Resumo: Em ambientes marinhos os números de bactérias são mais elevados em regiões próximas da costa, devido à entrada de altas quantidades de matéria orgânica oriunda da terra firme. A Baía de Guaratuba está situada no litoral sul do Paraná. Próximo da sua entrada localizam-se a cidade de Guaratuba e o Balneário de Caiobá e sua porção interna é margeada por manguezais. Durante a presente pesquisa estudou-se a variabilidade temporal do bacterioplâncton, visando sua alteração com a variação da maré e espacial do bacteriobentos em sedimentos subaquáticos em nove estações localizadas ao longo do eixo leste-oeste da baía, assim como a variação espacial do sedimento entre-marés (dezoito estações). Todos os parâmetros foram correlacionados com fatores físico-químicos (salinidade, temperatura, pH, seston, transparência da água, oxigênio dissolvido e granulometria) e biológicos (clorofila). Em todas as estações foram estudados a variabilidade de bactérias heterotróficas totais (microscopia de epifluorescência), da biomassa bacteriana, das bactérias heterotróficas cultiváveis halófilas e halófobas (meio de cultura ZoBell 2216E modificado), dos coliformes totais e Escherichia coli (substrato cromogênico). Os resultados mostraram que durante a maré enchente houve redução de salinidade e pH nas estações internas, assim como um aumento de bactérias heterotróficas totais, da biomassa bacteriana e de coliformes totais nas águas de todas as áreas protegidas da baía. Os maiores valores de bactérias heterotróficas halófobas foram observados em águas de profundidade da estação 9 durante a vazante. Ao contrário, os maiores valores de bactérias heterotróficas halófilas ocorreram na estação 3 durante a enchente. Os maiores valores de E. coli foram observados, nas duas datas de coleta, em águas da estação 3. No sedimento de fundo foram observados os maiores valores de areia na estação 9, seguida de perto pelas estações 1 e 5. Nas mesmas estações puderam ser observados valores baixos de bactérias heterotróficas totais e de biomassa bacteriana. Da mesma forma, as estações internas (8 e 9) e as externas (1, 2, 3 e 5) apresentaram valores baixos de bactérias heterotróficas cultiváveis halófobas. Os valores máximos de bactérias heterotróficas halófilas foram registrados na estação 4, os de coliformes totais nas estações protegidas do estuário e os de E. coli na estação 3. Os estudos efetuados nas regiões entre-marés mostraram nas estações externas, caracterizadas por altos valores de areia e baixos de matéria orgânica, valores baixos de todos os grupos bacterianos estudados. É importante ressaltar que mesmo os valores de E. coli foram mais elevados nos sedimentos de manguezais distantes dos centros urbanos. Concluiu-se assim que as regiões externas e internas da baía são de alta energia e que na água o número de bactérias heterotróficas totais, de biomassa bacteriana, de bactérias cultiváveis halófilas e halófobas da região estudada depende do ciclo das marés. O número de bactérias no sedimento depende não só da granulometria mas também da quantidade de matéria orgânica disponível e que parece ter havido um aumento de bactérias nas estações de cultivo, em decorrência do aumento de matéria orgânica produzida pelos organismos cultivados. Há indícios de que, de acordo com a legislação vigente, nenhuma região da Baía de Guaratuba é adequada para cultivo de espécies destinadas à alimentação humana e que são ingeridas cruas, e que nas regiões mais abrigadas da baía residem os maiores problemas. Palavras chave: bactérias, sedimento, água, Baía de Guaratuba, coliformes.