Une gestion précise des populations de poissons exploitées est essentielle pour assurer leur pérennité. L'utilisation de l'ADN environnemental (ADNe) démontre un grand potentiel comme outil complémentaire dans l'estimation des populations exploitées de poissons, mais peu d'exemples appliqués dans un contexte de pêche récréative ont été documentés. Dans cette étude, nous avons collecté 600 échantillons provenant de 30 lacs au Québec (Canada) afin de documenter la relation entre les statistiques d'exploitation d'Omble de fontaine(Salvelinus fontinalis) et la concentration d'ADNe des lacs. Une sélection de modèles linéaires mixtes avec les statistiques d'exploitation et des paramètres environnementaux a été utilisée afin de trouver le meilleur modèle prédictif pour la concentration d'ADNe. Nous avons trouvé une forte corrélation avec la densité moyenne de poissons des années d'échantillonnages et des années précédentes (poisson récolté/ha, R² = 0.76), ce qui soutient la tendance observée dans la littérature. Nous avons observé des niveaux très similaires de corrélations avec les statistiques d'exploitations provenant de la même année ou d'années différentes de celle d'échantillonnage d'ADNe. Nous avons également trouvé une différence prononcée dans la quantité d'ADNe des lacs entre 2019 et 2020. Nous supposons que les principaux facteurs responsables de cette différence sont occasionnés par la variation interannuelle incluant la température de l'eau et par la variation comportementale des poissons. Ces résultats supportent l'utilité de l'ADNe comme un outil quantitatif pour des populations de poissons exploitées. / Accurate management of exploited fish populations is essential to ensure their long-term sustainability. The use of eDNA as a tool for providing information on population relative abundance offers much potential although few examples in a fishery context have been documented. In this study, we collected 600 water samples from 30 lakes in Québec (Canada) to document the relationship between brook charr (Salvelinus fontinalis) angling data and their lake's eDNA concentration. Model selection with angling data and environmental parameters were used to find the best predictive model for eDNA concentration. We found a strong correlation between the average fish density from current and previous years (fish harvested/ha, adj. R² = 0.76) with the mean eDNA concentration among lakes, supporting the growing trends in the literature. We observed very similar levels of correlation either when eDNA and angling data were from the same year or different years. We also found a pronounced inter-year difference in lakes' eDNA quantity measured in 2019 and 2020. We hypothesize that the main drivers for this difference were inter-seasonal variation including water temperature and associated variation in fish behavior. These results support the usefulness of eDNA as a quantitative tool for exploited fish populations.

L'écologie microbienne joue un rôle central dans l'incubation des œufs de l'Omble de fontaine (*Salvelinus fontinalis*) et dans la gestion globale des maladies. Cette thèse vise à introduire des approches durables axées sur l'écologie microbienne pour prévenir les maladies et améliorer la viabilité des œufs. La stratégie proposée implique le remplacement des approches traditionnelles, telles que les désinfectants, les produits chimiques et les antibiotiques, par des alternatives plus respectueuses de l'environnement. Dans les premières étapes de l'établissement des bases de cette thèse pour comprendre le rôle des microbes dans l'élevage de l'Omble de fontaine, une revue préliminaire a été menée. La revue a identifié deux problèmes principaux - les maladies et la faible survie des alevins - tous deux étroitement liés à la présence de microbes virulents dans les systèmes d'élevage. De plus, cette revue a examiné l'impact des méthodes actuelles de traitement sur les communautés microbiennes au sein de l'environnement d'élevage. Ensuite, la revue a détaillé les systèmes d'incubation des œufs d'Omble de fontaine et les facteurs les influençant. Elle a cherché à éclaircir l'implication des bactéries lors de l'incubation et d'épisodes de maladies, tout en explorant des approches de gestion bactérienne durable pour améliorer la productivité globale en agissant dès l'incubation des œufs. Passant à la première phase de recherche expérimentale, ce projet de doctorat s'est concentré sur l'examen de la dynamique bactérienne pendant l'incubation des œufs d'Omble de fontaine. Nous avons exploré l'impact des facteurs abiotiques, y compris l'utilisation de l'iode comme désinfectant, sur les communautés bactériennes. Les entreprises aquicoles sélectionnées ont été catégorisées en fonction de leurs approches de désinfection des œufs : sans iode (Contrôle), avec iode (Iode), et uniquement à l'étape embryonnaire (Iode-AE). Sur les 23 paramètres physico-chimiques analysés, seuls 11 ont démontré une variation significative entre les entreprises aquicoles. Les paramètres essentiels cruciaux pour optimiser l'environnements d'incubation des œufs comprenaient la température, le pH, l'alcalinité (Alk), la dureté, l'oxygène (O₂), le dioxyde de carbone (CO₂), la conductivité (Cnd), et l'azote (N₂). Malgré les recommandations, la plupart des entreprises ont dépassé les limites acceptables d'au moins deux paramètres, notamment le pH et l'azote (N₂). L'analyse de la composition du microbiote a révélé une activité transcriptionnelle relative variable des genres bactériens entre les fermes. Les genres *Flavobacterium* et *Sediminibacterium* ont influencé de manière constante le microbiote des œufs, dans un contexte de dysbiose bactérienne, ce qui souligne l'importance de la gestion de l'écologie microbienne dans l'industrie aquicole. L'analyse de la diversité bêta a montré des différences notables dans l'abondance bactérienne entre les fermes, influencées par des facteurs abiotiques. L'analyse des réseaux d'interactions taxonomiques suggère un impact négatif du traitement à l'iode sur l'homéostasie du microbiote bactérien des œufs, alors que le traitement tardif à l'iode (Iode-AE) apparaît moins dommageable. Les résultats de cette étude ont mis en lumière l'interaction complexe entre les facteurs abiotiques, la diversité bactérienne et l'efficacité du traitement à l'iode. Cette caractérisation exhaustive offre des perspectives importantes pour développer des pratiques de gestion holistiques en aquaculture. La deuxième étude expérimentale visait à améliorer la gestion bactérienne pour une meilleure survie des alevins en établissant une communauté microbienne bénéfique (K) tout en réduisant l'activité des souches nuisibles (r). Un nouveau prototype d'incubateur avec biofiltration (RAS-K⁺) a été conçu et utilisé dans trois systèmes d'aquaculture en recirculation (RAS) avec filtration biologique à différentes fréquences de renouvellement quotidien de l'eau : FIVE (5%), Quarter (25%), et MMS (100%), ainsi qu'un groupe témoin sans médium biologique (FTS). Dans cette étude d'une durée de 60 jours, avec une température de l'eau à 10 °C, nous avons monitoré la qualité de l'eau et enregistré quotidiennement le nombre d'oeufs morts. Le groupe Quarter a présenté le taux de survie le plus élevé (60,05%), suivi de FIVE (59,33%), avec le groupe contrôle (FTS) affichant le taux le plus bas (49,86%). L'analyse spécifique à certains temps clés a révélé une survie plus élevée dans les incubateurs FIVE jusqu'à 7 jours avant l'éclosion. Ensuite, c'est le groupe Quarter qui a montré la survie la plus élevée. Les paramètres physico-chimiques clés, y compris la teneur en azote, ont montré de meilleurs résultats pour les groupes expérimentaux avec biofiltration par rapport au groupe témoin. L'analyse des réseaux d'interaction bactérienne a montré dans les trois groupes expérimentaux avec biofiltration que les interactions négatives étaient limitées par rapport au contrôle (FTS). En revanche, le groupe contrôle FTS était dominé par des taxons bactériens présentant des interactions négatives plus élevées et la présence de classes pouvant comporter des souches pathogènes. En résumé, le nouveau prototype de biofiltre favorise efficacement la survie des œufs chez l'Omble de fontaine en favorisant une communauté bactérienne dominée par des bactéries bénéfiques. Cela peut être réalisé en utilisant des systèmes aquacoles en circuit fermé (RAS) inoculés avec un médium biologique et 25 % de renouvellement d'eau quotidien ou, dans des scénarios où les ressources en eau sont limitées, en combinant un renouvellement d'eau quotidien de 5 % jusqu'à 7 jours avant l'éclosion, suivi d'un passage à un renouvellement d'eau quotidien de 25 % jusqu'à l'éclosion. Enfin, les résultats de cette thèse laissent entrevoir la possibilité d'améliorer la durabilité et la productivité globales de l'aquaculture de l'Omble de fontaine en augmentant sa survie pendant la période d'incubation. L'examen minutieux de la dynamique bactérienne et la mise en œuvre d'approches innovantes apportent des connaissances précieuses pour l'avancement de pratiques de gestion holistique en aquaculture, respectueuses de l'environnement dans l'industrie de l'aquaculture. / Microbial ecology plays a pivotal role in the incubation of brook charr (*Salvelinus fontinalis*) eggs and overall disease management. This thesis aims to introduce sustainable management approaches centered around microbial ecology to prevent diseases and enhance egg viability. The proposed strategy involves replacing traditional approaches, such as disinfectants, chemicals, and antibiotics, with more environmentally friendly alternatives. In the preliminary stages of laying the groundwork of this thesis, to comprehend the role of microbes in brook charr culture, preliminary review was conducted. The review identified two prevalent issues, diseases and low fry survivability, both closely linked to the presence of microbes in the culture systems. Additionally, this review scrutinized the impact of current treatment methods on microbial niches within the culture environment. Subsequently, the review delved into the specifics of brook charr egg incubation systems and the influencing factors. It sought to unravel the involvement of microbes during incubation and diseases while exploring microbial management approaches to enhance overall productivity in the context of egg incubation. Moving on to the first experimental research phase, our investigation focused on examining microbial dynamics during the incubation of brook charr eggs. We delved into the impact of abiotic factors, including the use of iodine as a disinfectant, on microbial communities. The selected Québec farms were categorized based on their egg disinfection approaches: without iodine (Control - PLC and PDT), iodine (Iodine - PJC and PTM), and iodine solely at the embryonic stage (Iodine-AE - PMBS and PMB). Among the 23 physicochemical parameters analyzed, only 11 demonstrated statistical significance across the farms. Essential parameters crucial for optimizing egg incubation environments included temperature, pH, alkalinity (Alk), hardness, oxygen (O₂), carbon dioxide (CO₂), conductivity (Cnd), and nitrogen (N₂). Despite recommendations, most farms exceeded acceptable limits in at least two parameters, notably pH and N₂. Microbiota composition analysis unveiled varying relative transcriptional activity bacterial genera across the farms. The genera *Flavobacterium* and *Sediminibacterium* consistently influenced egg microbiota, indicating microbial dysbiosis and underscoring the significance of farm management. Beta diversity analysis showed notable differences in microbial abundance among farms, influenced by abiotic factors. Network analysis of taxonomic interactions emphasized the negative impact of iodine treatment, with late iodine treatment (Iodine-AE) exhibiting superiority. The results of this latest experiment brought attention to the intricate interplay between abiotic factors, microbial diversity, and the efficacy of iodine treatment, providing valuable insights for holistic farm management practices. The second experimental study aimed to improve microbial management for enhanced fry survival by establishing a beneficial (K) microbial community while reducing harmful (r) strains. A novel incubator prototype with biofiltration (RAS-K⁺) was employed in three recirculating aquaculture systems (RAS) with bio media at different daily water renewal percentages: FIVE (5%), Quarter (25%), and MMS (100%), alongside a control group without-bio media (FTS). Lasting 60 days at 10°C, the study monitored water quality and recorded daily dead egg counts. The Quarter group exhibited the highest survivability rate (60.05%), followed by FIVE (59.33%), with the control group (FTS) displaying the lowest rate (49.86%). Time-point-specific analysis revealed higher survivability in FIVE incubators until 7 days before hatching, shifting to the Quarter group afterward. Key physicochemical parameters, including nitrogen content, demonstrated better outcomes in the experimental conditions compared to the control group. Microbial analysis showcased a prevalence of beneficial bacterial genera in the experimental groups, with limited negative interactions, potentially composing a K-selected community. In contrast, the FTS control group was dominated by higher negative interactions and the presence of pathogenic classes. In summary, the newly designed biofilter prototype effectively promotes brook charr egg survival by cultivating a beneficial k-dominated microbial community. This can be achieved through bio media-inoculated RAS at 25% daily water renewal or, in water resource-limited scenarios, by combining 5% daily water renewal until 7 days before hatching followed by a switch to 25% daily water renewal until hatching. Finally, the result of the thesis holds promise for enhancing global sustainability and productivity in brook charr aquaculture via increasing survivability during the incubation period. The meticulous examination of microbial dynamics and the implementation of innovative approaches contribute valuable insights for the advancement of holistic and environmentally conscious farm management practices in the aquaculture industry.

Les mécanismes génétiques sous-jacents au phénomène d'hybridation sont encore très peu connus, en dépit de leurs importantes implications dans les processus de spéciation, d'évolution adaptative et d'innovation agronomique. Dans cette thèse, la réponse transcriptomique des hybrides d'omble de fontaine (Salvelinus fontinalis) ainsi que les mécanismes responsables des différences des niveaux de transcrits et de la taille ont été étudiés. Dans un premier objectif, les niveaux de transcrits de 16006 ESTs entre les populations parentales (Laval, Rupert et domestique) et leurs hybrides ont été étudiés par biopuces. Les résultats révèlent de nombreux transcrits différentiellement exprimés entre les populations parentales, reflétant la réponse adaptative à leur environnement spécifique et la sélection directionnelle pour la population domestique. De plus, le niveau de transcrits est transmis de façon majoritairement additive ou hautement non-additive selon les croisements hybrides. Toutefois, la proportion de transcrits avec un niveau d'expression non-additif varie selon les croisements. Les résultats suggèrent que l'hétérosis et la dépression de croisement dépendent de la distance génétique entre les populations parentales et sont liés aux proportions de dominance et sur/sous-dominance de l'expression des gènes. En plus de l'effet direct de l'expression du génome, les effets parentaux représentent une importante source de variations chez les hybrides. Ainsi, le second objectif était de mesurer ces effets en comparant les niveaux de transcrits des croisements hybrides réciproques à l'aide des biopuces. Les résultats confirment que les effets parentaux agissent sur le transcriptome des hybrides de façon différentielle au cours du développement. L'importance de ces effets dépend de la distance génétique entre les populations parentales. Enfin, plusieurs mécanismes peuvent affecter le niveau de transcrits, notamment une différence dans les éléments régulateurs agissant en cis ou en trans. Le troisième objectif était de détecter les variations dans les éléments régulateurs agissant en cis entre les croisements hybrides pour plusieurs gènes par technique de séquençage à haut débit. Cette expérience a permis d'associer certains polymorphismes de séquences à la variation de taille entre individus. Les résultats de cette thèse montrent ainsi le rôle essentiel des différences d'architecture génétique, et notamment le rôle des différences d'architecture génétique de l'expression de gènes, dans les différences transcriptomique et phénotypique entre hybrides.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire (M.Sc.B.)--Université du Québec à Chicoutimi, 1991. / Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

Mémoire (M.Ress.Renouv.)-- Université du Québec à Chicoutimi, 1993. / Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

Mémoire (M.Ress.Renouv.)-- Université du Québec à Chicoutimi, 1993. / Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

L’Omble de fontaine est l’espèce la plus pêchée de façon récréative au Québec. Afin de supporter cette activité économique, des programmes intensifs d’ensemencement ont été mis en place et visent à maintenir la productivité des stocks. Cependant, de plus en plus d’études démontrent les effets négatifs des ensemencements sur la génétique des populations sauvages. Il est donc primordial de mieux comprendre la dynamique d’hybridation introgressive entre les populations sauvages et domestiques et ce à l’aide de plusieurs milliers de marqueurs génétiques. L’état génétique des populations suite à l’arrêt des ensemencements et les facteurs modulant les niveaux d’hybridation introgressive doivent également être mieux définis. Pour ces raisons, cette étude vise à tester et proposer un modèle capable d’expliquer et de prédire la variation observée dans les niveaux d’hybridation introgressive dans les populations sauvages d’omble de fontaine en utilisant des variables d’intensité d’ensemencement et des paramètres environnementaux. Ainsi, nous avons récolté des échantillons d’ADN (n = 862, moyenne = 30 poissons par lac) provenant de 29 lacs ayant subi différentes intensités d’ensemencement en plus de recueillir des données environnementales. En moyenne, 4 750 SNPs ont été obtenus pour chacun des lacs à l’aide du Génotypage-Par-Séquençage et ont été utilisés afin de déterminer l’appartenance moyenne à la population domestique. Un processus exhaustif de sélection de modèles a ensuite été réalisé pour obtenir un meilleur modèle permettant d’expliquer 56% de la variance observée entre les valeurs d’appartenance moyenne à la population domestique. Les prédictions basées sur notre meilleur modèle ont révélé que chaque population échantillonnée pouvait, potentiellement, retourner à un état génétique d’origine après l’arrêt des ensemencements. En somme, notre étude suggère que les impacts des ensemencements pourraient être réversibles avec le temps et propose un modèle aux gestionnaires de la faune permettant de prédire les niveaux d’hybridation entre populations sauvages et domestiques. / In fisheries management, intensive stocking programs are commonly used to enhance population abundance and maintain stock productivity. However, such practices are increasingly raising concerns since multiple studies exposed adverse stocking impacts on wild population genetic. Improvement of stocking management relies on a better understanding of the dynamic of introgressive hybridization between wild and domestic populations and on assessment of the genetic state of wild populations after stocking cessation. In Québec, Canada, five million captive reared Brook Charr (Salvelinus fontinalis) are stocked every year to support recreational fishing activities. Here, we investigated the impact of stocking history and environmental conditions on the genetic integrity of Brook charr wild populations. We collected DNA samples (n = 862, average of 30 individuals per lake) from 29 lakes that underwent different stocking intensities through time and also collected environmental parameters for each sampled lake. An average of 4,750 high quality filtered SNPs was obtained for each lake using Genotyping-By-Sequencing which were then used to quantify the mean domestic membership of each sampled population. An exhaustive process of model selection was conducted to obtain a best-fitted model that explained 56% of the variance observed in mean domestic genetic membership. The number of years since the mean year of stocking was the best explanatory variable to predict variation in mean domestic genetic membership. Our model predictions also revealed that each sampled wild population could potentially return to a wild genetic state (absence of domestic genetic background) after stocking cessation. Overall, our study provides new insights on factors determining introgressive hybridization level and suggests that stocking impacts could be reversible with time.

Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida est une bactérie à Gram négatif causant la furonculose, une infection opportuniste des salmonidés d'élevage. Les méthodes actuelles de traitement contre la furonculose reposent fortement sur l'antibiothérapie. Cependant, une proportion importante des souches de cet agent pathogène opportuniste des poissons possède des gènes de résistance aux principaux antibiotiques utilisés pour guérir la furonculose. La présente thèse discute en détail de l'importance des interactions hôte-microbiote chez les salmonidés d'élevage et des mesures pouvant améliorer la résistance aux infections chez les salmonidés. Ces mesures peuvent être à large échelle (p. ex. la mise à place d'un système de recirculation de l'eau) ou à petite échelle (p. ex. l'administration de bactéries mutualistes aux poissons). Il y est également illustré comment des symbiontes endogènes de l'Omble de fontaine (ML11A et TM18) et une bactérie à acide lactique exogène (Bactocell) peuvent être mis à profit pour inhiber A. salmonicida subsp. salmonicida, augmenter la croissance et l'immunité innée d'Omble de fontaine et rétablir l'interaction fonctionnelle hôte-microbiote chez l'Omble de fontaine infecté à la furonculose. Lorsqu'ils sont administrés quotidiennement à des alevins vivants d'omble de fontaine, ML11A, TM18 et Bactocell ont contribué à améliorer plusieurs paramètres de leur état physiologique tels que le poids corporel moyen, le facteur de condition de Fulton et l'activité du lysozyme plasmatique (un indicateur de l'activité immunitaire innée). En contexte d'infection expérimentale de furonculose, les Ombles qui ont reçu des doses quotidiennes de TM18 et de Bactocell avaient deux fois moins de mortalité que le groupe témoin « infecté-non traité », mais seulement dans de l'eau à 13,6 °C. Dans l'eau à 15,6 °C, il n'y a pas eu de réduction significative de la mortalité. ML11A n'a pas réduit de manière significative la mortalité à l'une ou l'autre de ces deux températures. L'Omble de fontaine infecté traité avec Bactocell avait un transcriptome microbien intestinal extrêmement différent des poissons non infectés et infectés. Bactocell semble favoriser la restauration de l'expression génique nominale de l'hôte, mais en remodelant le transcriptome microbien intestinal dans un état d'eubiose différent de celui des ombles sains (non infectés). ML11A et TM18 semblent agir selon un mécanisme opposé à celui du Bactocell, c'est-à-dire en modulant l'expression des gènes de l'hôte impliqués dans la réponse à l'infection, sans altérer le transcriptome du microbiote (tous tissus confondus). Des perspectives intéressantes aux travaux de la présente thèse, par exemple combiner des souches probiotiques en un ou plusieurs traitements, vérifier la réactivité croisée de ces derniers avec d'autres traitements (conventionnels ou expérimentaux), considérer l'apport de différentes conditions environnementales sur le système Omble de fontaine - microbiote, sont également explorées. / Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida is a gram-negative bacterium that causes furunculosis, an opportunistic infection of farmed salmonids. Current treatment methods for furunculosis rely heavily on antibiotic therapy. However, a large proportion of strains of this opportunistic pathogen possesses genes for resistance to the main antibiotics used to cure furunculosis. This thesis discusses in detail the importance of host-microbiota interactions in farmed salmonids and discusses measures that can improve resistance to infections in salmonids. These measures can be large-scale (e.g. setting up a water recirculation system) or small-scale (e.g. administering mutualistic bacteria to fish). It is also illustrated how endogenous brook trout symbionts (ML11Aand TM18) and an exogenous lactic acid bacterium (Bactocell) can be used to inhibit A. salmonicida subsp. salmonicida, stimulate the growth and innate immunity of brook trout, and re-establishing the host-microbiota functional interaction in brook trout infected with furunculosis. When administered daily to live brook trout fry, ML11A, TM18 and Bactocell helped improve several parameters of their physiological state such as mean body weight, Fulton condition factor and plasma lysozyme activity (an indicator of innate immune activity). In the context of an experimental furunculosis infection, brook charr that received daily doses of TM18 and Bactocell had twice less mortality than the "infected-untreated" control group, but only in 13.6 °C water. In water at 15.6 °C, there was no significant reduction in mortality. ML11A did not significantly reduce mortality at either of these two temperatures. Infected brook trout treated with Bactocell had an extremely different gut microbial transcriptome from uninfected and infected fish. Bactocell appears to promote the restoration of nominal host gene expression, but by remodeling the gut microbial transcriptome into a different eubiotic state from that of healthy (uninfected) charr. The brook trout probionts ML11A and TM18 appear to act according to a mechanism opposite to that of Bactocell, i.e. by modulating the expression of the host genes involved in the response to infection, without altering the microbiota transcriptome (for all tissues combined). Interesting perspectives for the work of this thesis are also explored like combining probiotic strains in one or more treatments, assessing the cross-reactivity of these with other treatments (conventional or experimental), or considering the contribution of different environmental conditions to the brook charr-microbiota system.

Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida est une bactérie à Gram négatif responsable de la furonculose, une infection opportuniste des salmonidés d'élevage représentant en moyenne de 30 à 60 % des diagnostics annuels posés au Québec chez l'Omble de fontaine aquicole (Salvelinus fontinalis). Les méthodes de traitement actuelles contre la furonculose reposent essentiellement sur l'antibiothérapie et l'immunoprophylaxie. Cependant, l'usage intensif d'antibiotiques en aquaculture contribue à l'émergence de souches pathogènes d'A. salmonicida antibiorésistantes (certaines résistant à jusqu'à 8 antibiotiques). De plus, les effets secondaires associés à l'antibiothérapie et la vaccination peuvent causer des altérations maladaptives des interactions hôte-microbiote, en défaveur des bactéries résidentes de l'hôte qui contribuent à la résistance aux infections. C'est pourquoi l'administration de symbiontes bactériens endogènes à des hôtes sensibles en tant que traitement probiotique semble être une solution prometteuse. L'objectif de ce projet de maîtrise était d'initier la recherche et le développement d'un traitement à base de probiotiques endogènes pour prévenir et traiter la furonculose chez l'Omble de fontaine. Dans le cadre de ce projet, des souches de Pseudomonas spp. endogènes de l'Omble de fontaine ont été découvertes sur la base de leur effet d'antagonisme marqué et inductible vis-à-vis A. salmonicida. L'analyse bio-informatique du génome de ces souches a permis de prédire qu'elles appartiennent à l'espèce P. fluorescens, qu'elles sont a priori non pathogènes et qu'elles ne portent aucun gène horizontalement transférable de résistance à des antibiotiques homologués au Canada pour usage en aquaculture. Ces souches seraient donc des candidats probiotiques prometteurs pour prévenir et traiter la furonculose chez l'Omble de fontaine. / Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida is a Gram-negative bacterium causing furunculosis, an opportunistic disease of farmed salmonids that accounts for 30 to 60% of yearly diagnoses emitted for the brook charr (Salvelinus fontinalis) in the Quebec province, Canada. Current treatment methods against furunculosis include antibiotherapy and immunoprophylaxis. However, the intensive use of antimicrobials in aquaculture contributes to the emergence of resistant A. salmonicida strains (some of which can resist up to 8 antimicrobials). Moreover, the adverse effects of antibiotherapy and vaccination may cause maladaptive changes in host-microbiota interactions, in disfavour of resident bacteria that contribute to enhance disease resistance. Therefore, using bacterial symbionts as a probiotic treatment appears to be a promising solution to treat furunculosis. The purpose of this Master's project was to pioneer research and development of an endogenous probiotic-based treatment strategy for brook charr against furunculosis. In this project, endogenous Pseudomonas spp. strains from brook charr were identified on the basis of their strong and inducible in vitro antagonistic effect against A. salmonicida. Bioinformatic analyses of those strains' genome sequence predicted that: (i) they belong to the P. fluorescens species group, (ii) they are non-pathogenic a priori, and (iii) they harbor no horizontally-transferable genes that confer resistance to antibiotics approved for use in aquaculture in Canada. These P. fluorescens strains therefore are promising probiotic candidates for in vivo trials on live brook charr.