CQ, restaram 687.655 marcadores SNP e 396 amostras. Foi utilizado o programa BEAGLE para a inferência das fases de ligação e construção dos haplótipos, etapa necessária para utilização da iHS. A estatística iHS para cada um dos marcadores foi transformada em para conveniência da análise dos resultados. Valores de foram observados nos cromossomos BTA (Bos taurus) 5 e 14, com 39 e nove SNPs estatisticamente significativos ... / Genomic selection has been considered as a technique that will allow significant increase in the genetic progress of animal breeding programs. Recent technological advances in genetics have allowed the genotyping of livestock species such as cattle, by means of single nucleotide polymorphism (SNP) chip panels. High-density SNP panels have allowed greater coverage of the genome and its application in different studies, such as the identification of conserved regions of the genome due to selection. Such regions are known as selection signatures (SS). The SS are detectable by various methods, such as the extended haplotype homozygosity (EHH); and the integrated haplotype score (iHS), which is derived from the HHE. The aim of this study was to identify regions of SS in Canchim beef cattle, genotyped with high-density SNP panel, and evaluate its future application in animal breeding. The rehh package of the R software was used for identification of SS through the iHS methodology. Data on 285 Canchim animals, 114 “MA” genetic group (cross between Charolais sires and Canchim-zebu dams), and one Charolais breed individual were used. The database used in this study was provided by Embrapa Cattle Southeast (São Carlos, SP, Brazil), which contains animals (samples) genotyped with the Illumina BovineHD BeadChip panel (786,799 SNPs). The quality control of genotypes (QC) was performed through snpStats package present in R. After the QC, a total of 687,655 SNP markers and 396 samples remained for SS analysis. The BEAGLE software was used to infer the linkage phase and to construct the haplotypes. The iHS statistic for each marker was transformed into piHS for better understanding of the results. On the Bos taurus (BTA) chromosomes 5 and 14 were observed piHS ? 5 (P <0.00001), with 39 and nine statistically significant SNPs, respectively. Windows of one million base pairs each were built to assist in the delimitation of SS regions. Within ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-01Bitstream added on 2014-06-13T20:03:29Z : No. of bitstreams: 1 buzanskas_me_dr_jabo.pdf: 1313691 bytes, checksum: 7e8dfd967547ab3d2ff714be1b7ddd4b (MD5) / Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Os marcadores do tipo SNP (“Single Nucleotide Polymorphism”) estão entre os mais utilizados para estudos do genoma bovino, pois estão presentes em grande quantidade e podem estar associados a regiões do genoma que atuam em características de interesse econômico. Fatores como a redução dos custos de genotipagem e a alta densidade dos painéis de marcadores possibilitaram que esta tecnologia seja utilizada em larga escala. Os objetivos deste trabalho foram avaliar o desequilíbrio de ligação (DL) e a conservação da fase do desequilíbrio de ligação (FDL) entre animais da raça Canchim e do grupo genético MA; e aplicar a metodologia “Generalized Quase- Likelihood Score” para estudo de associações genômica entre SNPs e características de peso corporal ao nascimento (PN), ao desmame (PD) e ao sobreano (PS); perímetro escrotal ao desmame (PED) e ao sobreano (PES); e idade ao primeiro (IPP) e segundo (ISP) parto nestes mesmos animais. Foram utilizados 285 animais da raça Canchim (proporção Charolês-Zebu igual a 62,5 % e 37,5%) e 114 animais do grupo genético MA (proporção aproximada Charolês-Zebu igual a 65,6% e 34,4%) genotipados para o painel de alta densidade BovineHD - Illumina® bead chip (777k). Para o estudo de DL e FDL as informações dos genótipos de alta densidade foram concatenadas com o mapa de genótipos de menor densidade (BovineSNP50 v2 bead chip) que possui aproximadamente 50 mil SNPs (50k), realizando assim a redução da densidade dos marcadores. Foram realizadas análises para animais Canchim, MA e Canchim + MA. O painel de 777k mostrou-se mais eficiente para estudo do DL e FDL quando comparado ao painel de 50k, pois apresentou elevada conservação de FDL (acima de 0,80)... / Recent technological advances have enabled to use genomic data in livestock evaluation. Single nucleotide polymorphism (SNP) are one of the most widely used genetic markers because they are widely spread along the genome and also could be associated with traits of economic interest. High-throughput panels are becoming interesting for the producers as the cost of genotyping reduces. The objectives of this study were to evaluate the extent of linkage disequilibrium (LD) and the phase of linkage disequilibrium (PLD) between Canchim animals and MA genetic group; and to apply the Generalized Quasi-Likelihood Score method to perform a genome wide association study with birth weight (BW), weaning weight (WW), yearling weight (YW), scrotal circumference at weaning (SCW), scrotal circumference at yearling (SCY), age at first calving (AFC), and age at second calving (ASC). Analyses considered 285 Canchim animals (Charolais-Zebu proportion of 62.5% - 37.5%) and 114 animals of the MA genetic group (Charolais-Zebu proportion of 65.6% - 34.4%) genotyped with the BovineHD - Illumina Bead® chip (777k). Two marker densities were used for the LD and PLD analyses; one considered the 777k panel while the other considered a reduced panel which was resulted from a combined information of the high-throughput panel and the BovineSNP50 chip bead v2 map from Illumina®. These analyses were carried out for Canchim, MA, and Canchim + MA animals. PLD conservation was high in both panels, but only the 777k panel had higher mean r2 (LD measure) equal to 0.38, 0.34, and 0.31 at distances from 0.00 to 0.0025 Mb, 0.0025 to 0.0050 Mb, and 0.0050 to 0.0075 Mb in the Canchim + MA analysis. After this step, genome wide associations were carried out using the Generalized Quasi-Likelihood Score method (GQLS), which considers the logistic regression to associate phenotypic information... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6190.pdf: 937316 bytes, checksum: ab23c07a84b6ef5293322fb74683c2b5 (MD5) Previous issue date: 2014-01-24 / Financiadora de Estudos e Projetos / The Beef cattle production is a very important economic activity for Brazil, which is a global producer and exporter of bovine-derived products and currently contains the world s largest beef cattle herd. However, the majority Brazilian cattle are adapted to a tropical climate and have low meat and carcass quality. The crossbreeding between Charolais and Zebu animals resulted in development of Canchim breed. This breed shows better resistance to high temperatures and parasites, as well as better meat and carcass quality. New genotyping and computational technologies can enable the use of single nucleotide polymorphism (SNP) in breeding programs. The high demand for meat quality and the aggressive competition among other beef exporting countries justifies studies focused on improving carcass traits, such as ribeye area (REA), which can provide more efficiency production of meat cuts for consumption. The objective in this study was to validate SNPs selected in a previous genomewide association study (GWAS) for REA performed by Random Forest methodology in 400 animals genotyped with the BovineHD BeadChip ( Illumina®) which yielded a set of 197 SNPs. First, we analyzed the linkage disequilibrium (LD), and then we annotated the associated regions. After verifying this set of SNPs, we selected four SNPs located on BTA4, BTA10, BTA22 and BTA27 for validation purposes. These SNPs were genotyped by RFLPPCR in approximately 712 bovine. We analyzed the genetic effect of these SNPs the using GLM procedure in SAS (P &#8804; 0,05), which identified SNPs in BTA4 and BTA27 as contributing some genetic effect on REA. Furthermore, we found significant additive effect (P&#8804; 0,05) for the SNP on BTA 27, and a significant dominance effect for the SNP in BTA 4 using the ASReml software. The GWAS for REA identified one region between 34989224pb and 36989224pb using haplotype association analysis with the PLINK software that indicated two regions (P&#8804; 0,05) in the SFRP1 and ANK1 genes associated with REA. / A bovinocultura de corte brasileira se destaca na economia nacional, sendo o Brasil atualmente um dos principais produtores e exportadores de produtos cárneos de origem bovina, apresentando o maior rebanho comercial do mundo. No entanto, a maioria dos rebanhos bovinos são caracterizados por animais com maior adaptabilidade a ambientes tropicais e baixa qualidade de carcaça e carne. Cruzamentos entre raças taurinas e zebuínas originaram a raça Canchim, sendo esta vantajosa em relação à produtividade, conformação da carcaça e resistência ao calor e a parasitas. Com as novas tecnologias de genotipagem e computacionais se renovou o interesse em viabilizar o uso da informação de marcadores genéticos do tipo SNP em programas de seleção e melhoramento. O mercado interno mais exigente e maior competição entre países exportadores justificam estudos em características de carcaça, como área de olho de lombo (AOL), que pode proporcionar maior rendimento em cortes de alto valor agregado. Diante deste contexto, o objetivo desse trabalho foi validar SNPs selecionados por estudo prévio de associação genômica ampla (GWAS) para área de olho de lombo, realizada por Random Forest em uma população composta por 400 animais Canchim e genotipados em BovineHD BeadChip (Illumina®) e que resultou em um conjunto de 197 SNPs. Inicialmente estudou-se o desequilíbrio de ligação no genoma bovino da raça Canchim e realizou-se anotação das regiões associadas. A mineração desse conjunto resultou em 4 SNPs, os quais foram selecionados para as análises de validação e localizam-se nos cromossomos BTA4, BTA10, BTA22 e BTA27. Os marcadores selecionados foram genotipados pela técnica RFLP-PCR em uma população de 712 bovinos da raça Canchim. Analisou-se o efeito desses marcadores sobre o valor genético aditivo (VGA) de AOL por meio de análise de variância que indicou a influência dos SNPs localizados nos BTA4 e BTA27. Além disso, tais SNPs significativos nas análises de validação foram analisados quantos aos efeitos aditivos e de dominância pelo teste Wald F, tendo sido observado efeito 6 de dominância significativo no SNP do BTA4 e efeito aditivo significativo no SNP do BTA 27. A análise de associação haplotípica com área de olho de lombo realizada na região 34989224pb a 36989224pb no BTA27 por meio de análise de regressão logística indicaram duas regiões nos genes SFRP1 e ANK1 associadas com a característica.

Resumo: Dentre os fatores que interferem no processo produtivo, o peso à desmama constitui-se um dos mais importantes. Para tal, a técnica de creep feeding pode assumir grande importância para encurtar o tempo necessário para o acabamento e abate dos animais destinados ao corte. Com o objetivo de avaliar o desempenho de bezerros lactentes em resposta a diferentes suplementos no sistema de creep feeding e a viabilidade econômico-financeira da implantação da cria, 32 bezerros da raça Canchim com 120 dias de idade e suas respectivas mães, foram distribuídos em quatro lotes experimentais com oito bezerros cada. O experimento foi dividido em 4 períodos de 28 dias totalizando 112 dias. Os tratamentos foram: SG = concentrado com milho moído e soja grão; TA = concentrado com milho moído e torta de amendoim; FS = concentrado com milho moído e farelo de soja e o SS = sem suplementação (controle). Os tratamentos com suplemento receberam a inclusão de 10% de NaCl nos dois últimos períodos (56 o -112o dia) para controle do consumo de concentrado. Os animais foram avaliados através de pesagens e monitoração ultrassonográfica. Na análise econômica foi utilizado o fluxo de caixa e os indicadores de viabilidade econômicofinanceiros. Para flexibilização dos resultados da situação determinista foram realizadas simulações, nas quais foi modificado o número de matrizes e a aquisição dos ativos fixos. O horizonte de planejamento considerado foi de 10 anos. Observou-se que os tratamentos SG, TA, FS não se diferenciaram entre si estatisticamente (0,943; 0,986 e 0,913 kg), mas diferenciaram (P<0,01) em relação ao tratamento SS (0,669 kg) no primeiro período. No 2o período notou-se um aumento significativo (P<0,01) no ganho de peso dos tratamentos com suplementação, em relação ao tratamento sem suplementação, sendo 1,019; 1,120 e 1,041 kg para os tratamentos SG, TA, FS e 0,598 kg... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Weaning weight is the most important factor on the productive process. For this, creep feeding can assume great importance to reduce the necessary time for the finishing and slaughter of cattle. With the objective to evaluate the performance of suckling calves in reply the different supplements in the creep feeding system and the economic-financier viability of the implantation for this system, 32 Canchim calves with 120 days of age and their mothers, which were distributed in four experimental lots with eight calves which one. The experimental period lasted 112 days, divided in four sub-periods of the 28 days. The experimental treatments were: SG = concentrate with corn ground and soybean; TA = concentrate with corn ground and peanut cake; FS = concentrate with corn ground and soybean meal and SS = without supplementation (control). All treatments received the inclusion of 10% of NaCl on two last periods (56 -112o day) for control of consumption of concentrated. The animals were evaluated through weighing and ultrasound measures. In the economic analysis were used the cash flow and the viability economic-financial gauge. The simulations were used for flexibilitation the results of the determinist situation. In which was modified the number of matrices and acquisition of the infrastructure. The planning horizon was considered 10 years. There were no significative differences among the treatments SG, TA, FS however there were observed differences (P<0.01) between supplemented treatments and the control in the first period. On second period occurred a significant increase (P<0.01) in the weight gain of the animals in the treatments with supplementation, in relation to the treatment without supplementation, with value of 1.019; 1.120 and 1.041 kg for treatments SG, TA, FS and 0.598 kg for treatment SS...(Complete abstract, click electronic access below) / Orientador: Alexandre Amstalden Moraes Sampaio / Coorientadora: Maria Madalena Zocoller Borba / Banca: Jane Maria Bertocco Ezequiel / Banca: Rymer Ramiz Tullio / Mestre

Orientador: Maurício Mello de Alencar / Coorientador: Danísio Prado Munari / Banca: João Ademir / Banca: Arthur dos Santos Mascioli / Resumo: Em razão da necessidade de produzir carne com qualidade, características de carcaça como a área de olho de lombo e a espessura de gordura subcutânea têm sido utilizadas como critérios de seleção de bovinos de corte. Ainda são poucos os estudos sobre essas características e suas associações com as características reprodutivas e de crescimento. O objetivo neste estudo foi estimar parâmetros genéticos para pesos ao nascer (PN), ao desmame (PD) e ao sobreano (PS), perímetros escrotais ao desmame (CED) e ao sobreano (CES), idade ao primeiro parto (IPP), área de olho de lombo (AOL) e espessura de gordura subcutânea (EG), em bovinos Canchim. Foram utilizadas 14.513 observações de animais da raça Canchim (5/8 Charolês + 3/8 Zebu) e do grupo genético MA (progênie de touro Charolês e vaca ½ Canchim + ½ Zebu) nascidos entre os anos de 1992 e 2012. As análises uni e bicaracterísticas foram realizadas utilizando inferência Bayesiana sob modelo animal que considerou como efeitos fixos o grupo de contemporâneos (sexo, fazenda, regime alimentar, grupo genético, estação e ano nascimento) e as covariáveis classe de idade da vaca ao parto e idade do animal na data da mensuração e como aleatórios, os efeitos genético aditivo direto e residual, sendo que para PN, PD e CED foi considerado, também, o efeito genético aditivo materno. As médias das estimativas de herdabilidade, obtidas pelas análises uni e bicaracterísticas, foram de 0,28; 0,30; 0,28; 0,33; 0,43; 0,15; 0,37 e 0,22 para PN, PD, PS, CED, CES, IPP, AOL e EG, respectivamente. As estimativas de herdabilidade sugerem que as características de crescimento e de carcaça, CED e CES devem responder a seleção direta. Correlações genéticas medianas e negativas sugerem que ganhos genéticos para redução de IPP podem ser obtidos ao selecionar animais para PS, CES e EG. Progressos genéticos podem ser alcançados nas ... / Abstract: Due to the demand for high quality meat, carcass traits such as loin eye area and backfat thickness have been used as criteria for beef cattle selection. Nevertheless, there is a lack of studies on these traits and on their association with the reproductive and growth traits commonly used in animal breeding program. The objective of this study was to estimate genetic parameters for birth (PN), weaning (PD) and long-yearling (PS) weights, scrotal circumference at weaning (CED) and long-yearling (CES), age at first calving (IPP), loin eye area (AOL) and backfat thickness (EG) in Canchim cattle. Data on 14,513 observations of Canchim (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) and MA (offspring of Charolais bulls and ½ Canchim + ½ Zebu cows) animals, born between 1992 and 2012 were used. The analyses were carried out using Bayesian inference under an animal model that included the fixed effects of contemporary group (sex, farm, feeding regime, genetic group, season and year of birth) and covariates cow age class at calving and animal age at the measurement, besides the random, additive direct genetic and residual effects. For PN, PD and CED the maternal addictive effect was also considered in the model. The means of the heritability estimates obtained in one and two-trait analyses were 0.28, 0.30, 0.28, 0.33, 0.43, 0.15, 0.37 and 0.22 for PN, PD, PS, CED, CES, IPP, AOL and EG, respectively. The heritability estimates suggest that growth traits, carcass traits, and scrotal circumference at weaning and long-yearling should respond to direct selection. Moderate and negative genetic correlations suggest that reduction in IPP can be obtained by selecting animals for PS, CES and EG. Genetic progress can be achieved on carcass traits without causing losses to the reproductive and growth traits / Mestre